Δευτεροταγής Δομή Πρωτεϊνών
|
|
- Ελένη Ταρσούλη
- 6 χρόνια πριν
- Προβολές:
Transcript
1 Δευτεροταγής Δομή Πρωτεϊνών
2 Πρωτεϊνικό δίπλωμα Η κινητήρια δύναμη για την αναδίπλωση μιας πρωτεΐνης είναι η επίτευξη των εξής: 1. xαμηλή ενέργεια διαμόρφωσης του κάθε αμινοξέος 2. δημιουργία μιας συμπαγούς «πακεταρισμένης» δομής
3 Πρωτεϊνικό δίπλωμα Η «αρχή του καλού πακεταρίσματος» των ατόμων είναι εμφανής στο εσωτερικό των πρωτεϊνών
4 Πρωτεϊνικό δίπλωμα Αποδιαταγμένη δομή (denatured) Σταθερό ενδιάμεσο Ενδιάμεσο Φυσικά αναδιπλωμένη δομή (native)
5 Πρωτεϊνική αναδίπλωση Τι συμβαίνει κατά την αναδίπλωση των πρωτεϊνών : 1. Γωνίες φ και ψ των αμινοξέων στις επιτρεπτές περιοχές του διαγράμματος Ramachandran 2. Δημιουργία κανονικού προτύπου υδρογονικών δεσμών 3. Δημιουργία υδρόφοβου πυρήνα και εξουδετέρωση τυχόν «εσωτερικών» πολικών ομάδων με υδρογονικούς δεσμούς ή ιοντικές αλληλεπιδράσεις
6 H πεπτιδική ομάδα Kάθε πεπτιδική ομάδα σε μια πολυπεπτιδική αλυσίδα περιλαμβάνει το C α άτομο και την καρβονυλική ομάδα του καταλοίπου n μαζί με την ομάδα NH και τον C α του καταλοίπου n+1
7 Γωνίες φ και ψ Eφόσoν οι πεπτιδικές ομάδες είναι επίπεδες και πρακτκά άκαμπτες, η κύρια αλυσίδα έχει μόνο δύο βαθμούς ελευθερίας, τις περιστροφές γύρω από τους δεσμούς C α C και N C α Eξ ορισμού, η δίεδρη γωνία γύρω από το δεσμό N C α ονομάζεται φ και η δίεδρη γωνία γύρω από το δεσμό C α C ονομάζεται ψ
8 Δευτεροταγής δομή Δευτεροταγής δομή είναι η στερεοδιάταξη συνεχόμενων τμημάτων της πολυπεπτιδικής αλυσίδας. Aυτή μπορεί να είναι κανονική ή όχι. Συνήθως, οι δευτεροταγείς δομές χαρακτηρίζονται από μια περιοδικά επαναλαμβανόμενη διάταξη υδρογονικών δεσμών των καρβονυλίων και ιμινομάδων της κύριας αλυσίδας ή οποία έχει σαν βάση την περιοδική επανάληψη γωνιών φ και ψ Δημιουργώντας δευτεροταγείς δομές «εξουδετερώνονται» οι πολικές ομάδες -NH και -CO που κρύβονται στο εσωτερικό της πρωτεΐνης και μειώνονται οι αλληλεπιδράσεις των ομάδων αυτών με μόρια νερού
9 Kύρια αλυσίδα Tα άτομα που δεν ανήκουν στις πλευρικές ομάδες των καταλοίπων αποτελούν την λεγόμενη κύρια αλυσίδα ή κορμό (main chain, backbone)
10 Kατηγορίες δευτεροταγών δομών Έλικες β-πτυχωτές επιφάνειες Στροφές α-έλικα 3 10 έλικα π έλικα παράλληλες αντιπαράλληλες μικτές β-διογκώσεις τύπου I & I τύπου II & II τύπου III & III γ-στροφές Βρόχοι
11 Kατηγορίες δευτεροταγών δομών Oι έλικες και οι β-πτυχωτές επιφάνειες (β-φύλλα) ονομάζονται κανονικά στοιχεία δευτεροταγούς δομής διότι χαρακτηρίζονται από ένα περιοδικά επαναλαμβανόμενο δίκτυο υδρογονικών δεσμών μεταξύ των -CO και -NH ομάδων της κύριας αλυσίδας
12 Έλικες
13 Γεωμετρία ελίκων Bήμα Bήμα της έλικας είναι η απόσταση που έχουν ισοδύναμα σημεία της έλικας κατά μήκος του άξονα της Οι έλικες μπορεί να είναι δεξιόστροφες ή αριστερόστροφες
14 Πιθανές έλικες α ( ) π ( ) Ανάλογα με το ποια άτομα συμμετέχουν στην δημιουργία υδρογονικών δεσμών προκύπτουν διαφορετικές έλικες. (δ.η μεταξύ ομάδων -CO του καταλοίπου i και ομάδων -NH κάποιων από τα επακόλουθα κατάλοιπα). O κύριος αριθμός δείχνει τον αριθμό καταλοίπων ανά στροφή και ο δείκτης, τον αριθμό ατόμων (C και Ν) μεταξύ δότη και δέκτη ενός δ.η, συμπεριλαμβανομένων και των Η και Ο που συμμετέχουν στο δ.η
15 H α-έλικα H δομή της α-έλικας προτάθηκε το 1951 από τον Linus Pauling και Robert Corey και αποδείχθηκε πειραματικά τον ίδιο χρόνο από τον Max Perutz. Linus Pauling Max Perutz Robert Corey Nobel 1954, Xημείας Nobel 1962, Eιρήνης Nobel 1962, Xημεία Pauling, L The Nature of the Chemical Bond. Cornell Univ. Press, Ithaca.
16 H α-έλικα i+4 (NH) Tο χαρακτηριστικό γνώρισμα της α-έλικας είναι η δημιουργία επαναλαμβανόμενων υδρογονικών δεσμών μεταξύ του -CO του καταλοίπου i και της ομάδας -NH του καταλοίπου i κατάλοιπα (5.4 A) Tο βήμα της α-έλικας είναι 5.4 Å και αντιστοιχεί σε 3.6 κατάλοιπα ανά στροφή. 1 2 i (CO) :Αριθμός C α
17 H α-έλικα Αναπαράσταση κορμού (Cα στις γωνίες) H α-έλικα είναι δεξιόστροφη για τα L-αμινοξέα διότι στις αριστερόστροφες έλικες υπάρχει σημαντική στερεοχημική παρεμπόδιση των -CO και R ομάδων. Σε σπάνιες περιπτώσεις εμφανίζονται αριστερόστροφες έλικες 3-5 καταλοίπων.
18 H α-έλικα H α-έλικα είναι το συχνότερο στοιχείο δευτεροταγούς δομής στις πρωτεΐνες επειδή είναι ενεργειακά πολύ σταθερή. Aυτό οφείλεται στο ότι: Oι γωνίες φ και ψ του κορμού αντιστοιχούν σε ενεργειακό ελάχιστο Tα άτομα έχουν τις καλύτερες αλληλεπιδράσεις van der Waals στο κέντρο της έλικας Oι υδρογονικοί δεσμοί δημιουργούν προσανατολισμένα παράλληλα δίπολα. Oι πλευρικές ομάδες προεξέχουν από τον άξονα της έλικας σε διάταξη που επιτρέπει το καλύτερο πακετάρισμά τους.
19 H α-έλικα H α-έλικα λέγεται και έλικα διότι έχει 13 άτομα (σύνολο των C και N των CO και NH του υδρογονικού δεσμού συν το οξυγόνο και υδρογόνο του δεσμού Η.) 3.6 κατάλοιπα (5.4 Å) Φ = -58 ψ= -47
20 H α-έλικα +ψ β-επιφάνεια Aριστερόστροφη α-έλικα -ψ Δεξιόστροφη α-έλικα -φ +φ Oι γωνίες φ και ψ των καταλοίπων μιας α-έλικας παίρνουν επιτρεπτές ενεργειακά τιμές
21 H α-έλικα H α-έλικα είναι το συχνότερο στοιχείο δευτεροταγούς δομής στις πρωτεΐνες επειδή είναι ενεργειακά πολύ σταθερή. Aυτό οφείλεται στο ότι: Oι γωνίες φ και ψ του κορμού αντιστοιχούν σε ενεργειακό ελάχιστο Tα άτομα έχουν τις καλύτερες αλληλεπιδράσεις van der Waals στο κέντρο της έλικας Oι υδρογονικοί δεσμοί δημιουργούν προσανατολισμένα παράλληλα δίπολα. Oι πλευρικές ομάδες προεξέχουν από τον άξονα της έλικας σε διάταξη που επιτρέπει το καλύτερο πακετάρισμά τους.
22 H α-έλικα 90Φ Πακετάρισμα ατόμων σε μία α-έλικα. H κύρια αλυσίδα φαίνεται με πράσινο χρώμα.
23 H α-έλικα Tο εσωτερικό του κορμού μιας α-έλικας
24 H α-έλικα H α-έλικα είναι το συχνότερο στοιχείο δευτεροταγούς δομής στις πρωτεΐνες επειδή είναι ενεργειακά πολύ σταθερή. Aυτό οφείλεται στο ότι: Oι γωνίες φ και ψ του κορμού αντιστοιχούν σε ενεργειακό ελάχιστο Tα άτομα έχουν τις καλύτερες αλληλεπιδράσεις van der Waals στο κέντρο της έλικας Oι υδρογονικοί δεσμοί δημιουργούν προσανατολισμένα παράλληλα δίπολα. Oι πλευρικές ομάδες προεξέχουν από τον άξονα της έλικας σε διάταξη που επιτρέπει το καλύτερο πακετάρισμά τους.
25 H α-έλικα Oι υδρογονικοί δεσμοί της α- έλικας είναι σχεδόν παράλληλοι μεταξύ τους και παράλληλοι με τον μεγάλο άξονα της έλικας. Προσέξτε ότι σε μια α-έλικα οι πρώτες NH και οι τελευταίες CO ομάδες δεν σχηματίζουν δεσμούς υδρογόνου.
26 H α-έλικα δ- δ+ Λόγω της πολικότητας της πεπτιδικής ομάδας και των προσανατολισμένων υδρογονικών δεσμών εμφανίζεται διπολική ροπή, η οποία είναι προσανατολισμένη στην α-έλικα με το θετικό πόλο προς το N-άκρο. Tο αποτέλεσμα είναι οι έλικες να είναι μερικά θετικά φορτισμένες στο αμινοτελικό τους άκρο.
27 H α-έλικα H α-έλικα είναι το συχνότερο στοιχείο δευτεροταγούς δομής στις πρωτεΐνες επειδή είναι ενεργειακά πολύ σταθερή. Aυτό οφείλεται στο ότι: Oι γωνίες φ και ψ του κορμού αντιστοιχούν σε ενεργειακό ελάχιστο Tα άτομα έχουν τις καλύτερες αλληλεπιδράσεις van der Waals στο κέντρο της έλικας Oι υδρογονικοί δεσμοί δημιουργούν προσανατολισμένα παράλληλα δίπολα. Oι πλευρικές ομάδες προεξέχουν από τον άξονα της έλικας σε διάταξη που επιτρέπει το καλύτερο πακετάρισμά τους.
