Αλγόριθμοι ταυτοποίησης αεροβίων Gram (-) βακτηρίων



Σχετικά έγγραφα
Αλγόριθμοι ταυτοποίησης αεροβίων Gram (-) βακτηρίων

Αλγόριθμοι ταυτοποίησης αεροβίων Gram (-) βακτηρίων

Ταυτοποίηση Gram-αρνητικών αναεροβίων βακτηρίων

Ταυτοποίηση Gram-αρνητικών αναεροβίων βακτηρίων

ΙΑΤΡΙΚΗ ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΑ ΙΙ

Προκαταρτική ταυτοποίηση Συμβατικές μέθοδοι. Μαρία Φουστούκου

Περιγραφή και βασικός χειρισµός του οπτικού µικροσκοπίου.

ΜΙΚΡΟΟΡΓΑΝΙΣΜΟΙ ΑΝΑΠΝΕΥΣΤΙΚΟΥ ΕΝΗΛΙΚΩΝ ΜΕ ΚΥΣΤΙΚΗ ΙΝΩΣΗ

BD Mac Conkey II Agar / Columbia CNA Agar with 5% Sheep Blood (Biplate)

Ταυτοποίηση βακτηρίων: συμβατικές και αυτοματοποιημένες μέθοδοι

ΟΝΟΜΑΤΟΛΟΓΙΑ ΚΑΙ ΤΑΞΙΝΟΜΗΣΗ ΤΩΝ ΒΑΚΤΗΡΙΩΝ

ΚΕΦΑΛΑΙΟ 8. Μεταβολισμός των Βακτηρίων

Ταυτοποίηση βακτηρίων: συμβατικές και αυτοματοποιημένες μέθοδοι. Αναστασία Πάγκαλη Βιοπαθολόγος Κλινικός Μικροβιολόγος

Καλλιέργεια και τυποποίηση των μικροβίων. Ιωάννης Γ. Ρούτσιας, MD, PhD Επίκουρος καθηγητής Ανοσολογίας/Μικροβιολογίας

BD Triple Sugar Iron Agar (TSI Agar)

Μικροβιολογία Τροφίμων Ι

Ταυτοποίηση βακτηρίων: συμβατικές και αυτοματοποιημένες μέθοδοι.

Gram-αρνητικά αναερόβια Bacteroides Prevotella - Fusobacterium

ΔΗΜΟΚΡΙΤΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΡΑΚΗΣ ΤΜΗΜΑ ΙΑΤΡΙΚΗΣ

ΤΟ ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟ ΚΛΙΝΙΚΗΣ ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΑΣ ΣΤΟΝ ΕΛΕΓΧΟ ΤΩΝ ΝΟΣΟΚΟΜΕΙΑΚΩΝ ΛΟΙΜΩΞΕΩΝ

Γ.Ν.Α «Ο ΕΥΑΓΓΕΛΙΣΜΟΣ- ΟΦΘΑΛΜΙΑΤΡΕΙΟ ΑΘΗΝΩΝ ΠΟΛΥΚΛΙΝΙΚΗ» ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΚΟΥ ΤΜΗΜΑΤΟΣ - ΒΙΟΙΑΤΡΙΚΗΣ ΥΠΗΡΕΣΙΑΣ. ΘΕΟΔΩΡΟ ΝΙΑΡΧΑΚΟ (Διευθυντή Πωλήσεων)

συγκέντρωσης αντιμυκητιακών για τον έλεγχο αντοχής των μυκήτων σε αντιμυκητιακά και

ΜΕΘΟΔΟΙ ΑΝΙΧΝΕΥΣΗΣ ΚΑΙ ΑΡΙΘΜΗΣΗΣ ΜΙΚΡΟΟΡΓΑΝΙΣΜΩΝ ΠΟΥ ΒΡΙΣΚΟΝΤΑΙ ΣΕ ΧΑΜΗΛΟ ΠΛΗΘΥΣΜΟ ΣΤΑ ΤΡΟΦΙΜΑ

ΛΟΙΜΩΞΕΙΣ ΣΤΟ ΔΙΑΒΗΤΙΚΟ ΠΟΔΙ Επιδημιολογία των παθογόνων στελεχών στην Ελλάδα

Mικροβιολογία του νερού Χαρακτηριστικά βακτηρίων. Μ. ΑΡΒΑΝΙΤΙΔΟΥ-ΒΑΓΙΩΝΑ Καθηγήτρια Ιατρικής Σχολής, ΑΠΘ

Τίτλος Μαθήματος: Γενική Μικροβιολογία. Ενότητα: ΚΑΤΑΒΟΛΙΣΜΟΣ ΒΑΚΤΗΡΙΩΝ. Διδάσκων: Καθηγητής Ιωάννης Σαββαΐδης. Τμήμα: Χημείας

Μικροβιολογία Τροφίμων Ι

Καλλιεργητικά υλικά και επιλογή τους στο Κλινικό Εργαστήριο. Τρόπος εμβολιασμού κλινικών δειγμάτων Ανάγνωση καλλιεργειών

ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΑ ΤΡΟΦΙΜΩΝ

Καλλιεργητικά υλικά και επιλογή τους στο Κλινικό Εργαστήριο. Η ανάπτυξη της βακτηριακής καλλιέργειας.

