Σιμοκράτθσ Καραμιτροσ, PhD Μεταδιδακτορικόσ Ερευνθτισ Εργαςτιριο Εφαρμοςμζνθσ & Εξελικτικισ Ιολογίασ Πανεπιςτιμιο τθσ Οξφόρδθσ

Μέγεθος: px

Εμφάνιση ξεκινά από τη σελίδα:

Download "Σιμοκράτθσ Καραμιτροσ, PhD Μεταδιδακτορικόσ Ερευνθτισ Εργαςτιριο Εφαρμοςμζνθσ & Εξελικτικισ Ιολογίασ Πανεπιςτιμιο τθσ Οξφόρδθσ"

Πηνελόπεια Ιωαννίδης
7 χρόνια πριν
Προβολές:

1 Σιμοκράτθσ Καραμιτροσ, PhD Μεταδιδακτορικόσ Ερευνθτισ Εργαςτιριο Εφαρμοςμζνθσ & Εξελικτικισ Ιολογίασ Πανεπιςτιμιο τθσ Οξφόρδθσ ΟΙ ΠΟΛΤΜΟΡΦΙΜΟΙ ΣΟΤ ΤΠΟΚΙΝΗΣΗ ΣΟΤ ΤΠΟΔΟΧΕΑ ΣΗ ΙΝΣΕΡΦΕΡΟΝΗ (INFAR1) ΧΕΣΙΖΟΝΣΑΙ ΜΕ ΣΟ HBV-ΟΦΕΙΛΟΜΕΝΟ ΗΠΑΣΟΚΤΣΣΑΡΙΚΟ ΚΑΡΚΙΝΩΜΑ ΚΑΙ ΕΠΗΡΕΑΖΟΤΝ ΣΗΝ ΓΟΝΙΔΙΑΚΗ ΣΟΤ ΡΤΘΜΙΗ

2 Ειςαγωγή Μζκοδοι Αποτελζςματα υμπεράςματα - Η ιντερφερόνθ-α (INF-α) αποτελεί μία από τισ πρϊτεσ γραμμζσ άμυνασ τθσ ζμφυτθσ και τθσ προςαρμοςτικισ ανοςίασ για τθν αντιμετϊπιςθ ιογενϊν λοιμϊξεων όπωσ αυτισ από τον HBV - Ο υποδοχζασ τθσ ιντερφερόνθσ-α αποτελείται απο δφο υπομονάδεσ (INFAR-1 και ΙΝFAR-2) και είναι απαραίτθτοσ για τθν ενδοκυτταρικι μεταγωγι ςιματοσ μζςω του μονοπατιοφ Jak-STAT. - Μεταλλαγζσ ςτον υποκινθτι αλλά και ςτθν κωδικοποιοφςα αλλθλουχία του γονιδίου INFAR-1 ζχουν ςυςχετιςκεί με τθν ζκβαςθ τθσ ΗΒV λοίμωξθσ (Zhou J et al, 2004 & 2007; Le Song H, 2008; He X et al, 2010; Karamitros et al 2015)

3 Ειςαγωγή Μζκοδοι Αποτελζςματα υμπεράςματα Πολυμορφιςμοί ςτον υποκινθτι του γονιδίου INFAR-1 Αλλθλουχία υποκινθτι Αλλθλουχία Γονιδίου INFAR1

4 Ειςαγωγή Μζκοδοι Αποτελζςματα υμπεράςματα Οι ςυνδυαςμοί των γονοτφπων -408CT_-3CT, -77(GT)n 8/ 8_-568GC -77(GT)n 8/ 8_-568CC είναι πιο ςυχνοί ςτουσ ανενεργουσ φορεισ.

5 Ειςαγωγή Μζκοδοι Αποτελζςματα υμπεράςματα Οι περιςςότεροι ΗΒeAg αρνθτικοί χρόνια μολυςμζνοι αςκενείσ, ςυνικωσ εξελίςςονται ςε ανενεργοφσ φορείσ. Πολφ μικρά ποςοςτά κίρρωςθσ και κατ επζκταςθ θπατοκυτταρικοφ καρκίνου παρατθροφνται ςε αυτι τθν ομάδα αςκενϊν. Βιβλιογραφία: Ο πολυμορφιςμόσ -3SNP επθρεάηει τθν ζκφραςθ του υποδοχζα (Zhou et al, 2009α) O πολυμορφιςμόσ -77(GT)n δεν επθρεάηει τθν ζκφραςθ του υποδοχζα (Zhou et al, 2009β) Yun-Fan Liaw, Chia-Ming Chu. Lancet 2009; 373:

6 Σχεδιαςμόσ: ζπειτα από εγκεκριμζνθ πρόςβαςθ ςτο The Cancer Genome Atlas (TCGA) project χρθςιμοποιιςαμε Δεδομζνα NGS: HCC δείγματα -Πλιρουσ γονιδιϊματοσ Whole Genome (WGS) -Πλιρουσ εξωςϊματοσ Whole Exome Sequencing (WXS) -Πλιρουσ «μεταγραφϊματοσ» (RNA-Seq) Ειςαγωγι Μζθοδοι Αποτελζςματα υμπεράςματα

7 Ειςαγωγι Μζθοδοι Αποτελζςματα υμπεράςματα -77(GT) 9-586G/C -408C/T Pseudo-reference -3C/T Αυτοματοποιημζνοσ υπολογιςτικόσ αλγόριθμοσ για την εφρεςη των γονοτφπων (Δεδομζνα WGS and WXS) -586G/C TCGA WGS extracted reads -408C/T -77(GT) 3 Local mapping alignment -3C/T Variation calling De novo assembly -77(GT) G/C -408C/T -77(GT) 8-3C/T Genotyping