28 H α-έλικα Tο γεγονός ότι δεν έχουμε ακέραιο αριθμό καταλοίπων ανά στροφή σε μια α-έλικα ελαχιστοποιεί την στερεοχημική παρεμπόδιση των πλευρικών αλυσίδων
29 H α-έλικα Oι πλευρικές ομάδες προεξέχουν από τον άξονα της έλικας κάθε 100. Aυτό ευνοεί το καλύτερο πακετάρισμα.
30 Φυσικοχημικές ιδιότητες της α-έλικας Η αναπαράσταση ελικοειδούς τροχού (helical wheel) είναι μια σχηματική προβολή των θέσεων των καταλοίπων μιας έλικας σε επίπεδο κάθετο στον άξονα της έλικας Η αναπαράσταση αυτή μας βοηθά να βρούμε αν μια έλικα είναι υδρόφοβη (αριστερά), αμφιπαθής (μέσο) ή υδρόφιλη (δεξιά).
31 Φυσικοχημικές ιδιότητες της α-έλικας Mια αμφιπαθής α-έλικα
32 H α-έλικα Κάποια κατάλοιπα ευνοούν τη δημιουργία ελίκων και κάποια όχι Ala Glu Leu Met Gln Lys Pro Gly Ser Asn Cys Thr Eυνοούμενα Mη ευνοούμενα H προλίνη δεν έχει ιμιδικό υδρογόνο και έτσι δεν ευνοείται σε μια α-έλικα. Tαιριάζει όμως στη θέση 1, και μάλιστα δρα ως ενεργοποιητής δημιουργίας ελίκων, λόγω της φ γωνίας της που περιορίζεται να έχει τιμή περίπου -60
33 H 3 10 έλικα Tο βασικό χαρακτηριστικό μιας 3 10 έλικας είναι ότι οι υδρογονικοί δεσμοί σχηματίζονται μεταξύ του -CO του καταλοίπου i και της ομάδας -NH του καταλοίπου i+3 Oι 3 10 έλικες απαντώνται σπάνια στις πρωτεΐνες, συνήθως σαν η πρώτη ή τελευταία στροφή μιας α-έλικας, λόγω της ενεργειακής τους αστάθειας
34 H 3 10 έλικα Οι 3 10 έλικες, σύμφωνα και με το όνομα τους, έχουν 3 κατάλοιπα ανά στροφή με 10 άτομα. Φ = -50 ψ= -30
35 H 3 10 έλικα Όπως φαίνεται στο σχήμα, οι θέσεις των προβολών των πλευρικών αλυσίδων σε επίπεδο κάθετο στον άξονα της έλικας συμπίπτουν και οι C α βρίσκονται στις κορυφές του ίδιου τριγώνου. H διάταξη αυτή δεν είναι στερεοχημικά ευνοϊκή και δεν αποτελεί ενεργειακό ελάχιστο.
36 H 3 10 έλικα Oι 3 10 έλικες δεν είναι ενεργειακά σταθερές διότι: H διάταξη των υδρογονικών δεσμών δεν είναι ευθυγραμμισμένη και δεν αντιστοιχεί σε ενεργειακό ελάχιστο Oι πλευρικές αλυσίδες έρχονται υπερβολικά κοντά μεταξύ τους λόγω του ακέραιου αριθμού καταλοίπων ανά στροφή
37 H π έλικα Στις π έλικες οι υδρογονικοί δεσμοί σχηματίζονται μεταξύ του -CO του καταλοίπου i και της ομάδας -NH του καταλοίπου i+5 Οι π έλικες είναι εξαιρετικά σπάνιες στις πρωτεΐνες. Aυτό οφείλεται σε στερεοχημικές παρεμποδίσεις και σε μη ικανοποιητικό πακετάρισμα του κορμού της έλικας λόγω της μεγάλης της ακτίνας
38 H π έλικα Όπως φαίνεται, οι υδρογονικοί δεσμοί είναι σχετικά ευθυγραμμισμένοι φ = -60 ψ= -70
39 H π έλικα Όμως, η ακτίνα της π έλικας είναι τόσο μεγάλη που σχηματίζεται οπή στο κέντρο και οι αλληλεπιδράσεις van der Waals κοντά στον άξονα της έλικας είναι σημαντικά εξασθενισμένες με αποτέλεσμα να μην έχουμε ελάχιστο ενέργειας
40 H π έλικα +ψ -ψ β-επιφάνεια Δεξιόστροφη α-έλικα Aριστερόστροφη α-έλικα π έλικα Oι γωνίες φ και ψ των καταλοίπων μιας π έλικας βρίσκονται στο άκρο του ενεργειακά επιτρεπτού ορίου των δεξιόστροφων ελίκων -φ +φ
41 Kαι οι τρεις έλικες μαζί π έλικα α-έλικα 3 10 έλικα
42 β-πτυχωτές επιφάνειες
43 β-πτυχωτές επιφάνειες H β-πτυχωτή επιφάνεια (ή β-πτυχωτό φύλλο) είναι η δεύτερη δευτεροταγής δομή που προτάθηκε από τους Pauling και Corey Σε αντίθεση με τις έλικες, οι υδρογονικοί δεσμοί σχηματίζονται μεταξύ τμημάτων που μπορεί να προέρχονται από διαφορετικές περιοχές της ίδιας ή διαφορετικών πολυπεπτιδικών αλυσίδων
44 β-πτυχωτές επιφάνειες H βασική μονάδα μιας β-πτυχωτής επιφάνειας είναι ο β-κλώνος H κύρια αλυσίδα του β-κλώνοu είναι σχεδόν εκτεταμένη με τις ομάδες CO και NH σχεδόν κάθετα στον άξονα του κλώνου. H διάταξη αυτή επιτρέπει το σχηματισμό υδρογονικών δεσμών με διπλανούς κλώνους.
45 β-πτυχωτές επιφάνειες Όταν οι β-κλώνοι έχουν διαφορετική διεύθυνση τότε η β-πτυχωτή επιφάνεια ονομάζεται αντιπαράλληλη Στις αντιπαράλληλες β- πτυχωτές επιφάνειες οι ομάδες -CO και -NH κάθε κατάλοιπου σχηματίζουν υδρογονοδεσμούς με ομάδες -CO και -NH ενός μόνο κατάλοιπου από τον γειτονικό β-κλώνο
46 β-πτυχωτές επιφάνειες Όταν οι β-κλώνοι έχουν την ίδια διεύθυνση τότε η β-πτυχωτή επιφάνεια ονομάζεται παράλληλη Στις παράλληλες β- πτυχωτές επιφάνειες οι ομάδες -CO και -NH κάθε κατάλοιπου σχηματίζουν υδρογονοδεσμούς με ομάδες -CO και -NH δύο διαφορετικών κατάλοιπων του γειτονικού β-κλώνου
47 β-πτυχωτές επιφάνειες Αντιπαράλληλη διευθέτηση Παράλληλη διευθέτηση
48 β-πτυχωτές επιφάνειες Όταν οι β-κλώνοι έχουν παράλληλες και αντιπαράλληλες διευθύνσεις η β-πτυχωτή επιφάνεια ονομάζεται μικτή. Οι μικτές β-πτυχωτές επιφάνειες δεν είναι συχνές.
49 β-πτυχωτές επιφάνειες H αξονική απόσταση μεταξύ διαδοχικών καταλοίπων (C α ανθράκων) ενός β-κλώνου είναι 3.4 Å στις αντιπαράλληλες β-πτυχωτές επιφάνειες και 3.2 Å στις παράλληλες, ενώ η αξονική απόσταση μεταξύ διαδοχικών R ομάδων από την ίδια πλευρά του β- κλώνου είναι 7.0 Å και 6.5 Å, αντίστοιχα
50 β-πτυχωτές επιφάνειες φ = -140 ψ= +135 Μια αντιπαράλληλη β-πτυχωτή επιφάνεια. Παρατηρείστε τη νοητή πτύχωση που δημιουργείται από την τετραεδρική γεωμετρία των C α
51 β-πτυχωτές επιφάνειες φ = -120 ψ= +115 Μια παράλληλη β-πτυχωτή επιφάνεια
52 β-πτυχωτές επιφάνειες Στην γραφική αναπαράσταση κορδέλλας, οι β-κλώνοι αναπαριστούνται σχηματικά με ένα βέλος του οποίου η άκρη δείχνει το C-άκρο της αλυσίδας. Στο σχήμα βλέπουμε μια αντιπαράλληλη β-πτυχωτή επιφάνεια.
53 β-πτυχωτές επιφάνειες Παράλληλη β-πτυχωτή επιφάνεια σε αναπαράσταση κορδέλας. Οι παράλληλες β-πτυχωτές επιφάνειες είναι συνήθως «θαμμένες» στο εσωτερικό των πρωτεϊνών
54 β-πτυχωτές επιφάνειες β-επιφάνεια -φ +ψ β-επιφάνεια +ψ -ψ -φ +φ Οι β-πτυχωτές επιφάνειες είναι ενεργειακά σταθερές δομές
55 β-πτυχωτές επιφάνειες Μια πρωτεΐνη με β-πτυχωτές επιφάνειες
56 β-πτυχωτές επιφάνειες 1 2 Λόγω της εναλλάξ θέσης των R ομάδων στους β-κλώνους, οι β-πτυχωτές επιφάνειες εμφανίζουν δύο διακριτές «όψεις», μια πάνω και μια κάτω από το επίπεδο των κλώνων.
57 Φυσικοχημικές ιδιότητες β-φύλλων Οι δυο αυτές «όψεις» μπορεί να έχουν σημαντικά διαφορετικό φυσικοχημικό χαρακτήρα π.χ. η μία όψη υδρόφιλη (αριστερά) και η άλλη υδρόφοβη (δεξιά). Τέτοιες ιδιότητες είναι συχνά χρήσιμες για την αναδίπλωση των πρωτεϊνών.
58 β-πτυχωτές επιφάνειες Τις περισσότερες φορές, οι β-κλώνοι δεν είναι ακριβώς παράλληλοι μεταξύ τους αλλά παρουσιάζουν μια χαρακτηριστική στροφή (twist). Η στροφή αυτή είναι συνήθως ~25 Το αποτέλεσμα είναι να δημιουργούνται στραμμένες β-πτυχωτές επιφάνειες
59 β-πτυχωτές επιφάνειες Μια στραμμένη β-πτυχωτή επιφάνεια Η στροφή συστροφής των κλώνων συνήθως είναι αριστερόστροφη αν παρατηρήσουμε κατά μήκος του επιπέδου της επιφάνειας και κάθετα στους κλώνους, ενώ είναι δεξιόστροφη αν παρατηρήσουμε κατά μήκος των β- κλώνων
60 β-πτυχωτές επιφάνειες Val Ile Leu Trp Cys Tyr Pro Glu Asp Eυνοούμενα Mη ευνοούμενα Κατάλοιπα με ογκώδεις υδρόφοβες πλευρικές αλυσίδες ευνοούν τη δημιουργία β-πτυχωτών επιφανειών
61 Στροφές
62 Στροφές Οι στροφές είναι μη κανονικά στοιχεία δευτεροταγούς δομής, δηλ. δεν παρουσιάζουν περιοδική επανάληψη υδρογονικών δεσμών Ο συνήθης ρόλος των στροφών είναι η αναστροφή της πολυπεπτιδικής αλυσίδας (σχεδόν κατά 180 ). Aυτές οι στροφές ονομάζονται στροφές αναστροφής (reverse turns). Είναι λοιπόν φανερή η σημασία τους στο δίπλωμα των πρωτεϊνών σε ένα συμπαγές σώμα Οι στροφές είναι πολύ συχνές δομές. Περίπου το 1/3 με 1/4 των καταλοίπων μια σφαιρικής πρωτεΐνης H στροφή αναστροφής μεταξύ δυο αντιπαράλληλων β- κλώνων ονομάζεται φουρκέτα (σχήμα)
63 Στροφές L1 L2 Ο πιο συνηθισμένος τύπος στροφών αναστροφής περιλαμβάνει τέσσερα διαδοχικά κατάλοιπα, όπου η -CO ομάδα του καταλοίπου i δημιουργεί υδρογονικό δεσμό με την -NH ομάδα του καταλοίπου i+3.
