ΠΑΝΑΓΙΩΤΗΣ Θ. ΤΑΣΙΟΣ ΜΟΡΙΑΚΟΣ ΒΙΟΛΟΓΟΣ

Εθνικό Καποδιστριακό Πανεπιστήµιο Αθηνών Ιατρική Σχολή ΠΑΝΑΓΙΩΤΗΣ Θ. ΤΑΣΙΟΣ ΜΟΡΙΑΚΟΣ ΒΙΟΛΟΓΟΣ ΒΙΟΓΡΑΦΙΚΟ ΣΗΜΕΙΩΜΑ και αναλυτικό υπόµνηµα δηµοσιεύσεων ΥΠΟΨΗΦΙΟΥ για εξέλιξη στην βαθµίδα του Αναπληρωτή Καθηγητή Ηµεροµηνία υποβολής: 13/03/2012

2

3 ΠΙΝΑΚΑΣ ΠΕΡΙΕΧΟΜΕΝΩΝ 1. ΠΡΟΣΩΠΙΚΑ ΣΤΟΙΧΕΙΑ... 7 2. ΠΑΡΟΥΣΑ ΘΕΣΗ... 7 3. ΣΤΡΑΤΙΩΤΙΚΗ ΘΗΤΕΙΑ... 7 4. ΥΠΗΡΕΣΙΑ ΥΠΑΙΘΡΟΥ... 7 5. ΕΚΠΑΙ ΕΥΣΗ ΜΕΤΕΚΠΑΙ ΕΥΣΗ ΙΠΛΩΜΑΤΑ... 8 Εγκύκλιες σπουδές:... 8 Προπτυχιακή εκπαίδευση:... 8 Μεταπτυχιακή εκπαίδευση:... 8 Μετεκπαίδευση στο εξωτερικό:... 8 ιά βίου εκπαίδευση:... 8 Ξένες γλώσσες:... 9 6. Ι ΑΚΤΙΚΟ ΕΡΓΟ... 10 Προπτυχιακή εκπαίδευση... 10 Μετεκπαιδευτικά προγράµµατα... 11 Μεταπτυχιακά µαθήµατα... 11 ιατριβές... 11 Συνεχής δια βίου εκπαίδευση... 12 Ελληνικά προγράµµατα... 13 ιεθνή προγράµµατα... 14 7. ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΑΚΟ ΕΡΓΟ... 16 8. ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΑΚΕΣ ΘΕΣΕΙΣ... 18 9. ΕΡΕΥΝΗΤΙΚΟ ΕΡΓΟ... 19 ΣΥΜΜΕΤΟΧΗ ΣΕ ΧΡΗΜΑΤΟ ΟΤΟΥΜΕΝΑ ΕΡΕΥΝΗΤΙΚΑ ΠΡΟΓΡΑΜΜΑΤΑ... 19 ΜΕΛΟΣ ΕΥΡΩΠΑΙΚΩΝ ΟΜΑ ΩΝ ΕΡΓΑΣΙΑΣ (STUDY GROUPS)... 21 ΣΥΜΜΕΤΟΧΗ ΣΕ ΜΗ ΧΡΗΜΑΤΟ ΟΤΟΥΜΕΝΑ ΕΡΕΥΝΗΤΙΚΑ ΠΡΟΓΡΑΜΜΑΤΑ... 21 Περιγραφή του ερευνητικού έργου... 23 ΡΥΘΜΙΣΗ ΤΗΣ ΓΟΝΙ ΙΑΚΗΣ ΕΚΦΡΑΣΗΣ ΤΩΝ ΙΩΝ... 23 ΑΝΑΠΤΥΞΗ ΚΑΙ ΕΦΑΡΜΟΓΗ ΤΕΧΝΙΚΩΝ ΑΝΑΛΥΣΗΣ ΤΟΥ DNA ΣΤΗΝ ΜΕΛΕΤΗ ΚΛΙΝΙΚΑ ΣΗΜΑΝΤΙΚΩΝ ΒΑΚΤΗΡΙΩΝ... 24 ΜΟΡΙΑΚΗ ΚΑΙ ΣΥΜΒΑΤΙΚΗ ΙΕΡΕΥΝΗΣΗ ΤΩΝ ΒΑΚΤΗΡΙΑΚΩΝ ΛΟΙΜΩΞΕΩΝ... 28 ΜΟΡΙΑΚΗ ΚΑΙ ΣΥΜΒΑΤΙΚΗ ΜΕΛΕΤΗ ΤΗΣ ΒΑΚΤΗΡΙΑΚΗΣ ΑΝΤΟΧΗΣ ΣΤΑ ΑΝΤΙΜΙΚΡΟΒΙΑΚΑ ΦΑΡΜΑΚΑ... 44 ΑΝΩΤΑΤΗ ΕΚΠΑΙ ΕΥΣΗ... 50

4 10. ΒΡΑΒΕΙΑ ΙΑΚΡΙΣΕΙΣ ΥΠΟΤΡΟΦΙΕΣ... 51 11. ΜΕΛΟΣ ΕΠΙΣΤΗΜΟΝΙΚΩΝ ΕΤΑΙΡΕΙΩΝ... 52 12. ΣΥΝΤΑΚΤΙΚΟ ΕΡΓΟ... 53 Μέλος συντακτικής επιτροπής περιοδικών... 53 Σύµβουλος συντακτικής επιτροπής περιοδικών (Reviewer)... 53 12α. ΑΞΙΟΛΟΓΗΣΗ & ΚΡΙΣΗ ΕΠΙΣΤΗΜΟΝΙΚΩΝ ΕΡΓΩΝ & ΠΡΟΤΑΣΕΩΝ... 55 13. ΟΡΓΑΝΩΤΙΚΟ- ΙΟΙΚΗΤΙΚΟ ΕΡΓΟ... 56 Οργάνωση διεθνών συνεδρίων... 56 Οργάνωση σεµιναρίων, εργαστηρίων (workshops), και εκπαιδευτικών προγραµµάτων... 57 Ελληνικά... 57 ιεθνή... 57 14. ΣΥΜΜΕΤΟΧΗ ΣΕ ΕΠΙΣΤΗΜΟΝΙΚΕΣ ΣΥΝΑΝΤΗΣΕΙΣ... 59 Ελληνικά Συνέδρια... 59 Πρόεδρος συνεδριάσεων... 59 ιαλέξεις κατόπιν προσκλήσεως... 59 Παρουσίαση εργασιών... 60 ιεθνή Συνέδρια... 62 Πρόεδρος συνεδριάσεων... 62 ιαλέξεις κατόπιν προσκλήσεως... 63 Παρουσίαση εργασίας... 65 15. ΕΡΕΥΝΗΤΙΚΟ ΣΥΓΓΡΑΦΙΚΟ ΕΡΓΟ... 71 ΞΕΝΟΓΛΩΣΣΕΣ ΗΜΟΣΙΕΥΣΕΙΣ... 71 Α. ΗΜΟΣΙΕΥΣΕΙΣ ΣΕ ΠΕΡΙΟ ΙΚΑ ΤΟΥ SCI... 71 α. Πειραµατικές εργασίες... 73 γ. Κλινικοεργαστηριακές µελέτες... 74 δ. Περιγραφή περιπτώσεων... 90 ε. Πολυκεντρικές µελέτες... 91 στ. Ανασκοπήσεις... 95 ζ. Επιστολές προς τον εκδότη... 97 η. Άλλου τύπου... 97 θ. Σχόλια του εκδότη (Editorials)... 98 Β. ΗΜΟΣΙΕΥΣΕΙΣ ΣΕ ΠΕΡΙΟ ΙΚΑ ΕΚΤΟΣ ΤΟΥ SCI... 100 γ. Κλινικοεργαστηριακές µελέτες... 101 η. Άλλου τύπου... 102 θ. Σχόλια του εκδότη (Editorials)... 103

5 Γ. ΚΕΦΑΛΑΙΑ ΣΕ ΞΕΝΟΓΛΩΣΣΑ ΣΥΓΓΡΑΜΜΑΤΑ ΚΑΙ ΠΡΑΚΤΙΚΑ ΣΥΝΕ ΡΙΩΝ... 104. ΠΕΡΙΛΗΨΕΙΣ ΑΝΑΚΟΙΝΩΣΕΩΝ ΣΕ ΙΕΘΝΗ ΣΥΝΕ ΡΙΑ... 105 Ε. ΣΥΝΟΠΤΙΚΗ ΠΑΡΟΥΣΙΑΣΗ ΞΕΝΟΓΛΩΣΣΩΝ ΗΜΟΣΙΕΥΣΕΩΝ... 116 ΕΛΛΗΝΙΚΕΣ ΗΜΟΣΙΕΥΣΕΙΣ... 117 ΣΤ. ΗΜΟΣΙΕΥΣΕΙΣ ΣΕ ΕΛΛΗΝΙΚΑ ΠΕΡΙΟ ΙΚΑ... 117 γ. Κλινικοεργαστηριακές µελέτες... 118 στ. Ανασκοπήσεις... 120 η. Άλλου τύπου... 120 Ζ. ΚΑΤΑΛΟΓΟΣ ΠΛΗΡΩΝ ΕΛΛΗΝΙΚΩΝ ΗΜΟΣΙΕΥΣΕΩΝ ΣΕ ΚΕΦΑΛΑΙΑ ΣΥΓΓΡΑΜΜΑΤΩΝ ΚΑΙ ΠΡΑΚΤΙΚΑ ΣΥΝΕ ΡΙΩΝ... 121 Η. ΠΕΡΙΛΗΨΕΙΣ ΑΝΑΚΟΙΝΩΣΕΩΝ ΣΕ ΕΛΛΗΝΙΚΑ ΣΥΝΕ ΡΙΑ... 122 15α. ΛΟΙΠΟ ΣΥΝΑΦΕΣ ΕΡΓΟ... 129 16. ΣΥΝΟΠΤΙΚΟ ΒΙΟΓΡΑΦΙΚΟ ΣΗΜΕΙΩΜΑ... 131 17. ΠΡΩΤΕΣ ΣΕΛΙ ΕΣ ΤΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΟΝΙΚΩΝ ΗΜΟΣΙΕΥΣΕΩΝ...Error! Bookmark not defined.