BD DCLS Agar, Modified / Hektoen Enteric Agar (Biplate)

BD BBL Oxi/Ferm Tube II

Δομή του Προκαρυωτικού κυττάρου: (κεφάλαιο 4 από το βιβλίο «Εισαγωγή στην Μικροβιολογία)

BD MacConkey II Agar / Columbia CNA Agar Improved II with 5% Sheep Blood (Biplate)

Μικροβιολογία Τροφίμων Ι Εργαστήριο

Ο ρόλος και η σημασία των μοριακών τεχνικών στον έλεγχο των. μικροβιολογικών παραμέτρων σε περιβαλλοντικά δείγματα για την προστασία

ΛΗΨΗ ΚΑΛΛΙΕΡΓΕΙΩΝ ΚΑΙ ΑΞΙΟΛΟΓΗΣΗ ΤΩΝ ΑΠΟΤΕΛΕΣΜΑΤΩΝ

Ανάπτυξη Mοριακών Tεχνικών Real-Time PCR για την Aνίχνευση Eντεροαιμορραγικών Στελεχών E. coli, Campylobacter jejuni και Salmonella spp.

Υγιεινή Τροφίμων. Αλλοιογόνοι μικροοργανισμοί των τροφίμων. Αλλοίωση τροφίμων

ΟΙ ΠΡΩΤΕΣ ΕΜΠΕΙΡΙΕΣ ΤΟΥ ΤΜΗΜΑΤΟΣ ΚΑΛΛΙΕΡΓΕΙΩΝ ΤΟΥ ΝΟΣΟΚΟΜΕΙΟΥ ΛΑΜΙΑΣ

Μικροβιολογία Τροφίμων Ι Εργαστήριο

BD Modified CNA Agar BD Modified CNA Agar with Crystal Violet

3. ΑΝΤΙΔΡΑΣΤΗΡΙΑ Το VRESelect αρ. καταλόγου περιέχει 20 πλάκες ανά συσκευασία.

ΚΕΦΑΛΑΙΟ IV ΜΕΤΑΒΟΛΙΣΜΟΣ ΤΩΝ ΒΑΚΤΗΡΙΩΝ ΚΕΦΑΛΑΙΟ IV 1 V ΜΕΤΑΒΟΛΙΣΜΟΣ ΤΩΝ ΒΑΚΤΗΡΙΩΝ

Γενικές αρχές απομόνωσης και ταυτοποίησης αναερόβιων μικροβίων

ΣΥΧΝΟΤΗΤΑ ΑΠΟΜΟΝΩΣΗΣ ΜΙΚΡΟΟΡΓΑΝΙΣΜΩΝ ΑΠΟ ΧΕΙΡΟΥΡΓΙΚΑ ΤΡΑΥΜΑΤΑ ΑΣΘΕΝΩΝ ΤΡΙΤΟΒΑΘΜΙΟΥ ΝΟΣΟΚΟΜΕΙΟΥ ΚΑΤΑ ΤΗΝ ΤΡΙΕΤΙΑ

Εργαστηριακή καλλιέργεια μικροοργανισμών

Γεωπονικό Πανεπιστήμιο Αθηνών. Χρώση Gram. Δοκιμή καταλάσης. Δοκιμή οξειδάσης

BD CHROMagar Orientation Medium

ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟ ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΑΣ. Ιατρική Σχολή Πανεπιστημίου Θεσσαλίας

Μικροβιολογία Τροφίμων Ι

Βασικές αρχές Ιατρικής Μικροβιολογίας

Είδος μικροοργανισμού και αληθής βακτηριαιμία

ΠΕΡΙΛΗΨΗ ΤΩΝ ΧΑΡΑΚΤΗΡΙΣΤΙΚΩΝ ΤΟΥ ΠΡΟΪΟΝΤΟΣ

BD BBL TM CHROMagar TM CPE

Πανδής Σ., Αραμπατζής Μ. & Α. Βελεγράκη. Ειδικό Εργαστήριο Μυκητολογίας (Κ.Α 70/4/5905, Κ.Α 70/3/6915)

ΤΑΥΤΟΠΟΙΗΣΗ GRAM (-) ΒΑΚΤΗΡΙΔΙΩΝ

Μικροβιολογία Τροφίμων Ι Εργαστήριο

ΑΞΙΟΛΟΓΗΣΗ ΤΟΥ RAPID POLYMYXIN NP TEST ΣΤΗΝ ΑΝΙΧΝΕΥΣΗ COLISTIN ΑΝΘΕΚΤΙΚΩΝ (ColR) KLEBSIELLA PNEUMONIAE

Aνίχνευση του στρεπτοκόκκου ομάδας Β σε έγκυες γυναίκες: Καλλιέργεια, ή PCR;

ΙΑΤΡΙΚΗ ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΑ ΙΙ

ΣΥΣΤΗΜΑΤΑ ΑΝΑΕΡΟΒΙΑΣ ΕΠΩΑΣΗΣ ΚΑΙ ΘΡΕΠΤΙΚΑ ΥΛΙΚΑ. Ορφανίδου Μαρία Επιμελήτρια Β Βιοπαθολόγος Γ.Ν.Α. «Γ. Γεννηματάς»

ΤΑΥΤΟΠΟΙΗΣΗ GRAM ΘΕΤΙΚΩΝ ΑΝΑΕΡΟΒΙΩΝ ΒΑΚΤΗΡΙΩΝ. Γκαντέρης Γεώργιος Βιοπαθολόγος Αναπληρωτής Διευθυντής ΓΝΑ «Γ. ΓΕΝΝΗΜΑΤΑΣ»

BD CLED Agar (Bevis)