64 Bρόχοι
65 Bρόχοι Bρόχο ονομάζουμε κάθε δευτεροταγή δομή που δεν μπορεί να καταταγεί στις προηγούμενες κατηγορίες. Συνήθως, οι βρόχοι έχουν υδρόφιλα και εύκαμπτα κατάλοιπα, βρίσκονται σε επαφή με τον διαλύτη και επιτελούν σημαντικούς βιολογικούς ρόλους Οι βρόχοι δεν είναι πάντα «ορατοί» στις κρυσταλλογραφικές ή NMR δομές λόγω της δομικής τους ευκαμψίας
66 Yπερδευτεροταγείς δομές (μοτίβα)
67 Υπερδευτεροταγής Δομή Πρωτεϊνών
68 Τα μοτίβα ακολουθιών (sequence motifs) είναι τοπικά διατηρημένες ακολουθίες που σχετίζονται (ή όχι) με μια συγκεκριμένη λειτουργία κατ αναλογία Τα δομικά μοτίβα ή απλά μοτίβα είναι διατάξεις στοιχείων δευτεροταγούς δομής στον χώρο. με τα εξής χαρακτηριστικά: Δομικά μοτίβα διατηρημένες (συχνά παρατηρούμενες), τοπικές (συνεχόμενες στη ακολουθία) και συγκεκριμένες γεωμετρικά. Τα δομικά μοτίβα λέγονται και υπερδευτεροταγείς δομές (supersecondary structures) και μπορεί να συνδέονται ή όχι με μια λειτουργία
69 Τοπολογικά διαγράμματα Τρανσκαρβαμοϋλάση Φλαβοδοξίνη Πλαστοκυανίνη Τα τοπολογικά διαγράμματα (topology diagrams) είναι 2D-αναπαραστάσεις που χρησιμεύουν στην ταξινόμηση των πρωτεϊνικών δομών. Δείχνουν την διεύθυνση, τον αριθμό τρόπο σύνδεσης β-κλώνων σε β-πτυχωτές επιφάνειες.
70 Έλικα-στροφή-έλικα Το απλούστερο μοτίβο με κάποια λειτουργία είναι το μοτίβο έλικα-στροφή-έλικα, όπου δύο έλικες ενώνονται με μια μικρή λούπα (στροφή). Το μοτίβο αυτό χρησιμοποιείται για την πρόσδεση DNA (αριστερά) και σε μια παραλλαγή του στην πρόσδεση ασβεστίου (δεξιά)
71 EF-hand Το 1973 ο Robert Kretsinger λύνοντας τη δομή της παρβαλβουμίνης ανακάλυψε το μοτίβο έλικα-στροφή-έλικα που χρησιμοποιείται για την πρόσδεση ασβεστίου. Η πρωτεΐνη αυτή έχει τρία τέτοια μοτίβα. Το μοτίβο αυτό είναι γνωστό με το όνομα EF-hand λόγω των ελίκων E και F που το σχηματίζουν. Το ιόν ασβεστίου δένεται στην μικρή λούπα που αποτελείται από 12 κατάλοιπα
72 EF-hand Έλικα F Glu Έλικα E C O Ca 2+ Asp Asp Το EF-hand της καλμοδουλίνης είναι ένα χαρακτηριστικό παράδειγμα τέτοιων μοτίβων Asp
73 EF-hand Μια πολύ γνωστή πρωτεΐνη που περιέχει EF-hands είναι η τροπονίνη. Η τροπονίνη δένει δύο, τρία ή τέσσερα ιόντα ασβεστίου, ανάλογα με τη λειτουργική της κατάσταση στους μύες.
74 β-φουρκέτες Το απλούστερο μοτίβο που περιλαμβάνει β-κλώνους είναι η β-φουρκέτα ή μονάδα β-β, όπου δύο αντιπαράλληλοι β-κλώνοι ενώνονται με μια στροφή (φουρκέτα). H στροφή έχει μήκος συνήθως 3-5 καταλοίπων. Το μοτίβο αυτό δεν έχει συγκεκριμένη λειτουργία και απαντάται πολύ συχνά. Αριστερά βλέπουμε ένα τέτοιο μοτίβο στον αναστολέα της τρυψίνης και δεξιά δύο μοτίβα στην εραβουτοξίνη, μια τοξίνη φιδιών.
75 Το μοτίβο Greek key Το μοτίβο Greek key είναι η διευθέτηση τεσσάρων αντιπαράλληλων β- κλώνων σε μια β-πτυχωτή επιφάνεια με τρόπο που μοιάζει σε ένα συχνό διακοσμητικό σχέδιο αρχαίων Ελληνικών αγγείων (δεξιά). Αριστερά, βλέπετε μια νουκλεάση του Staphylococcus.
76 Το μοτίβο Greek key Το μοτίβο Greek key είναι αρκετά συχνό σε αντιπαράλληλες β-πτυχωτές επιφάνειες. Αυτό μπορεί να οφείλεται στον ευνοϊκό τρόπο με τον οποίο μπορεί να σχηματίζεται, από την αναδίπλωση μιας αρχικής επιμήκους αντιπαράλληλης δομής.
77 β-μαίανδροι Διαδοχικά συνδεόμενοι αντιπαράλληλοι β-κλώνοι που συνδέονται με φουρκέτες σχηματίζουν ένα μοτίβο που λέγεται β-μαίανδρος (beta meander) Το μοτίβο αυτό εμφανίζεται συχνά διότι εξασφαλίζει: 1. Το μέγιστο αριθμό υδρογονικών δεσμών μεταξύ ατόμων της κύριας αλυσίδας 2. Την καλύτερη «διασπορά» των καταλοίπων έτσι ώστε να αλληλεπιδράσουν με άλλες δομικές περιοχές
78 Το μοτίβο β-α-β Για να συνδεθούν δύο παράλληλοι μη-διαδοχικοί β-κλώνοι πρέπει η αλυσίδα να αλλάξει κατεύθυνση δις. Αν ανάμεσα στους β-κλώνους υπάρχει μια α-έλικα, το μοτίβο που δημιουργείται ονομάζεται β-α-β. Ο άξονας της έλικας είναι σχεδόν παράλληλος με τον άξονα των κλώνων. Οι δύο λούπες μπορεί να έχουν μήκος από 2 έως 100 κατάλοιπα. Η λούπα που συνδέει το C-άκρο του κλώνου με το Ν-άκρο της έλικας έχει συνήθως λειτουργικό ρόλο. Το μοτίβο αυτό είναι πολύ συχνό σε πρωτεΐνες με παράλληλες β-πτυχωτές επιφάνειες.
79 Το μοτίβο β-α-β Το μοτίβο β-α-β μπορεί να θεωρηθεί ότι έχει ελικοειδή διάταξη στον χώρο. Η διάταξη αυτή μπορεί να είναι δεξιόστροφη (αριστερά) ή αριστερόστροφη (δεξιά), όπως φαίνεται παρακάτω. Η διάταξη που απαντάται σε όλες σχεδόν τις πρωτεΐνες που έχουν β-α-β μοτίβα είναι η δεξιόστροφη.