6

7 1. ΠΡΟΣΩΠΙΚΑ ΣΤΟΙΧΕΙΑ Ονοµατεπώνυµο: ΠΑΝΑΓΙΩΤΗΣ Θ. ΤΑΣΙΟΣ Ηµεροµηνία γέννησης: 7 Αυγούστου 1967 Τόπος γέννησης: Αθήνα Υπηκοότητα: Ελληνική ιεύθυνση οικίας: Αγ. Λαύρας 4, 152 36 Π. Πεντέλη ιεύθυνση εργασίας: Εργ. Μικροβιολογίας, Ιατρική Σχολή, Μ. Ασίας 75, 115 27 Αθήνα Τηλέφωνο εργασίας: 210 7462150 Ηλεκτρονικό ταχυδροµείο: ptasios@med.uoa.gr 2. ΠΑΡΟΥΣΑ ΘΕΣΗ Μόνιµος Επίκουρος Καθηγητής µε γνωστικό αντικείµενο Μοριακή Μικροβιολογία, Εργ. Μικροβιολογίας, Ιατρική Σχολή, Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήµιο Αθηνών. 3. ΣΤΡΑΤΙΩΤΙΚΗ ΘΗΤΕΙΑ Μάρτιος 1993-Οκτώβριος 1994, Σώµα Υγειονοµικού, µε ειδικότητα Βοηθού Βιοχηµικού Εργαστηρίου. 4. ΥΠΗΡΕΣΙΑ ΥΠΑΙΘΡΟΥ -

8 5. ΕΚΠΑΙ ΕΥΣΗ ΜΕΤΕΚΠΑΙ ΕΥΣΗ ΙΠΛΩΜΑΤΑ Εγκύκλιες σπουδές: 1985 Απολυτήριο Λυκείου µε βαθµό 19,6. Προπτυχιακή εκπαίδευση: 1988 Πτυχίο Bachelor of Science (B.Sc.) with Honours στην Βιοχηµεία, µε βαθµό Άριστα (Class I), από το University of Leeds, Ληντς, Ηνωµένο Βασίλειο. Μεταπτυχιακή εκπαίδευση: - 1993 ιδακτορικό δίπλωµα Doctor in Philosophy (Ph.D.), από το University College, University of London, Λονδίνο, Ηνωµένο Βασίλειο (Επιβλέποντες Καθηγητές: Prof. N. Avrion Mitchison και Prof. Peter C.L. Beverley) και το Laboratory of Eukaryotic Molecular Genetics, του Medical Research Council National Institute for Medical Research (Mill Hill, Λονδίνο, Μ. Βρετανία), για διατριβή υπό την εποπτεία του Dr. Nicholas B. La Thangue, µε θέµα τη ρύθµιση της έκφρασης του πρώιµου γονιδίου Ε4 του αδενοϊού τύπου 5 (Ad5), και τίτλο: "Control of transcription in embryonal carcinoma cells". - 1999 Πιστοποιητικό µεταπτυχιακής επιµόρφωσης στην "Ανοικτή και εξ Αποστάσεως Εκπαίδευση" του Ελληνικού Ανοικτού Πανεπιστηµίου, µε βαθµό 9,15. Μετεκπαίδευση στο εξωτερικό: - 1996 ίµηνη µετεκπαίδευση σε θέµατα τυποποίησης βακτηριακών στελεχών µε µοριακές µεθόδους, στο Service de Microbiologie ( ιευθυντής: Prof. Marc J. Struelens), του Ηôpital Erasme, Université Libre de Bruxelles (Βρυξέλλες, Βέλγιο, Οκτώβριος-Νοέµβριος 1996). ιά βίου εκπαίδευση: - Σεπτέµβριος 1998: ΕMBO/FEBS/UNESCO Summer School on Molecular Mechanisms of Bacterial Pathogenesis (Σπέτσες). - Οκτώβριος 2000: Ηµερίδα-Εργαστήριο για την Ανοικτή και εξ Αποστάσεως Εκπαίδευση, Ελληνικό Ανοικτό Πανεπιστήµιο, Πάτρα.

9-2000-02: σεµινάρια της Οµάδας Εκπαίδευσης Ενηλίκων (συντονιστής: Αλέξης Κόκκος). - Μάρτιος 2004: 1ο Σεµινάριο Εκπαίδευσης Εκπαιδευτών της Ιατρικής Σχολής. - Ιούνιος 2004: 2ο Σεµινάριο Εκπαίδευσης Εκπαιδευτών της Ιατρικής Σχολής. - Νοέµβριος 2011: "Evidence-based Public Health" (ηµερήσιο σεµινάριο), European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC), Στοκχόλµη. Ξένες γλώσσες: Αγγλικά (άριστα), Γαλλικά (άριστα), Ιταλικά (καλά).

10 6. Ι ΑΚΤΙΚΟ ΕΡΓΟ Προπτυχιακή εκπαίδευση ιδακτικά βιβλία (κεφάλαια) 1. Π. Τάσιος. Η τυποποίηση των µικροοργανισµών για την επιδηµιολογική διερεύνηση των λοιµώξεων. Στο: Ιατρική Μικροβιολογία, τόµος Ι (β έκδοση), Αντωνιάδης Α, Αντωνιάδης Γρ, Λεγάκης Ν, Τσελέντης Ι. Ιατρικές εκδόσεις Π.Χ. Πασχαλίδης, Αθήνα, 2000: 54-60. 2. Ν. Λεγάκης, Π. Τάσιος. Mοριακή διάγνωση των λοιµώξεων. Στο: Ιατρική Μικροβιολογία, τόµος ΙΙ (γ έκδοση), Αντωνιάδης Α, Καρτάλη Σ, Λεγάκης ΙΝ-Σ, Μανιάτης Α, Τσελέντης Ι. Ιατρικές εκδόσεις Π.Χ. Πασχαλίδης, Αθήνα, 2005: 561-567. Πανεπιστηµιακά µαθήµατα (υποχρεωτικά) 1999-2000: ιδασκαλία του εργαστηρίου "Μοριακές Τεχνικές" στους τριτοετείς φοιτητές της Ιατρικής Σχολής του Πανεπιστηµίου Αθηνών, Εργαστήριο Μικροβιολογίας. από το 2000: µαθήµατα Μικροβιολογίας σε φοιτητές της Ιατρικής και Οδοντιατρικής Σχολής, καθώς και του Τµήµατος Φαρµακευτικής του ΕΚΠΑ. από το 2000: ασκήσεις Μικροβιολογίας στους σπουδαστές Οδοντιατρικής και Φαρµακευτικής. Άλλα από το 1996: Συµβολή στην επίβλεψη πτυχιακών εργασιών σπουδαστών ξένων Πανεπιστηµίων (Ευρωπαϊκό Πρόγραµµα ERASMUS / SOCRATES) στο Eργαστήριο Μικροβιολογίας της Ιατρικής Σχολής του Πανεπιστηµίου Αθηνών.

11 Μετεκπαιδευτικά προγράµµατα Μεταπτυχιακά µαθήµατα - 2000-2001: Καθηγητής-Σύµβουλος του Ελληνικού Ανοικτού Πανεπιστηµίου στην µεταπτυχιακή Θεµατική Ενότητα «Ανοικτή και εξ Αποστάσεως Εκπαίδευση». - 2001-06: διδασκαλία του µεταπτυχιακού µαθήµατος «Στοιχεία µοριακών µηχανισµών της βακτηριακής παθογένειας» στα πλαίσια του διατµηµατικού (Βιολογία Ιατρική) Προγράµµατος Μεταπτυχιακών Σπουδών «Εφαρµογές της Βιολογίας στην Ιατρική». ιατριβές Μέλος Τριµελούς Επιτροπής 1. Μαρία Χωριανοπούλου. Μελέτη προδιαθεσικών παραγόντων και ρυθµού αποικισµού νεοϊδρυθείσας µονάδας εντατικής θεραπείας από πολυανθεκτικά Gram-αρνητικά βακτήρια (P. aeruginosa, A. baumannii, K. pneumoniae). Εργαστήριο Μικροβιολογίας, Ιατρική Σχολή, 2004. 2. Νίκη Φωτοπούλου. Μοριακή επιδηµιολογία πνευµονιοκοκκικών λοιµώξεων. Εργαστήριο Μικροβιολογίας, Ιατρική Σχολή, 2005. 3. Ευαγγελία Λεµπέση. Μοριακή επιδηµιολογία λοιµώξεων από εντεροβακτηριακά στον παιδιατρικό πληθυσµό. Εργαστήριο Μικροβιολογίας, Ιατρική Σχολή, 2005. 4. Μαρία Μανιάτη. ιερεύνηση των µηχανισµών αντοχής της Pseudomonas aeruginosa στα β-λακταµικά αντιβιοτικά. Εργαστήριο Μικροβιολογίας, Ιατρική Σχολή, 2006. 5. Λήδα Πολίτη. Μοριακή διερεύνηση των γονοτύπων και των µηχανισµών αντοχής στα αντιβιοτικά επιδηµιολογικώς σηµαντικών οροτύπων Salmonella enterica. Εργαστήριο Μικροβιολογίας, Ιατρική Σχολή, 2006. 6. Αγγελική Στάθη. Μοριακή διερεύνηση διεισδυτικών λοιµώξεων από β-αιµολυτικό στρεπτόκοκκο οµάδας Α. Εργαστήριο Μικροβιολογίας, Ιατρική Σχολή, 2007. 7. Χριστόφορος Χαραλάµπους. Γονοτυπικός προσδιορισµός ειδών και υποειδών του παρασίτου Leishmania. Εργαστήριο Μικροβιολογίας, Ιατρική Σχολή, 2008.

12 8. Θεοδώρα Βλάχου. Μοριακή τυποποίηση κλινικών στελεχών Shigella spp. που έχουν αποµονωθεί στην Ελλάδα και έλεγχος της ευαισθησίας του µικροοργανισµού στα αντιβιοτικά. Εργαστήριο Μικροβιολογίας, Ιατρική Σχολή (υπό εξέλιξη). 9. Μαρία Ορφανίδου. Νοσοκοµειακές λοιµώξεις από Clostridium difficile. Εργαστήριο Μικροβιολογίας, Ιατρική Σχολή (υπό εξέλιξη). 10. Ηλίας Παπαδόπουλος. Επιδηµιολογική µελέτη περιβαλλοντικών στελεχών Legionella pneumophila οροοµάδας 1 από την Ελλάδα. Εργαστήριο Μικροβιολογίας, Ιατρική Σχολή (υπό εξέλιξη). 11. Νικολέττα Σκαρµούτσου. Επιδηµιολογία της πνευµονικής φυµατίωσης στην Αθήνα. Εργαστήριο Μικροβιολογίας, Ιατρική Σχολή (υπό εξέλιξη). 12. Μιχαήλ Πολέµης. Μελέτη της συχνότητας παρουσίας ενσωµατονίων (integrons) σε κλινικά στελέχη Salmonella enterica ssp enterica. Εργαστήριο Μικροβιολογίας, Ιατρική Σχολή (υπό εξέλιξη). 13. Ιωάννα Φωτοπούλου. Συµβολή στην µελέτη της γονιδιακής µεταβλητότητας κλινικών στελεχών Haemophilus influenzae ανάλογα µε το υποκείµενο νόσηµα και το κλινικό υλικό από το οποίο αποµονώθηκαν. Εργαστήριο Μικροβιολογίας, Ιατρική Σχολή (υπό εξέλιξη). Συµβολή σε άλλες 13 διατριβές, ως προς τον σχεδιασµό: της µοριακής τυποποίησης κλινικών βακτηριακών στελεχών S. aureus, S. pneumoniae, Group B Streptococus spp., M. tuberculosis, Μ. avium, M. intracellulare, E. faecalis, E. faecium, E. avium, K. pneumoniae καθώς και S. Τyphimurium, S.Εnteritidis, Y. enterocolitica από ανθρώπους, ζώα, τρόφιµα και το περιβάλλον. της ανίχνευσης γονιδίων αντοχής στα αντιβιοτικά και ενσωµατονίων (integrons) της ηλεκτροφόρησης πρωτεϊνών της εξωτερικής µεµβράνης στελεχών K. pneumoniae Συνεχής δια βίου εκπαίδευση

