Αρχές Δοµικής Βιοπληροφορικής Πρωτεϊνών
|
|
- Ιάσων Σπυρόπουλος
- 8 χρόνια πριν
- Προβολές:
Transcript
1 Αρχές Δοµικής Βιοπληροφορικής Πρωτεϊνών (σε <100 διαφάνειες...) Βασίλης Προµπονάς Ερευνητικό Εργαστήριο Βιοπληροφορικής Τµήµα Βιολογικών Επιστηµών Πανεπιστήµιο Κύπρου ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία Web:
2 ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
3 ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
4 ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
5 ΣΥΝΟΨΗ Εισαγωγικά Στοιχεία Βασικές έννοιες Τύποι Προγνωστικών Μεθόδων Πρόβληµα (π.χ. 2ταγής, φ-ψ, TM-τοπολ.) Μέθοδος (Εµπειρικές, Στατιστικές, Μηχανικής Μάθησης) Ειδικά προβλήµατα: Αρχές Μεθόδων Comparative Modelling Πρόβλεψη 2γους δοµής πρωτεϊνών Τοπολογία Διαµεµβρανικών Πρωτεϊνών Συζήτηση.. ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
6 ΣΥΝΟΨΗ Εισαγωγικά Στοιχεία Βασικές έννοιες Τύποι Προγνωστικών Μεθόδων Πρόβληµα (π.χ. 2ταγής, φ-ψ, TM-τοπολ.) Μέθοδος (Εµπειρικές, Στατιστικές, Μηχανικής Μάθησης) Ειδικά προβλήµατα: Αρχές Μεθόδων Comparative Modelling Πρόβλεψη 2γους δοµής πρωτεϊνών Τοπολογία Διαµεµβρανικών Πρωτεϊνών Συζήτηση.. ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
7 Αλφαβητάρι (Μοριακής) Βιολογίας Ορισµένες λέξεις κλειδιά Γονιδίωµα/τα Χρωµόσωµα/τα Γονίδιο/α Πρωτεΐνη/ες ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
8 Η ροή της Γενετικής πληροφορίας Το Κεντρικό Δόγµα Αντιγραφή Replication DNA Μεταγραφή Transcription RNA Μετάφραση Translation PROTEIN ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
9 Το DNA αποθηκεύει πληροφορία...actgtctgaccggcagca......tgacagactggccgtcgt... ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
10 Οι πρωτεΐνες διεκπεραιώνουν τη βρώµικη δουλειά ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
11 Πρωτεΐνες Συγκροτούνται από µία ή περισσότερες πολυπεπτιδικές αλυσίδες (οµο- ή ετεροπολυµερή) Η Λειτουργική Εργαλειοθήκη κάθε κυττάρου ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
12 Πρωτεϊνες: Η Λειτουργική Εργαλειοθήκη κάθε κυττάρου Ένζυµα (Enzymes) Μεταφορά-Αποθήκευση (Transport-Storage) Κίνηση (Motion) Δέσµευση ουσιών (Binding) Μοριακή Αναγνώριση (Molecular Recognition) Μεταγωγή Σήµατος (Signal Transduction) ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία Δοµικές πρωτεΐνες (Structural Proteins) Παραγωγή Ενέργειας (Energy Production) Ρύθµιση Κυτταρικών Διεργασιών και Διαφοροποίηση (Cell Regulation and Differentiation)... (...)
13 Οι πρωτεΐνες διεκπεραιώνουν τη βρώµικη δουλειά...lsafsfnrfetsskmarynlpcprsllails... Image adapted from Petsko & Ringe, Protein structure and function ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
14 Πίσω στο Κεντρικό Δόγµα Σχεδόν για όλες τις πρωτεΐνες Αλληλουχία Sequence τρισδιάστατη Δοµή 3D-structure Function Καθορίζει..VEQCCTSICSLYQL.. Ο Γενετικός κώδικας είναι εκφυλισµένος ΚΑΙ σε αυτό το επίπεδο Καθορίζει ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία Glucose Uptake Pathway Glycogen Synthesis Pathway Formation of triglycerides
15 Βασικές αρχές δοµής πρωτεϊνών Αµινοξέα: Οι δοµικοί λίθοι ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
16 Βασικές αρχές δοµής πρωτεϊνών Αµινοξέα: Οι δοµικοί λίθοι (ΙΙ) ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
17 Η δοµή των πρωτεϊνών ακολουθεί µια ιεραρχία Πρωτοταγής Δευτεροταγής Τοπικές διαµορφώσεις της πολυπεπτιδικής αλυσίδας Τριτοταγής Αµινοξική Ακολουθία Τρισδιάστατο Δίπλωµα (Fold) Τεταρτοταγής Αλληλεπιδράσεις πρωτεΐνης ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
18 Αυτοτελή δοµικά στοιχεία (Structural Domains) Αυθύπαρκτες δοµικές οντότητες Διακριτή οργάνωση Ανεξάρτητες στο Δίπλωµα Λειτουργική αυτοτέλεια! Όχι πάντα συνεχόµενα τµήµατα πολυπεπτιδικής αλυσίδας! Όχι πάντα από την ίδια πολυπεπτιδική αλυσίδα ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
19 Protein Data Bank - PDB Εγγραφές: Αποτελέσµατα πειραµάτων προσδιορισµού πρωτεϊνικών δοµών Μεµονωµένες πρωτεϊνικές υποµονάδες Πρωτεϊνικά σύµπλοκα ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
20 Η ανάπτυξη της PDB ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία Από: Bourne and Wu (2009)
21 Structural Classification of Proteins (SCOP) Murzin, et al., Ιεραρχική Ταξινόµηση που αντανακλά: Εξελικτικές σχέσεις Αρχές Πρωτεϊνικής Δοµής Με το ΜΑΤΙ!! Βασική οντότητα τα DOMAINS ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
22 Η ιεραρχία της SCOP Family (Οικογένεια) Superfamily (Υπερ-οικογένεια) Fold (Δίπλωµα) Class (Κατηγορία/Κλάση) Κατά κύριο λόγο εκφράζει το περιεχόµενο δευτεροταγούς δοµής ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
23 ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
24 Κύριες κατηγορίες διπλώµατος all-α all-β α/β α+β ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
25 Η ιεραρχία της SCOP Family (Οικογένεια) Superfamily (Υπερ-οικογένεια) Fold (Δίπλωµα) Σηµαντική Δοµική Οµοιότητα Κοινά κύρια στοιχεία δευτεροταγούς δοµής Κοινή διευθέτηση Κοινή τοπολογία διασυνδέσεων Η οµοιότητα οφείλεται στη φυσικοχηµεία των πρωτεϊνών και ΟΧΙ σε εξελικτική συσχέτιση Class (Κατηγορία/Κλάση) ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
26 ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
27 Η ιεραρχία της SCOP Family (Οικογένεια) Superfamily (Υπερ-οικογένεια) Πιθανή κοινή εξελικτική προέλευση Χαµηλά επίπεδα οµοιότητας πρωτοταγούς δοµής Κοινά δοµικά χαρακτηριστικά Fold (Δίπλωµα) Class (Κατηγορία/Κλάση) ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
28 Είµαστε µια ωραία ΥΠΕΡοικογένεια... ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
29 Η ιεραρχία της SCOP Family (Οικογένεια) Ξεκάθαρη εξελικτική σχέση Καθορίζεται µε βάση 2 (εξελικτικά) κριτήρια Ανά δύο >30% ταυτόσηµα κατάλοιπα Πολύ όµοιες δοµές και λειτουργίες Superfamily (Υπερ-οικογένεια) Fold (Δίπλωµα) Class (Κατηγορία/Κλάση) ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
30 Είµαστε µια ωραία οικογένεια... ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
31 Μια µατιά στην CATH [???] Orengo et al., Homologous superfamily Topology Architecture Class ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
32 Πόσα (διαφορετικά) Domains?? ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία Από: Bourne and Wu (2009)
33 ... µα τι είναι η δοµή?? ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
34 voila!! ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
35 ΣΥΝΟΨΗ Εισαγωγικά Στοιχεία Βασικές έννοιες Τύποι Προγνωστικών Μεθόδων Πρόβληµα (π.χ. 2ταγής, φ-ψ, TM-τοπολ.) Μέθοδος (Εµπειρικές, Στατιστικές, Μηχανικής Μάθησης) Ειδικά προβλήµατα: Αρχές Μεθόδων Comparative Modelling Πρόβλεψη 2γους δοµής πρωτεϊνών Τοπολογία Διαµεµβρανικών Πρωτεϊνών Συζήτηση.. ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
36 Προγνωστικές Μέθοδοι?? ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