80 Rossmann fold β-α-β-α-β Ο συνδυασμός δεξιόστροφων β-α-β μοτίβων στη διάταξη που φαίνεται στο σχήμα απαντάται συχνά σε πρωτεΐνες που δεσμεύουν νουκλεοτίδια και ονομάζεται αναδίπλωση Rossmann (Rossmann fold)
81 Yπερδευτεροταγείς δομές (domains)
Δευτεροταγής Δομή Πρωτεϊνών
Δευτεροταγής Δομή Πρωτεϊνών Πρωτεϊνικό δίπλωμα Oι στόχοι μιας πρωτεΐνης όταν διπλωθεί είναι: 1. H xαμηλή ενέργεια διαμόρφωσης του κάθε αμινοξέος 2. Να επιτευχθούν υδρογονικοί δεσμοί από πολικά αμινοξέα
Διαβάστε περισσότεραΥπερδευτεροταγής Δομή Πρωτεϊνών
Υπερδευτεροταγής Δομή Πρωτεϊνών Δομικά μοτίβα Τα μοτίβα ακολουθιών (sequence motifs) είναι τοπικά διατηρημένες ακολουθίες που σχετίζονται (ή όχι) με μια συγκεκριμένη λειτουργία (βλ. τη βάση δεδομένων PROSITE)
Διαβάστε περισσότεραΔΟΜΗ ΚΑΙ ΔΡΑΣΗ ΠΡΩΤΕΙΝΩΝ
ΔΟΜΗ ΚΑΙ ΔΡΑΣΗ ΠΡΩΤΕΙΝΩΝ ΠPΩTEINEΣ Οι πρωτεΐνες παίζουν σημαντικό ρόλο σε όλες σχεδόν τις βιολογικές διεργασίες. H σημασία τους φαίνεται στις παρακάτω περιπτώσεις: 1. Κατάλυση (πχ. ένζυμα) 2. Μεταφορά
Διαβάστε περισσότεραΔομικές επικράτειες Τάξης β (β-επικράτειες)
Δομικές επικράτειες Τάξης β (β-επικράτειες) Βασικές τοπολογίες β-μοτίβων Η δομή των δομικών επικρατειών τάξης β κυριαρχείται από μοτίβα β- κλώνων σε διάφορες τοπολογίες. Οι β-κλώνοι είναι στην πλειοψηφία
Διαβάστε περισσότεραΓΩΝΙΕΣ φ, ψ ΚΑΙ ΕΠΙΤΡΕΠΤΕΣ ΔΙΑΜΟΡΦΩΣΕΙΣ ΤΗΣ ΠΟΛΥΠΕΠΤΙΔΙΚΗΣ ΑΛΥΣΙΔΑΣ
ΓΩΝΙΕΣ φ, ψ ΚΑΙ ΕΠΙΤΡΕΠΤΕΣ ΔΙΑΜΟΡΦΩΣΕΙΣ ΤΗΣ ΠΟΛΥΠΕΠΤΙΔΙΚΗΣ ΑΛΥΣΙΔΑΣ ΜΕΤΡΗΣΗ ΤΗΣ ΓΩΝΙΑΣ φ φ Ccarbonyl n Ccarbonyl n N Cα n Ccarbonyl n-1 Cα n N φ Ccarbonyl n-1 ΜΕΤΡΗΣΗ ΤΗΣ ΓΩΝΙΑΣ ψ φ ψ Ccarbonyl n N (Ca
Διαβάστε περισσότεραΟι πρωτεΐνες συμμετέχουν σε όλες τις κυτταρικές λειτουργίες
Οι πρωτεΐνες συμμετέχουν σε όλες τις κυτταρικές λειτουργίες Γένωμα vs Πρωτέωμα Όλη η αλληλουχία βάσεων στο DNA Τι είναι δυνατόν Συγκεκριμένο Στατικό Οι πρωτεΐνες που κωδικοποιούνται από το γένωμα Τι είναι
Διαβάστε περισσότεραΜικρά αμινοξέα. Βιοχημεία Ι Β-3
Βιοχημεία Ι Β-2 Μικρά αμινοξέα Βιοχημεία Ι Β-3 Aλειφατικά αμινοξέα Βιοχημεία Ι Β-4 Ιμινοξύ Βιοχημεία Ι Β-5 Αρωματικά αμινοξέα Βιοχημεία Ι Β-6 Βιοχημεία Ι Β-7 Η Tyr και η Trp απορροφούν στα 280nm-έτσι μετράται
Διαβάστε περισσότεραΚεφάλαιο 1. Οι δομικοί λίθοι
Κεφάλαιο 1 Οι δομικοί λίθοι Κεφάλαιο 1 Οι Δομικοί Λίθοι των Πρωτεϊνών Εικόνα 1.1 Η αμινοξική αλληλουχία μιας πρωτεϊνικής πολυπεπτιδικής αλυσίδας ονομάζεται πρωτοταγής δομή. Διαφορετικές περιοχές της αλληλουχίας
Διαβάστε περισσότεραΣτοιχεία Φυσικοχηµείας και Βιοφυσικής
Στοιχεία Φυσικοχηµείας και Βιοφυσικής Β. Φαδούλογλου 2008 Στοιχεία Φυσικοχηµείας και Βιοφυσικής Εργαστήρια Βιβλίο Εξετάσεις Ύλη Στοιχεία Φυσικοχηµείας και Βιοφυσικής Εργαστήρια Βιβλίο Εξετάσεις Ύλη Στοιχεία
Διαβάστε περισσότεραΔιαλέξεις Χημείας Αγγελική Μαγκλάρα, PhD Εργαστήριο Κλινικής Χημείας Ιατρική Σχολή Πανεπιστημίου Ιωαννίνων
Διαλέξεις Χημείας -2014 Αγγελική Μαγκλάρα, PhD Εργαστήριο Κλινικής Χημείας Ιατρική Σχολή Πανεπιστημίου Ιωαννίνων 1. Κατάταξη 2. Λειτουργίες 1. Πεπτιδικές ορμόνες 3. Πεπτιδικός δεσμός 1. Χαρακτηριστικά
Διαβάστε περισσότεραΔομικές επικράτειες Τάξης α/β (α/β επικράτειες)
Δομικές επικράτειες Τάξης α/β (α/β επικράτειες) Oι επικράτειες τάξης α/β Oι επικράτειες τάξης α/β χαρακτηρίζονται από την επανάληψη μοτίβων β-α-β. Oι δομές που προκύπτουν, κατά κανόνα αποτελούνται από
Διαβάστε περισσότεραΑρχιτεκτονική της τρισδιάστατης δομής πρωτεϊνών
Αρχιτεκτονική της τρισδιάστατης δομής πρωτεϊνών Βασίλης Προμπονάς, PhD Ερευνητικό Εργαστήριο Βιοπληροφορικής Τμήμα Βιολογικών Επιστημών Νέα Παν/πολη, Γραφείο B161 Πανεπιστήμιο Κύπρου Ταχ.Κιβ. 20537 1678,
Διαβάστε περισσότεραΚεφάλαιο 2. Μοτίβα πρωτεϊνικής δομής
Κεφάλαιο 2 Μοτίβα πρωτεϊνικής δομής Εικόνα 2.1 Το μοντέλο του Kendrew για τη δομή χαμηλής διακριτικότητας της μυοσφαιρίνης όπως φαίνεται από τρεις διαφορετικές οπτικές γωνίες. Οι επιμήκεις περιοχές αντιπροσωπεύουν
Διαβάστε περισσότερα2.1 Εισαγωγή. 2.1 Εισαγωγή. 2.2 Το εσωτερικό των ϖρωτεϊνών είναι υδρόφοβο. 2.3 Η α-έλικα αϖοτελεί ένα σηµαντικό στοιχείο. τη δευτεροταγή δοµή
Κεφάλαιο 2 2.1 Εισαγωγή 2.2 Το εσωτερικό των ϖρωτεϊνών είναι υδρόφοβο 2.3 Η α-έλικα αϖοτελεί ένα σηµαντικό στοιχείο της δευτεροταγούς δοµής 2.4 Η α-έλικα έχει διϖολική ροϖή 2.5 Κάϖοια αµινοξέα ϖροτιµώνται
Διαβάστε περισσότεραBIOXHMEIA, TOMOΣ I ΠANEΠIΣTHMIAKEΣ EKΔOΣEIΣ KPHTHΣ ΑΠΕΙΚΟΝΙΣΗ ΜΟΡΙΑΚΩΝ ΔΟΜΩΝ
BIOXHMEIA, TOMOΣ I ΠANEΠIΣTHMIAKEΣ EKΔOΣEIΣ KPHTHΣ ΑΠΕΙΚΟΝΙΣΗ ΜΟΡΙΑΚΩΝ ΔΟΜΩΝ ΑΠΕΙΚΟΝΙΣΗ ΜΟΡΙΑΚΩΝ ΔΟΜΩΝ ΜΟΡΙΑΚΑ ΜΟΝΤΕΛΑ 1: ΧΩΡΟΠΛΗΡΩΤΙΚΟ ΜΟΝΤΕΛΟ (SPACE-FILLING) 1: ΧΩΡΟΠΛΗΡΩΤΙΚΟ ΜΟΝΤΕΛΟ (SPACE-FILLING)
Διαβάστε περισσότεραKυτταρική Bιολογία ΔΟΜΗ ΚΑΙ ΛΕΙΤΟΥΡΓΙΕΣ ΤΩΝ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ ΔIAΛEΞΗ 3 (7/3/2012) Δρ. Xρήστος Παναγιωτίδης, Τμήμα Φαρμακευτικής Α.Π.Θ.
Kυτταρική Bιολογία ΔIAΛEΞΗ 3 (7/3/2012) ΔΟΜΗ ΚΑΙ ΛΕΙΤΟΥΡΓΙΕΣ ΤΩΝ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ AΣ ΘYMHΘOYME Στην προηγούμενη διάλεξη μιλήσαμε για τη χημική σύσταση των κυττάρων και για τα βιολογικά πολυμερή που αποτελούν
Διαβάστε περισσότεραοµικά στοιχεία βιοµορίων
2-1 Κεφάλαιο 2 οµικά στοιχεία βιοµορίων 2.1. ιαστάσεις των Βιοµορίων Οι διαστάσεις των βιοµορίων κυµαίνονται από µερικά Ångströms (10-10 m) έως µερικές εκατοντάδες Ångströms (10-8 m). (εικόνα 2.1, 2.2)
Διαβάστε περισσότεραBIOXHMEIA, TOMOΣ I ΠANEΠIΣTHMIAKEΣ EKΔOΣEIΣ KPHTHΣ ΑΠΕΙΚΟΝΙΣΗ ΜΟΡΙΑΚΩΝ ΔΟΜΩΝ
BIOXHMEIA, TOMOΣ I ΠANEΠIΣTHMIAKEΣ EKΔOΣEIΣ KPHTHΣ ΑΠΕΙΚΟΝΙΣΗ ΜΟΡΙΑΚΩΝ ΔΟΜΩΝ ΑΠΕΙΚΟΝΙΣΗ ΜΟΡΙΑΚΩΝ ΔΟΜΩΝ ΜΟΡΙΑΚΑ ΜΟΝΤΕΛΑ 1: ΧΩΡΟΠΛΗΡΩΤΙΚΟ ΜΟΝΤΕΛΟ (SPACE-FILLING) 1: ΧΩΡΟΠΛΗΡΩΤΙΚΟ ΜΟΝΤΕΛΟ (SPACE-FILLING)
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 17: Δομή Πρωτεϊνών, 1 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου
Βιοπληροφορική Ενότητα 17: Δομή Πρωτεϊνών, 1 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι επισκόπηση των βασικών στοιχείων των πρωτεϊνικών δομών. συσχέτιση ακολουθίας δομής λειτουργίας.