13 Ελληνικά προγράµµατα 1. από το 1995: Υπεύθυνος για την µετεκπαίδευση Ιατρών Βιοπαθολόγων, Κτηνιάτρων, Βιολόγων και Τεχνολόγων Ιατρικών Εργαστηρίων σε τεχνικές Μοριακής Βακτηριολογίας, στο Eργαστήριο Μικροβιολογίας της Ιατρικής Σχολής του Πανεπιστηµίου Αθηνών. 2. 14-15 Σεπτεµβρίου 1998: Συνδιοργάνωση (µε την ρ. Λ. Ζέρβα και τον Καθ. Ν.Ι. Λεγάκη) του "Πρακτικού Φροντιστηρίου για την ιάγνωση των Μυκοβακτηριδιακών Λοιµώξεων µε PCR", Eργαστήριο Μικροβιολογίας, Ιατρική Σχολή, Πανεπιστήµιο Αθηνών. 3. 1998-1999: Συµµετοχή στα Μετεκπαιδευτικά Μαθήµατα στη Μικροβιολογία του Εργ. Μικροβιολογίας του Παν/µίου Αθηνών, µε διάλεξη µε θέµα: "Κλωνικές σχέσεις ευαίσθητων και ανθεκτικών στα αντιβιοτικά στελεχών Gram-θετικών κόκκων". 4. 1999-2000: Συµµετοχή στα Μετεκπαιδευτικά Μαθήµατα στη Μικροβιολογία του Εργ. Μικροβιολογίας του Παν/µίου Αθηνών, µε διάλεξη µε θέµα: "Κινητά γενετικά στοιχεία των βακτηρίων". 5. 25 Φεβρουαρίου 2005: ιάλεξη µε θέµα «Η µοριακή τυποποίηση στην υπηρεσία του ελέγχου των λοιµώξεων» στο Κλινικό Φροντιστήριο µε θέµα «Ο ρόλος της µικροβιακής τυποποίησης στην επιδηµιολογική διερεύνηση των λοιµώξεων», 2ο Εθνικό Συνέδριο Κλινικής Μικροβιολογίας, Αθήνα. 6. 17-19 Φεβρουαρίου 2006: ιάλεξη µε θέµα «Ευρέος φάσµατος β-λακταµάσες σε εντεροβακτηριακά του νοσοκοµείου και της κοινότητας», 2ος εκάλογος για τις Λοιµώξεις, Αθήνα. 7. 22 Μαΐου 4 Ιουνίου 2006: Εκπαιδευτής στο Πρόγραµµα Κατάρτισης στο πλαίσιο Ε.Π. «Υγεία Πρόνοια 2000-1006» του Γ Κοινοτικού Πλαισίου Στήριξης, µε θέµα «Σύγχρονες µέθοδοι επιτήρησης της µικροβιακής αντοχής στα αντιβιοτικά» (Υ.05- Υ.01-10/Ε001Β), Κ.Ε.Κ. Εθνικής Σοχλής ηµόσιας Υγείας, Αθήνα. 8. 5-17 Ιουνίου 2006: Εκπαιδευτής στο Πρόγραµµα Κατάρτισης στο πλαίσιο Ε.Π. «Υγεία Πρόνοια 2000-1006» του Γ Κοινοτικού Πλαισίου Στήριξης, µε θέµα «Σύγχρονες µέθοδοι επιτήρησης της µικροβιακής αντοχής στα αντιβιοτικά» (Υ.05- Υ.01-10/Ε001 ), Κ.Ε.Κ. Εθνικής Σχολής ηµόσιας Υγείας, Αθήνα.

14 9. 19 Οκτωβρίου 2006: Σεµινάριο µε θέµα «Η µοριακή τυποποίηση στην υπηρεσία του ελέγχου των λοιµώξεων: Πότε; Γιατί; Πώς;» στο Νοσοκοµείο «Αττικόν», Αθήνα. 10. 11 Ιανουαρίου 2007: ιάλεξη µε θέµα «Μοριακή διερεύνηση των ενδονοσοκοµειακών λοιµώξεων: Γιατί; Πότε; Πώς;», στα πλαίσια του Προγράµµατος Συνεχιζόµενης Εκπαίδευσης Νοσηλευτών Επιτήρησης Λοιµώξεων 2006 2007 (Ελληνική Εταιρεία Ελέγχου Λοιµώξεων), Αθήνα. ιεθνή προγράµµατα 1. Νοέµβριος 2001: ιάλεξη µε θέµα DNA-based typing for food-borne bacteria: a discussion of applications, their evaluation, and future perspectives στο Oforsk Seminar, «Future of rapid methods and food safety: detection and typing», Κοπεγχάγη, ανία. 2. 14 Νοεµβρίου 2002: Σεµινάριο µε θέµα Worldwide increase in antibiotic resistance among and dissemination of resistant clones of food-borne salmonellae στο Istituto Superiore di Sanita, Ρώµη, Ιταλία. 3. 23 Ιανουαρίου 2003: Σεµινάριο µε θέµα Nosocomial infections in and out of the ICU: ESBL-producers, VIM-producers, et al. στο Center of Infectious Diseases, Department of Infectious Diseases, Leiden University Medical Center, Leiden, Ολλανδία. 4. 25-30 Απριλίου 2004: Εκπαιδευτής (δύο µαθήµατα και υποστήριξη όλων των εργαστηριακών ασκήσεων) στο 24 th Postgraduate Education Course of the European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ESCMID) µε θέµα Microbial typing Technologies: Practical Course with Theoretical Support, Βαρσοβία, Πολωνία. 5. Ιούνιος 2004: Μάθηµα µε θέµα «Molecular mechanisms of antimicrobial resistance» στο 3 rd ESCMID School on Clinical Microbiology and Infectious Diseases, Αθήνα. 6. 2 Απριλίου 2005: Εκπαιδευτής στο Educational Workshop του ESCMID Study Group on Epidemiological Markers, PFGE, MLST, RAPD, MLVA, AFLP, PVR- RFLP & Co.: choosing the right method to type bacteria and interpreting its

15 results, 15 th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, Κοπεγχάγη, ανία. 7. Μάιος 2008: Εκπαιδευτής στο Workshop Developing, applying and interpreting typing methods: criteria and requirements, 8 th International Meeting on Microbial Epidemiological Markers, Ζακοπάνε, Πολωνία. 8. Μάιος 2009: Μάθηµα µε θέµα Simple words for complex matters στο Educational Workshop µε θέµα «Scientific writing: how to go about it», 19 th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, Ελσίνκι. 9. Απρίλιος 2010: Μάθηµα µε θέµα How to write a research article στο Educational Workshop µε θέµα «Studies and their write up: the category determines the design», 20th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, Βιέννη.

16 7. ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΑΚΟ ΕΡΓΟ - Ιανουάριος 1991 - Οκτώβριος 1991: βοηθός στο εργαστήριο του Dr. Nicholas B. La Thangue, Laboratory of Eukaryotic Molecular Genetics, MRC National Institute for Medical Research, Mill Hill, Λονδίνο, Μ. Βρετανία. - Οκτώβριος 1992 - Μάρτιος 1993: µεταδιδακτορικός ερευνητής στο ίδιο εργαστήριο. - Οκτώβριος 1993 - Οκτώβριος 1994: κατά την διάρκεια της στρατιωτικής θητείας στο Υγειονοµικό Σώµα του Στρατού Ξηράς, Βοηθός Βιοχηµικού Εργαστηρίου στο Ανοσολογικό Εργαστήριο της Ερευνητικής Μονάδας του 401 Γενικού Στρατιωτικού Νοσοκοµείου. - Οκτώβριος 1994 Μάιος 2000: Επιστηµονικός Συνεργάτης του Εργ. Μικροβιολογίας της Ιατρικής Σχολής του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστηµίου Αθηνών, µε αντικείµενο την µοριακή διερεύνηση των βακτηριακών λοιµώξεων. - Μάιος 2000 εκέµβριος 2004: Λέκτορας στο προαναφερθέν Εργαστήριο, µε γνωστικό αντικείµενο «Μοριακή Μικροβιολογία». - εκέµβριος 2004 σήµερα: Επίκουρος Καθηγητής στο προαναφερθέν Εργαστήριο, µε γνωστικό αντικείµενο «Μοριακή Μικροβιολογία». Στο Εργ. Μικροβιολογίας της Ιατρικής Σχολής του ΕΚΠΑ, από το 1994 έως σήµερα, ο υποψήφιος εγκατέστησε ή ανέπτυξε πρωτόκολλα µοριακής τυποποίησης των βακτηριακών στελεχών από λοιµώξεις νοσοκοµειακές και της κοινότητας, κυρίως µε την µέθοδο αναφοράς, ηλεκτροφόρηση σε παλλόµενο πεδίο (pulsed field gel electrophoresis, PFGE), αλλά και µε άλλες µεθόδους, όπως η τυποποίηση µέσω ανίχνευσης πολλαπλών αλληλουχιών (multi-locus sequence typing, MLST) και µέθοδοι βασιζόµενες στην PCR (π.χ. RAPD, BOX-PCR, κ.ά.), καθώς και πρωτόκολλα µοριακής διερεύνησης της βακτηριακής αντοχής στα αντιµικροβιακά φάρµακα. Οι δραστηριότητες αυτές συνέβαλαν στην διερεύνηση λοιµώξεων τόσο της κοινότητας όσο και του νοσοκοµείου, σε δύο επίπεδα : την διαλεύκανση επιδηµιών, και την πιό µακροπρόθεσµη επιτήρηση των λοιµώξεων. Η τυποποίηση στο επίπεδο του στελέχους συνοδεύεται, κατά περίπτωση, από την διερεύνηση της αντοχής στα αντιβιοτικά (µέχρι και στο επίπεδο του

17 γονιδίου αντοχής), καθώς και της λοιµογόνου ικανότητας (π.χ. ανίχνευση γονιδίων τοξινών). Συνεργάστηκε, συνεπώς, στενά µε πλήθος ελληνικών νοσοκοµείων και Κέντρων Αναφοράς, αλλά και εκπαίδευσε επισκέπτες του Εργαστηρίου στις µοριακές τεχνικές. Συµµετείχε επίσης σε σχετικά ελληνικά και διεθνή ερευνητικά προγράµµατα, στις διερευνητικές εργασίες γιά την εγκαθίδρυση του δικτύου µοριακής τυποποίησης PulseNet Europe, καθώς και στην ανάπτυξη και υιοθέτηση διεθνώς προτυποποιηµένων πρωτοκόλλων µοριακής τυποποίησης.