8 Group A Group B Ειςαγωγι Μζθοδοι Αποτελζςματα υμπεράςματα Διαφορική ανάλυςη τησ γονιδιακήσ ζκφραςησ ςτο ηπατοκυτταρικό καρκίνωμα (Δεδομζνα RNAseq) --Διπλή ομαδοποίηςη ανάλογα με τουσ -77(GT)n και -3SNP γονοτφπουσ -- Tophat / R 10 RNAseq HCC δείγμαηα με καθοριζμένοσς γονόησποσς για ηοσς πολσμορθιζμούς -77(GT)n και -3 SNP A GT>8/>8 CT B GT>8/>8 CT C GT<8/>8 CT D GT<8/>8 CC E GT<8/>8 CC F GT<8/<8 CT G GT<8/<8 CT H GT<8/<8 CC I GT<8/<8 CC J GT<8/<8 CC Group A Group B

9 RNAseq quality control Ειςαγωγι Μζκοδοι Αποτελζςματα υμπεράςματα

10 Ειςαγωγι Μζκοδοι Αποτελζςματα υμπεράςματα Σο -77(GT)n επθρεάηει 4 φορζσ περιςςότερα (ςχετιηόμενα με τθν ιντερφερόνθ) γονίδια ςε ςχζςθ με το -3 SNP Δϊδεκα διαφορικά-εκφραηόμενα μετάγραφα (mrnas) αποτελοφν τα αντίςτοιχα κφρια γονιδιακά προϊόντα (PT) Η ζκφραςθ 5 εξ αυτϊν ςχετίηεται με καρκινογζνεςθ. (PTK2, OXT, S100A13, FOXN3, ACSS2)

11 INFAR-1 alternative splicing Ειςαγωγι Μζκοδοι Αποτελζςματα υμπεράςματα

12 Ο γονότυποσ 8/ 8(GT)n είναι πιο ςυχνόσ ςτουσ IC ςε ςχζςθ με τουσ γονότυπουσ >8/ 8 και >8/>8(GT)n (p<0.05, OR=2.47, 95%CI: ). Ειςαγωγι Μζκοδοι Αποτελζςματα υμπεράςματα

13 Ειςαγωγι Μζκοδοι Αποτελζςματα Συμπεράςματα - Οι πολυμορφιςμοί -77(GT)n και -3SNP δεν επθρεάηουν τθν ζκφραςθ του βαςικοφ INFAR1 mrna - Ανιχνεφςαμε 4 φορζσ περιςςότερα διαφορικά-εκφραηόμενα γονίδια ςτο HCC ςτθν ομαδοποίθςθ κατά -77(GT)n ςε ςχζςθ με τθ ομαδοποίθςθ κατά -3SNP - Η ζκφραςθ δευτερεφοντοσ INFAR1 mrna και άλλων ςχετικϊν με τθν ιντερφερόνθ γονιδίων αποτελοφν υποψιφιουσ διαγνωςτικοφσ δείκτεσ - Τπάρχει ςφνδεςθ του πολυμορφιςμοφ -77(GT)n με το HCC

Academic Department of Gastroenterology, Laiko General Hospital, Medical School of National and Kapodistrian University of Athens, Athens, Greece 3.

14 υνεργάτεσ: Timokratis Karamitros 1, George Papatheodoridis 2, Dimitrios Paraskevis 3, Angelos Hatzakis 3, Jean L. Mbisa 4, Richard Tedder 4, Urania Georgopoulou 5, Paul Klenerman 6, Gkikas Magiorkinis 1,3 1. Department of Zoology, University of Oxford, Oxford, United Kingdom 2. Academic Department of Gastroenterology, Laiko General Hospital, Medical School of National and Kapodistrian University of Athens, Athens, Greece 3. Department of Hygiene and Epidemiology and Medical Statistics, Medical School of National and Kapodistrian University of Athens, Athens, Greece 4. Virus Reference Department, Public Health England, Collindale, London, United Kingdom 5. Department of Microbiology, Molecular Virology Laboratory, Hellenic Pasteur Institute, Athens, Greece 6. Peter Medawar Building for Pathogen Research and Translational Gastroenterology Unit, University of Oxford, Oxford, United Kingdom ασ ευχαριςτϊ για τθν προςοχι ςασ

Σχετικά έγγραφα

TO LTR TOY ΑΝΘΡΩΠΙΝΟΤ ΕΝΔΟΓΕΝΟΤ ΡΕΣΡΟΙΟΤ - Κ (HERV-K) HML-2 ΚΑΙ Η ΕΚΦΡΑΗ ΣΟΤ CD4 ΤΠΟΔΟΧΕΑ Ε HIV-ΜΟΛΤΜΕΝΕ ΚΤΣΣΑΡΟΕΙΡΕ

Σιμοκράτθσ Καραμιτροσ, PhD Μεταδιδακτορικόσ Ερευνθτισ Εργαςτιριο Εφαρμοςμζνθσ & Εξελικτικισ Ιολογίασ Πανεπιςτιμιο τθσ Οξφόρδθσ TO LTR TOY ΑΝΘΡΩΠΙΝΟΤ ΕΝΔΟΓΕΝΟΤ ΡΕΣΡΟΙΟΤ - Κ (HERV-K) HML-2 ΚΑΙ Η ΕΚΦΡΑΗ ΣΟΤ