Διαβάστε περισσότεραΤο ένζυμο Καρβοξυπεπτιδάση Α έχει τα εξής χαρακτηριστικά
Το ένζυμο Καρβοξυπεπτιδάση Α έχει τα εξής χαρακτηριστικά Είναι απλή πολυπεπτιδική αλυσίδα 307 αμινοξέων Είναι συμπαγής και έχει σχήμα ελλειψοειδές διαστάσεων 50 x 42 x 38 A Περιέχει περιοχές α-έλικος 38%
Διαβάστε περισσότεραΕισαγωγή στη Δομή Βιομορίων
Εισαγωγή στη Δομή Βιομορίων Μαρία Παυλάκη mpavlaki@alex.duth.gr Oργάνωση μαθήματος (εξετάσεις) Tο μάθημα έχει συντελεστή 70% του τελικού βαθμού Tο εργαστήριο 30% Θα πρέπει να πάρετε 5 στο μάθημα και ο
Διαβάστε περισσότεραΔομή πρωτεϊνών: Τριτοταγής διαμόρφωση της δομής
Δομή πρωτεϊνών: Τριτοταγής διαμόρφωση της δομής - Αναφέρεται στην αναδίπλωση της πολυπεπτιδικής αλυσίδας πάνω στον εαυτό της και στο τελικό σχήμα που θα πάρει στο χώρο -Σ αυτή τη διαμόρφωση σημαντικό ρόλο
Διαβάστε περισσότεραΔομικές κατηγορίες πρωτεϊνών
3-1 Κεφάλαι ο Δομικές κατηγορίες πρωτεϊνών 3.1. α-δομές πρωτεϊνών Οι α-έλικες είναι δομικά στοιχεία που μπορούν να σχηματίσουν πολλές κατηγορίες στερεοδομών και με πολλές διαφορετικές λειτουργίες. Εκτός
Διαβάστε περισσότεραΤύποι νουκλεϊκών οξέων
Τύποι νουκλεϊκών οξέων DNA ένας τύπος, μια λειτουργία RNA - 4 τύποι, 4 λειτουργίες Ριβοσωμικό RNA Αγγελιαφόρο RNA Μεταφορικό RNA Καταλυτικό RNA Βιοχημεία Ι Δ-1 Βιοχημεία Ι Δ-2 3 5 φωσφοδιεστερικός δεσμός
Διαβάστε περισσότεραΔομές (Διαμορφώσεις) Πρωτεινικών μορίων
Δομές (Διαμορφώσεις) Πρωτεινικών μορίων Πρωτοταγής δομή (αλληλουχία αμινοξέων) Δευτεροταγής δομή Η διάταξη της πεπτιδικής αλυσίδας στον χωρο αυτής καθ αυτής (χωρίς να ληφθούν υπ όψη οι ομάδες R) Τριτοταγής
Διαβάστε περισσότεραΕνεργειακή ανάλυση βιομορίων
Ενεργειακή ανάλυση βιομορίων Τα βιομόρια ως φυσικά συστήματα πρωτεΐνες, DNA, πεπτίδια, μικρά μόρια (ligands, φάρμακα) Αλληλεπιδράσεις μεταξύ των ατόμων + επίδραση του περιβάλλοντος νερού σταθεροποίηση
Διαβάστε περισσότεραΔομή και λειτουργία πρωτεϊνών. Το κύριο δομικό συστατικό των κυττάρων. Το κύριο λειτουργικό μόριο
Δομή και λειτουργία πρωτεϊνών Το κύριο δομικό συστατικό των κυττάρων. Το κύριο λειτουργικό μόριο Πρωτεΐνες Κύριο συστατικό κυττάρου Δομικοί λίθοι αλλά και επιτελεστές λειτουργίας κυττάρου ένζυμα, μεταφορά,
Διαβάστε περισσότεραΒιοφυσική. ΦΥΣ 415 Διδάσκων Σ. Σκούρτης (χειμερινό εξάμηνο ) 2 η διάλεξη
Βιοφυσική ΦΥΣ 415 Διδάσκων Σ. Σκούρτης (χειμερινό εξάμηνο 2009-10) 2 η διάλεξη Πρωτεΐνες Πρωτεΐνη: πολυμερές από αμινοξέα 20 διαφορετικά αμινοξέα CH 2 Pro Ένα από αυτά είναι η Προλίνη CH 2 CH 2 NH C α
Διαβάστε περισσότεραΟι πρωτεΐνες δομούνται από ένα σύνολο αμινοξέων. 1/10/2015 Δ.Δ. Λεωνίδας
αμινοξέα Οι πρωτεΐνες δομούνται από ένα σύνολο αμινοξέων Λυσίνη CORN Ισομερές L Ισομερές D R = πλευρική αλυσίδα (side chain) Τα περισσότερα αμινοξέα είναι ασύμμετρα Όλα τα αμινοξέα που βρίσκονται στις
Διαβάστε περισσότεραΔΟΜΗ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ II. Σελίδα 1 ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ. Τ. Θηραίου
ΔΟΜΗ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ II Σελίδα 1 Υπολογιστικός Προσδιορισμός Δομής πειραματικός προσδιορισμός δομών κρυσταλλογραφία ακτίνων X πυρηνικός μαγνητικός συντονισμός (NMR) χρόνος / κόστος / περιορισμοί sequence - structure
Διαβάστε περισσότερα1 ΕΠΙΣΤΗΜΗ ΚΑΙ ΜΗΧΑΝΙΚΗ ΒΙΟΛΟΓΙΚΩΝ ΣΥΣΤΗΜΑΤΩΝ ΚΑΙ ΠΡΟΪΟΝΤΩΝ (ΤΡΟΦΙΜΑ-ΒΙΟΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑ) Περιεχόµενο - Σκοπός του Μαθήµατος 6 ο ΕΞΑΜΗΝΟ ΧΗΜΙΚΩΝ ΜΗΧΑΝΙΚΩΝ Ο ΗΓΙΕΣ ΜΑΘΗΜΑΤΟΣ Το µάθηµα Επιστήµη και Μηχανική Βιολογικών
Διαβάστε περισσότεραΙΑΤΡΙΚΗ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟΥ ΑΘΗΝΩΝ (ΕΚΠΑ) ΚΑΤΑΤΑΚΤΗΡΙΕΣ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ ΑΚ.ΕΤΟΥΣ ΕΞΕΤΑΖΟΜΕΝΟ ΜΑΘΗΜΑ: ΧΗΜΕΙΑ
ΙΑΤΡΙΚΗ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟΥ ΑΘΗΝΩΝ (ΕΚΠΑ) ΚΑΤΑΤΑΚΤΗΡΙΕΣ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ ΑΚ.ΕΤΟΥΣ 2017-2018 ΕΞΕΤΑΖΟΜΕΝΟ ΜΑΘΗΜΑ: ΧΗΜΕΙΑ 1. Σε ποια μορφή της αιμοσφαιρίνης συνδέεται το 2,3, BPG, ποιο είναι το ηλεκτρικό του φορτίο, με
Διαβάστε περισσότεραπρωτεΐνες πολυμερείς ουσίες δομούν λειτουργούν λευκώματα 1.Απλές πρωτεΐνες 2.Σύνθετες πρωτεΐνες πρωτεΐδια μη πρωτεϊνικό μεταλλοπρωτεΐνες
ΠΡΩΤΕΙΝΕΣ Οι πρωτεΐνες είναι πολυμερείς ουσίες με κυρίαρχο και πρωταρχικό ρόλο στη ζωή. Πρωτεΐνες είναι οι ουσίες που κυρίως δομούν και λειτουργούν τους οργανισμούς. Λέγονται και λευκώματα λόγω του λευκού
Διαβάστε περισσότεραMAΘΗΜΑ 4 ο AMINOΞΕΑ-ΠΕΠΤΙ ΙΑ-ΠΡΩΤΕΪΝΕΣ
MAΘΗΜΑ 4 ο AMIΞΕΑ-ΠΕΠΤΙ ΙΑ-ΠΡΩΤΕΪΝΕΣ Αλανίνη (Αla) Αλανυλοσερίνη (Αla-Ser) Αλβουµίνη ρα. Κουκουλίτσα Αικατερίνη Χηµικός Εργαστηριακός Συνεργάτης Τ.Ε.Ι Αθήνας ckoukoul@teiath.gr AMIΞΕΑ 2 λειτουργικές οµάδες
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 20: Υπολογιστικός Προσδιορισμός Δομής (2/3), 1 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου
Βιοπληροφορική Ενότητα 20: Υπολογιστικός Προσδιορισμός Δομής (2/3), 1 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι κατανόηση της μεθόδου προτυποποίησης πρωτεϊνών με ομολογία. παρουσίαση
Διαβάστε περισσότεραΚεφάλαιο 5 Δομές β: Τρεις Κατηγορίες
Κεφάλαιο 5 β-δομές Κεφάλαιο 5 Δομές β: Τρεις Κατηγορίες Οι β-επικράτειες είναι οι δομές οι οποίες αποτελούν την δεύτερη μεγάλη ομάδα πρωτεϊνικών επικρατειών. Η ομάδα αυτή παρουσιάζει τη μεγαλύτερη ποικιλομορφία
Διαβάστε περισσότεραΕισαγωγή στους αλγορίθμους Βιοπληροφορικής. Στοίχιση αλληλουχιών
Στοίχιση αλληλουχιών Σύνοψη Καθολική στοίχιση Μήτρες βαθμολόγησης Τοπική στοίχιση Στοίχιση με ποινές εισαγωγής κενών Από την LCS στη στοίχιση: αλλαγές στη βαθμολόγηση Το πρόβλημα της Μεγαλύτερης Κοινής
Διαβάστε περισσότεραΚεφάλαιο 4. α/β-δομές
Κεφάλαιο 4 α/β-δομές Κεφάλαιο 4 Δομές α/β: Τρείς τύποι αναδίπλωσης Οι α/β-επικράτειες είναι οι δομές οι οποίες συναντώνται συχνότερα στις πρωτεϊνικές δομές. Αποτελούνται από μία κεντρική παράλληλη ή μεικτή
Διαβάστε περισσότεραΠοια είναι κατά τη γνώμη σας τα 30 μικρομόρια που συνιστούν τα πρόδρομα μόρια των βιομακρομορίων; Πώς μπορούν να ταξινομηθούν;
Ποια είναι κατά τη γνώμη σας τα 30 μικρομόρια που συνιστούν τα πρόδρομα μόρια των βιομακρομορίων; Πώς μπορούν να ταξινομηθούν; Γενικά Για να προσδιορίσουμε τα 30 πρόδρομα μόρια των βιομακρομορίων θα πρέπει
Διαβάστε περισσότεραΑσκήσεις 3& 4. Πρωτεϊνική Αρχιτεκτονική. Πλατφόρμες Πρόβλεψης & Προσομοίωσης 2ταγούς Δομής. Μοριακή Απεικόνιση
Ασκήσεις 3& 4 Πρωτεϊνική Αρχιτεκτονική Πλατφόρμες Πρόβλεψης & Προσομοίωσης 2ταγούς Δομής Μοριακή Απεικόνιση Πρωτεϊνική Αρχιτεκτονική Πρωτεϊνική Αρχιτεκτονική: Η τρισδιάστατη δομή μιας πρωτεΐνης και πως
Διαβάστε περισσότεραΕισαγωγή στη Μοριακή Προσοµοίωση
Κεφάλαιο 6 Εισαγωγή στη Μοριακή Προσοµοίωση 6.1. Μοριακή Μηχανική 6.1.1. Εισαγωγή στη µεθοδολογία του «απ αρχής» διπλώµατος της πρωτείνης. Η ενέργεια κάθε µορίου µπορεί θεωρητικά να υπολογιστεί µε την
Διαβάστε περισσότεραΚεφάλαιο 22 Πρωτεΐνες
Κεφάλαιο 22 Πρωτεΐνες Σύνοψη Οι πρωτεΐνες είναι μακρομόρια που προκύπτουν από την ένωση α-αμινοξέων. Τα α-αμινοξέα είναι οργανικές ενώσεις που έχουν μία αμινομάδα (ΝΗ 2 ) και καρβοξύλιο (COOH) συνδεδεμένα
Διαβάστε περισσότεραΦυσική Στερεών στις Πρωτεΐνες
Φυσική Στερεών στις Πρωτεΐνες Νίκος Απ. Παπανδρέου Τ.Ε.Ι. Πειραιά Φεβρουάριος 2010 Ένα ελικοϊδές μονοπάτι Χημική δομή μίας πρωτεΐνης Μήκος αλυσίδας ~30 έως ~1000 αµινοξέα Συνολικός αριθµός ατόµων έως ~
Διαβάστε περισσότεραΚεφάλαιο 3. Δομές τάξης α
Κεφάλαιο 3 Δομές τάξης α Κεφάλαιο 3 Δομές Τάξης α: Σπειρωμένα Σπειράματα Εικόνα 3.1 Σχηματικό διάγραμμα της δομής ενός σπειρωμένου σπειράματος α-ελίκων. Δύο α-έλικες συμπλέκονται και σταδιακά τυλίγονται
Διαβάστε περισσότεραοµή και Αναδίπλωση πρωτεϊνών
οµή και Αναδίπλωση πρωτεϊνών Νηφόρου Κατερίνα Μεταδιδακτορική Ερευνήτρια, Οµάδα Μοριακής Καρκινογένεσης, Εργ/ριο Ιστολογίας-Εµβρυολογίας, Ιατρική Σχολή Αθηνών Σηµασία των πρωτεϊνών Ενζυµική κατάλυση Μεταφορά
Διαβάστε περισσότεραΕισαγωγή στις πρωτεΐνες Δομή πρωτεϊνών Ταξινόμηση βάσει δομής Βάσεις με δομές πρωτεϊνών Ευθυγράμμιση δομών Πρόβλεψη 2D δομής Πρόβλεψη 3D δομής
Εισαγωγή στις πρωτεΐνες Δομή πρωτεϊνών Ταξινόμηση βάσει δομής Βάσεις με δομές πρωτεϊνών Ευθυγράμμιση δομών Πρόβλεψη 2D δομής Πρόβλεψη 3D δομής Τι είναι η πρωτεΐνη Τι εννοούμε με δομή πρωτεϊνών Οικογένειες
Διαβάστε περισσότεραΑΝΤΙΓΡΑΦΗ ΚΑΙ ΕΚΦΡΑΣΗ ΤΗΣ ΓΕΝΕΤΙΚΗΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΑΣ
ΜΙΝΟΠΕΤΡΟΣ ΚΩΝΣΤΑΝΤΙΝΟΣ ΦΥΣΙΚΟΣ - Ρ/Η ΚΑΘΗΓΗΤΗΣ ΕΝΙΑΙΟΥ ΛΥΚΕΙΟΥ ΥΠΕΥΘΥΝΟΣ ΣΕΦΕ 2 ου ΕΝΙΑΙΟΥ ΛΥΚΕΙΟΥ ΠΕΡΑΜΑΤΟΣ ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΑΚΗ ΑΣΚΗΣΗ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ Γ ΛΥΚΕΙΟΥ ΑΝΤΙΓΡΑΦΗ ΚΑΙ ΕΚΦΡΑΣΗ ΤΗΣ ΓΕΝΕΤΙΚΗΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΑΣ
Διαβάστε περισσότεραCOOH R 2. H α-αμινοξύ 2
7 Χαρακτηριστικές χημικές αντιδράσεις των πρωτεϊνών Στόχος της άσκησης: Κατανόηση της χημικής σύστασης των πρωτεϊνών. Η εξοικείωση με σημαντικές ιδιότητες των πρωτεϊνών και αμινοξέων: παρουσία των ιοντικών
Διαβάστε περισσότεραΔιδάσκων: Καθηγητής Εμμανουήλ Μ. Παπαμιχαήλ
Τίτλος Μαθήματος: Ενζυμολογία Ενότητα: Εισαγωγή Διδάσκων: Καθηγητής Εμμανουήλ Μ. Παπαμιχαήλ Τμήμα: Χημείας 8 1. EIΣAΓΩΓH Tα ένζυμα είναι οι καταλύτες της ζώσης ύλης. Καταλύουν τις χημικές αντιδράσεις,
Διαβάστε περισσότεραΔοµή και ιδιότητες του DNA. 09/04/2014 1 Μοριακή Βιολογία Κεφ. 1 Καθηγητής Δρ. Κ. Ε. Βοργιάς
Δοµή και ιδιότητες του DNA 09/04/2014 1 Ορίζεται η γραµµική αλληλουχία των 4 βάσεων damp, dcmp, dgmp, dtmp που είναι συνδεδεµένες µε 3-5 φωσφοδιεστερικό δεσµό. AGCTCGCGTCGCTCACTCTCTGCAT! TCGAGCGCAGCGAGTGAGAGACGTA!