18 8. ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΑΚΕΣ ΘΕΣΕΙΣ - Νοέµβριος 1994 Μάιος 2000: έµµισθος επιστηµονικός συνεργάτης του Εργαστηρίου Μικροβιολογίας ( ιευθυντής: Καθηγητής Νικόλαος Ι. Λεγάκης), Κλινικοεργαστηριακός Τοµέας, Ιατρική Σχολή, Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήµιο Αθηνών, µε απασχόληση στην εφαρµογή της Μοριακής Βιολογίας στην Μικροβιολογία. - Μάιος 2000 εκέµβριος 2004: Λέκτορας (Φ.Ε.Κ., τ. Ν.Π..., αρ. 120, 16.5.2000, σελ. 910) µε γνωστικό αντικείµενο «Μοριακή Μικροβιολογία» στο Εργαστήριο Μικροβιολογίας, Κλινικοεργαστηριακός Τοµέας, Ιατρική Σχολή, Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήµιο Αθηνών - εκέµβριος 2004 σήµερα: Επίκουρος Καθηγητής (υπό θητεία: Φ.Ε.Κ., τ. Ν.Π..., αρ. 300, 16.12.2004, σελ. 2179 / µόνιµος: Φ.Ε.Κ., τ. Γ, αρ. 371, 19.5.2009, σελ. 4943) µε γνωστικό αντικείµενο «Μοριακή Μικροβιολογία» στο Εργαστήριο Μικροβιολογίας, Κλινικοεργαστηριακός Τοµέας, Ιατρική Σχολή, Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήµιο Αθηνών

19 9. ΕΡΕΥΝΗΤΙΚΟ ΕΡΓΟ ΣΥΜΜΕΤΟΧΗ ΣΕ ΧΡΗΜΑΤΟ ΟΤΟΥΜΕΝΑ ΕΡΕΥΝΗΤΙΚΑ ΠΡΟΓΡΑΜΜΑΤΑ 1. 1996-1999: ΗΜΗΤΡΑ 95 - πρόγραµµα χρηµατοδοτούµενο από το Εθνικό Ίδρυµα Αγροτικών Ερευνών, για την διάγνωση και τυποποίηση Σαλµονελλών Συνεργάτης 2. 1997-2002: HARMONY - πρόγραµµα χρηµατοδοτούµενο από την Ευρωπαϊκή Ένωση (DGXII), για την τυποποίηση νοσοκοµειακών βακτηριακών στελεχών, την αντοχή στα αντιβιοτικά, και την χρήση αντιβιοτικών: Υπεύθυνος ελληνικής οµάδας για θέµατα µοριακής τυποποίησης βακτηριακών νοσοκοµειακών στελεχών 3. 1997-2007: Enter-net - πρόγραµµα χρηµατοδοτούµενο από την 12 η Γενική ιεύθυνση (DGXII) της Επιτροπής της Ευρωπαϊκής Ένωσης και από τον Οκτώβριο 2007, δίκτυο του European Centre for Disease Control (ECDC) για την επιδηµιολογική επαγρύπνηση για λοιµώξεις από σαλµονέλλες και βεροκυτταροτοξινογόνα κολοβακτηρίδια (VTEC): ώς το 2002: Υπεύθυνος συντονισµού και επικοινωνίας ελληνικής οµάδας από το 2003: Επικεφαλής της ελληνικής οµάδας από τον Ιούλιο 2004: µέλος της 5µελούς Επιστηµονικής Συµβουλευτικής Επιτροπής (Scientific Advisory Committee) του ικτύου 4. 1999-2001: Πρόγραµµα ιακρατικής Συνεργασίας µε την Ιταλία, χρηµατοδοτούµενο από την ΓΓΕΤ, µε θέµα Γενετική Ανάλυση των Μηχανισµών Αντοχής στα Αντιβιοτικά και Πληθυσµιακή οµή Πολυανθεκτικών Στελεχών Salmonella typhimurium : Επιστηµονικός Υπεύθυνος 5. 2000-2003: FOOD-PCR - πρόγραµµα για την χρήση PCR στην διάγνωση παθογόνων για τον άνθρωπο βακτηρίων στα τρόφιµα, χρηµατοδοτούµενο από την 12η Γενική ιεύθυνση (DGXII) της Ευρωπαϊκής Επιτροπής, µέσω της ραστηριότητας LIFE του 5ου Προγράµµατος Πλαισίου:

20 Υπεύθυνος της 6ης έσµης Εργασιών (Workpackage 6) για την σύνταξη οδηγιών (guidelines) και την οργάνωση εργαστηρίων (workshops), µέλος της Επιστηµονικής Επιτροπής, µέλος της ελληνικής οµάδας 6. 2000-2002: GENE - πρόγραµµα για την χρήση µοριακών τεχνικών για την επιδηµιολογία των βακτηριακών λοιµώξεων, χρηµατοδοτούµενο από την 12η Γενική ιεύθυνση (DGXII) της Ευρωπαϊκής Επιτροπής, µέσω της ραστηριότητας LIFE του 5ου Προγράµµατος Πλαισίου: µέλος της ελληνικής οµάδας 7. 2001-2003: 7η έσµη Εργασίας (Workpackage 7) για την εκπαίδευση σε ζητήµατα ελέγχου των λοιµώξεων, στα πλαίσια του Ευρωπαϊκού Προγράµµατος HELICS III, χρηµατοδοτούµενου από την 12η Γενική ιεύθυνση (DGXII) της Ευρωπαϊκής Επιτροπής, - ίκτυο για τις νοσοκοµειακές λοιµώξεις: µέλος της ελληνικής οµάδας 8. 2002-2004: «Καταγραφή των βακτηριακών λοιµώξεων σε Μονάδες Εντατικής Θεραπείας Συσχετισµός µε τους µηχανισµούς διάδοσης των στελεχών και της αντοχής τους στα αντιµικροβιακά φάρµακα» - ερευνητικό πρόγραµµα χρηµατοδοτούµενο από το Κέντρο Ελέγχου Ειδικών Λοιµώξεων: µέλος της συντονιστικής οµάδας 9. 2002-2006: Strep-EURO (QLK2-CT-2002-01398) πρόγραµµα έρευνας και τεχνολογικής ανάπτυξης χρηµατοδοτούµενο από την Ευρωπαϊκή Επιτροπή, µε θέµα τις σοβαρές λοιµώξεις από Streptococcus pyogenes στην Ευρώπη: µέλος της ελληνικής οµάδας 10. 2003-2006: «Κλινικοεργαστηριακό ίκτυο Πνευµονιοκόκκου» - ερευνητικό πρόγραµµα χρηµατοδοτούµενο από το Κέντρο Ελέγχου Ειδικών Λοιµώξεων: Επιστηµονικός Υπεύθυνος 11. 2004-2007: «Μοριακή τυποποίηση σαλµονελλών» - ερευνητικό πρόγραµµα χρηµατοδοτούµενο από το Κέντρο Ελέγχου Ειδικών Λοιµώξεων: Επιστηµονικός Υπεύθυνος 12. 2009-2012: «CAREPNEUMO»- πρόγραµµα έρευνας και τεχνολογικής ανάπτυξης χρηµατοδοτούµενο από την Ευρωπαϊκή Επιτροπή (FP-Health-2007-B / Contract No.

21 22311), µε θέµα τις λοιµώξεις από Streptococcus pneumoniae στην Ευρώπη, ιδιαίτερα µετά την υιοθέτηση των σχετικών εµβολίων: µέλος της ελληνικής οµάδας ΜΕΛΟΣ ΕΥΡΩΠΑΙΚΩΝ ΟΜΑ ΩΝ ΕΡΓΑΣΙΑΣ (STUDY GROUPS) 1. ESCMID (European Society for Clinical Microbiology and Infectious Diseases) Study Group on Epidemiological Markers (ESGEM): Μέλος από το 1997 Εκλεγµένο µέλος της Εκτελεστικής Επιτροπής, 2001-2003 Εκλεγµένος Γραµµατέας, 2003-2005 Εκλεγµένος Πρόεδρος, 2005-2007 2. ESGEM Working Party for Type Definitions: οµάδα εργασίας του ESCMID Study Group on Epidemiological Markers, για τον προσδιορισµό κριτηρίων κατάταξης βακτηριακών στελεχών σε διαφορετικούς τύπους: Συντονιστής, 1997-2000 3. ESCMID Study Group for Antimicrobial Resistance Surveillance Mέλος από το 2003 4. ESCMID Study Group for Nosocomial Infections Mέλος από το 2003 5. ESCMID Food- and Water-borne Infections Study Group (EFWISG): Ιδρυτικό Μέλος (Steering Committee): 2006-07 Εκλεγµένος Γραµµατέας: 2007-2009, 2009-2012 ΣΥΜΜΕΤΟΧΗ ΣΕ ΜΗ ΧΡΗΜΑΤΟ ΟΤΟΥΜΕΝΑ ΕΡΕΥΝΗΤΙΚΑ ΠΡΟΓΡΑΜΜΑΤΑ 1. 2003-2006: PulseNet-Europe πειραµατική εφαρµογή δικτύου επιδηµιολογικής επιτήρησης βασισµένου στην χρήση της ηλεκτροφόρησης DNA σε παλλόµενο

22 ηλεκτρικό πεδίο, κατά τα πρότυπα του ήδη επιτυχούς δικτύου PulseNet-USA του Center for Disease Control των ΗΠΑ: Επικεφαλής της ελληνικής οµάδας 2. 2004 σήµερα: SeqNet διεθνές ερευνητικό δίκτυο για την µοριακή τυποποίηση του Staphylococcus aureus µε µεθόδους DNA sequencing. µέλος της ελληνικής οµάδας

23 Περιγραφή του ερευνητικού έργου Οι διεξαχθείσες ερευνητικές εργασίες αφορούν τα εξής πεδία της Μοριακής Μικροβιολογίας: Ρύθµιση της γονιδιακής έκφρασης των ιών Ανάπτυξη και εφαρµογή τεχνικών ανάλυσης του DNA στην µελέτη κλινικώς σηµαντικών βακτηρίων Μοριακή και συµβατική διερεύνηση των λοιµώξεων από Gram-θετικά και -αρνητικά βακτήρια Μοριακή και συµβατική ανάλυση της βακτηριακής αντοχής στα αντιµικροβιακά φάρµακα καθώς και την Ανώτατη Εκπαίδευση: Εκπαίδευση Ενηλίκων ΡΥΘΜΙΣΗ ΤΗΣ ΓΟΝΙ ΙΑΚΗΣ ΕΚΦΡΑΣΗΣ ΤΩΝ ΙΩΝ Η µελέτη των παραγόντων που κατευθύνουν την γονιδιακή έκφραση των ιών είναι απαραίτητη για την διερεύνηση της παθογένειάς τους. Για τον σκοπό αυτό, απαιτείται η χρήση κατάλληλων πειραµατικών µοντέλων. Ο αδενοϊός τύπου 5 (Ad5) εκφράζεται αποτελεσµατικά, απουσία της ιικής πρωτεϊνης Ε1Α, στα κύτταρα της σειράς F9. Μελετήθηκαν οι νουκλεοτιδικές αλληλουχίες και οι µεταγραφικοί παράγοντες που ρυθµίζουν την έκφραση των πρώιµων γονιδίων Ε2Α [.1] και Ε4 [Α.α.1] του ιού. ύο µεταγραφικοί παράγοντες, µέλη των οικογενειών ATF/CREB και Ε2F, απαιτούνταν για την ενεργοποίηση του προαγωγέα του γονιδίου Ε2Α [.1]. Αντίθετα, στον προαγωγέα του γονιδίου Ε4, δεσµεύονταν αποκλειστικά πέντε