Φροντιστηριακό μάθημα Αναερόβια μικρόβια και αναερόβιες λοιμώξεις

ΣΗΜΕΙΩΣΕΙΣ ΕΦΑΡΜΟΣΜΕΝΗΣ ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΑΣ. Μαντώ Κυριακού

ΙΑΤΡΙΚΗ ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΑ ΙΙ

ISO/TS :2012 Kαταμέτρηση Salmonella spp μέθοδος mini MPN

ΟΙ ΜΟΡΙΑΚΕΣ ΤΕΧΝΙΚΕΣ ΣΤΗΝ ΙΑΤΡΙΚΗ ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΑ. Eφη. Πετεινάκη

Γεωπονικό Πανεπιστήμιο Αθηνών. Εργαστήριο: Μικροβιολογία Τροφίμων Ι

ΑΡΙΣΤΟΤΕΛΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ ΤΜΗΜΑ ΓΕΩΠΟΝΙΑΣ ΤΟΜΕΑΣ ΕΠΙΣΤΗΜΗΣ ΚΑΙ ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑΣ ΤΡΟΦΙΜΩΝ

pneumoniae ΣΤΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΑΚΟ ΓΕΝΙΚΟ ΝΟΣΟΚΟΜΕΙΟ

Εργαστηριακές Δοκιμασίες που πραγματοποιούνται στο Π.Ε.Δ.Υ Κρήτης.

ΠΡΟΣ: ΚΟΙΝ.: Β ΤΑΞΗ ΗΜ ΕΡΗΣΙΟΥ ΚΑΙ ΕΣΠΕΡΙΝΟΥ ΕΠΑ.Λ. ΘΕΩΡΙΑ

ΠΑΡΕΧΟΜΕΝΕΣ ΥΠΗΡΕΣΙΕΣ ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟΥ ΥΓΙΕΙΝΗΣ & ΕΠΙΔΗΜΙΟΛΟΓΙΑΣ

Φ. ΚΟΛΟΝΙΤΣΙΟΥ Αν. Καθηγήτρια, Τμήμα Ιατρικής Πανεπιστήμιο Πατρών

Δ. Ιακωβίδης. Πνευμονολόγος Aν. Διευθυντής Μονάδα επεμβατικής Πνευμονολογίας Γ.Π.Ν. «Γ. Παπανικολάου

Ελληνική Εταιρεία Χημειοθεραπείας

BD CHROMagar Orientation Medium / Columbia CNA Agar (Biplate)

BD CLED Agar / MacConkey II Agar (Biplate)

ΚΟΛΟΒΑΚΤΗΡΙΟΕΙΔΗ ΕΝΤΕΡΙΚΗΣ ΠΡΟΕΛΕΥΣΗΣ ΚΟΛΟΒΑΚΤΗΡΙΟΕΙΔΗ ESCHERICHIA COLI

«Διενέργεια Δημόσιας Διαβούλευσης των Τεχνικών Προδιαγραφών για την προμήθεια Θρεπτικών Υλικών (Αφυδατωμένα και Έτοιμα Παρασκευάσματα) (CPV

ΜΟΡΙΑΚΗ ΑΝΙΧΝΕΥΣΗ ΚΑΙ ΔΙΕΡΕΥΝΗΣΗ ΤΗΣ ΜΙΚΡΟΒΙΑΚΗΣ ΑΝΤΟΧΗΣ

Φ5 1/ 9 Κωδικός ΥΠΕ ΑΝΑΡΤΗΤΕΟ ΣΤΟ ΔΙΑΔΙΚΤΥΟ ΓΕΝΙΚΟ ΝΟΣΟΚΟΜΕΙΟ ΛΑΜΙΑΣ

Genus Klebsiella. Ταξινόμηση. Λοιμογόνοι παράγοντες 3/12/2014

Μικροβιολογία Τροφίμων Ι

ΠΑΡΕΧΟΜΕΝΕΣ ΥΠΗΡΕΣΙΕΣ Π.Ε.Δ.Υ. ΘΕΣΣΑΛΙΑΣ

ΠΡΟΣ: Το Ψυχιατρικό Νοσοκομείο Αττικής έχοντας υπόψη:

Νεότερες παρεµβάσεις στην πρόληψη και θεραπεία του διαβητικού ποδιού

ΑΠΟΤΕΛΕΣΜΑΤΑ ΔΙΕΡΓΑΣΤΗΡΙΑΚΩΝ ΔΟΚΙΜΩΝ ΑΝΙΧΝΕΥΣΗΣ ΣΑΛΜΟΝΕΛΛΩΝ ANNEX D ISO 6579:2002 PT 0088 SALMONELLA IN POULTRY VLA / VETQAS

ΑΝΑΘΕΩΡΗΣΗ ΤΗΣ EN ISO 6579

Μικροβιολογικός έλεγχος νερού Άσκηση 3η

Οι νέες τεχνολογίες στο σύγχρονο κλινικό εργαστήριο- Diagnostic stewardship

Κεφάλαιο 1: Εισαγωγή. Κεφάλαιο 2: Η Βιολογία των Ιών

Σήµερα οι εξελίξεις στην Επιστήµη και στην Τεχνολογία δίνουν τη

ΝΕΕΣ MΟΡΙΑΚΕΣ ΤΕΧΝΙΚΕΣ ΓΙΑ ΤΗΝ ΤΥΠΟΠΟΙΗΣΗ ΤΩΝ ΒΑΚΤΗΡΙΩΝ

Μικροβιολογία Τροφίμων Ι

ΕΓΚΕΦΑΛΙΚΑ ΑΠΟΣΤΗΜΑΤΑ. Μαρία Ορφανίδου Επιμελήτρια Β Μικροβιολογικό Εργαστήριο Γ.Ν.Α. «Γ. Γεννηματάς»