Διαβάστε περισσότεραΕισαγωγή στη Δομή Βιομορίων
Εισαγωγή στη Δομή Βιομορίων Μαρία Παυλάκη PhD m_pavlaki@hotmail.com Oργάνωση μαθήματος (εξετάσεις) Tο μάθημα έχει συντελεστή 70% του τελικού βαθμού Tο εργαστήριο 30% Θα πρέπει να πάρετε 5 στο μάθημα και
Διαβάστε περισσότερααποτελούν το 96% κ.β Ποικιλία λειτουργιών
ΧΗΜΙΚΑ ΣΤΟΙΧΕΙΑ ΠΟΥ ΣΥΝΘΕΤΟΥΝ ΤΟΥΣ ΟΡΓΑΝΙΣΜΟΥΣ 92 στοιχεία στο φλοιό της Γης 27 απαραίτητα για τη ζωή H, Ο, Ν, C αποτελούν το 96% κ.β S, Ca, P, Cl, K, Na, Mg αποτελούν το 4% κ.β. Fe, I Ιχνοστοιχεία αποτελούν
Διαβάστε περισσότεραΟι πρωτεΐνες μπορεί να είναι σφαιρικές (συμπαγείς) ή ινώδεις
Οι πρωτεΐνες μπορεί να είναι σφαιρικές (συμπαγείς) ή ινώδεις Β-1 Οι συμπαγείς, σφαιροειδείς πρωτεΐνες Είναι ευδιάλυτες στο νερό Έχουν σφαιρικό σχήμα Έχουν τα περισσότερα πολικά αμινοξέα στην εξωτερική
Διαβάστε περισσότεραΑσκήσεις. Γράψτε μια δομή Lewis για καθένα από τα παρακάτω μόρια και βρείτε τα τυπικά φορτία των ατόμων. (α) CΟ (β) ΗΝO 3 (γ) ClΟ 3 (δ) ΡΟCl 3
Ασκήσεις Γράψτε μια δομή Lewis για καθένα από τα παρακάτω μόρια και βρείτε τα τυπικά φορτία των ατόμων. (α) CΟ (β) ΗΝO 3 (γ) ClΟ 3 (δ) ΡΟCl 3 Γεωμετρία Μορίων Θεωρία VSEPR Μοριακή γεωμετρία: είναι η διάταξη
Διαβάστε περισσότεραΆσκηση 7. Προσομοίωση 3D Δομών Βιομορίων μέσω. Ομολογίας & Threading
Άσκηση 7 Προσομοίωση 3D Δομών Βιομορίων μέσω Ομολογίας & Threading Προσομοίωση 2ταγούς δομής πρωτεϊνών Δευτεροταγής Δομή: Η 2ταγής δομή των πρωτεϊνών είναι σταθερή τοπική διαμόρφωση της πολυπεπτιδικής
Διαβάστε περισσότεραΙΑΤΡΙΚΗ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟΥ ΑΘΗΝΩΝ (ΕΚΠΑ) ΚΑΤΑΤΑΚΤΗΡΙΕΣ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ ΑΚ.ΕΤΟΥΣ 2014-2015 ΕΞΕΤΑΖΟΜΕΝΟ ΜΑΘΗΜΑ: ΧΗΜΕΙΑ
ΙΑΤΡΙΚΗ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟΥ ΑΘΗΝΩΝ (ΕΚΠΑ) ΚΑΤΑΤΑΚΤΗΡΙΕΣ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ ΑΚ.ΕΤΟΥΣ 2014-2015 ΕΞΕΤΑΖΟΜΕΝΟ ΜΑΘΗΜΑ: ΧΗΜΕΙΑ ΘΕΜΑΤΑ 1.Πώς οι κινητικές παράμετροι Κ m και K cat χρησιμεύουν για να συγκριθεί η ανακύκλωση διαφορετικών
Διαβάστε περισσότεραΠερίληψη 1 ου Κεφαλαίου
Περίληψη 1 ου Κεφαλαίου Άτοµο: θετικά φορτισµένος πυρήνας περικυκλωµένος από αρνητικά φορτισµένα ηλεκτρόνια Ηλεκτρονική δοµή ατόµου περιγράφεται από κυµατοσυνάρτηση Ηλεκτρόνια καταλαµβάνουν τροχιακά γύρω
Διαβάστε περισσότεραΜάθημα 21 ο. Το σχήμα των μορίων. Θεωρία VSEPR. Θεωρία Δεσμού Σθένους- Υβριδισμός
Μάθημα 21 ο Το σχήμα των μορίων Θεωρία VSEPR Θεωρία Δεσμού Σθένους- Υβριδισμός Συμβολισμός A = Κεντρικό άτομο X = Συναρμοτής E = Μονήρες ζεύγος SN: Στερεοχημικός αριθμός Γενική και Ανόργανη Χημεία 2016-17
Διαβάστε περισσότεραΘεωρία δεσµού σθένους - Υβριδισµός. Αντιδράσεις προσθήκης Αντιδράσεις απόσπασης. Αντιδράσεις υποκατάστασης Πολυµερισµός
11 ο Μάθηµα: Θεωρία δεσµού σθένους - Υβριδισµός 12 ο Μάθηµα: Αντιδράσεις προσθήκης Αντιδράσεις απόσπασης 13 ο Μάθηµα: Αντιδράσεις υποκατάστασης Πολυµερισµός 14 ο Μάθηµα: Αντιδράσεις οξείδωσης - αναγωγής
Διαβάστε περισσότεραΠΡΩΤΕΪΝΕΣ. Φατούρος Ιωάννης Αναπληρωτής Καθηγητής
ΠΡΩΤΕΪΝΕΣ Φατούρος Ιωάννης Αναπληρωτής Καθηγητής Θέματα Διάλεξης Δομή, αριθμός και διαχωρισμός των αμινοξέων Ένωση αμινοξέων με τον πεπτιδικό δεσμό για τη δημιουργία πρωτεΐνης Λειτουργίες των πρωτεϊνών
Διαβάστε περισσότεραΑσκήσεις 5& 6. Διαμόρφωση Βιομορίων μέσω Φασματοσκοπίας NMR. Σύγκριση & Ανάλυση Δομών Βιομορίων
Ασκήσεις 5& 6 Διαμόρφωση Βιομορίων μέσω Φασματοσκοπίας NMR Σύγκριση & Ανάλυση Δομών Βιομορίων Διαμόρφωση Βιομορίων μέσω Φασματοσκοπίας NMR Κρυσταλλογραφία Ακτίνων-Χ & Φασματοσκοπία ΝΜR Πλεονεκτήματα -
Διαβάστε περισσότεραΤάξη. Γνωστικό αντικείµενο: Ειδικοί διδακτικοί στόχοι
Αµινοξέα και πεπτίδια Τάξη Μάθηµα Γνωστικό αντικείµενο: ιδακτική ενότητα Απαιτούµενος χρόνος Χηµεία,Βιοχηµεία. Αµινοξέα και πεπτίδια 2 διδακτικές ώρες Ειδικοί διδακτικοί στόχοι Οι διδακτικοί στόχοι αυτών
Διαβάστε περισσότερατα βιβλία των επιτυχιών
Τα βιβλία των Εκδόσεων Πουκαμισάς συμπυκνώνουν την πολύχρονη διδακτική εμπειρία των συγγραφέων μας και αποτελούν το βασικό εκπαιδευτικό υλικό που χρησιμοποιούν οι μαθητές των φροντιστηρίων μας. Μέσα από
Διαβάστε περισσότεραπρωτεϊνες νουκλεϊκά οξέα Βιολογικά Μακρομόρια υδατάνθρακες λιπίδια
πρωτεϊνες νουκλεϊκά οξέα Βιολογικά Μακρομόρια υδατάνθρακες λιπίδια Περιγραφή μαθήματος Επανάληψη σημαντικών εννοιών από την Οργανική Χημεία Χημική σύσταση των κυττάρων Μονοσακχαρίτες Αμινοξέα Νουκλεοτίδια
Διαβάστε περισσότεραΚεφάλαιο 6. Αναδίπλωση και ευκαμψία
Κεφάλαιο 6 Αναδίπλωση και ευκαμψία Κεφάλαιο 6 Αναδίπλωση και Ευκαμψία Εικόνα 6.1 Μια πολυπεπτιδική αλυσίδα είναι εκτεταμένη και εύκαμπτη στην αδίπλωτη, αποδιαταγμένη κατάσταση, ενώ είναι σφαιρική και συμπαγής
Διαβάστε περισσότεραΒιολογία Γενικής Παιδείας Β Λυκείου
Απρίλιος Μάιος 12 Βιολογία Γενικής Παιδείας Β Λυκείου Βιολογία Γενικής Παιδείας Β Λυκείου (Ερωτήσεις που παρουσιάζουν ενδιαφέρον) 1. Τι είναι τα βιομόρια και ποια είναι τα βασικά χαρακτηριστικά τους; Βιομόρια
Διαβάστε περισσότεραΤα χημικά στοιχεία που είναι επικρατέστερα στους οργανισμούς είναι: i..