24 µέλη της οικογένειας ΑΤF/CREB, τα οποία ωστόσο διέφεραν µεταξύ τους ως προς τις ακριβείς αλληλουχίες που αναγνώριζαν. Οι αλληλουχίες πρόσδεσης των παραγόντων αυτών ήταν απαραίτητες για την έκφραση του γονιδίου Ε4 στα κύτταρα της σειράς F9, καθώς και στα διαφοροποιηµένα παράγωγά τους. Με τη σειρά τους, τα επίπεδα έκφρασης διαφορετικών µεταγραφικών παραγόντων της οικογένειας ATF/CREB εποίκιλλαν, και ρυθµίζονταν µε διακριτούς τρόπους κατά την διαφοροποίηση των κυττάρων F9 [.4]. Έτσι, η γονιδιακή έκφραση του αδενοϊού εξαρτάτο από µια πλειάδα συγγενικών µεταγραφικών παραγόντων, τα επίπεδα των οποίων επίσης υπόκεινταν σε πολύπλοκη ρύθµιση. ΑΝΑΠΤΥΞΗ ΚΑΙ ΕΦΑΡΜΟΓΗ ΤΕΧΝΙΚΩΝ ΑΝΑΛΥΣΗΣ ΤΟΥ DNA ΣΤΗΝ ΜΕΛΕΤΗ ΚΛΙΝΙΚΑ ΣΗΜΑΝΤΙΚΩΝ ΒΑΚΤΗΡΙΩΝ Η Μοριακή Βιολογία είναι σήµερα πολύτιµη αρωγός της σύγχρονης Κλινικής Μικροβιολογίας [Α.η.1, ΣΤ.στ.1]. Η ανίχνευση ελάχιστων ποσοτήτων DNA και η παραγωγή "χρωµοσωµατικών αποτυπωµάτων" αποτελούν σηµαντικά εργαλεία στην διάγνωση και την διερεύνηση των λοιµώξεων, αντίστοιχα [Ζ.1, Ζ.3]. Ειδικά γιά την δεύτερη, η µοριακή τυποποίηση των µικροβιακών στελεχών έχει αναδειχθεί σε κρίσιµο παράγοντα γιά την περιστολή και τον έλεγχο των λοιµώξεων. Ωστόσο, γιά να είναι πραγµατικά χρήσιµη, η εφαρµογή των πολλών διαθέσιµων µεθόδων, καθώς και η ερµηνεία των αποτελεσµάτων τους, πρέπει να διέπεται από διεθνώς αποδεκτά κριτήρια, όπως αυτά διατυπώνονται στις σχετικές Οδηγίες (Guidelines) [Α.στ.4]. Αλυσιδωτή αντίδραση DNA πολυµεράσης (PCR) H αλυσιδωτή αντίδραση DNA πολυµεράσης επιτρέπει την ανίχνευση ελάχιστων ποσοτήτων DNA, ακόµα και απευθείας από κλινικά ή άλλα δείγµατα, πιστοποιώντας έτσι την ύπαρξη µικροβιακού υλικού µε υψηλή ειδικότητα και ταχύτητα, ακόµα και σε περιπτώσεις όπου είναι δυσχερής, χρονοβόρος, ή αδύνατη η καλλιέργεια του µικροβίου [Α.στ.2, Α.η.2].

25 ιάγνωση Η χρήση ολιγονουκλεοτιδικών εκκινητών ειδικών για τα βραδέως αναπτυσσόµενα µυκοβακτηρίδια Mycobacterium avium και M. intracellulare επέτρεψε την άµεση ταυτοποίησή τους στο επίπεδο του είδους, διάκριση που είναι αρκετά δύσκολη µε παραδοσιακές µεθόδους [Α.γ.2]. Συγχρόνως, διαπιστώθηκε ότι, αν και το M. avium ήταν το κυρίαρχο είδος τόσο σε οροαρνητικούς όσο και σε οροθετικούς για τον ιό HIV ασθενείς, τα ποσοστά αποµόνωσης του M. intracellulare ήταν υψηλότερα στους πρώτους. Προτυποποιηµένη µέθοδος για την ανίχνευση Campylobacter spp. σε δείγµατα τροφίµων αξιολογήθηκε επίσης µέσω πολυκεντρικής µελέτης. Χρησιµοποιώντας ως προσοµοιώµατα εκπλύµατα σφαγίων όπου είχαν προστεθεί γνωστοί αριθµοί βακτηριακών κυττάρων, η µέθοδος έδωσε πολύ ικανοποιητικά αποτελέσµατα, τόσο ως προς το χαµηλό όριο ανίχνευσης, όσο και την επαναληψιµότητά της µεταξύ διαφορετικών εργαστηρίων [Α.ε.5]. Τυποποίηση Εκτός από την διάγνωση, η PCR µπορεί να αποβεί χρήσιµη και για την διερεύνηση των λοιµώξεων από M. avium, χάρη στην δυνατότητα του τυχαίου πολλαπλασιασµού πολυµορφισµών του DNA [Α.γ.1]. Με την µέθοδο αυτή, δοκιµάστηκαν έξι νουκλεοτιδικοί εκκινητές, τρεις εκ των οποίων παρήγαγαν γενετικά αποτυπώµατα ικανά να διαφοροποιήσουν επιδηµιολογικώς διακριτά στελέχη από ασθενείς µε AIDS, ενώ συγχρόνως επαλήθευαν την ταυτότητα στελεχών από διαφορετικά κλινικά δείγµατα του ιδίου ασθενούς. H PCR µπορεί επίσης να χρησιµοποιηθεί για την τυποποίηση στελεχών του Enterococcus faecalis. Χρησιµοποιώντας εκκινητές από την επαναλαµβανόµενη αλληλουχία IS256, και υψηλή θερµοκρασία υβριδισµού, επετεύχθη υψηλή

26 επαναληψιµότητα και διακριτική ικανότητα [.14]. Η µέθοδος αυτή χρησιµοποιήθηκε επιτυχώς, και µε αποτελέσµατα συµβατά µε τον "χρυσούν κανόνα" των µοριακών µεθόδων τυποποίησης, την ηλεκτροφόρηση χρωµοσωµατικού DNA σε παλλόµενο ηλεκτρικό πεδίο µετά από πέψη µε περιοριστική ενδονουκλεάση, για την µελέτη 81 νοσοκοµειακών στελεχών µε υψηλή αντοχή στις αµινογλυκοσίδες [.13]. PCR µε εκκινητές από την αλληλουχία IS256 µπορεί επίσης να χρησιµοποιηθεί µε επιτυχία και αποτελέσµατα συγκρίσιµα µε της PFGE για την τυποποίησης στελεχών Staphylococcus aureus ανθεκτικών στη µεθικιλλίνη (methicillin-resistant S. aureus, MRSA), όπως έδειξε διεθνής σχετική πολυκεντρική µελέτη [Α.ε.2]. Ηλεκτροφόρηση DNA σε παλλόµενο πεδίο (PFGE) H ηλεκτροφόρηση συνολικού DNA σε παλλόµενο ηλεκτρικό πεδίο (pulsed field gel electrophoresis, PFGE) παραµένει η καλύτερη µοριακή µέθοδος τυποποίησης βακτηριακών στελεχών. Γι' αυτό και σήµερα επιχειρείται ο εναρµονισµός της εφαρµογής της µεταξύ διαφορετικών εργαστηρίων, και η προτυποποίησή της, ώστε να γίνεται δυνατή η ανταλλαγή επιδηµιολογικών στοιχείων και στο µοριακό επίπεδο. ιεθνή προτυποποιηµένα πρωτόκολλα για την επιδηµιολογική παρακολούθηση του ανθεκτικού στην µεθικιλλίνη Staphylococcus aureus Τα ανθεκτικά στη µεθικιλλίνη στελέχη Staphylococcus aureus (MRSA), ορισµένα από τα οποία έχουν διασπαρεί διεθνώς, αποτελούν µια παγκόσµια προτεραιότητα για τέτοιου είδους προσπάθειες [ΣΤ.στ.2]. Αρχικά, δύο µεγάλες διεθνείς πολυκεντρικές µελέτες, δηµοσιευµένες το 1998 και το 2000, έδειξαν ότι αν και οι προσπάθειες προς αυτήν την κατεύθυνση ήταν ενθαρρυντικές, υπήρχαν ακόµα αρκετές παράµετροι που έπρεπε να ρυθµιστούν [Α.ε.1 και Α.ε.3, αντιστοίχως]. Ωστόσο, διεξοδικότερη διεθνής πολυκεντρική έρευνα, δηµοσιευµένη το 2003 [Α.ε.4], ήταν επιτυχέστερη προς αυτήν την κατεύθυνση. Η επιτυχία αυτή οφειλόταν αφενός στην προσπάθεια που καταβλήθηκε για την τελειοποίηση και την υιοθέτηση, µέσω συναινετικών διαδικασιών,

27 προτυποποιηµένου πρωτοκόλλου PFGE, και αφετέρου στην σύγκριση των κυριότερων, από κλινικής πλευράς, ευρωπαϊκών στελέχων MRSA, και την κατάδειξη συγκεκριµένων κλώνων που προξενούν επιδηµίες στα διάφορα κράτη. Η ιδιαίτερη σηµασία αυτής της µελέτης υπογραµµίστηκε από σχετικό άρθρο στην ενότητα «News» του περιοδικού Nature [T. Clarke. Biologists deploy database to quash drug-resistant bacteria. Nature 2003, 422: 791.], αλλά και στο επιδτηµονικό περιοδικό του Ευρωπαϊκού Κέντρου Ελέγχου των Λοιµώξεων (European Centre for Disease Control, ECDC), Eurosurveillance [Β.η.2]. To 2007, η µελέτη αυτή επεκτάθηκε ώστε να συµπεριλάβει και να συγκρίνει και την νεότερη, κατάλληλη γιά φυλογενετικές µελέτες, τυποποιητική µέθοδο της ανάγνωσης πολλαπλών αλληλουχιών (multi-locus sequence typing, MLST) [Α.ε.7]. Η συνεισφορά της PFGE στην επιδηµιολογική επιτήρηση νοσοκοµειακών στελεχών πολυανθεκτικής Pseudomonas aeruginosa Η PFGE είναι ιδιαίτερα χρήσιµη και για την τυποποίηση νοσοκοµειακών στελεχών Gram-αρνητικών βακτηρίων, όπως η Pseudomonas aeruginosa. Σε σχέση µε τις "παραδοσιακές" µεθόδους τυποποίησης, όπως το αντιβιόγραµµα, η οροτυπία και η βακτηριοσινοτυπία, η PFGE έχει µεγαλύτερη διακριτική ικανότητα και επαναληψιµότητα [Στ.γ.2]. Επίσης, µπορεί να χρησιµοποιηθεί για να επιβεβαιωθεί η ύπαρξη ενδονοσοκοµειακών επιδηµιών, και να διαπιστωθεί αν κάποια στελέχη έχουν διασπαρεί σε περισσότερες από µια κλινικές ενός νοσοκοµείου [ΣΤ.γ.4]. Στην τελευταία αυτή µελέτη, έγινε επίσης σύγκριση της PFGE µε την RAPD, όπου φάνηκε για άλλη µια φορά η ανωτερότητα της πρώτης µεθόδου, χωρίς αυτό να µειώνει την χρησιµότητα της δεύτερης, όταν απαιτούνται ταχέα αποτελέσµατα.