37 Πίσω στο Κεντρικό Δόγµα Σχεδόν για όλες τις πρωτεΐνες Αλληλουχία Sequence τρισδιάστατη Δοµή 3D-structure Function Καθορίζει..VEQCCTSICSLYQL.. Ο Γενετικός κώδικας είναι εκφυλισµένος ΚΑΙ σε αυτό το επίπεδο Καθορίζει ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία Glucose Uptake Pathway Glycogen Synthesis Pathway Formation of triglycerides
38 Προσοχή στο κενό... ΤΕΡΑΣΤΙΟΣ ΟΓΚΟΣ ΔΕΔΟΜΕΝΩΝ ΑΛΛΗΛΟΥΧΙΩΝ Γονιδιωµατική και µετα-γονιδιωµατική Εποχή ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
39 Προσοχή στο κενό... ΤΕΡΑΣΤΙΟΣ ΟΓΚΟΣ ΔΕΔΟΜΕΝΩΝ ΑΛΛΗΛΟΥΧΙΩΝ Γονιδιωµατική και µετα-γονιδιωµατική Εποχή ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
40 Πειραµατικός Προσδιορισµός Επίπονη Χρονοβόρα Ακριβή Διαδικασία Κρυσταλλογραφία ακτίνων-χ Μαγνητικός Πυρηνικός Συντονισµός Ηλεκτρονική Μικροσκοπία Μέθοδοι Πρόβλεψης καλούνται να καλύψουν ΤΟ ΚΕΝΟ Τι προβλέψεις? ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
41 Πρόβλεψη σε 3D INPUT >X-factor hypothetical protein SHTDIKVPDFSDYRRPEVLD STKSSKESSEARKGFSY OUTPUT ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
42 Πρόγνωση της τρισδιάστατης πρωτεϊνικής δοµής Συγκριτική Προτυποποίηση Comparative (Homology) Modeling Threading ( Αρµάθιασµα, Fold Recognition, Inverse Protein Folding) Πρόγνωση από πρώτες αρχές (ab initio methods) ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
43 Πρόγνωση της δοµής πρωτεϊνών ΠΡΟΒΛΗΜΑ: Ερωτήµατα Έχω την ακολουθία µιας νέας πρωτεΐνης Γνωστό δίπλωµα? ΝΑΙ: µπορώ να βρώ τις λεπτοµέρειες? ΟΧΙ: ποιο είναι τότε? Γιατί µε απασχολεί όµως?? ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
44 Γιατί?? Περιέργεια!! Γνώση 3D-δοµής Λειτουργία Εξέλιξη Ορθολογικός σχεδιασµός φαρµάκων Σχεδιασµός & Μηχανική Πρωτεϊνών Πρόβλεψη πρωτεϊνικών αλληλεπιδράσεων... ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
45 Γιατί?? ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία Από: Bourne and Wu (2009)
46 Πώς όµως?? Αµινοξική Ακολουθία... AKLYCMVHAAIL... Οµολογία Δοµική Αναλογία Εµπειρική Γνώση ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία Θεωρία Πειραµατικοί Περιορισµοί
47 ... είναι εφικτό?? Τα καλά νέα: Η θερµοδυναµική υπόθεση (C. Anfinsen) Τα άσχηµα νέα: Ο τρόπος δεν είναι πάντα προφανής Δεν υπάρχει αναλυτική σχέση ακολουθίας-δοµής ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
48 Συγκριτική προτυποποίηση (aka Comparative or Homology Modeling) Ξεκάθαρη σχέση µε προσδιορισµένη δοµή Οµοιότητα στο επίπεδο της αλληλουχίας Βασικές Αρχές Φυσικά η Θερµοδυναµική Υπόθεση (Πολύ) όµοιες ακολουθίες αναµένουµε να διπλώνουν µε τον ίδιο τρόπο Η δοµή περισσότερο συντηρηµένη από ακολουθία ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
49 Συγκριτική προτυποποίηση (aka Comparative or Homology Modeling) 1.Εντοπισµός κατάλληλης δοµής-µήτρας (template) και αρχική στοίχιση (seq) [αν δεν βρω?] 2.Βελτίωση της στοίχισης (seq) 3.Κατασκευή κύριας αλυσίδας 4.Προτυποποίηση θηλιών 5.Προτυποποίηση πλευρικών αλυσίδων 6.Βελτιστοποίηση µοντέλου 7.Επικύρωση µοντέλου Σε κάθε βήµα υπάρχουν εναλλακτικοί τρόποι προσέγγισης ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
50 ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
51 1. Εντοπισµός κατάλληλης δοµής-µήτρας (template) - στοίχιση Βασιζόµαστε στις υπάρχουσες µεθοδολογίες (DP, BLASTP, FASTA µη βιάζεστε, στα επόµενα...) Αναζήτηση έναντι των ακολουθιών εγγραφών της PDB Δυνητικά σε 2 βήµατα Κρίσιµα σηµεία Επιλογή 1(??) δοµής-µήτρας [κριτήρια??] Στοίχιση στο επίπεδο ακολουθίας ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
52 ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
53 ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
54 2. Βελτίωση της στοίχισης Δυναµικός προγραµµατισµός (δείτε επόµενα) Μαθηµατικά βέλτιστη στοίχιση Βιολογικά/Δοµικά?? Πιθανή χρήση (επιπλέον) οµόλογων profile alignment multiple sequence alignment Αξιοποίηση δοµικών περιορισµών Κανονικές δευτεροταγείς δοµές Θηλιές ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
55 ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
56 3. Κατασκευή κύριας αλυσίδας Αντιγραφή από τη δοµή-µήτρα Αποφυγή λαθών εγγραφών PDB Εντοπισµός πχ PDBREPORT: επιλογή µήτρας µε τα λιγότερα σφάλµατα Χρήση πολλαπλών µητρών Πλεονεκτικό: κάλυψη µεγαλύτερου τµήµατος της άγνωστης πρωτεΐνης Δεν είναι πάντα απλό... ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
57 (Εντοπισµός πιθανών σφαλµάτων) Μικρές αποστάσεις ατόµων Ασυνήθιστα µήκη/γωνίες δεσµών Ασυνήθιστα διαστροφοµερή Missing atoms... ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
58 4. Προτυποποίηση θηλιών Στοιχίσεις µε κενά Insertions => δεν υπάρχει δοµή για τη θηλιά Deletions => πρέπει να ενωθούν µη διαδοχικά κατάλοιπα Απαιτούνται στεροδιαταξικές αλλαγές στην κύρια αλυσίδα της µήτρας όχι σε κανονικές δευτεροταγείς δοµές δεν είναι εύκολο να προβλεφθούν υπάρχει εγγενές πρόβληµα ακόµη και χωρίς κενά επιφανειακές θηλιές => κρυσταλλογραφικές επαφές µέγεθος πλευρικών αλυσίδων ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
59 4. Προτυποποίηση θηλιών (II) Δύο κύριες προσεγγίσεις Knowledge based Αναζήτηση στην PDB για θηλιές µε τα ίδια άκρα Αντιγραφή της στερεοδιάταξης Energy based Χρησιµοποίηση ab initio τεχνικών (δείτε παρακάτω??) Ελαχιστοποίηση ενέργειας (Monte Carlo, Simulated annealing) Αποδοτικές µόνο για µικρές θηλιές (<10aa) ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
60 5. Προτυποποίηση πλευρικών αλυσίδων Ύπαρξη διαστροφοµερών (rotamer) Διαφορετικές στερεοδιατάξεις σχετικά µε την κύρια αλυσίδα Συχνά οµόλογες δοµές έχουν παρόµοιες χ1 Προτιµήσεις => rotamer libraries Επιρροή από γειτονικές πλευρικές αλυσίδες Επιρροή στην κύρια αλυσίδα Επιρροή από την κύρια αλυσίδα Απόδοση Καλή στον υδρόφοβο πυρήνα Μειωµένη σε επιφανειακά κατάλοιπα ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
61 6. Βελτιστοποίηση µοντέλου Πρόβλεψη διαστροφοµερών Ενεργειακή ελαχιστοποίηση Πρόβλεψη επιπτώσεων στην κύρια αλυσίδα + αλλαγές Σύγκλιση? ΤΕΛΟΣ ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
62 6. Βελτιστοποίηση µοντέλου (ΙΙ) Ελαχιστοποίηση ενέργειας Στο σύνολο της δοµής!!! Απαιτείται ακρίβεια στη συνάρτηση ενέργειας Αποφυγή ΧΟΝΤΡΩΝ λαθών Εισαγωγή µικρών (συχνά ανεπιθύµητων) λαθών Χρήση δοµικών περιορισµών Χρήση µε φειδώ... Χρήση τεχνικών µοριακής δυναµικής ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
63 7. Επικύρωση µοντέλου Εντοπισµός πιθανών λαθών Χρήση ενεργειακών υπολογισµών Έλεγχος κανονικότητας µήκη δεσµών (επίπεδες) γωνίες δεσµών δίεδρες γωνίες 3D κατανοµή πολικών/υδρόφοβων καταλοίπων γεωµετρία ατοµικών επαφών Το πλήθος (και η σοβαρότητα) τους εξαρτάται οµοιότητα σε επίπεδο ακολουθίας σφάλµατα στη δοµή-µήτρα ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
64 Συγκριτική προτυποποίηση: Επιδόσεις Πλεονεκτήµατα Ταχύτητα Ακρίβεια (RMSD 1-3Å) Μειονεκτήµατα Ακρίβεια εξαρτώµενη της περιοχής (πχ θηλιές) Εξαρτάται από την ποιότητα στοίχισης, µέγεθος PDB, αντιπροσωπευτικού δείγµατος δοµών Προβληµατική στο 'Twilight Zone', ORFans Δε δίνει πληροφορία για το µηχανισµό διπλώµατος Όχι και τόσο απλή διαδικασία τελικά :-( ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