ΙΑΤΡΙΚΗ ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΑ ΙΙ

Μικροβιολογία Τροφίμων Ι Εργαστήριο

Transcript:

Επαναλαμβανόμενο ενιαίο πρόγραμμα μετεκπαιδευτικών μαθημάτων Ελληνικής Μικροβιολογικής Εταιρείας 2012-2013 Αλγόριθμοι ταυτοποίησης αεροβίων Gram (-) βακτηρίων Αθηνά Αργυροπούλου Κλινικός Μικροβιολόγος Διευθύντρια Μικροβιολογικό Εργαστήριο ΓΝΑ «Ο Ευαγγελισμός» 30-10-2012

` Γ. Βρυώνη,Α. Πάγκαλη Μετεκπαιδευτικά μαθήματα Ε.Μ.Ε 2009-2011

Γ. Βρυώνη,Α. Πάγκαλη Μετεκπαιδευτικά μαθήματα Ε.Μ.Ε 2009-2011

Ταυτοποίηση Βακτηρίων Μορφολογία αποικιών Μικροσκοπική μορφολογία Χρώση Gram (θετικά, αρνητικά) Σχήμα (κόκκος, βακτηρίδιο, κοκκοβακτηρίδιο, σπειρίλιο) Διάταξη (μονήρη, ζεύγη, αλυσίδες, ομάδες) Μέγεθος Ανάπτυξη σε εκλεκτικά /διαφοροποιητικά θρεπτικά υλικά Συνθήκες ανάπτυξης Αερόβια μικροαερόφιλα αυστηρά αναερόβια Αναζήτηση και μελέτη φυσικών/δομικών χαρακτηριστικών (σπόροι, βλεφαρίδες, έλυτρο) Ευαισθησία σε αντιβιοτικά Βιοχημικές ιδιότητες DNA ανάλυση

Ταυτοποίηση Βακτηρίων Μορφολογία αποικιών Μικροσκοπική μορφολογία Χρώση Gram (θετικά, αρνητικά) Σχήμα (κόκκος, βακτηρίδιο, κοκκοβακτηρίδιο, σπειρίλιο) Διάταξη (μονήρη, ζεύγη, αλυσίδες, ομάδες) Μέγεθος Ανάπτυξη σε εκλεκτικά /διαφοροποιητικά θρεπτικά υλικά Συνθήκες ανάπτυξης Αερόβια μικροαερόφιλα αυστηρά αναερόβια Αναζήτηση και μελέτη φυσικών/δομικών χαρακτηριστικών (σπόροι, βλεφαρίδες, έλυτρο) Ευαισθησία σε αντιβιοτικά Βιοχημικές ιδιότητες DNA ανάλυση

Peptostreptococcus Peptococcus Sarcina Ruminococcus anaerobic Gemella Pediococcus Leuconostoc Lacotococcus Staphylococcus Micrococcus Streptococcus Enterococcus aerobic G+cocci Non-spore Propionibacterium Mobiluncus Bifidobacterium Clostridium -spore anaerobic Listeria Erysipelotrix Gardnerella Bacillus Corynebacterium Arcanobacterium Rhodococcus aerobic Gram+rods Gram positive Veillonella Megasphoera anaerobic Neisseria Moraxella Branhamella aerobic G-cocci Haemophilus Legionella Bartonella Eikenella... Bordetella Pasteurella Franciscella Brucella ENTEROBACTERIACEA NONFERMENTERS Pseudomonas Acinetobacter Stenotrofomonas... Vibrionaceae Campylobacter Helicobacter aerobic Leptotricha Wolinella Bacteroides Porphyromonas Prevotella Fusobacterium anaerobic G-rods lgram negative Bacteria

Αερόβια Gram (-) βακτηρίδια Ετερογενής ομάδα Πολλές οικογένειες, γένη και είδη Πολλά παθογόνα αίτια σοβαρών λοιμώξεων (ενδοτοξίνη) Ανάγκη ταχείας και ακριβούς ταυτοποίησης Έγκαιρη και σωστή έναρξη της αντιμικροβιακής αγωγής Εντεροβακτηριακά Αζυμωτικά Ψευδομονάδες Πώς γίνεται η ταυτοποίηση;

Προκαταρκτική ταυτοποίηση Mελέτη της μικροβιακής ανάπτυξης στα αρχικά καλλιεργητικά υλικά Βασίζεται σε ειδικά και κατάλληλα καλλιεργητικά πρωτόκολλα κλινικό υλικό + κλινικές πληροφορίες Σημαντική η συμβολή της άμεσης μικροσκοπικής εξέτασης του υλικού Καταλληλότητα του δείγματος Στοχευμένη αναζήτηση με τροποποίηση του πρωτοκόλλου ή προσθήκη υλικών Γίνεται γρήγορα με την εμφάνιση της πρώτης μικροβιακής ανάπτυξης (18-48 ώρες) Εκτίμηση του αριθμού των παθογόνων μικροβίων Εξάγονται συμπεράσματα για το μικροβιακό γένος Κατευθύνει την επιλογή των κατάλληλων δοκιμασιών και τεχνικών που απαιτούνται για την περαιτέρω ταυτοποίηση Απαιτεί εμπειρία