28 Πολυµορφισµός αριθµού κατά σειράν επαναλαµβανόµενων αλληλουχιών σε διάφορους χρωµοσωµατικούς τόπους (multi-locus variable number of tandem repeat analysis, MLVA) Η µέθοδος αυτή εκµεταλλεύεται τον πολυµορφισµό, µεταξύ διαφορετικών στελεχών του ιδίου είδους, στον αριθµό αντιγράφων κατά σειράν (tandem) επαναλαµβανόµενων αλληλουχιών σε διάφορους τόπους του βακτηριακού χρωµοσώµατος. Μετά από αρχική διερεύνηση του χρωµοσώµατος του στελέχους αναφοράς PAO1 της P. aeruginosa, επελέγησαν επτά τόποι όπου ο αριθµός των επαναλαµβανόµενων αλληλουχιών ποίκιλλε από στέλεχος σε στέλεχος, και οι οποίοι επέτρεπαν την εύκολη εξέτασή τους µε PCR. Εξετάστηκαν οι πολυµορφισµοί σε αυτούς τους επτά τόπους µεταξύ 89 κλινικών στελεχών P. aeruginosa που είχαν τυποποιηθεί µε ριβοτυπία και ένα υποσύνολο 17 στελεχών που ανήκαν στον κυρίαρχο ριβότυπο µε PFGE. H MLVA δεν αντέφασκε προς την ριβοτυπία, ενώ έδωσε τον ίδιο αριθµό τύπων µε την PFGE. Συνεπώς, προτείνεται ως εναλλακτική µοριακή µέθοδος τυποποίησης βακτηριακών στελεχών, λόγω της µεγαλύτερης ευκολίας και ταχύτητάς της [Α.γ.30]. ΜΟΡΙΑΚΗ ΚΑΙ ΣΥΜΒΑΤΙΚΗ ΙΕΡΕΥΝΗΣΗ ΤΩΝ ΒΑΚΤΗΡΙΑΚΩΝ ΛΟΙΜΩΞΕΩΝ Η αποκάλυψη της γενετικής ταυτότητας των στελεχών που ενέχονται σε µια επιδηµία είναι απαραίτητη επιβεβαίωση αυτής, και µπορεί οδηγήσει στην εύρεση της πηγής της. Για τον σκοπό αυτό, χρησιµοποιούνται µοριακές µέθοδοι τυποποίησης, δεδοµένου ότι υπερέχουν των φαινοτυπικών µεθόδων σε δύο σηµεία: α) στελέχη του ιδίου φαινοτύπου (π.χ. αντοχής στα αντιβιοτικά) µπορεί να ανήκουν σε διαφορετικούς γενετικούς κλώνους, και συνεπώς να προέρχονται από διαφορετικές πηγές, β) στελέχη διαφορετικών φαινοτύπων, ιδιαίτερα όταν πρόκειται για νοσοκοµειακά βακτήρια, ενδέχεται να είναι εξελικτικές µορφές του ιδίου κλώνου, καθώς, για παράδειγµα, υπό την πίεση της εντατικής χρήσεως αντιβιοτικών, µεταλλάσσεται αποκτώντας µηχανισµούς αντοχής.

29 Gram-αρνητικά βακτήρια Ενδονοσοκοµειακές λοιµώξεις ιασπορά πολυανθεκτικών κλώνων Pseudomonas aeruginosa σε ελληνικά νοσοκοµεία Η αξία της PFGE ως τυποποιητικής µεθόδου φάνηκε καθαρά σε µελέτη ενδονοσοκοµειακών στελεχών P.aeruginosa, επιδηµικών και µη [Α.γ.6]. Ο επιδηµικός κλώνος σε µια Μονάδα Εντατικής Θεραπείας (ΜΕΘ) ήταν πολυανθεκτικός και ανήκε στην οροοµάδα Ο:11. Αν και είχε διασπαρεί και εκτός της ΜΕΘ, µόνο εντός της Μονάδας παρουσιαζόταν ανθεκτικός στην κεφταζιδίµη και την ιµιπενέµη. Επιπλέον, µέσω της PFGE, κατέστη δυνατή η παρακολούθηση της διαδοχικής ανάπτυξης αντοχής σε ένα στέλεχος Ο:6, κατά την διάρκεια τεσσάρων αποµονώσεων σε διάστηµα δύο µηνών. Έτσι, η PFGE αποκάλυψε την πραγµατική, γενετική ταυτότητα στελεχών, που διέφεραν ως προς τα φαινοτυπικά τους χαρακτηριστικά. Η δυνατότητα αυτή είναι πολύ σηµαντική, καθώς οι φαινοτυπικές µεταβολές, και µάλιστα η ανάπτυξη αντοχής, είναι συνηθέστατα φαινόµενα στο νοσοκοµειακό περιβάλλον. Ο πολυανθεκτικός κλώνος Ο:11 βρέθηκε και σε άλλα νοσοκοµεία, κατά την διεξαγωγή πολυκεντρικής µελέτης στελεχών P. aeruginosa [Α.γ.7]. Στην µελέτη αυτή, επιβεβαιώθηκε η επικράτηση του παλαιότερου πολυανθεκτικού κλώνου Ο:12, που είναι και γενετικώς οµοιογενής, καθώς τα στελέχη που τον απαρτίζουν ανήκουν σε δύο γονοτυπικές οµάδες, σύµφωνα µε τα αποτελέσµατα της PFGE. ιαπιστώθηκε όµως επιπλέον η ανάπτυξη πολυαντοχής εντός της οροοµάδας Ο:11, που παλαιότερα ήταν εν γένει ευαίσθητη στα αντιβιοτικά, και χαρακτήριζε περιβαλλοντικά στελέχη. Σε αντίθεση µε τα Ο:12, τα πολυανθεκτικά στελέχη O:11 επεδείκνυαν µεγαλύτερη γενετική ποικιλοµορφία, καθώς ανήκαν σε πέντε γονοτυπικές οµάδες. Η µελέτη αυτή επελέγη για να επαναδηµοσιευθεί, σε µορφή εκτεταµένης περίληψης, στο ελτίο της Euromediterranean Cooperation for Nosocomial Infection Control, NosoMed [Β.γ.3].

30 Η αντοχή της P. aeruginosa στις καρβαπενέµες είναι ένα σηµαντικό θεραπευτικό πρόβληµα, καθώς παρατηρείται ολοένα συχνότερη εύρεση καρβαπενεµασών τύπου VIM σε στελέχη του είδους αυτού. Ωστόσο, µελέτη των ανθεκτικών στις καρβαπενέµες στελεχών P. aeruginosa από νοσοκοµείο της Θεσσαλονίκης έδειξε ότι µόνο ένα από τα 23 περιείχε το ένζυµο VIM-2. Επιπλέον, το στέλεχος αυτό ανήκε στον ορότυπο Ο:3, και όχι στους επικρατούντες πολυανθεκτικούς οροτύπους Ο:11 και Ο:12 [Α.γ.27]. Εκτός όµως από την παρουσία µεταλλοενζύµων τύπου VIM, η αντοχή αυτή µπορεί ενίοτε να οφείλεται και στην υπερπαραγωγή αντλιών εκροής [Α.γ.33]. ιασπορά πολυανθεκτικών κλώνων Acinetobacter baumannii σε ελληνικά νοσοκοµεία Για να απαντηθεί το ερώτηµα αν η επικράτηση πολυανθεκτικών στελεχών Acinetobacter baumannii που παρατηρείται τα τελευταία χρόνια στις ΜΕΘ των ελληνικών νοσοκοµείων οφείλεται στην διασπορά όπως εδείχθη για την P. aeruginosa συγκεκριµένων κλώνων, µελετήθηκαν µε PFGE 109 στελέχη από τις ΜΕΘ 9 νοσοκοµείων. Όντως, 68% των στελεχών κατανέµονταν σε δύο κλώνους, που απαντούσαν σε περισσότερες της µιας ΜΕΘ [Α.γ.24]. Επιδηµικές εξάρσεις λοιµώξεων σε νεογνά και ενήλικες από στελέχη Klebsiella pneumoniae µε αντοχή σε κλινικώς σηµαντικά β-λακταµικά: κεφαλοσπορίνες και πενέµες Στελέχη K. pneumoniae που παράγουν ESBL ενέχονται δυστυχώς συχνά σε επιδηµίες σε Νεογνικές Μονάδες Εντατικής Θεραπείας (ΝΜΕΘ). Κατά την περίοδο 1997-98 σε νοσοκοµείο παίδων της Αθήνας, 17 από τις 21 λοιµώξεις και 12 από τους 23 αποικισµούς µε τέτοια στελέχη προέρχονταν από νεογνά που είχαν µεταφερθεί από µαιευτήρια ή άλλα νοσοκοµεία. Η PFGE έδειξε την ύπαρξη δύο στελεχών προερχόµενων από δύο µαιευτήρια, καθώς και ενός ενδηµικού στελέχους της ΝΜΕΘ [Α.γ.20]. Στελέχη K. pneumoniae που φέρουν το γονίδιο γιά την καρβεπενεµάση VIM-1 εντός ενσωµατωνίων (integrons), καθώς και άλλα είδη εντεροβακτηριοειδών µε ενσωµατώνια, είναι επίσης σηµαντικά αίτια βακτηριαιµίας. Ανησυχητική δε είναι η διαπίστωση της

31 ανταλλαγής ενσωµατωνίων που προξενούν πολυαντοχή µεταξύ στελεχών του ίδιου αλλά και διαφορετικών ειδών [Α.γ.35]. Όσο δε γιά την παρατηρούµενη γονοτυπική ποικιλοµορφία των VIM-θετικών στελεχών K. pneumoniae που πλέον στην χώρα µας εµφανίζονται ως πανανθεκτικά [Α.ζ.2] ως προς το χρωµόσωµα, αυτή οφείλεται στην φορεία VIM-πλασµιδίων από διάφορους κλώνους του µικροβίου [Α.γ.37], ως δε προς τα πλασµίδια, κυρίως σε φαινόµενα ανασυνδυασµού υποκινούµενου από την αλληλουχία ένθεσης IS26 [Α.γ.34]. Προοπτική µελέτη [Α.γ.39] βακτηριαιµιών από K. pneumoniae σε 162 ασθενείς έδειξε ότι, από τα 67 καλλιεργήµατα που παρήγαγαν την VIM-1 (VIM-1-producing K. pneumoniae, VPKP), µόνο 14 παρουσίαζαν φαινοτυπική αντοχή (MIC > 4 µg/ml) στις καρβαπενέµες σύµφωνα, τουλάχιστον, µε τα τότε ισχύοντα κριτήρια (NCCLS, 2004). Για αυτές τις περιπτώσεις, η θνησιµότητα από οποιαδήποτε αιτία στις 14 ηµέρες, 42.9%, ήταν υψηλότερη (P=0,044) τόσο από αυτήν (14.8%) των ασθενών µε K. pneumoniae που δεν παρήγαγαν VIM-1, όσο και απο αυτήν (18.9%) των ασθενών µε VPKP που ήσαν φαινοτυπικώς ευαίσθητες στις καρβαπενέµες (MIC < 4 µg/ml). Φάνηκε, δηλαδή, ότι η παραγωγή ή όχι της VIM-1 δεν επηρέαζε την έκβαση, και ότι η υψηλότερη θνησιµότητα στις περιπτώσεις µε φαινοτυπική αντοχή οφειλόταν πιθανώς στην ακατάλληλη εµπειρική θεραπεία. Επόµενη µελέτη [Α.γ.41] διερεύνησε τους παράγοντες κινδύνου για την εµφάνιση βακτηριαιµίας από VPKP. Μελετήθηκαν συνολικά 178 ασθενείς µε βακτηριαιµία από K. pneumoniae: από 67 (37.6%) αποµονώθηκαν VPKP, οι δε υπόλοιποι 111 χρησιµοποιήθηκαν ως µάρτυρες. Η πολυπαραγοντική ανάλυση εντόπισε τους εξής παράγοντες κινδύνου: παραµονή στην ΜΕΘ (OR: 6,78, 95% CI: 2,69-17,06, P < 0,001), προηγούµενη έκθεση σε περισσότερες από τρεις διαφορετικές οµάδες αντιβιοτικών (OR: 12,6, 95% CI: 2,17-73,27, P = 0,01), και προηγούµενη θεραπεία µε καρβαπενέµες (OR: 2,83, 95% CI: 1,07-7,49, P = 0,03).