65 Εάν δε βρω κατάλληλη δοµή-µήτρα? ΑΤΥΧΗΣΕΣ!!! Ab initio και Fold recognition ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
66 Προβλέψεις σε 1D-2D-2.5D Μικρότερη ευκρίνεια Απλούστερες (??) Χρήσιµες πληροφορίες Σηµείο έναρξης για ab initio/threading (??) ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
67 2D-2.5D??? Πρόγνωση δευτεροταγούς δοµής σφαιρικών υδατοδιαλυτών πρωτεϊνών Πρόγνωση της τοπολογίας διαµεµβρανικών πρωτεϊνών α-ελικοειδείς διαµεµβρανικές πρωτεΐνες διαµεµβρανικά β-βαρέλια Πρόγνωση πεπτιδίων-οδηγών Πρόγνωση PTMs Αλληλεπιδράσεις καταλοίπων... ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
68 Πρόγνωση δευτεροταγούς δοµής σφαιρικών υδατοδιαλυτών πρωτεϊνών Ένα από τα πιο δηµοφιλή προβλήµατα δοµικής υπολογιστικής βιολογίας Ποικιλία Μεθοδολογικών Προσεγγίσεων Εµπειρικές Στατιστικές Μηχανικής Μάθησης ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
69 Πρόβληµα 1D The problem: An intermediate solution/representation: Restating the problem: Adapted from: Zvelebil & Baum, 2008 ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
70 Καθορισµός Δευτεροταγούς Δοµής ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία Από: Bourne and Wu (2009)
71 Καθορισµός Δευτεροταγούς Δοµής: Λυµένο Πρόβληµα? ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία Από: Bourne and Wu (2009)
72 Στοιχεία Δευτεροταγούς Δοµής ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
73 Σηµαντικά Επιτεύγµατα Χρήση Μεθόδων Μηχανικής Μάθησης (π.χ. ANNs, SVMs) Ενσωµάτωση εξελικτικής πληροφορίας (π.χ. πολλαπλές στοιχίσεις) ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
74 Επαλήθευση των προγνώσεων Μέτρα Ακρίβειας Πρόγνωσης Για µια αλυσίδα Ν καταλοίπων Ακρίβεια Segment Overlap (SOV; Zemla et al., 1999) ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
75 SOV??? Από: Zvelebil and Baum (2008) Τροποποίηση από: Zemla et al., 1999 ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
76 Τεχνικές Βασισµένες σε Προτιµήσεις Αµινοξικών Καταλοίπων ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία Από: Bourne and Wu (2009)
77 Τεχνικές 1ης Γενιάς (ή µίας αλληλουχίας) ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
78 Τεχνικές 2ης Γενιάς (ANNs) ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
79 Τεχνικές 2ης Γενιάς (HMMs) ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
80 Τεχνικές 2ης Γενιάς (SVMs) ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
81 Μην ξεχνάτε: Η ποιότητα εξαρτάται από το στόχο!! Από: Zvelebil and Baum (2008) ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
82 Μην ξεχνάτε: Η ποιότητα εξαρτάται από το στόχο!! Από: Zvelebil and Baum (2008) ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
83 Ανάλυση, Πρόβλεψη και Μοντελοποίηση της Δοµής Διαµεµβρανικών Πρωτεϊνών ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία Από: Bourne and Wu (2009)
84 Λίγη (προσωπική) Ιστορία Topology prediction Classification Sequence Analysis ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία Tools/Servers freely available at:
85 Ανάλυση, Πρόβλεψη και Μοντελοποίηση της Δοµής Διαµεµβρανικών Πρωτεϊνών A simple (?) problem... ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
86 Ανάλυση, Πρόβλεψη και Μοντελοποίηση της Δοµής Διαµεµβρανικών Πρωτεϊνών And a solution... A simple (?) problem... Structural analysis of PDB polytopic TM entries Instance based (knn) classification scheme Promponas et al. (submitted). ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία TM1 TM1 TM2 TM2 TM3 TM3 TM4 TM4 TM5 TM5
87 Η µέθοδος των κ-πλησιέστερων γειτόνων (knn) ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
88 Τεχνικές Ανάλυσης Σήµατος: Εφαρµογή στην πρόβλεψη της τοπολογίας διαµεµβρανικών ββαρελιών ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
89 Τεχνικές Ανάλυσης Σήµατος: Εφαρµογή στην πρόβλεψη της τοπολογίας διαµεµβρανικών ββαρελιών Transform Seq->TS The spectral density ratio model A proper distance... and a clustering method ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία Ioannou et al, BioSystems, 2010.
90 Συζήτηση... Διαδικτυακές πηγές Protein Data Bank SCOP CATH GOLD Επιπλέον διδακτικό υλικό: ΒΙΟ 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία
Πρόγνωση δομής πρωτεϊνών (Μέρος Ι)
Πρόγνωση δομής πρωτεϊνών (Μέρος Ι) Βασίλης Προμπονάς, PhD Ερευνητικό Εργαστήριο Βιοπληροφορικής Τμήμα Βιολογικών Επιστημών Νέα Παν/πολη, Γραφείο B161 Πανεπιστήμιο Κύπρου Ταχ.Κιβ. 20537 1678, Λευκωσία ΚΥΠΡΟΣ
Διαβάστε περισσότεραΠρογνωστικές μέθοδοι με βάση αμινοξικές αλληλουχίες
Προγνωστικές μέθοδοι με βάση αμινοξικές αλληλουχίες Vasilis Promponas Bioinformatics Research Laboratory Department of Biological Sciences University of Cyprus ΣΥΝΟΨΗ Εισαγωγή Πρόγνωση της δομής πρωτεϊνών
Διαβάστε περισσότεραΒάσεις δομικών δεδομένων βιολογικών μακρομορίων
Βάσεις δομικών δεδομένων βιολογικών μακρομορίων Vasilis Promponas Bioinformatics Research Laboratory Department of Biological Sciences University of Cyprus Εισαγωγή Βασικές αρχές δομής πρωτεϊνών και νουκλεϊκών
Διαβάστε περισσότεραΣύγκριση και κατηγοριοποίηση πρωτεϊνικών δομών
Σύγκριση και κατηγοριοποίηση πρωτεϊνικών δομών Βασίλης Προμπονάς, PhD Ερευνητικό Εργαστήριο Βιοπληροφορικής Τμήμα Βιολογικών Επιστημών Νέα Παν/πολη, Γραφείο B161 Πανεπιστήμιο Κύπρου Ταχ.Κιβ. 20537 1678,
Διαβάστε περισσότεραΔΟΜΗ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ II. Σελίδα 1 ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ. Τ. Θηραίου
ΔΟΜΗ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ II Σελίδα 1 Υπολογιστικός Προσδιορισμός Δομής πειραματικός προσδιορισμός δομών κρυσταλλογραφία ακτίνων X πυρηνικός μαγνητικός συντονισμός (NMR) χρόνος / κόστος / περιορισμοί sequence - structure
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 20: Υπολογιστικός Προσδιορισμός Δομής (2/3), 1 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου
Βιοπληροφορική Ενότητα 20: Υπολογιστικός Προσδιορισμός Δομής (2/3), 1 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι κατανόηση της μεθόδου προτυποποίησης πρωτεϊνών με ομολογία. παρουσίαση
Διαβάστε περισσότεραΑρχιτεκτονική της τρισδιάστατης δομής πρωτεϊνών
Αρχιτεκτονική της τρισδιάστατης δομής πρωτεϊνών Βασίλης Προμπονάς, PhD Ερευνητικό Εργαστήριο Βιοπληροφορικής Τμήμα Βιολογικών Επιστημών Νέα Παν/πολη, Γραφείο B161 Πανεπιστήμιο Κύπρου Ταχ.Κιβ. 20537 1678,
Διαβάστε περισσότεραΑσκήσεις 3& 4. Πρωτεϊνική Αρχιτεκτονική. Πλατφόρμες Πρόβλεψης & Προσομοίωσης 2ταγούς Δομής. Μοριακή Απεικόνιση
Ασκήσεις 3& 4 Πρωτεϊνική Αρχιτεκτονική Πλατφόρμες Πρόβλεψης & Προσομοίωσης 2ταγούς Δομής Μοριακή Απεικόνιση Πρωτεϊνική Αρχιτεκτονική Πρωτεϊνική Αρχιτεκτονική: Η τρισδιάστατη δομή μιας πρωτεΐνης και πως
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική Ι. Παντελής Μπάγκος. Παν/µιο Στερεάς Ελλάδας
Βιοπληροφορική Ι Παντελής Μπάγκος Παν/µιο Στερεάς Ελλάδας Λαµία 2006 1 Βιοπληροφορική Ι Εισαγωγή: Ορισµός της Βιοπληροφορικής, Υποδιαιρέσεις της Βιοπληροφορικής, Τα είδη των δεδοµένων στη Βιοπληροφορική.