Πρακτικές οδηγίες για την προκαταρκτική ταυτοποίηση Παρατήρηση και περιγραφή αποικιών σε κάθε θρεπτικό υλικό πολλές οπτικές γωνίες σωστός φωτισμός χρήση μεγεθυντικού φακού Αναζήτηση στοιχείων όπως : Αιμόλυση και είδος αυτής Ερπυσμό των αποικιών Παραγωγή χρωστικής Χαρακτηριστική Οσμή Παρατήρηση ανάπτυξης στα θρεπτικά υλικά Ανάπτυξη σε όλα τα υλικά # επιλεκτική ανάπτυξη Ανάπτυξη στα διαφοροποιητικά υλικά Απόκτηση εμπειρίας Χρήση αξιόπιστων και φρέσκων υλικών Γνώση ιδιοτήτων θρεπτικών υλικών Γνώση βιοχημικών ιδιοτήτων Μελέτη απλών αλγορίθμων Προαπαιτούνται

Βιοχημικές δοκιμασίες ταχείες / 24ωρες Καταλάση Οξειδάση Ινδόλη Κιτρικά Απαιτείται καθαρό καλλιέργημα

Προσοχή στις λεπτομέρειες! Καταλάση όχι από αιματούχο άγαρ (τα ερυθρά περιέχουν καταλάση) Από φρέσκο καλλιέργημα (γρήγορη απώλεια δραστικότητας Οξειδάση Προσοχή στο χρόνο ανάγνωσης του αποτελέσματος Θετική ή με καθυστέρημένη εμφάνιση μέχρι το αναγραφόμενο χρονικό όριο Ινδόλη Spot test, Kovacs ή Ehrlich s; Απαιτεί μόνο αερόβια επώαση Ιδανικό pη υλικού 7.4-7.8. Σε ελάττωση ψευδώς θετικά Κιτρικά Σε τυχόν μεταφορά θρεπτικού υλικού ψευδώς θετικά

Απλός αλγόριθμος για Gram (-) βακτηρίδια Ένα εμπλουτισμένο θρεπτικό υλικό* Αιματούχο με ερυθρά προβάτου Ένα εκλεκτικό και διαφοροποιητικό υλικό ως προς μια βιοχημική ιδιότητα MacConkey Τρείς επιπλέον γρήγορες βιοχημικές δοκιμασίες Βάσει ειδικών χαρακτηριστικών ανάπτυξης Με εκτίμηση της μορφολογίας των αποικιών Ταυτοποίηση από το πρώτο 24h ανάπτυξης *Προσθήκη Σοκολατόχροου από το πρώτο 24ωρο σε υποψία απαιτητικών

Gram (-) βακτηρίδια άιματούχο σοκολατόχροο οξειδάση? MacConkey λακτόζη μορφολογία αποικιών άλλα χαρακτηριστικά ερπυσμός? G (-) β, οξειδάση (-) ερπυσμός, ινδόλη (-) = P. mirabilis ινδόλη G (-) β, οξειδάση (-) ερπυσμός, ινδόλη (+) = P.vulgaris? ινδόλη? G (-) β οξειδάση (+) πυοκυανίνη οσμή = P. aeruginosa?! Προσαρμοσμένο από H.D. Isenberg, Clinical Microbiology Procedures Handbook, 1 st ed., 1992, ASM? β-glucuronidase G (-) β, οξειδάση (-) λακτόζη (+), β-glu (+) = E.coli

Γ. Βρυώνη,Α. Πάγκαλη Μετεκπαιδευτικά μαθήματα Ε.Μ.Ε: 2009-2011

Γ. Βρυώνη,Α. Πάγκαλη Μετεκπαιδευτικά μαθήματα Ε.Μ.Ε: 2009-2011

Γ. Βρυώνη,Α. Πάγκαλη Μετεκπαιδευτικά μαθήματα Ε.Μ.Ε: 2009-2011

Gram (-) βακτηρίδια άιματούχο σοκολατόχροο οξειδάση? MacConkey λακτόζη μορφολογία αποικιών άλλα χαρακτηριστικά ερπυσμός? G (-) β, οξειδάση (-) ερπυσμός, ινδόλη (-) = P. mirabilis ινδόλη G (-) β, οξειδάση (-) ερπυσμός, ινδόλη (+) = P.vulgaris? ινδόλη? G (-) β οξειδάση (+) πυοκυανίνη οσμή = P. aeruginosa?! Προσαρμοσμένο από H.D. Isenberg, Clinical Microbiology Procedures Handbook, 1 st ed., 1992, ASM? β-glucuronidase G (-) β, οξειδάση (-) λακτόζη (+), β-glu (+) = E.coli

Εντεροβακτηριακά Πολλά γένη: Escherichia, Salmonella, Shigella, Klebsiella, Proteus, Enterobacter, Yersinia Ορισμένα στελέχη ευκαιριακά Ορισμένα στελέχη παθογόνα: Salmonella, Shigella, Yersinia, ορισμένα E. Coli Μικρά gram( -)βακτηρίδια Xαρακτηριστικές ιδιότητες Δυνητικά αναερόβια Ζυμώνουν την γλυκόζη* Οξειδάση αρνητικά* Ανάγουν τα νιτρικά σε νιτρώδη Περισσότερα κινητά (Shigella και Klebsiella μη κινητά) *Plesiomonas shigelloides 99% Ox (-), 80% Gluc(+), Serratia fecaria 8% Ox(-) Manual of Clinical Microbiology 9 th ed., 2007