32 Εξέλιξη και διασπορά πολυανθεκτικού κλώνου Proteus mirabilis µε χρωµοσωµατικές κεφαλοσπορινάσες τύπου AmpC-type στην Ευρώπη Μελετήθηκαν στελέχη Proteus mirabilis των ετών 1999-2008 από τρεις ευρωπαϊκές χώρες. Όλα έφεραν χρωµοσωµατικές κεφαλοσπορινάσες τύπου AmpC, κωδικοποιούµενες από γονίδια της οικογένειας blacmy, προερχόµενα από το είδος Citrobacter freundii (γονίδια blacmy-2-like). Τα πολωνικά στελέχη έφεραν διάφορα γονίδια (blacmy-4, -12, -14, -15, -38, και το νέο γονίδιο, blacmy-45), ενώ τα ιταλικά και ελληνικά στελέχη έφεραν αποκλειστικά το blacmy-16. Τα στελέχη αυτά συγκρίθηκαν µε παλαιότερα στελέχη φέροντα το blacmy-4 ή -12, που είχαν αποµονωθεί στην Γαλλία από Αλγερινούς ή Έλληνες ασθενείς. Οι οµοιότητες µεταξύ όλων των στελεχών ήσαν εντυπωσιακές. Τα blacmy γονίδιά τους ευρίσκονταν εντός µεταθετών στοιχείων Tn6093, βασιζόµενων στην αλληλουχία ένθεσης ISEcp1, και µε ιδιαίτερα χαρακτηριστικά τους την απόσταση 110-bp µεταξύ τής ISEcp1 και του blacmy, καθώς και την ύπαρξη ταυτόσηµων τµηµάτων χρωµοσωµατικού DNA του C. freundii και του σκελετού ενός πλασµιδίου τύπου ColE1. Επιπλέον, αυτά τα µεταθετά στοιχεία είχαν εισαχθεί σε ταυτόσηµο σηµείο του χρωµοσώµατος των στελεχών, εντός του γονιδίου pepq. εδοµένου ότι πλασµίδια ColE1 φέροντα την ISEcp1 µαζί µε παρόµοια τµήµατα DNA του C. freundii (Tn6114) είχαν ήδη περιγραφεί παλαιότερα, θεωρείται πιθανόν κάποιο παρόµοιο µόριο DNA να διαµεσολάβησε κάποτε την µεταφορά DNA από το C. freundii στον P. mirabilis. Επιπλέον, τα στελέχη που έφεραν τα blacmy-12, -15 και -38, έφεραν επίσης ένα δεύτερο αντίγραφο blacmy, εντός µιας µικρότερης ISEcp1 (Tn6113), ευρισκόµενης πάντα 3 ως προς το γονίδιο ppid. Η ανάλυση της νουκλεοτιδικής αλληλουχίας όλων αυτών των κινητών blacmy-2-like γονιδίων κατέδειξε ότι όσα είχαν ενσωµατωθεί στο χρωµόσωµα του P. mirabilis αποτελούν µια διακριτή οµάδα, ενδεχοµένως εξελιχθείσα µέσω της σταδιακής συσσώρευσης µεταλλαγών. Οι παρατηρήσεις αυτές, σε συνδυασµό µε δεδοµένα της µοραικής τυποποίησης των στελεχών, υποδεικνύουν ότι τα γονίδια blacmy που µελετήθηκαν, πιθανώς να προήλθαν από µία κοινή διεργασία κινητοποίησης, µεταφοράς και ενσωµάτωσης, την οποία ακολούθησε η διασπορά και η εξέλιξη αυτού του κλώνου P. mirabilis συν τω χρόνω, σε µια ευρεία γεωγραφική περιοχή.

33 Λοιµώξεις σε ευπαθείς πληθυσµούς Μοριακή τυποποίηση στελεχών P. aeruginosa από παιδιά µε κυστική ίνωση Η πνευµονική λοίµωξη µε P. aeruginosa αποτελεί σηµαντική επιπλοκή στα παιδιά µε ινοκυστική νόσο. Η PFGE αποδεικνύεται ιδιαίτερα χρήσιµη στην επιδηµιολογική µελέτη στελεχών P. aeruginosa από τα παιδιά αυτά, καθώς τα στελέχη τους στην πλειονότητά τους δεν τυποποιούνται µε οροτυπία. Σε σύνολο 48 στελεχών, το 75% ήταν πολυσυγκολλούµενα, και δεν µπορούσαν να τυποποιηθούν. Αντίθετα, η PFGE και η βακτηριοσινοτυπία -µέθοδος ωστόσο χρονοβόρος και µε χαµηλή επαναληψιµότητακατάφεραν να διαχωρίσουν τα στελέχη αυτά σε διακριτούς τύπους [Η.5]. Μοριακή επιδηµιολογία λοιµώξεων από Yersinia enterocolitica σε παιδιά µε β- θαλασσαιµία Παράγοντας κινδύνου για λοίµωξη από Y. enterocolitica είναι η περίσσεια σιδήρου, για αυτό και η λοίµωξη αυτή είναι συχνή σε πολυµεταγγιζόµενα άτοµα, όπως τα παιδιά µε β- θαλασσαιµία. Στελέχη Y. enterocolitica από 48 παιδιά µελετήθηκαν µε τις µεθόδους της βιοτυπίας, οροτυπίας, ανίχνευσης της πλασµιδιακής πρωτεϊνης YadA και PFGE [Α.γ.14]. O κύριος ορότυπος / βιότυπος ήταν Ο:3 / IV. Η µοριακή ανάλυση µε PFGE απέδειξε πως η οµοιογένεια αυτή είχε γενετική βάση, καθώς όλα τα στελέχη αυτού του τύπου ανήκαν στον ίδιο χρωµοσωµατικό κλώνο, σε αντίθεση µε ένα στέλεχος-µάρτυρα τύπου Ο:9/ΙΙ. Λοιµώξεις της κοινότητας Τροφιµογενείς σαλµονελλώσεις Οι τροφιµογενείς σαλµονελλώσεις, κυρίως από τους οροτύπους Enteritidis και Typhimurium της Salmonella enterica subsp. enterica, αποτελούν ένα σοβαρό πρόβληµα ηµόσιας Υγείας, λόγω της έκτασής τους. Ωστόσο, και οι τυφοειδείς και παρατυφοειδείς σαλµονελλώσεις δεν έχουν εξαλειφθεί στην χώρα µας [Γ.1].

34 Η εφαρµογή των µοριακών τεχνικών επιτρέπει αφενός µεν την χαρτογράφηση των πληθυσµών κλινικά σηµαντικών (π.χ. πολυανθεκτικών) στελεχών, αφετέρου δε την διαλεύκανση επιδηµιών. Χρωµοσωµατικοί τύποι ευαίσθητων και ανθεκτικών στα αντιβιοτικά στελεχών Salmonella Typhi και S. Paratyphi B Από αρχικό δείγµα 24 κλινικών στελεχών S. typhi και οκτώ στελεχών S. paratyphi B, έγινε σύγκριση τριών στελεχών S. typhi και δύο S. paratyphi B ανθεκτικών στην αµπικιλλίνη, µε εννέα ευαίσθητα στελέχη S. typhi [Α.γ.5]. Στα τέσσερα από τα πέντε ανθεκτικά στελέχη, η αντοχή στην αµπικιλλίνη οφειλόταν σε πλασµίδιο µεγέθους 34 MDa, όµοιο µε αυτό που αποµονώνεται επίσης και από την S. enteritidis. Τα τρία ανθεκτικά στελέχη S. typhi ανήκαν σε δύο χρωµοσωµατικούς τύπους, A και Β, σύµφωνα µε την PFGE. Αν και ο τύπος Β απαντούσε και σε ένα από τα ευαίσθητα στελέχη, τα υπόλοιπα οκτώ διαµοιράζονταν σε τρεις διακριτούς τύπους, C-E. Συµπερασµατικά, αν και το πλασµίδιο αντοχής είχε προσληφθεί από δύο χρωµοσωµατικούς τύπους, κάποιοι άλλοι είχαν παραµείνει ευαίσθητοι. Πληθυσµιακή ανάλυση, µελέτη των µηχανισµών αντοχής και διερεύνηση επιδηµιών από S. Enteritidis µε µοριακές τεχνικές Η ανάπτυξη αντοχής σε συγκεκριµένους κλώνους εµφανίζεται επίσης στον συχνότερα αποµονούµενο, από ανθρώπους, ζώα, και τρόφιµα, ορότυπο σαλµονέλλας, την S. enteritidis [Α.γ.4]. Κατά το διάστηµα 1987-1993, τα ποσοστά αντοχής του οροτύπου αυτού στα αντιβιοτικά, αυξήθηκαν σηµαντικά, ιδιαίτερα στην αµπικιλλίνη (52% το 1993), την δοξυκυκλίνη (36%), την στρεπτοµυκίνη (22%), τις σουλφοναµίδες (21%), και την νιτροφουραντοίνη (21%). Εν γένει, τα στελέχη ζωική προέλευσης εµφάνιζαν υψηλότερα ποσοστά αντοχής από τα στελέχη ανθρώπινης προέλευσης. Μεταξύ των 350 στελεχών που µελετήθηκαν, ο συχνότερος φαινότυπος αντοχής ήταν η µονοαντοχή στην αµπικιλλίνη. Η αντοχή αυτή οφειλόταν σε ένα πλασµίδιο µεγέθους 34 MDa, που είχε