Διαβάστε περισσότεραΆσκηση 7. Προσομοίωση 3D Δομών Βιομορίων μέσω. Ομολογίας & Threading
Άσκηση 7 Προσομοίωση 3D Δομών Βιομορίων μέσω Ομολογίας & Threading Προσομοίωση 2ταγούς δομής πρωτεϊνών Δευτεροταγής Δομή: Η 2ταγής δομή των πρωτεϊνών είναι σταθερή τοπική διαμόρφωση της πολυπεπτιδικής
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 21: Υπολογιστικός Προσδιορισμός Δομής (3/3), 1 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου
Βιοπληροφορική Ενότητα 21: Υπολογιστικός Προσδιορισμός Δομής (3/3), 1 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι επισκόπηση των μεθόδων αναγνώρισης διπλώματος και απ αρχής πρόγνωσης
Διαβάστε περισσότεραΕΙΣΑΓΩΓΗ Ι. Στοιχεία Μοριακής Βιολογίας Βιολογικά Μακρομόρια ΙΙ. Επισκόπηση του πεδίου της Υπολογιστικής Βιολογίας - Βιοπληροφορικής
ΕΙΣΑΓΩΓΗ Ι. Στοιχεία Μοριακής Βιολογίας Βιολογικά Μακρομόρια ΙΙ. Επισκόπηση του πεδίου της Υπολογιστικής Βιολογίας - Βιοπληροφορικής Vasilis Promponas Bioinformatics Research Laboratory Department of Biological
Διαβάστε περισσότεραΑσκήσεις 1 & 2. Βάσεις Δεδομένων. Εργαλεία Αναζήτησης ClustalW & Blast
Ασκήσεις 1 & 2 Βάσεις Δεδομένων Εργαλεία Αναζήτησης ClustalW & Blast Μοριακή Προσομοίωση Εισαγωγή: Δομική Βάση Βιολογικών Φαινομένων Η αξιοποίηση του πλήθους των δομικών στοιχείων για την εξαγωγή βιολογικά
Διαβάστε περισσότεραΔΟΜΗ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ. Σελίδα 1 ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ. Τ. Θηραίου
ΔΟΜΗ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ Σελίδα 1 κύρια αλυσίδα main chain πεπτιδικός δεσμός πλευρική αλυσίδα side chain αμινομάδα amino group α άνθρακας Σελίδα 2 καρβοξυλομάδα carboxyl group Σελίδα 3 Ramachandran Plot Σελίδα 4
Διαβάστε περισσότεραΑρχές οµικής Βιοπληροφορικής. Πρωτεΐνες. Αµινοξέα. (Υδρόφοβα)
Αρχές οµικής Βιοπληροφορικής Πρωτεΐνες Αµινοξέα (Υδρόφοβα) Αµινοξέα Αµινοξέα (πολικά) Αµινοξέα φορτισµένα πολικά Αµινοξέα (φορτισµένα) Αµινοξέα Αµινοξέα Αµινοξέα Τί µένει; Σπάνια αµινοξέα πρωτεϊνών (π.χ.
Διαβάστε περισσότεραΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ
ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ (ΒΙΟ 003) Εισαγωγή στη Βιοπληροφορική Διδάσκοντες: Χρήστος Ουζούνης, Βασίλειος Ι. Προµπονάς ΓΕΝΙΚΕΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΕΣ Διαλέξεις Τρίτη και Παρασκευή 10:30 12:00,
Διαβάστε περισσότεραΑλγόριθμοι Εύρεσης Ομοιοτήτων Ακολουθιών
Αλγόριθμοι Εύρεσης Ομοιοτήτων Ακολουθιών Μέρος Ι: Στοιχίσεις ακολουθιών κατά ζεύγη Βασίλης Προμπονάς, PhD Ερευνητικό Εργαστήριο Βιοπληροφορικής Τμήμα Βιολογικών Επιστημών Νέα Παν/πολη, Γραφείο B161 Πανεπιστήμιο
Διαβάστε περισσότεραΣυγκριτική Γονιδιωματική
ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ ΙΙ Συγκριτική Γονιδιωματική Παντελής Μπάγκος 1 2 Μέθοδοι Ανάλυσης Μέθοδοι βασισμένες στην ομοιότητα ακολουθιών Τοπική ομοιότητα Ολική ομοιότητα Προγνωστικές μέθοδοι Δευτεροταγής δομή Διαμεμβρανικά
Διαβάστε περισσότεραΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ
ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ BIO 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία Διδάσκων: Βασίλειος Ι. Προμπονάς, Ph.D. Επίκουρος Καθηγητής Βιοπληροφορικής ΓΕΝΙΚΕΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΕΣ Διαλέξεις Δευτέρα
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 17: Δομή Πρωτεϊνών, 1 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου
Βιοπληροφορική Ενότητα 17: Δομή Πρωτεϊνών, 1 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι επισκόπηση των βασικών στοιχείων των πρωτεϊνικών δομών. συσχέτιση ακολουθίας δομής λειτουργίας.
Διαβάστε περισσότεραΔομή και λειτουργία πρωτεϊνών. Το κύριο δομικό συστατικό των κυττάρων. Το κύριο λειτουργικό μόριο
Δομή και λειτουργία πρωτεϊνών Το κύριο δομικό συστατικό των κυττάρων. Το κύριο λειτουργικό μόριο Πρωτεΐνες Κύριο συστατικό κυττάρου Δομικοί λίθοι αλλά και επιτελεστές λειτουργίας κυττάρου ένζυμα, μεταφορά,
Διαβάστε περισσότεραΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ
ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ (ΒΙΟ 003) Εισαγωγή στη Βιοπληροφορική Διδάσκων: Βασίλειος Ι. Προμπονάς, Ph.D. Λέκτορας Βιοπληροφορικής ΓΕΝΙΚΕΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΕΣ Διαλέξεις Φροντιστήριο Τρίτη και
Διαβάστε περισσότεραΑΣΚΗΣΗ 3η Στοίχιση ακολουθιών βιολογικών µακροµορίων
ΑΣΚΗΣΗ 3η Στοίχιση ακολουθιών βιολογικών µακροµορίων ΕΙΣΑΓΩΓΗ Ένας από τους πρωταρχικούς στόχους της σύγκρισης των ακολουθιών δύο µακροµορίων είναι η εκτίµηση της οµοιότητάς τους και η εξαγωγή συµπερασµάτων
Διαβάστε περισσότεραΓΩΝΙΕΣ φ, ψ ΚΑΙ ΕΠΙΤΡΕΠΤΕΣ ΔΙΑΜΟΡΦΩΣΕΙΣ ΤΗΣ ΠΟΛΥΠΕΠΤΙΔΙΚΗΣ ΑΛΥΣΙΔΑΣ
ΓΩΝΙΕΣ φ, ψ ΚΑΙ ΕΠΙΤΡΕΠΤΕΣ ΔΙΑΜΟΡΦΩΣΕΙΣ ΤΗΣ ΠΟΛΥΠΕΠΤΙΔΙΚΗΣ ΑΛΥΣΙΔΑΣ ΜΕΤΡΗΣΗ ΤΗΣ ΓΩΝΙΑΣ φ φ Ccarbonyl n Ccarbonyl n N Cα n Ccarbonyl n-1 Cα n N φ Ccarbonyl n-1 ΜΕΤΡΗΣΗ ΤΗΣ ΓΩΝΙΑΣ ψ φ ψ Ccarbonyl n N (Ca
Διαβάστε περισσότεραΕισαγωγή στη Μοριακή Προσοµοίωση
Κεφάλαιο 6 Εισαγωγή στη Μοριακή Προσοµοίωση 6.1. Μοριακή Μηχανική 6.1.1. Εισαγωγή στη µεθοδολογία του «απ αρχής» διπλώµατος της πρωτείνης. Η ενέργεια κάθε µορίου µπορεί θεωρητικά να υπολογιστεί µε την
Διαβάστε περισσότεραΠρόβλεψη δομής πρωτεϊνών
Πρόβλεψη δομής πρωτεϊνών (Prediction of Protein Structure) http://www.youtube.com/watch?v=ms_ehuvvkkk&feature=player_detailpage http://lectures.molgen.mpg.de/proteinstructure/comparativemodelling/ Ενώ
Διαβάστε περισσότεραΕισαγωγή στις πρωτεΐνες Δομή πρωτεϊνών Ταξινόμηση βάσει δομής Βάσεις με δομές πρωτεϊνών Ευθυγράμμιση δομών Πρόβλεψη 2D δομής Πρόβλεψη 3D δομής
Εισαγωγή στις πρωτεΐνες Δομή πρωτεϊνών Ταξινόμηση βάσει δομής Βάσεις με δομές πρωτεϊνών Ευθυγράμμιση δομών Πρόβλεψη 2D δομής Πρόβλεψη 3D δομής Τι είναι η πρωτεΐνη Τι εννοούμε με δομή πρωτεϊνών Οικογένειες