Εντεροβακτηριακά: καλλιέργεια Αναπτύσσονται σε Απλά υλικά nutrient agar Εμπλουτισμένα blood agar Εκλεκτικά MacConkey Διαφορο- / διαχωριστικά Desoxycholate Citrate Agar Hektoen Enteric (HE) agar SS agar ΕΜΒ

Μ. Φουστούκου 10 ο Μετεκπαιδευτικό μάθημα Ε.Μ.Ε

Εντεροβακτηριακά 1.ΦΑΙΝΥΛΑΛΑΝΙΝΗ 2. ΥΔΡΟΘΕΙΟ ΥΔΡΟΘΕΙΟ ΚΙΤΡΙΚΑ 3. INΔ 7. ΚΙΝΗΤΙΚΟΤΗΤΑ 5. ΚΙΤΡΙΚΑ INΔ INΔ 4. ΟΡΝΙΘΙΝΗ 6. ΛΥΣΙΝΗ ΚΙΤΡΙΚΑ ΟΡΝΙΘΙΝΗ INΔ ΛΥΣΙΝΗ ΚΙΤΡΙΚΑ Επιβάλλεται επιβεβαίωση της βιοχημικής ταυτοποίησης στελεχών Salmonella και Shigella με οροτυπία 8. DNAse INΔ Προσαρμοσμένο από H.D. Isenberg, Clinical Microbiology Procedures Handbook, 2 nd ed., 2004, ASM

Εντεροβακτηριακά 1.ΦΑΙΝΥΛΑΛΑΝΙΝΗ 2. ΥΔΡΟΘΕΙΟ 8 Αντιδράσεις ΥΔΡΟΘΕΙΟ Ταυτοποίηση ΚΙΤΡΙΚΑ 3. INΔ 5. ΚΙΤΡΙΚΑ INΔ σε επίπεδο 7. ΚΙΝΗΤΙΚΟΤΗΤΑ γένους INΔ ή είδους 4. ΟΡΝΙΘΙΝΗ 6. ΛΥΣΙΝΗ ΚΙΤΡΙΚΑ ΟΡΝΙΘΙΝΗ INΔ ΛΥΣΙΝΗ ΚΙΤΡΙΚΑ Επιβάλλεται επιβεβαίωση της βιοχημικής ταυτοποίησης στελεχών Salmonella και Shigella με οροτυπία 8. DNAse INΔ Προσαρμοσμένο από H.D. Isenberg, Clinical Microbiology Procedures Handbook, 2 nd ed., 2004, ASM

Εντεροβακτηριακά 1.ΦΑΙΝΥΛΑΛΑΝΙΝΗ 2. ΥΔΡΟΘΕΙΟ ΥΔΡΟΘΕΙΟ ΚΙΤΡΙΚΑ 3. INΔ 7. ΚΙΝΗΤΙΚΟΤΗΤΑ 5. ΚΙΤΡΙΚΑ INΔ INΔ 4. ΟΡΝΙΘΙΝΗ 6. ΛΥΣΙΝΗ ΚΙΤΡΙΚΑ ΟΡΝΙΘΙΝΗ INΔ ΛΥΣΙΝΗ ΚΙΤΡΙΚΑ Επιβάλλεται επιβεβαίωση της βιοχημικής ταυτοποίησης στελεχών Salmonella και Shigella με οροτυπία 8. DNAse INΔ Προσαρμοσμένο από H.D. Isenberg, Clinical Microbiology Procedures Handbook, 2 nd ed., 2004, ASM

Γ. Βρυώνη,Α. Πάγκαλη Μετεκπαιδευτικά μαθήματα Ε.Μ.Ε 2009-2011

25 Βιοχημικές Ιδιότητες

Jawetz, Melnick & Adelberg s Medical Microbiology 22th ed, 2001

Εμπορικά ταυτοποιητικά αντιδραστήρια 20 Δοκιμασίες Δεν περιλαμβάνονται πάντα οι ίδιες δοκιμασίες 16 Δοκιμασίες Υπάρχει αλληλοσυμπλήρωση

Becton, Dickinson and Company PHOENIX Πλήρως αυτοματοποιημένο σύστημα Ταυτοποίησης βακτηρίων Υπολογισμός ΕΑΠ Ανάγνωση αντιδράσεων με χρήση red, green and blue LED and UV

BioMerieux VITEK 2 Πλήρως αυτοματοποιημένο σύστημα Ταυτοποίηση βακτηρίων Gram θετικά και αρνητικά Αποτελέσματα μέχρι 18 ώρες Υπολογισμός ΕΑΠ Τεχνολογία φθορισμού

Αζυμωτικά Gram- Αρνητικά Βακτηρίδια (nonfermenters) Ανομοιογενής ομάδα μικροοργανισμών Σαπρόφυτα του περιβάλλοντος Προκαλούν ευκαιριακές λοιμώξεις Ανοσοκαταστολή Παρουσία Ξένου σώματος Τραυματισμούς Προκαλούν νοσοκομειακές λοιμώξεις Αναπνευστήρες, υγρά διάλυσης, καθετήρες Οριστική ταυτοποίηση συχνά απαιτεί πολυφασικές μεθόδους Προτυπωμένες μέθοδοι ελέγχου της in vitro ευαισθησίας υπάρχουν μόνο για ορισμένα Εμφανίζουν φυσική ή επίκτητη αντοχή