35 εγκατασταθεί σε δύο χρωµοσωµατικούς κλώνους, Α και Β. Ο κλώνος Α ήταν ο πολυπληθέστερος, τόσο µεταξύ των ανθεκτικών στην αµπικιλλίνη (85%), όσο και µεταξύ των ευαίσθητων στελεχών (80%). Επιπλέον, στα ευαίσθητα στελέχη εντοπίστηκε και ένας τρίτος κλώνος, C, που δεν είχε αποκτήσει αντοχή. Στελέχη του τύπου Α ήταν και αυτά που προκάλεσαν επιδηµία µεταξύ των προσκεκληµένων σε δεξίωση εγκαινίων εστιατορίου του Ναυπλίου [Β.γ.2 και ΣΤ.γ.6]. Η περιγραφική επιδηµιολογία έδειξε ισχυρό συσχετισµό µεταξύ γαστρεντερίτιδας και κατανάλωσης γαλοπούλας και σολωµού. Στελέχη S. enteritidis αποµονώθηκαν από τα κόπρανα ή το αίµα ασθενών, καθώς και από εδέσµατα (ψητό βοδινό, γαλοπούλα, χοιρινό, µαγιονέζα). Ωστόσο, µόνο η µοριακή τυποποίηση των στελεχών αυτών µε PFGE αποκάλυψε πως ήταν ταυτόσηµα, καθώς ανήκαν στον κυρίαρχο τύπο Α, επιβεβαιώνοντας την πηγή της επιδηµίας. Moριακή επιδηµιολογία πολυανθεκτικών στελεχών S. Τyphimurium Σε αντίθεση µε την S. Εnteritidis, τα υψηλότερα ποσοστά αντοχής στον δεύτερο συχνότερα αποµονούµενο ορότυπο, την S. Τyphimurium, σε δείγµα 148 στελεχών από τα έτη 1996-97, ήταν στην στρεπτοµυκίνη (95% το 1997) και την τετρακυκλίνη (52%) [Η.4]. Κατά συνέπεια, ο συχνότερος φαινότυπος αντοχής ήταν η µονοαντοχή στην στρεπτοµυκίνη (42%). Ωστόσο, τα ποσοστά πολυαντοχής ήταν επίσης υψηλά: 57% των στελεχών ήταν ανθεκτικά σε δύο ή περισσότερες οµάδες αντιβιοτικών. Σηµαντικό ποσοστό στελεχών (32% το 1996, 15% το 1997) ήταν συµβατό µε τον πολυανθεκτικό φαινότυπο (αµπικιλλίνη, χλωραµφαινικόλη, στρεπτοµυκίνη, σουλφοναµίδες, τετρακυκλίνη) του λυσίτυπου DT104, αύξηση του οποίου παρατηρείται τα τελευταία χρόνια παγκοσµίως [Α.ε.6]. Επελέγησαν 14 αντιπροσωπευτικά στελέχη που εµφάνιζαν τον φαινότυπο αυτό, για περαιτέρω διερεύνηση [Α.γ.12]. Βρέθηκε πως 11 από αυτά όντως ανήκαν στον λυσίτυπο DT104. Εντός του λυσιτύπου αυτού ωστόσο, η µοριακή τυποποίηση µε PFGE διέκρινε τέσσερις διαφορετικούς χρωµοσωµατικούς τύπους, A-D. Επίσης, η ανίχνευση

36 αλληλουχιών χαρακτηριστικών ενσωµατονίων (integrons), γενετικών στοιχείων που ενσωµατώνουν γονίδια αντοχής στα αντιβιοτικά, καθώς και των ίδιων των γονιδίων αντοχής στα β-λακταµικά και την στρεπτοµυκίνη, αποκάλυψε επίσης γενετική ποικιλοµορφία µεταξύ των στελεχών αυτών. Άρα, η πολυαντοχή στον λυσίτυπο DT104 έχει αναπτυχθεί µε διάφορους γενετικούς µηχανισµούς, και εντός διακριτών κλώνων. ιασπορά σε τρεις Ευρωπαϊκές χώρες κλώνου S. Τyphimurium ανθεκτικού στην κεφοταξίµη Στην µελέτη αυτή, έγινε σύγκριση των χρωµοσωµατικών τύπων, των πλασµιδίων και των γονιδίων αντοχής στελεχών S. Τyphimurium ανθεκτικών στην κεφαλοσπορίνη γ' γενεάς, κεφοταξίµη, από την Ρωσία, την Ουγγαρία και την Ελλάδα [Α.γ.10]. ιαπιστώθηκε πως όλα τα στελέχη αυτά ανήκαν στον ίδιο χρωµοσωµατικό κλώνο, και έφεραν πανοµοιότυπα πλασµίδια µεγέθους 12 kb, που περιείχαν συγγενικά γονίδια που κωδικοποιούσαν β-λακταµάσες της οικογένειας CTX-M. Έτσι, ένας κλώνος σαλµονέλλας µε αντοχή σε ένα κλινικά χρήσιµο αντιβιοτικό φαίνεται να έχει διασπαρεί σε τουλάχιστον τρεις Ευρωπαϊκές χώρες. Επαναλαµβανόµενη αποµόνωση σαλµονελλών ελασσόνων οροτύπων µε αντοχή στις κεφαλοσπορίνες γ γενεάς Εκτός όµως από τον ορότυπο Typhimurium, εκτεταµένου φάσµατος β-λακταµάσες (extended spectrum β-lactamases) εντοπίστηκαν, κατά το διάστηµα 2000-02, και στους σπανιότερους οροτύπους Brandenburg (ESBL τύπου SHV-5), Blockley και Hadar (TEM- 52), και Virchow (CTX-M-32). Όλα τα υπεύθυνα γονίδια φέρονταν από συζευκτικά πλασµίδια, σε βακτηριακούς κλώνους που απαντώνταν συχνά γιά τους συγκεκριµένους οροτύπους στον ελλαδικό χώρο [Α.γ.32]. Γενικά, είναι αυξητική η τάση της αντοχής στις κεφαλοσπορίνες µεταξύ των σαλµονελλών παγκοσµίως [Α.στ.3].

37 Ανάδυση και επικράτηση πολυανθεκτικών στελεχών του ασυνήθιστου ορότυπου S. Blockley Ο ορότυπος Blockley της S. enterica subsp. enterica είναι ένας ιδιαίτερα σπάνιος ορότυπος στην χώρα µας και στην Ευρώπη γενικότερα [Β.γ.1]. Από το 1976 έως το 1996, µόνο επτά από τα 13.199 στελέχη σαλµονελλών που αποµονώθηκαν στον ελλαδικό χώρο ανήκαν σε αυτόν τον ορότυπο. Ωστόσο, από τον Μάιο έως τον εκέµβριο του 1998, αποµονώθηκαν από ανθρώπους 35 στελέχη S. Blockley, παρόµοιες δε αυξήσεις παρατηρήθηκαν και σε άλλες Ευρωπαϊκές χώρες. Η περιγραφική επιδηµιολογία δεν εντόπισε συσχετισµό µε την κατανάλωση συγκεκριµένων τροφίµων. Παρόλα αυτά, πειράµατα µοριακής τυποποίησης µε PFGE υπέδειξαν την ύπαρξη δύο κύριων γονοτυπικών οµάδων, διακριτών κατά τον χρόνο εµφάνισής τους, και κατά τον φαινότυπο αντοχής τους [Α.γ.13]. Καθένας από τους δύο κυρίαρχους φαινοτύπους αντοχής, ο τύπος «αµινογλυκοσίδες-τετρακυκλίνη-χλωραµφαινικόλη» που κυριαρχούσε πριν τον Αύγουστο 1998 και ο «αµινογλυκοσίδες-τετρακυκλίνη-χλωραµφαινικόληναλιδιξικό οξύ» που εµφανίστηκε στα µέσα Αυγούστου 1998, σχετιζόταν µε ένα συγκεκριµένο «χρωµοσωµατικό αποτύπωµα»: το Α2 και το Α4, αντιστοίχως. Λοιµώξεις από στελέχη Neisseria gonorrhoeae µε µειωµένη ευαισθησία στις φθοριωµένες κινολόνες Μεταξύ των 331 στελεχών Neisseria gonorrhoeae που αποµονώθηκαν στην Ελλάδα κατά τα έτη 1996-99, 11,8% είχαν µειωµένη ευαισθησία στις κινολόνες, λόγω µεταλλαγών στα γονίδια gyra και parc [Α.γ.16]. Η οροτυπία και η PFGE έδειξαν πως 34 από αυτά τα µεταλλαγµένα στελέχη ανήκαν σε κοινό κλώνο, που επικρατούσε µεταξύ ατόµων που ανήκαν στον επιδηµιολογικό «πυρήνα».

38 Gram-θετικά βακτήρια Ενδονοσοκοµειακές λοιµώξεις Μελέτη στελεχών Staphylococcus aureus ανθεκτικών στην µεθικιλλίνη (MRSA) Τα στελέχη MRSA είναι από τα σηµαντικότερα νοσοκοµειακά παθογόνα. Πολυκεντρική µελέτη από επτά ελληνικά νοσοκοµεία έδειξε πως το ποσοστό των MRSA µεταξύ των στελεχών S. aureus είναι αρκετά υψηλό (41%) [Α.γ.9]. Εξ αυτών, 58% ήταν οµοιογενώς και 42% ετερογενώς ανθεκτικά στην µεθικιλλίνη. Τα ποσοστά αντοχής στα άλλα αντιβιοτικά µεταξύ των στελεχών που ήσαν ευαίσθητα στην µεθικιλλίνη ήταν χαµηλή (5-11%), σε σύγκριση µε τα ετερογενώς (6-39%) ή, πολύ περισσότερο, τα οµοιογενώς MRSA (88-100%). Όπως ήταν επόµενο, στα οµοιογενώς MRSA παρατηρήθηκε επίσης υψηλότερο ποσοστό πολυαντοχής (76%) από ό,τι στα ετερογενώς MRSA (28%) ή στα ευαίσθητα (0%) στελέχη. Οι φαινοτυπικές αυτές διαφορές µεταξύ των τριών πληθυσµών αντικατοπτρίζονται και στους γονοτύπους τους. Η µοριακή τυποποίηση ετερογενώς και οµοιογενώς ανθεκτικών στελεχών αποµονωµένων κατά την διάρκεια ενός έτους σε ελληνικό νοσοκοµείο, έδειξε πως οι δύο αυτοί πληθυσµοί ανήκαν σε δύο διαφορετικούς γενετικούς κλώνους, ενώ τα ευαίσθητα στελέχη επεδείκνυαν µεγαλύτερη ποικιλοµορφία [Α.γ.3]. Τα αποτελέσµατα αυτά επιβεβαιώθηκαν σε προκαταρκτική πολυκεντρική µελέτη, η οποία επιπλέον έδειξε την διασπορά ενός κλώνου οµοιογενώς MRSA σε πολλά νοσοκοµεία [.21]. Γονοτυπική ποικιλοµορφία εντεροκόκκων µε υψηλά επίπεδα αντοχής στις αµινογλυκοσίδες Oι εντερόκοκκοι µε υψηλή αντοχή στις αµινογλυκοσίδες προκαλούν σοβαρές και δύσκολα αντιµετωπιζόµενες ενδονοσοκοµειακές λοιµώξεις.