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 19: Υπολογιστικός Προσδιορισμός Δομής (1/3), 2 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου
Βιοπληροφορική Ενότητα 19: Υπολογιστικός Προσδιορισμός Δομής (1/3), 2 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι κατανόηση της αναγκαιότητας και των εφαρμογών της υπολογιστικής
Διαβάστε περισσότεραΒιοφυσική. ΦΥΣ 415 Διδάσκων Σ. Σκούρτης (χειμερινό εξάμηνο ) 3 η Διάλεξη
Βιοφυσική ΦΥΣ 415 Διδάσκων Σ. Σκούρτης (χειμερινό εξάμηνο 2009-10) 3 η Διάλεξη Από την προηγούμενη διάλεξη: Οι πρωτεΐνες εκτελούν τις περισσότερες βιολογικές λειτουργίες π.χ Ενζυμική κατάλυση (επιτάχυνση
Διαβάστε περισσότεραΕνεργειακή ανάλυση βιομορίων
Ενεργειακή ανάλυση βιομορίων Τα βιομόρια ως φυσικά συστήματα πρωτεΐνες, DNA, πεπτίδια, μικρά μόρια (ligands, φάρμακα) Αλληλεπιδράσεις μεταξύ των ατόμων + επίδραση του περιβάλλοντος νερού σταθεροποίηση
Διαβάστε περισσότεραΕΡΓΑΣΤΗΡΙΑΚΕΣ ΑΣΚΗΣΕΙΣ
ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΑΚΕΣ ΑΣΚΗΣΕΙΣ ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ Σελίδα 1 Αναζήτηση πληροφορίας σε βιολογικές ΒΔ Αναζήτηση δεδομένων στην UniProt Καταγράψτε το μήκος της αμινοξικής ακολουθίας (Sequence length), τη λειτουργία (Function)
Διαβάστε περισσότεραΜεταγωγή σήματος και βιολογικές μεμβράνες
Μεταγωγή σήματος και βιολογικές μεμβράνες ΜΕΜΒΡΑΝΙΚΕΣ ΠΡΩΤΕΪΝΕΣ ΠΡΩΤΕΪΝΕΣ ΒΙΟΛΟΓΙΚΩΝ ΜΕΜΒΡΑΝΩΝ Ορισμός / Μονάδες Δομές (πρωτοταγής κλπ) Ταξινόμηση με βάση τις λειτουργίες Απεικόνιση - Μοντέλα (συρμάτων
Διαβάστε περισσότεραΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ
ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ (ΒΙΟ 650) Ειδικά Θέματα Βιοπληροφορικής Διδάσκων: Βασίλειος Ι. Προμπονάς, Ph.D. Επίκουρος Καθηγητής Βιοπληροφορικής ΓΕΝΙΚΕΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΕΣ Διαλέξεις Δευτέρα
Διαβάστε περισσότεραΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ
ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ (ΒΙΟ 650) Ειδικά Θέματα Βιοπληροφορικής Διδάσκων: Βασίλειος Ι. Προμπονάς, Ph.D. Λέκτορας Βιοπληροφορικής ΓΕΝΙΚΕΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΕΣ Διαλέξεις Δευτέρα και Πέμπτη
Διαβάστε περισσότεραΕισαγωγή. 1. Δομή πρωτεϊνών. Βιοπληροφορική ΙΙ «Ανάλυση Δομής Πρωτεϊνών» Παναγούλιας Ιωάννης, MSc,PhD
Εισαγωγή Η κατανόηση των μοριακών μηχανισμών που διέπουν την ζωή απαιτεί την αποκωδικοποίηση των λειτουργιών και της δομής των πρωτεϊνών σε έναν οργανισμό. Δεκάδες χιλιάδες πρωτεΐνες έχουν μελετηθεί τα
Διαβάστε περισσότεραΜέθοδοι μελέτης εξέλιξης
H διερεύνηση της μοριακής βάσης της εξέλιξης βασίζεται σε μεγάλο βαθμό στη διευκρίνιση της διαδικασίας με την οποία μετασχηματίσθηκαν στη διάρκεια της εξέλιξης πρωτεϊνες, άλλα μόρια και βιοχημικές πορείες
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 5: Στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγη, 2 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου
Βιοπληροφορική Ενότητα 5: Στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγη, 2 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι Κατανόηση της συσχέτισης ομολογίας ομοιότητας. Παρουσίαση των πληροφοριών
Διαβάστε περισσότεραΒιολογικές Μεμβράνες και Μεταγωγή Σήματος
ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΙΩΑΝΝΙΝΩΝ ΑΝΟΙΚΤΑ ΑΚΑΔΗΜΑΪΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ Βιολογικές Μεμβράνες και Μεταγωγή Σήματος Πρωτεΐνες Διδάσκουσα: Καθ. Μαρία - Ελένη Ε. Λέκκα Άδειες Χρήσης Το παρόν εκπαιδευτικό υλικό υπόκειται σε άδειες
Διαβάστε περισσότεραΜάθημα 16 ο ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ
Μάθημα 16 ο ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ Περιεχόμενα Παρουσίασης Βιολογικό υπόβαθρο Το κεντρικό αξίωμα Σύνοψη της Βιοπληροφορικής Ερευνητικές περιοχές Πηγές πληροφοριών Τι είναι η Βιοπληροφορική Βιο Πληροφορική μοριακή
Διαβάστε περισσότεραΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ ΕΠΛ 450 ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΙΚΗ ΒΙΟΛΟΓΙΑ. Παύλος Αντωνίου
ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ ΕΠΛ 450 ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΙΚΗ ΒΙΟΛΟΓΙΑ Παύλος Αντωνίου Με μια ματιά: Εισαγωγή στη Βιολογία Ευθυγράμμιση Ακολουθιών Αναζήτηση ομοίων ακολουθιών από βάσεις δεδομενων Φυλογενετική πρόβλεψη Πρόβλεψη
Διαβάστε περισσότεραΥπερδευτεροταγής Δομή Πρωτεϊνών
Υπερδευτεροταγής Δομή Πρωτεϊνών Δομικά μοτίβα Τα μοτίβα ακολουθιών (sequence motifs) είναι τοπικά διατηρημένες ακολουθίες που σχετίζονται (ή όχι) με μια συγκεκριμένη λειτουργία (βλ. τη βάση δεδομένων PROSITE)
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική Ι (ΜΕΡΟΣ Α) Βιοπληροφορική Ανάλυση Γονιδιωμάτων. Εισαγωγή στης Βιολογικές Βάσεις Δεδομένων
Βιοπληροφορική Ι (ΜΕΡΟΣ Α) Βιοπληροφορική Ανάλυση Γονιδιωμάτων Εισαγωγή στης Βιολογικές Βάσεις Δεδομένων Η επιστήμη της Βιολογίας έχει μετατραπεί τα τελευταία χρόνια σε μια υπερπλούσια σε πληροφορίες επιστήμη.
Διαβάστε περισσότεραΑΣΚΗΣΗ 4η Αναζήτηση οµοιοτήτων σε βάσεις δεδοµένων ακολουθιών
ΑΣΚΗΣΗ 4η Αναζήτηση οµοιοτήτων σε βάσεις δεδοµένων ακολουθιών ΕΙΣΑΓΩΓΗ Η αναζήτηση οµοιοτήτων σε βάσεις δεδοµένων ακολουθιών (database similarity searching) αποτελεί µια από τις συχνότερα χρησιµοποιούµενες
Διαβάστε περισσότεραΠιθανοθεωρητικά µοντέλα αναπαράστασης ακολουθιών
Πιθανοθεωρητικά µοντέλα αναπαράστασης ακολουθιών Vasilis Promponas Bioinformatics Research Laboratory Department of Biological Sciences University of Cyprus ΣΥΝΟΨΗ Εισαγωγή Αλυσίδες Markov και αλληλουχίες
Διαβάστε περισσότεραΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ ΙΙ. Δυναμικός Προγραμματισμός. Παντελής Μπάγκος
ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ ΙΙ Δυναμικός Προγραμματισμός Παντελής Μπάγκος Δυναμικός Προγραμματισμός Στοίχιση (τοπική-ολική) RNA secondary structure prediction Διαμεμβρανικά τμήματα Hidden Markov Models Άλλες εφαρμογές
Διαβάστε περισσότεραΠίνακες αντικατάστασης PAM και BLOSUM και εναλλακτικές προσεγγίσεις
Πίνακες αντικατάστασης PAM και BLOSUM και εναλλακτικές προσεγγίσεις Βασίλης Προμπονάς, PhD Ερευνητικό Εργαστήριο Βιοπληροφορικής Τμήμα Βιολογικών Επιστημών Νέα Παν/πολη, Γραφείο B161 Πανεπιστήμιο Κύπρου
Διαβάστε περισσότεραΦυσική Στερεών στις Πρωτεΐνες
Φυσική Στερεών στις Πρωτεΐνες Νίκος Απ. Παπανδρέου Τ.Ε.Ι. Πειραιά Φεβρουάριος 2010 Ένα ελικοϊδές μονοπάτι Χημική δομή μίας πρωτεΐνης Μήκος αλυσίδας ~30 έως ~1000 αµινοξέα Συνολικός αριθµός ατόµων έως ~
Διαβάστε περισσότεραΑσκήσεις 5& 6. Διαμόρφωση Βιομορίων μέσω Φασματοσκοπίας NMR. Σύγκριση & Ανάλυση Δομών Βιομορίων
Ασκήσεις 5& 6 Διαμόρφωση Βιομορίων μέσω Φασματοσκοπίας NMR Σύγκριση & Ανάλυση Δομών Βιομορίων Διαμόρφωση Βιομορίων μέσω Φασματοσκοπίας NMR Κρυσταλλογραφία Ακτίνων-Χ & Φασματοσκοπία ΝΜR Πλεονεκτήματα -
Διαβάστε περισσότεραΜ.Δ.Ε. ''ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ''
ΑΡΧΕΣ & ΜΕΘΟΔΟΙ ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗΣ (16:00-19:00) 17/10/2005 Εισαγωγή (Ι) 24/10/2005 Εισαγωγή (ΙΙ) 31/10/2005 Βάσεις Δεδομένων Ζωή Λίτου 7/11/2005 14/11/2005 21/11/2005 28/11/2005 5/12/2005 12/12/2005 19/12/2005
Διαβάστε περισσότεραΔΟΜΗ ΚΑΙ ΔΡΑΣΗ ΠΡΩΤΕΙΝΩΝ
ΔΟΜΗ ΚΑΙ ΔΡΑΣΗ ΠΡΩΤΕΙΝΩΝ ΠPΩTEINEΣ Οι πρωτεΐνες παίζουν σημαντικό ρόλο σε όλες σχεδόν τις βιολογικές διεργασίες. H σημασία τους φαίνεται στις παρακάτω περιπτώσεις: 1. Κατάλυση (πχ. ένζυμα) 2. Μεταφορά
Διαβάστε περισσότεραΑλγόριθμοι Εύρεσης Ομοιοτήτων Ακολουθιών Μέρος ΙΙ: Ευριστικές μέθοδοι αναζήτησης σε βάσεις δεδομένων
Αλγόριθμοι Εύρεσης Ομοιοτήτων Ακολουθιών Μέρος ΙΙ: Ευριστικές μέθοδοι αναζήτησης σε βάσεις δεδομένων Vasilis Promponas Bioinformatics Research Laboratory Department of Biological Sciences University of
Διαβάστε περισσότεραΒιοτεχνολογία Φυτών. Μοριακοί Δείκτες (Εισαγωγή στη Μοριακή Βιολογία)
Βιοτεχνολογία Φυτών ΔΠΘ / Τμήμα Αγροτικής Ανάπτυξης ΠΜΣ Αειφορικά Συστήματα Παραγωγής και Περιβάλλον στη Γεωργία Μοριακοί Δείκτες (Εισαγωγή στη Μοριακή Βιολογία) Αριστοτέλης Χ. Παπαγεωργίου Εργαστήριο
Διαβάστε περισσότεραΕπίλυση γεωµετρικών περιορισµών σε µικρά µόρια µε αλγεβρικές µεθόδους
Επίλυση γεωµετρικών περιορισµών σε µικρά µόρια µε αλγεβρικές µεθόδους Επαµεινώνδας. Φριτζίλας Μ Ε Βιοπληροφορικής Τµήµα Βιολογίας ΕΚΠΑ 17 Φεβρουαρίου 2005 Τί σηµαίνει ο τίτλος ; γεωµετρικός περιορισµός:
Διαβάστε περισσότεραΕξόρυξη Γνώσης από Βιολογικά εδομένα
Παρουσίαση Διπλωματικής Εργασίας Εξόρυξη Γνώσης από Βιολογικά εδομένα Καρυπίδης Γεώργιος (Μ27/03) Επιβλέπων Καθηγητής: Ιωάννης Βλαχάβας MIS Πανεπιστήμιο Μακεδονίας Φεβρουάριος 2005 Εξόρυξη Γνώσης από Βιολογικά
Διαβάστε περισσότεραΚεφάλαιο 3. Δομές τάξης α
Κεφάλαιο 3 Δομές τάξης α Κεφάλαιο 3 Δομές Τάξης α: Σπειρωμένα Σπειράματα Εικόνα 3.1 Σχηματικό διάγραμμα της δομής ενός σπειρωμένου σπειράματος α-ελίκων. Δύο α-έλικες συμπλέκονται και σταδιακά τυλίγονται
Διαβάστε περισσότεραΠολλαπλές στοιχίσεις ακολουθιών (Προοδευτικές μέθοδοι)
Πολλαπλές στοιχίσεις ακολουθιών (Προοδευτικές μέθοδοι) Vasilis Promponas Bioinformatics Research Laboratory Department of Biological Sciences University of Cyprus Σύνοψη Εισαγωγή Πολλαπλή στοίχιση και
Διαβάστε περισσότεραΔΕΥΤΕΡΟΓΕΝΕΙΣ ΒΑΣΕΙΣ ΠΡΩΤΕΪΝΙΚΩΝ. Δρ. Μαργαρίτα Θεοδωροπούλου
ΔΕΥΤΕΡΟΓΕΝΕΙΣ ΒΑΣΕΙΣ ΠΡΩΤΕΪΝΙΚΩΝ Δρ. Μαργαρίτα Θεοδωροπούλου Βάσεις δεδομένων οικογενειών Οι πρωτεΐνες αποτελούνται από μία ή περισσότερες διακριτές λειτουργικές περιοχές (domains), οι οποίες πολλές
Διαβάστε περισσότεραΣτοίχιση κατά ζεύγη. Στοίχιση ακολουθιών κατά ζεύγη (Pairwise alignment)
Στοίχιση ακολουθιών κατά ζεύγη (Pairwise alignment) Στοίχιση κατά ζεύγη: Τι είναι Αντιστοίχιση των νουκλεοτιδίων/αµινοξέων δυο ακολουθιών, ώστε να εντοπιστούν οι οµοιότητες και οι διαφορές τους. Χρησιµοποιείται
Διαβάστε περισσότεραΜάθηµα: Κίνηση πρωτεινών
Μάθηµα: Κίνηση πρωτεινών ιάλεξη 1:Σύνθεση πρωτεινών- Ριβόσωµα Κώστας Τοκατλίδης Η σύνθεση πρωτεινών απαιτεί την µετάφραση αλληλουχίας νουκλεοτιδίων σε αλληλουχία αµινοξέων Οι συνθετάσες των αµινοακυλο-trna
Διαβάστε περισσότεραΑλγόριθμοι Εύρεσης Ομοιοτήτων Ακολουθιών Μέρος ΙΙΙ: Έλεγχος στατιστικής σημαντικότητας
Αλγόριθμοι Εύρεσης Ομοιοτήτων Ακολουθιών Μέρος ΙΙΙ: Έλεγχος στατιστικής σημαντικότητας Βασίλης Προμπονάς, PhD Ερευνητικό Εργαστήριο Βιοπληροφορικής Τμήμα Βιολογικών Επιστημών Νέα Παν/πολη, Γραφείο B161
Διαβάστε περισσότεραΜικρά αμινοξέα. Βιοχημεία Ι Β-3
Βιοχημεία Ι Β-2 Μικρά αμινοξέα Βιοχημεία Ι Β-3 Aλειφατικά αμινοξέα Βιοχημεία Ι Β-4 Ιμινοξύ Βιοχημεία Ι Β-5 Αρωματικά αμινοξέα Βιοχημεία Ι Β-6 Βιοχημεία Ι Β-7 Η Tyr και η Trp απορροφούν στα 280nm-έτσι μετράται
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 10: Αναζήτηση Ομοιοτήτων σε ΒΔ Ακολουθιών - Blast, (1/2) 1ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ.
Βιοπληροφορική Ενότητα 10: Αναζήτηση Ομοιοτήτων σε ΒΔ Ακολουθιών - Blast, (1/2) 1ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι Αναφορά στις παραλλαγές του BLAST. Εξοικείωση με τη
Διαβάστε περισσότεραΗ κυτταρική µετατόπιση των πρωτεϊνών
9-1 Κεφάλαιο 9 Η κυτταρική µετατόπιση των πρωτεϊνών Εισαγωγή Στο κύτταρο η έκφραση των πρωτεϊνών γίνεται από µόνο ένα τύπο ριβοσώµατος (εκτός των µιτοχονδριακών και των χλωροπλαστικών που µοιάζουν µε αυτά
Διαβάστε περισσότεραΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΙΑΣ
ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΙΑΣ ΠΟΛΥΤΕΧΝΙΚΗ ΣΧΟΛΗ ΤΜΗΜΑ ΜΗΧΑΝΙΚΩΝ ΗΛΕΚΤΡΟΝΙΚΩΝ ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΩΝ ΤΗΛΕΠΙΚΟΙΝΩΝΙΩΝ ΚΑΙ ΔΙΚΤΥΩΝ Πρόβλεψη δομικών στοιχείων σφαιρικών πρωτεϊνών με προσομοίωση Monte Carlo σε διακριτό χώρο.