Αζυμωτικά Gram- Αρνητικά Βακτηρίδια Ταυτοποίηση Απαραίτητη για την επιλογή της κατάλληλης θεραπείας Απαραίτητη για επιδημιολογικό έλεγχο Εμφανίζει προβλήματα Φαινοτυπικοί χαρακτήρες μικρής διαγνωστικής αξίας Παρεμφερή Βιοχημικά προφίλ Για την οριστική ταυτοποίηση συχνά απαιτούνται και μοριακές μέθοδοι Επέρχονται συχνές μεταβολές στην ονοματολογία και ταξινόμηση Ορισμένα γένη διακρίνονται περαιτέρω σε γονοείδη. 33 γονοείδη Αcinetobacter Γ.Β.Χριστάκης, ΕΚΜΕΔ, 11(1), 9-20, 2006

Γενικά Χαρακτηριστικά Αζυμωτικών Ποικίλουν μορφολογικά και βιοχημικά Μεγάλη ανάπτυξη στην επιφάνεια του Kligler iron (TSI) χωρίς ανάπτυξη στον πυθμένα ή οξινοποίηση (αρνητική δοκιμασία) Τα αζυμωτικά που διασπούν οξειδωτικά (αεροβίως) τους υδατάνθρακες ονομάζονται οξειδωτές (oxidizers) ή σακχαρολυτικά Τα αζυμωτικά που ΔΕΝ μπορούν να διασπάσουν τους υδατάνθρακες με ζύμωση ή οξείδωση ονομάζονται βιοχημικά αδρανή (biochemically inert, nonoxidizers)ή ασακχαρολυτικά Η οξειδωτικές ή οι ζυμωτικές ιδιότητες ελέγχονται με χρήση OF (oxidative/fermentative) υλικών Στα εμπορικά βιοχημικά ταυτοποιητικά κιτ ΔΕΝ θετικοποιούνται στις 24 ώρες

Αζυμωτικά 1. Οξειδάση-αρνητικα (Acinetobacter) 2. Οξειδάση (+), ινδόλη (-), ασακχαρολυτικά αζυμωτικά κοκκοβακτηρίδια 3. Οξειδάση (+), ινδόλη (-), ασακχαρολυτικά βακτηρίδια Χρώση 4. Οξειδάση αποικιών (+), ινδόλη (-), σακχαρολυτικά κινητά, αζυμωτικά Οξειδάση βακτηρίδια Παραγωγή H2S 5. Οξειδάση (+), ινδόλη (-), σακχαρολυτικά ακίνητα, αζυμωτικά Ανάπτυξη σε Nacl κοκκοβακτηρίδια ή βακτηρίδια Ινδόλη Οξείδωση 6. Halophilic γλυκόζης nonfermenters που απαιτούν NaCl Κινητικότητα 7. Με ρόζ αποικίες Μορφολογία 8. Οξειδάση (+), ινδόλη (+), σακχαρολυτικά κινητά ή ακίνητα με παραγωγή κίτρινης αποικίας, αζυμωτικά βακτηρίδια 8 ομάδες Manual of Clinical Microbiology 8th ed., 2003

Αζυμωτικά Χρώση αποικιών Οξειδάση Παραγωγή H2S Ανάπτυξη σε Nacl Ινδόλη Οξείδωση γλυκόζης Κινητικότητα Μορφολογία 8 ομάδες Manual of Clinical Microbiology 8th ed., 2003

Αζυμωτικά Χρώση αποικιών Οξειδάση Ινδόλη Οξείδωση γλυκόζης Κινητικότητα Μορφολογία 7 ομάδες Manual of Clinical Microbiology 9th ed., 2007

7 ομάδες αζυμωτικών 1. Οξειδάση-αρνητικά 2. Οξειδάση-θετικοί, ινδόλη-αρνητικοί, ασακχαρολυτικοί κόκκοι 3. Οξειδάση-θετικά, ινδόλη-αρνητικά, ασακχαρολυτικά βακτηρίδια 4. Οξειδάση-θετικά, ινδόλη-αρνητικά, σακχαρολυτικά κινητά βακτηρίδια 5. Οξειδάση-θετικά, ινδόλη-αρνητικά, σακχαρολυτικά μη κινητά βακτηρίδια 6. Αζυμωτικά με ροζ αποικίες 7. Αζυμωτικά με κίτρινες αποικίες, οξειδάση-θετικά, ινδόλη-θετικά κινητά ή ακίνητα Manual of Clinical Microbiology 9th ed., 2007

Με ροζ αποικίες Οξειδάση (-) Με κίτρινες αποικίες, Οξειδάση (+), ινδόλη(+) κινητά ή ακίνητα Οξειδάση (+), ινδόλη (-) ασακχαρολυτικοί κόκκοι Οξειδάση(+), ινδόλη (-) ασακχαρολυτικά Οξειδάση(+), ινδόλη (-) σακχαρολυτικά, ακίνητα Οξειδάση(+), ινδόλη (-) σακχαρολυτικά, κινητά Manual of Clinical Microbiology 9th ed., 2007