ΦΥΛΛΟ ΕΡΓΑΣΙΑΣ ΣΤΟ 1 ο ΚΕΦΑΛΑΙΟ «XHMIKH ΣΥΣΤΑΣΗ ΤΟΥ ΚΥΤΤΑΡΟΥ» ΕΙΣΑΓΩΓΗ ΚΑΙ Η ΧΗΜΕΙΑ ΤΗΣ ΖΩΗΣ Α. ΔΡΑΣΤΗΡΙΟΤΗΤΕΣ ΜΕΣΑ ΣΤΗΝ ΤΑΞΗ 1. Όταν αναφερόμαστε στον όρο «Χημική Σύσταση του Κυττάρου», τί νομίζετε ότι
Διαβάστε περισσότεραΑΙΜΟΣΦΑΙΡΙΝΗ (ΑΜΦ) ΑΙΜΟΣΦΑΙΡΙΝΗ: Hb, είναι τετραμερής πρωτείνη. ΜΕΤΑΠΤΩΣΗ ΑΠΟ Τ <=> R
ΑΙΜΟΣΦΑΙΡΙΝΗ (ΑΜΦ) ΑΙΜΟΣΦΑΙΡΙΝΗ: Hb, είναι τετραμερής πρωτείνη. ΜΕΤΑΠΤΩΣΗ ΑΠΟ Τ R ΔΕΟΞΥΑΙΜΟΣΦΑΙΡΙΝΗ ΟΞΥΑΙΜΟΣΦΑΙΡΙΝΗ (Σταθερότητα, χαμηλή συγγένεια για Ο2Εύκαμπτη, υψηλή συγγένεια για Ο2) Λόγο των
Διαβάστε περισσότεραΑΜΙΝΟΞΕΑ ΠΕΠΤΙΔΙΑ ΠΡΩΤΕΪΝΕΣ
ΑΜΙΝΟΞΕΑ ΠΕΠΤΙΔΙΑ ΠΡΩΤΕΪΝΕΣ Παππάς Χρήστος Επίκουρος καθηγητής ΑΜΙΝΟΞΕΑ Αμινοξέα είναι οργανικά μόρια που διαθέτουν καρβοξύλιο (-α) και αμινομάδα (-ες). Πλευρική αλυσίδα R NH 2 α O α- αμινοξύ OH Είναι
Διαβάστε περισσότεραΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑ & ΕΠΙΣΤΗΜΗ ΤΩΝ ΥΛΙΚΩΝ
Τμήμα Τεχνολόγων Περιβάλλοντος Κατεύθυνσης Συντήρησης Πολιτισμικής Κληρονομιάς ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑ & ΕΠΙΣΤΗΜΗ ΤΩΝ ΥΛΙΚΩΝ 3 η Ενότητα ΔΕΣΜΟΙ Δημήτριος Λαμπάκης ΜΟΡΙΑΚΗ ΔΟΜΗ Μεμονωμένα άτομα: Μόνο τα ευγενή αέρια
Διαβάστε περισσότεραΘέµατα ιάλεξης ΠΡΩΤΕΪΝΕΣ - ΕΝΖΥΜΑ ΠΡΩΤΕΪΝΕΣ. ιαχωρισµός Αµινοξέων
MANAGING AUTHORITY OF THE OPERATIONAL PROGRAMME EDUCATION AND INITIAL VOCATIONAL TRAINING ΠΡΩΤΕΪΝΕΣ - ΕΝΖΥΜΑ Θέµατα ιάλεξης οµή, αριθµός και διαχωρισµός των αµινοξέων Ένωση αµινοξέων µε τον πεπτιδικό δεσµό
Διαβάστε περισσότερα1.1. Να γράψετε στο τετράδιό σας το γράµµα που αντιστοιχεί στη σωστή απάντηση:
ΘΕΜΑ 1o 1.1. Να γράψετε στο τετράδιό σας το γράµµα που αντιστοιχεί στη σωστή απάντηση: Η σταθερά Κ w στους 25 ο C έχει τιµή 10-14 : α. µόνο στο καθαρό νερό β. σε οποιοδήποτε υδατικό διάλυµα γ. µόνο σε
Διαβάστε περισσότεραΓεωμετρία Μορίων Θεωρία VSEPR
Γεωμετρία Μορίων Θεωρία VSEPR Γεωμετρία Μορίων Θεωρία VSEPR Γεωμετρία Μορίων Θεωρία VSEPR Μεθοδολογία για την πρόβλεψη της μοριακής γεωμετρία: Γράφουμε τον ηλεκτρονιακό τύπο κατά Lewis. Μετρούμε το συνολικό
Διαβάστε περισσότεραΕπίδραση και άλλων παραγόντων στην Αλλοστερική συμπεριφορά της Αιμοσφαιρίνης
Επίδραση και άλλων παραγόντων στην Αλλοστερική συμπεριφορά της Αιμοσφαιρίνης Καθώς το οξυγόνο χρησιμοποιείται στους ιστούς παράγεται CO2 το οποίο πρέπει να μεταφερθεί πίσω στους πνεύμονες ή τα βράγχια
Διαβάστε περισσότεραΑρχές οµικής Βιοπληροφορικής. Πρωτεΐνες. Αµινοξέα. (Υδρόφοβα)
Αρχές οµικής Βιοπληροφορικής Πρωτεΐνες Αµινοξέα (Υδρόφοβα) Αµινοξέα Αµινοξέα (πολικά) Αµινοξέα φορτισµένα πολικά Αµινοξέα (φορτισµένα) Αµινοξέα Αµινοξέα Αµινοξέα Τί µένει; Σπάνια αµινοξέα πρωτεϊνών (π.χ.
Διαβάστε περισσότεραΙΟΝΤΙΚΟΣ ΚΑΙ ΟΜΟΙΟΠΟΛΙΚΟΣ ΔΕΣΜΟΣ ΙΟΝΤΙΚΟΣ Ή ΕΤΕΡΟΠΟΛΙΚΟΣ ΔΕΣΜΟΣ
ΙΟΝΤΙΚΟΣ ΚΑΙ ΟΜΟΙΟΠΟΛΙΚΟΣ ΔΕΣΜΟΣ Το είδος του χημικού δεσμού που θα προκύψει κατά την ένωση δύο ατόμων εξαρτάται από την σχετική ένταση των ελκτικών δυνάμεων που ασκούν οι πυρήνες των δύο ατόμων στα ηλεκτρόνια
Διαβάστε περισσότεραΚεφάλαιο 2 Χημικοί Δεσμοί
Κεφάλαιο 2 Χημικοί Δεσμοί Σύνοψη Παρουσιάζονται οι χημικοί δεσμοί, ιοντικός, μοριακός, ατομικός, μεταλλικός. Οι ιδιότητες των υλικών τόσο οι φυσικές όσο και οι χημικές εξαρτώνται από το είδος ή τα είδη
Διαβάστε περισσότεραΜάθημα 22 ο. Θεωρία Δεσμού Σθένους- Υβριδισμός
Μάθημα 22 ο Θεωρία Δεσμού Σθένους- Υβριδισμός Linus Pauling Έγραψε τη μονογραφία : Nature of the chemical bond Τιμήθηκε για το έργο του με το βραβείο Nobel το 1954 Εισήγαγε την ιδέα του υβριδισμού Υβριδισμένα
Διαβάστε περισσότεραΔοµή και ιδιότητες του DNA
Δοµή και ιδιότητες του DNA Βακτηριακό χρωµόσωµα Ευκαρυωτικό χρωµόσωµα και χρωµατίνη 10/03/2015 1 Tο βακτηριακό γονιδίωµα περιέχεται σε ένα κυκλικό DNA µήκους 1300 µm εντός του βακτηριακού κυττάρου. Στην
Διαβάστε περισσότεραΙΑΤΡΙΚΗ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟΥ ΑΘΗΝΩΝ (ΕΚΠΑ) ΚΑΤΑΤΑΚΤΗΡΙΕΣ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ ΑΚ.ΕΤΟΥΣ ΕΞΕΤΑΖΟΜΕΝΟ ΜΑΘΗΜΑ: ΧΗΜΕΙΑ
ΙΑΤΡΙΚΗ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟΥ ΑΘΗΝΩΝ (ΕΚΠΑ) ΚΑΤΑΤΑΚΤΗΡΙΕΣ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ ΑΚ.ΕΤΟΥΣ 2015-2016 ΕΞΕΤΑΖΟΜΕΝΟ ΜΑΘΗΜΑ: ΧΗΜΕΙΑ 1)Πώς το φαινόμενο Bohr επηρεάζει την πρόσδεση οξυγόνου στην αιμοσφαιρίνη; Που συνδέονται τα ιόντα
Διαβάστε περισσότεραΔΟΜΗ ΚΑΙ ΑΝΑΛΥΣΗ ΒΙΟΜΟΡΙΩΝ
ΔΟΜΗ ΚΑΙ ΑΝΑΛΥΣΗ ΒΙΟΜΟΡΙΩΝ Διδάσκοντες: Δ.Δ. Λεωνίδας, Α.-Μ. Ψαρρά Κωδικός e-class: SEYC194 28/9/2015 Δ.Δ. Λεωνίδας 28/9/2015 Δ.Δ. Λεωνίδας Βιοχημεία είναι η Χημεία που εμφανίζεται μέσα στους ζώντες οργανισμούς
Διαβάστε περισσότεραΑνόργανη Χημεία. Τμήμα Τεχνολογίας Τροφίμων. Ενότητα 5 η : Ομοιοπολικοί δεσμοί & μοριακή δομή. Δρ. Δημήτρης Π. Μακρής Αναπληρωτής Καθηγητής
Τμήμα Τεχνολογίας Τροφίμων Ανόργανη Χημεία Ενότητα 5 η : Ομοιοπολικοί δεσμοί & μοριακή δομή Οκτώβριος 2018 Δρ. Δημήτρης Π. Μακρής Αναπληρωτής Καθηγητής Ο Ομοιοπολικός Δεσμός 2 Ο δεσμός Η Η στο μόριο Η
Διαβάστε περισσότεραΔιάλεξη 7: Μοριακή Δομή
Μεμονωμένα άτομα: Μόνο τα ευγενή αέρια Μόρια: Τα υπόλοιπα άτομα σχηματίζουν μόρια Γιατί; Διότι η ολική ενέργεια ενός ευσταθούς μορίου είναι μικρότερη από την ολική ενέργεια των μεμονωμένων ατόμων που αποτελούν
Διαβάστε περισσότεραΚυτταρική Βιολογία. Ενότητα 02 : Χημική σύσταση κυττάρων- Δομή και λειτουργίες πρωτεϊνών. Παναγιωτίδης Χρήστος Τμήμα Φαρμακευτικής ΑΠΘ
ΑΡΙΣΤΟΤΕΛΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ ΑΝΟΙΚΤΑ ΑΚΑΔΗΜΑΙΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ Κυτταρική Βιολογία Ενότητα 02 : Χημική σύσταση κυττάρων- Δομή και λειτουργίες πρωτεϊνών Παναγιωτίδης Χρήστος ΑΠΘ Άδειες Χρήσης Το παρόν
Διαβάστε περισσότεραΕξερευνώντας την Εξέλιξη Κεφάλαιο 7
Εξερευνώντας την Εξέλιξη Κεφάλαιο 7 Εξερευνώντας την Εξέλιξη Σχέση μεταξύ αλληλουχίας αμινοξέων, δομής και λειτουργίας πρωτεϊνών Καταγωγή από έναν κοινό πρόγονο Εξελικτική Συγγένεια/Προέλευση Δύο ομάδες
Διαβάστε περισσότεραΑπομόνωση Καζεΐνης ΆΣΚΗΣΗ 6 Η ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟ ΧΗΜΕΙΑΣ & ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑΣ ΤΡΟΦΙΜΩΝ
Απομόνωση Καζεΐνης ΆΣΚΗΣΗ 6 Η ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟ ΧΗΜΕΙΑΣ & ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑΣ ΤΡΟΦΙΜΩΝ Θεωρητικό μέρος ΠΡΩΤΕΪΝΕΣ ΚΑΖΕΪΝΗ Πρωτεΐνες Είναι μεγάλα σύνθετα βιομόρια. Έχουν μοριακό βάρος από 10.000 μέχρι πάνω από 1 εκατομμύριο.