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροψορική, συσιημική βιολογία και εξατομικευμένη θεραπεία
Βιοπληροψορική, συσιημική βιολογία και εξατομικευμένη θεραπεία Φραγκίσκος Κολίσης Καθηγητής Βιοτεχνολογίας, Σχολή Χημικών Μηχανικών ΕΜΠ, Διευθυντής Ινστιτούτου Βιολογικών Ερευνών και Βιοτεχνολογίας, EIE
Διαβάστε περισσότεραΕξερευνώντας την Εξέλιξη Κεφάλαιο 7
Εξερευνώντας την Εξέλιξη Κεφάλαιο 7 Εξερευνώντας την Εξέλιξη Σχέση μεταξύ αλληλουχίας αμινοξέων, δομής και λειτουργίας πρωτεϊνών Καταγωγή από έναν κοινό πρόγονο Εξελικτική Συγγένεια/Προέλευση Δύο ομάδες
Διαβάστε περισσότεραΦΥΣΙΚΗ ΑΝΘΡΩΠΟΛΟΓΙΑ. Πρωτεύοντα ΙΙΙ Χρήση µοριακών δεδοµένων
ΦΥΣΙΚΗ ΑΝΘΡΩΠΟΛΟΓΙΑ Πρωτεύοντα ΙΙΙ Χρήση µοριακών δεδοµένων Φυλογένεση Η φυλογένεσης αφορά την ανεύρεση των συνδετικών εκείνων κρίκων που συνδέουν τα διάφορα είδη µεταξύ τους εξελικτικά, σε µονοφυλετικές
Διαβάστε περισσότεραΠρόβλημα. Σύνολο γνωστών αλληλουχιών
BLAST Πρόβλημα Άγνωστη αλληλουχία Σύνολο γνωστών αλληλουχιών Η χρήση ενός υπολογιστή κι ενός αλγόριθμου είναι απαραίτητη για την ανακάλυψη της σχέσης μιας αλληλουχίας με τις γνωστές υπάρχουσες Τί είναι
Διαβάστε περισσότεραΒΙΟ003 - Εισαγωγή στη Βιοπληροφορική 1 η Εργαστηριακή Άσκηση. Διαδικτυακές βιβλιογραφικές πηγές (Μοριακής) Βιολογίας και Βιοπληροφορικής
ΒΙΟ003 - Εισαγωγή στη Βιοπληροφορική 1 η Εργαστηριακή Άσκηση Διαδικτυακές βιβλιογραφικές πηγές (Μοριακής) Βιολογίας και Βιοπληροφορικής Λευκωσία 2015 Έστω ότι έχουµε την ανάγκη να συλλέξουµε πληροφορίες
Διαβάστε περισσότεραΔοµή και ιδιότητες του DNA
Δοµή και ιδιότητες του DNA Βακτηριακό χρωµόσωµα Ευκαρυωτικό χρωµόσωµα και χρωµατίνη 10/03/2015 1 Tο βακτηριακό γονιδίωµα περιέχεται σε ένα κυκλικό DNA µήκους 1300 µm εντός του βακτηριακού κυττάρου. Στην
Διαβάστε περισσότεραΧΡΗΣΗ ΑΚΟΛΟΥΘΙΑΚΩΝ ΠΡΟΤΥΠΩΝ ΓΙΑ ΤΑΞΙΝΟΜΗΣΗ ΔΟΜΗΣ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ ΔΙΠΛΩΜΑΤΙΚΗ ΕΡΓΑΣΙΑ της ΝΤΑΓΙΟΥ ΑΝΝΑΣ ΕΠΙΒΛΕΠΟΝΤΕΣ ΚΑΘΗΓΗΤΕΣ Αγγελίδης Παντελής Τσίπουρας Μ
ΧΡΗΣΗ ΑΚΟΛΟΥΘΙΑΚΩΝ ΠΡΟΤΥΠΩΝ ΓΙΑ ΤΑΞΙΝΟΜΗΣΗ ΔΟΜΗΣ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ ΔΙΠΛΩΜΑΤΙΚΗ ΕΡΓΑΣΙΑ της ΝΤΑΓΙΟΥ ΑΝΝΑΣ ΕΠΙΒΛΕΠΟΝΤΕΣ ΚΑΘΗΓΗΤΕΣ Αγγελίδης Παντελής Τσίπουρας Μάρκος Κοζανη, Ιούλιος 2017 ΧΡΗΣΗ ΑΚΟΛΟΥΘΙΑΚΩΝ ΠΡΟΤΥΠΩΝ
Διαβάστε περισσότεραΕιδικά Θέματα Βιοπληροφορικής
Ειδικά Θέματα Βιοπληροφορικής Παντελής Μπάγκος Αναπληρωτής Καθηγητής Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας Λαμία, 2015 1 Διάλεξη 5 Profile Hidden Markov Models και Transformational Grammars 2 Profile HMM Ένα ΗΜΜ με left-to-right
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Blast/PSI-Blast 3o εργαστήριο
Βιοπληροφορική Blast/PSI-Blast 3o εργαστήριο Αναζήτηση οµόλογων ακολουθιών σε βάσεις δεδοµένων (i) Οµόλογες ακολουθίες πιθανόν να έχουν παρόµοιες λειτουργίες. Ακολουθία επερώτησης (query sequence) Υποκείµενες
Διαβάστε περισσότεραΘΕΜΑΤΑ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ ΓΕΝΙΚΗΣ ΠΑΙ ΕΙΑΣ Β ΛΥΚΕΙΟΥ ΑΠΟ ΤΟ ΒΙΒΛΙΟ ΜΟΥ (YΠΟ ΕΚ ΟΣΗ): ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΓΕΝΙΚΗΣ ΠΑΙ ΕΙΑΣ Β ΛΥΚΕΙΟΥ
ΘΕΜΑΤΑ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ ΓΕΝΙΚΗΣ ΠΑΙ ΕΙΑΣ Β ΛΥΚΕΙΟΥ ΑΠΟ ΤΟ ΒΙΒΛΙΟ ΜΟΥ (YΠΟ ΕΚ ΟΣΗ): ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΓΕΝΙΚΗΣ ΠΑΙ ΕΙΑΣ Β ΛΥΚΕΙΟΥ (Περιέχει 67 ερωτήσεις θεωρίας µε απαντήσεις, 116 ασκήσεις ανοικτού- κλειστού τύπου µε µ
Διαβάστε περισσότεραΠεριοχές με ακραία σύσταση / χαμηλή πολυπλοκότητα
Περιοχές με ακραία σύσταση / χαμηλή πολυπλοκότητα Vasilis Promponas Bioinformatics Research Laboratory Department of Biological Sciences University of Cyprus Σύνοψη Βασικές έννοιες XNU SEG LCRs και αναζητήσεις
Διαβάστε περισσότεραΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ
ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ BIO 331 - Αρχές και Μέθοδοι Βιοπληροφορικής I Διδάσκων: Βασίλειος Ι. Προμπονάς, Ph.D. Λέκτορας Βιοπληροφορικής ΓΕΝΙΚΕΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΕΣ Διαλέξεις Δευτέρα και Πέμπτη
Διαβάστε περισσότεραΕΝΟΤΗΤΑ 14: Ο ΦΟΡΕΑΣ ΤΗΣ ΓΕΝΕΤΙΚΗΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΑΣ (DNA) 14.1 ΕΙΣΑΓΩΓΗ
1 ΕΝΟΤΗΤΑ 14: Ο ΦΟΡΕΑΣ ΤΗΣ ΓΕΝΕΤΙΚΗΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΑΣ (DNA) 14.1 ΕΙΣΑΓΩΓΗ Οι δύο πολυνουκλεοτιδικές αλυσίδες του DNA αποτελούνται από νουκλεοτίδια τα οποία ενώνονται με φωσφοδιεστερικούς δεσμούς. Πιο συγκεκριμένα
Διαβάστε περισσότεραΦΑΡΜΑΚΩΝ WORKSHOP ΣΧΕ ΙΑΣΜΟΥ
ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟΣΧΕ ΙΑΣΜΟΥ ΣΧΕ ΙΑΣΜΟΥ ΦΑΡΜΑΚΩΝ ΕΘΝΙΚΟ Ι ΡΥΜΑ ΕΡΕΥΝΩΝ ΙΝΣΤΙΤΟΥΤΟ ΟΡΓΑΝΙΚΗΣ & ΦΑΡΜΑΚΕΥΤΙΚΗΣ ΧΗΜΕΙΑΣ ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟ ΜΟΡΙΑΚΗΣ ΑΝΑΛΥΣΗΣ WORKSHOP ΣΧΕ ΙΑΣΜΟΥ ΦΑΡΜΑΚΩΝ Βασικές στρατηγικές Στο σχεδιασµό νέων
Διαβάστε περισσότεραΕΡΓΑΣΤΗΡΙΑΚΟ ΚΕΝΤΡΟ ΦΥΣΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ Ν. ΜΑΓΝΗΣΙΑΣ ( Ε.Κ.Φ.Ε ) ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ
ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΑΚΟ ΚΕΝΤΡΟ ΦΥΣΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ Ν. ΜΑΓΝΗΣΙΑΣ ( Ε.Κ.Φ.Ε ) ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ Θέμα: ΜΕΤΟΥΣΙΩΣΗ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ (άσκηση 7 του εργαστηριακού οδηγού) Μέσος χρόνος πειράματος: 45 λεπτά Α. ΑΝΑΛΩΣΙΜΑ Εργαλεία
Διαβάστε περισσότεραΜ.Δ.Ε. ''ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ''
Η ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ ΣΤΗ ΜΕΛΕΤΗ & ΠΡΟΣΤΑΣΙΑ ΤΗΣ ΒΙΟΠΟΙΚΙΛΟΤΗΤΑΣ (16:00-19:00) Αίθουσα Πανταζή 29/10/2012 Επιστημονική ονομασία και ταξινόμηση, περιγραφή ειδών Αναπλ. Καθ. Αναστάσιος Λεγάκις 5/11/2012 Κατανομή
Διαβάστε περισσότεραChalkou I. C. [PROJECT] Ανάθεση εργασιών.