Asaia spp Methylobacterium spp Roseomonas and Azospirillum spp Acinetobacter spp. CDC Group EO-5 CDC Group NO-1 Bordetella spp Genus Kerstersia Chryseobacterium, Elizabethkingia, Empedobacter, Unnamed CDC Groups IIc, IIe, IIg, IIh, and Iii Weeksella and Bergeyella Balneatrix Sabouraud s Dextrose agar 48h Psychrobacter phenylpyruvicus Moraxella spp Moraxella catrrhalis Oligella spp Haematobacter spp (proposed) MacConkey agar 48h Alcaligenes faecalis & Asaccharolytic Achromobacter spp Advenella incenata Alishewanella fetalis Aquaspirillum Species Laribacter hongkongensis Myroides spp Neisseria weaveri & Neisseria elongata Shewanella species Cupriavidus species Gilardi Rod Group 1 Sphingobacterium and Pedobacter CDC Group EF-4b Paracoccus yeei (EO-2), CDC Groups EO-3, EO-4 Psychrobacter immobilis Achromobacter xylosoxidans Ochrobactrum Species and Achromobacter Groups B, E and F Rhizobium radiobacter Agrobacterium Yellow Group CDC Group Ic CDC Groups O-1, O-2 and O-3 Halomonas venusta & CDC Halophilic Nonfermenter Group 1 Herbaspirillum Species 3 Inquilinus limosus Massilia timonae OFBA-1, Pseudomonas-Like Group 2 Sphingomonas spp, Thermophilic Bacteria

Pseudomonas Μεγάλο και πολύπλοκο μικροβιακό γένος Πολλά είδη κλινικής σημασίας είναι ετερογενή και διακρίνονται σε biovars και genomovars (γονοείδη) Genomovar: γενετικά διακριτές ομάδες που επιβάλλουν τη διάκριση τους σε είδη, αλλά στερούνται διακριτικών βιοχημικών χαρακτηριστικών. Καθορίζονται με συνδυασμό μεθόδων (DNA-DNA reassociation experiments, 16S rrna gene sequencing, chemotaxonomic total fatty acid analysis, total protein pattern analysis) Fluorescent Group P.aeruginosa P.fluorescens & P.putida P.veronii, P.monteilii & P.mosselii Nonfluorescent Group P.stutzeri & P.mendocina P.alcaligenes & P.pseudoalcaligenes P.luteola & P.oryzihabitans

Pseudomonas aeruginosa Δεν ζυμώνει την γλυκόζη Δεν ανάγει τα νιτρικά Οξειδάση θετικό Αυστηρά αερόβια Καταλάση θετικό Κινητό βακτηρίδιο

Ταυτοποιητικά χαρακτηριστικά Αιμολυτικές αποικίες Παραγωγή χρωστικών (pyocanin, pyoverdin) Χαρακτηριστική «φρουτώδης» οσμή Ανάπτυξη σε θερμοκρασία 42 (η μόνη από την ομάδα Fluorescent)

Φθορίζουσα χρωστική

Βλεννώδεις αποικίες 24h 48h

Παραγωγή pyoverdin Fluorescent Group Αναγωγή νιτρικών P.stutzeri Ανάπτυξη σε θερμοκρασία 42 Λοιπές Pseudomonas P.alcaligenes & P.pseudoalcaligenes

Burkholderia Burkholderia mallei Burkholderia pseudomallei Burkholderia cepacia

Burkholderia cepacia complex Περιλαμβάνει 9 είδη Πρόβλημα η ενδογενής αντοχή στα αντιβιοτικά Νοσοκομειακά παθογόνα (αντοχή στα απολυμαντικά) Ευκαιριακά παθογόνα κυρίως σε: Χρόνια Κοκκιωματώδη Νόσο Ινοκυστική Νόσο (cepacia syndrome) Η ταυτοποίηση του complex προβληματική με τα εμπορικά κιτ Η ταυτοποίηση των ειδών μεταξύ τους ιδιαίτερα δύσκολη Πολλές φορές απαιτείται γονοτυπική επιβεβαίωση Ειδικό κέντρο αναφοράς στις Η.Π.Α «Cystic Fibrosis Referral Center» MIC με E test ή μικρομέθοδο αραιώσεων σε ζωμό Κριτήρια του CLSI μόνο για ορισμένα αντιβιοτικά

Καλή ανάπτυξη στα συνήθη θρεπτικά υλικά Σε χρήση εκλεκτικών υλικών (BCSA, PC)* απαιτείται παρατεταμένη επώαση *για την αναστολή της P.aeruginosa 24h 48h

Stenotrophomonas maltophilia Πλέον αποτελεί ανεξάρτητο γένος Ευκαιριακό παθογόνο και σε Ινοκυστική Νόσο Συχνό αίτιο λοιμώξεων σε τραύματα από αγροτικά μηχανήματα Σημαντικό νοσοκομειακό παθογόνο ΜΕΘ - ασθενείς με αναπνευστήρα Χαρακτηριστικές βιοχημικές αντιδράσεις: αρνητική οξειδάση, οξείδωση γλυκόζης και μαλτόζης θετική DNAse (72h) Καλή ταυτοποίηση με API 20NE και τη κάρτα ID-GNB του Vitek-2 MIC με E test ή μικρομέθοδο αραιώσεων σε ζωμό Κριτήρια του CLSI μόνο για ορισμένα αντιβιοτικά

Αναπτύσσεται καλά στα συνήθη θρεπτικά υλικά Η χρήση εκλεκτικών υλικών (VIA, BC + disk imipenem) αυξάνει τα ποσοστά απομόνωσης σε κλινικά και περιβαλλοντικά υλικά 24h 48h

CLSI M100-S15 M2, disk diffusion and M7, MIC

Ευχαριστώ