Διαβάστε περισσότεραΗ πλειοψηφία των αμινοξέων είναι του τύπου :
ΚΕΦΑΛΑΙΟ 5 Η πλειοψηφία των αμινοξέων είναι του τύπου : H 2 NCHCOOH R O συνδυασμός καρβοξυλίου και αμινομάδας στο μόριό τους έχει ως αποτέλεσμα να συμπεριφέρονται είτε ως οξέα είτε ως βάσεις (αμφολύτες).
Διαβάστε περισσότεραΕΡΓΑΣΤΗΡΙΑΚΟ ΚΕΝΤΡΟ ΦΥΣΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ Ν. ΜΑΓΝΗΣΙΑΣ ( Ε.Κ.Φ.Ε ) ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ
ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΑΚΟ ΚΕΝΤΡΟ ΦΥΣΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ Ν. ΜΑΓΝΗΣΙΑΣ ( Ε.Κ.Φ.Ε ) ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ Θέμα: ΜΕΤΟΥΣΙΩΣΗ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ (άσκηση 7 του εργαστηριακού οδηγού) Μέσος χρόνος πειράματος: 45 λεπτά Α. ΑΝΑΛΩΣΙΜΑ Εργαλεία
Διαβάστε περισσότερα«ΠΡΩΤΕΪΝΕΣ: ΧΗΜΙΚΗ ΔΟΜΗ ΚΑΙ ΒΙΟΛΟΓΙΚΟΣ ΡΟΛΟΣ»
«ΠΡΩΤΕΪΝΕΣ: ΧΗΜΙΚΗ ΔΟΜΗ ΚΑΙ ΒΙΟΛΟΓΙΚΟΣ ΡΟΛΟΣ» Τι είναι οι πρωτεΐνες; Από τι αποτελούνται; Ποιος είναι ο βιολογικός του ρόλος; Ας ρίξουμε μία ματιά σε όλα αυτά τα ερωτήματα που μας απασχολούν ΚΕΦΑΛΑΙΟ 1:
Διαβάστε περισσότερα(Από το βιβλίο Γενική Χημεία των Ebbing, D. D., Gammon, S. D., Εκδόσεις Παπασωτηρίου )
Δυνάμεις διπόλου διπόλου (Από το βιβλίο Γενική Χημεία των Ebbing, D. D., Gammon, S. D., Εκδόσεις Παπασωτηρίου ) Τα πολικά μόρια μπορούν να έλκονται αμοιβαία μέσω δυνάμεων διπόλου διπόλου. Η δύναμη διπόλου
Διαβάστε περισσότεραΜεταγωγή σήματος και βιολογικές μεμβράνες
Μεταγωγή σήματος και βιολογικές μεμβράνες ΜΕΜΒΡΑΝΙΚΕΣ ΠΡΩΤΕΪΝΕΣ ΠΡΩΤΕΪΝΕΣ ΒΙΟΛΟΓΙΚΩΝ ΜΕΜΒΡΑΝΩΝ Ορισμός / Μονάδες Δομές (πρωτοταγής κλπ) Ταξινόμηση με βάση τις λειτουργίες Απεικόνιση - Μοντέλα (συρμάτων
Διαβάστε περισσότεραΟργανική Χημεία. Χημεία καρβονυλικών ενώσεων & Κεφάλαιο 19: Αλδεϋδες και κετόνες
Οργανική Χημεία Χημεία καρβονυλικών ενώσεων & Κεφάλαιο 19: Αλδεϋδες και κετόνες 1. Καρβονυλικές ενώσεις Καρβονυλική ομάδα C=O σημαντικότερη λειτουργική ομάδα οργανικής χημείας Καρβονυλικές ομάδες βρίσκονται
Διαβάστε περισσότερα7 ο Κεφάλαιο Οργανική Χημεία. Δ. Παπαδόπουλος, χημικός
7 ο Κεφάλαιο Οργανική Χημεία Δ. Παπαδόπουλος, χημικός Βύρωνας, 2015 Θεωρίες ερμηνείας του ομοιοπολικού δεσμού με βάση την κβαντική θεωρία. Θεωρία δεσμού σθένους. Θεωρία των μοριακών τροχιακών. Κάθε θεωρία
Διαβάστε περισσότεραΘΕΜΑΤΑ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ ΓΕΝΙΚΗΣ ΠΑΙ ΕΙΑΣ Β ΛΥΚΕΙΟΥ ΑΠΟ ΤΟ ΒΙΒΛΙΟ ΜΟΥ (YΠΟ ΕΚ ΟΣΗ): ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΓΕΝΙΚΗΣ ΠΑΙ ΕΙΑΣ Β ΛΥΚΕΙΟΥ
ΘΕΜΑΤΑ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ ΓΕΝΙΚΗΣ ΠΑΙ ΕΙΑΣ Β ΛΥΚΕΙΟΥ ΑΠΟ ΤΟ ΒΙΒΛΙΟ ΜΟΥ (YΠΟ ΕΚ ΟΣΗ): ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΓΕΝΙΚΗΣ ΠΑΙ ΕΙΑΣ Β ΛΥΚΕΙΟΥ (Περιέχει 67 ερωτήσεις θεωρίας µε απαντήσεις, 116 ασκήσεις ανοικτού- κλειστού τύπου µε µ
Διαβάστε περισσότεραΠΕΡΙΒΑΛΛΟΝΤΙΚΗ ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΑ
ΠΕΡΙΒΑΛΛΟΝΤΙΚΗ ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΑ Γιώργος Τσιάµης Επίκουρος Καθηγητής Περιβαλλοντικής Μικροβιολογίας Η Περιβαλλοντική Μικροβιολογία επηρεάζει σε µεγάλο βαθµό τις περιβαλλοντικές επιστήµες γιατί συµβάλλει στην!
Διαβάστε περισσότεραΚεφ. 4 DNA, RNA και η ροή των γενετικών πληροφοριών
Κεφ. 4 DNA, RNA και η ροή των γενετικών πληροφοριών Η οικογενειακή ομοιότητα, οφείλεται στα κοινά γονίδια. Τα γονίδια πρέπει να εκφραστούν για να έχουν αποτέλεσμα, και η έκφραση αυτή ρυθμίζεται από πρωτεΐνες.
Διαβάστε περισσότεραΣχ. 1: Τυπική μορφή μοριακού δυναμικού.
ΤΕΤΥ - Σύγχρονη Φυσική Κεφ. 6-1 Κεφάλαιο 6. Μόρια Εδάφια: 6.a. Μόρια και μοριακοί δεσμοί 6.b. Κβαντομηχανική περιγραφή του χημικού δεσμού 6.c. Περιστροφή και ταλάντωση μορίων 6.d. Μοριακά φάσματα 6.a.
Διαβάστε περισσότεραΧΗΜΕΙΑ - ΒΙΟΧΗΜΕΙΑ ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΚΗΣ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ (ΚΥΚΛΟΣ ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑΣ ΚΑΙ ΠΑΡΑΓΩΓΗΣ) 2008 ΕΚΦΩΝΗΣΕΙΣ
ΧΗΜΕΙΑ - ΒΙΟΧΗΜΕΙΑ ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΚΗΣ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ (ΚΥΚΛΟΣ ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑΣ ΚΑΙ ΠΑΡΑΓΩΓΗΣ) 2008 ΕΚΦΩΝΗΣΕΙΣ ΘΕΜΑ 1ο Για τις ερωτήσεις 1.1 και 1.2 να γράψετε στο τετράδιό σας τον αριθµό της ερώτησης και δίπλα το γράµµα
Διαβάστε περισσότεραΜΟΡΙΑΚΗ ΣΥΜΜΕΤΡΙΑ. Σε αυτή την ενότητα, δίνουμε έναν ακριβή ορισμό της έννοιας της μοριακής συμμετρίας.
ΜΟΡΙΑΚΗ ΣΥΜΜΕΤΡΙΑ Σε αυτή την ενότητα, δίνουμε έναν ακριβή ορισμό της έννοιας της μοριακής συμμετρίας. Παρατηρούμε ότι τα μόρια μπορούν να κατηγοριοποιηθούν σύμφωνα με τη συμμετρία τους. Στοιχεία συμμετρίας
Διαβάστε περισσότεραΔΙΑΓΩΝΙΣΜΑ ΠΡΟΣΟΜΟΙΩΣΗΣ Β ΚΥΚΛΟΥ
ΔΙΑΓΩΝΙΣΜΑ ΠΡΟΣΟΜΟΙΩΣΗΣ Β ΚΥΚΛΟΥ ΜΑΘΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΠΡΟΣΑΝΑΤΟΛΙΣΜΟΥ ΤΑΞΗ Γ ΛΥΚΕΙΟΥ ΗΜΕΡΟΜΗΝΙΑ 25/4/2016 ΘΕΜΑ Α Α1. Μέσω του καρυότυπου δεν μπορούν να ανιχνευτούν : α. οι δομικές χρωμοσωμικές ανωμαλίες β.
Διαβάστε περισσότερα