Πληροφορική της Υγείας 2014 Chalkou I. C. [PROJECT] Ανάθεση εργασιών. Περιεχόμενα 1. Ομάδα Γ... 3 1.1 Σαψάκη Δ. - Σαψάκη Π.... 3 1.2 Βλάχου - Γεωργοπούλου... 3 1.3 Μπέρτσου - Τσάμη... 4 1.4 Καραγιάννη
Διαβάστε περισσότεραΔομικές κατηγορίες πρωτεϊνών
3-1 Κεφάλαι ο Δομικές κατηγορίες πρωτεϊνών 3.1. α-δομές πρωτεϊνών Οι α-έλικες είναι δομικά στοιχεία που μπορούν να σχηματίσουν πολλές κατηγορίες στερεοδομών και με πολλές διαφορετικές λειτουργίες. Εκτός
Διαβάστε περισσότεραΝέα Οπτικά Μικροσκόπια
Νέα Οπτικά Μικροσκόπια Αντίθεση εικόνας (contrast) Αντίθεση πλάτους Αντίθεση φάσης Αντίθεση εικόνας =100 x (Ι υποβ -Ι δειγμα )/ Ι υποβ Μικροσκοπία φθορισμού (Χρησιμοποιεί φθορίζουσες χρωστικές για το
Διαβάστε περισσότεραΓονιδιωματική. G. Patrinos
Γονιδιωματική Η μεταγονιδιωματική εποχή... Σημαντικότερα επιτεύγματα POST GENOME ERA Ολοκλήρωση της αποκρυπτογράφησης της αλληλουχίας των γονιδιωμάτων πολλών οργανισμών. Προτύπωση μεθοδολογιών για προσδιορισμό
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική και Πολυµέσα. Ειρήνη Αυδίκου Αθήνα
Βιοπληροφορική και Πολυµέσα Αθήνα 1.2.2009 ΠΕΡΙΕΧΟΜΕΝΑ 1. Πως σχετίζεται µε τα Πολυµέσα 2. Τι είναι η Βιοπληροφορική 3. Χρήσεις 4. Συµπεράσµατα 5. Βιβλιογραφία Βιοπληροφορική και Πολυµέσα 2 1. Τι είναι
Διαβάστε περισσότεραΒΙΟΛΟΓΙΑ Γ ΛΥΚΕΙΟΥ, ΘΕΤΙΚΗΣ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ
ΕΙΚΟΝΑ 2.4 ΣΤΑΔΙΑ ΜΕΤΑΦΡΑΣΗΣ σ ε λ ί δ α 1 ΕΙΚΟΝΑ 4.2β ΕΡΩΤΗΣΕΙΣ 1. Να συμπληρώσετε τα κενά πλαίσια της εικόνας με την κατάλληλη λέξη ή φράση 2. Να γράψετε τον προσανατολισμό της μετακίνησης του ριβοσώματος
Διαβάστε περισσότεραChalkou I. C. [PROJECT] Ανάθεση εργασιών.
Πληροφορική της Υγείας 2014 Chalkou I. C. [PROJECT] Ανάθεση εργασιών. Περιεχόμενα 1. Ομάδα Δ... 3 1.1 Σκιαδά Σαϊσανά Σιδέρη- Γεωργίου... 3 1.2 ΜΗΤΡΟΥ - ΜΠΑΡΑ... 3 1.3 ΜΠΟΧΑΤΖΙΑΡ Α.- ΜΠΟΧΑΤΖΙΑΡ Φ. - ΠΛΕΥΡΙΑ...
Διαβάστε περισσότεραΒΙΟΛΟΓΙΑ Γ ΛΥΚΕΙΟΥ, ΘΕΤΙΚΗΣ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ
EIKONA 2.1 Ημισυντηρητικός μηχανισμός αντιγραφής του DNA 1. Να γράψετε τα ένζυμα που (α) προκαλούν ξετύλιγμα των αλυσίδων του αρχικού (μητρικού μορίου) DNA και (β) συνθέτουν τις νέες αλυσίδες του DNA.
Διαβάστε περισσότεραΔοµή και ιδιότητες του DNA
Δοµή και ιδιότητες του DNA Βακτηριακό χρωµόσωµα ευκαρυωτικό χρωµόσωµα και χρωµατίνη 28/02/2014 1 Tο βακτηριακό γονιδίωµα περιέχεται σε ένα κυκλικό DNA µήκους 1300 µm εντός του βακτηριακού κυττάρου που
Διαβάστε περισσότεραΕιδικά Θέματα Βιοπληροφορικής
Ειδικά Θέματα Βιοπληροφορικής Παντελής Μπάγκος Αναπληρωτής Καθηγητής Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας Λαμία, 2015 1 Πολλαπλή στοίχιση ακολουθιών και φυλογενετικά δέντρα 2 Πολλαπλή στοίχιση Αναφέρεται στην ταυτόχρονη
Διαβάστε περισσότεραΠανεπιστήμιο Δυτικής Μακεδονίας. Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής & Τηλεπικοινωνιών. Βιοπληροφορική. Ενότητα 1: Εισαγωγή στη Βιοπληροφορική
Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής & Τηλεπικοινωνιών Βιοπληροφορική Ενότητα 1: Εισαγωγή στη Βιοπληροφορική Αν. καθηγητής Αγγελίδης Παντελής e-mail: paggelidis@uowm.gr ΕΕΔΙΠ Μπέλλου Σοφία e-mail: sbellou@uowm.gr
Διαβάστε περισσότεραΤριαδικό σύστημα του Salthe (1985) επίπεδα σημειωτικών διεργασιών.
Τριαδικό σύστημα του Salthe (1985) επίπεδα σημειωτικών διεργασιών. Υψηλότερο επίπεδο-εκλεκτικό σημειωτικό περιβάλλον ή πλαίσιο-όροι ορίου-συνοριακές συνθήκες-εκλεκτικός ρυθμιστικός ρόλος-μακροσημειωτικό
Διαβάστε περισσότεραΕΠΑΝΑΛΗΠΤΙΚΑ ΘΕΜΑΤΑ Ο.Ε.Φ.Ε. 2004 ΘΕΜΑΤΑ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ Γ ΛΥΚΕΙΟΥ ΘΕΤΙΚΗΣ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ
ΕΠΑΝΑΛΗΠΤΙΚΑ ΘΕΜΑΤΑ Ο.Ε.Φ.Ε. 2004 ΘΕΜΑ 1 Ο Α. Να επιλέξετε την ορθή πρόταση: ΘΕΜΑΤΑ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ Γ ΛΥΚΕΙΟΥ ΘΕΤΙΚΗΣ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ 1. Το κωδικόνιο του mrna που κωδικοποιεί το αµινοξύ µεθειονίνη είναι α. 5 GUA
Διαβάστε περισσότεραΤρίτη, 27 Μαΐου 2008 Γ ΛΥΚΕΙΟΥ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ ΒΙΟΛΟΓΙΑ
Τρίτη, 27 Μαΐου 2008 Γ ΛΥΚΕΙΟΥ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΘΕΜΑ 1o Να γράψετε στο τετράδιο σας τον αριθµό καθεµιάς από τις παρακάτω ηµιτελείς προτάσεις 1 έως 5 και δίπλα το γράµµα που αντιστοιχεί στη λέξη ή τη
Διαβάστε περισσότεραγραπτή εξέταση στo μάθημα ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΘΕΤΙΚΗΣ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ
γραπτή εξέταση στo μάθημα ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΘΕΤΙΚΗΣ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ Γ ' ΛΥΚΕΙΟΥ Τάξη: Γ Λυκείου Τμήμα: Βαθμός: Ονοματεπώνυμο: Καθηγητές: ΠΑΣΣΙΑ Α. Θ Ε Μ Α A 1. Να επιλέξετε τη σωστή απάντηση: Α1. Κάθε μεταφορικό RNA
Διαβάστε περισσότεραΜΕΤΑΓΡΑΦΗ ΤΟΥ DNA ΣΕ RNA
ΓΥΜΝΑΣΙΟ ΚΕΡΑΤΕΑΣ ΕΡΓΑΣΙΑ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ Β ΤΡΙΜΗΝΟΥ Γ 4 23.1.12 ΜΕΤΑΓΡΑΦΗ ΤΟΥ DNA ΣΕ RNA ΕΡΓΑΣΤΗΚΑΝ: ΑΛΕΞΑΝΔΡΟΣ ΔΕΛΗΜΙΧΑΛΗΣ ΑΡΤΕΜΗΣ ΑΝΑΣΤΑΣΙΑΔΗΣ 1 ΕΙΣΑΓΩΓΗ Το δεοξυριβονουκλεϊκό οξύ (Deoxyribonucleic acid -
Διαβάστε περισσότεραΜοριακά πρότυπα. Σε τι διαφέρουν από τα μεταλλικά συστήματα; Παραδείγματα τύπων ατόμων. Η έννοια του τύπου ατόμου
Τεχνικές προσομοίωσης και σχεδιασμού υλικών σε ΗΥ Σε τι διαφέρουν από τα μεταλλικά συστήματα; Μοριακά πρότυπα Στα μοριακά συστήματα: Η φύση του δεσμού είναι διαφορετική (ομοιοπολικός δεσμός). Υπάρχει συγκεκριμένη
Διαβάστε περισσότερα1 Απο την πρωτεΐνη στο πρωτεινωµα στις µοριακες µηχανες. Τασος Οικονόµου
1 Απο την πρωτεΐνη στο πρωτεινωµα στις µοριακες µηχανες Τασος Οικονόµου Τι θα πούµε 1. Βασική πρωτεινική Βιοχηµεία 2. Πρωτεινες στο κυτταρικό περιβάλλον 3. Απο τις µεµονωµένες πρωτείνες στο πρωτεινωµικό
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Μαργαρίτα Θεοδωροπούλου. Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας, Λαμία 2016
Βιοπληροφορική Μαργαρίτα Θεοδωροπούλου Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας, Λαμία 2016 Βιοπληροφορική Εισαγωγή στη Μοριακή Βιολογία, Γενωμική και Βιοπληροφορική. Βάσεις Βιολογικών Δεδομένων. Ακολουθίες Πρωτεϊνών και
Διαβάστε περισσότεραΑνάκτηση πολυμεσικού περιεχομένου
Ανάκτηση πολυμεσικού περιεχομένου Ανίχνευση / αναγνώριση προσώπων Ανίχνευση / ανάγνωση κειμένου Ανίχνευση αντικειμένων Οπτικές λέξεις Δεικτοδότηση Σχέσεις ομοιότητας Κατηγοριοποίηση ειδών μουσικής Διάκριση
Διαβάστε περισσότερα