Η Σημασία της Μοριακής Βιολογίας. Αιμιλία Στ. Χατζηγιάννη

Σχετικά έγγραφα
Η Σημασία της Μοριακής Βιολογίας στη Διάγνωση των Λοιμώξεων. Αιμιλία Στ. Χατζηγιάννη Αναπλ. Καθ. Βιοπαθολογίας- Κλινικής Μικροβιολογίας

ΕΡΜΗΝΕΙΑ ΙΟΛΟΓΙΚΩΝ ΙΑΓΝΩΣΤΙΚΩΝ ΕΞΕΤΑΣΕΩΝ

ΔΗΜΟΚΡΙΤΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΡΑΚΗΣ ΤΜΗΜΑ ΙΑΤΡΙΚΗΣ

Ο ρόλος και η σημασία των μοριακών τεχνικών στον έλεγχο των. μικροβιολογικών παραμέτρων σε περιβαλλοντικά δείγματα για την προστασία

ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟ ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΑΣ. Ιατρική Σχολή Πανεπιστημίου Θεσσαλίας

ΜΟΡΙΑΚΗ ΑΝΙΧΝΕΥΣΗ ΚΑΙ ΔΙΕΡΕΥΝΗΣΗ ΤΗΣ ΜΙΚΡΟΒΙΑΚΗΣ ΑΝΤΟΧΗΣ

ΑΥΤΟΜΑΤΟ ΣΥΣΤΗΜΑ ΓΙΑ ΤΗ ΔΙΕΝΕΡΓΕΙΑ ΜΟΡΙΑΚΩΝ ΕΞΕΤΑΣΕΩΝ ΜΕ ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑ REAL-TIME PCR

Σεξουαλικά µεταδιδόµενα νοσήµατα και AIDS στους εφήβους. Χαράλαµπος Ανταχόπουλος 3 η Παιδιατρική Κλινική ΑΠΘ

ΝΕΟΤΕΡΕΣ ΜΕΘΟΔΟΙ ΔΙΑΓΝΩΣΗΣ ΛΟΙΜΩΞΕΩΝ

4 ο Πανελλήνιο Συμπόσιο Φυματίωσης Εταιρεία Μελέτης Πνευμονοπαθειών και Επαγγελματικών Παθήσεων Θώρακος Σάββατο 19 Μαρτίου 2011

Δ. Ιακωβίδης. Πνευμονολόγος Aν. Διευθυντής Μονάδα επεμβατικής Πνευμονολογίας Γ.Π.Ν. «Γ. Παπανικολάου

Γ.Ν.Α «Ο ΕΥΑΓΓΕΛΙΣΜΟΣ- ΟΦΘΑΛΜΙΑΤΡΕΙΟ ΑΘΗΝΩΝ ΠΟΛΥΚΛΙΝΙΚΗ» ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΚΟΥ ΤΜΗΜΑΤΟΣ - ΒΙΟΙΑΤΡΙΚΗΣ ΥΠΗΡΕΣΙΑΣ. ΘΕΟΔΩΡΟ ΝΙΑΡΧΑΚΟ (Διευθυντή Πωλήσεων)

Η συμβολή των μοριακών τεχνικών στη διάγνωση και θεραπεία των λοιμώξεων

Εργαστηριακή ιάγνωση Γρίπης Μοριακή διάγνωση ή όχι?

Αρχές μοριακής παθολογίας. Α. Αρμακόλας Αν. Καθηγητής Ιατρική Σχολή ΕΚΠΑ

Αρχές μοριακής παθολογίας. Α. Αρμακόλας Αν. Καθηγητής Ιατρική Σχολή ΕΚΠΑ

3. Οι Μοριακές Τεχνικές στην Διάγνωση των Λοιμώξεων.

Εργαστηριακή Διάγνωση της HIV λοίμωξης. Δρ. Μαρία Κοτσιανοπούλου Βιολόγος Υπεύθυνη Εργαστηριού Κέντρου Αναφοράς AIDS, ΕΣΔΥ

ΟΙ ΜΟΡΙΑΚΕΣ ΤΕΧΝΙΚΕΣ ΣΤΟΝ ΕΛΕΓΧΟ ΤΟΥ ΑΙΜΑΤΟΣ. Αλεξόπουλος Κώστας Χημικός M.Sc, PhD

Προαγωγή Υγείας Πρόληψη Νόσου Ιατρική κοινότητας

Νικόλαος Σιαφάκας Λέκτορας Διαγνωστικής Ιολογίας Εργαστήριο Κλινικής Μικροβιολογίας ΠΓΝ «ΑΤΤΙΚΟΝ»

ΤΟ ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟ ΚΛΙΝΙΚΗΣ ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΑΣ ΣΤΟΝ ΕΛΕΓΧΟ ΤΩΝ ΝΟΣΟΚΟΜΕΙΑΚΩΝ ΛΟΙΜΩΞΕΩΝ

Α. Διαγνωστικές εξετάσεις που απαιτούν μικροσκόπηση Διάφορες άλλες.

Α και Β Εργαστήρια Μικροβιολογίας Ιατρικό Τμήμα, ΑΠΘ. Άννα Παπά-Κονιδάρη Καθηγήτρια Μικροβιολογίας

ΠΑΡΕΧΟΜΕΝΕΣ ΥΠΗΡΕΣΙΕΣ Π.Ε.Δ.Υ. ΚΡΗΤΗΣ

ΠΝΕΥΜΟΝΙΕΣ. Αικατερίνη Κ. Μασγάλα. Επιμελήτρια Α Α Παθολογικής Κλινικής

ΟΙ ΜΟΡΙΑΚΕΣ ΤΕΧΝΙΚΕΣ ΣΤΗΝ ΙΑΤΡΙΚΗ ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΑ. Eφη. Πετεινάκη

Εργαστήριο και Εμβολιασμοί. Καθ. Αθανάσιος Τσακρής

Mοριακές Μέθοδοι στη διάγνωση βακτηριακών λοιμώξεων

Επιδημιολογική μελέτη Ευρωπαϊκή Ένωση 6,1-9,9 % των νοσηλευομένων ασθενών έχουν ενδονοσοκομειακή λοίμωξη

Ευστάθιος Α. Ράλλης. Επικ. Καθηγητής Δερματολογίας - Αφροδισιολογίας

Βασικές αρχές Ιατρικής Μικροβιολογίας

Εργαστηριακές Δοκιμασίες που πραγματοποιούνται στο Π.Ε.Δ.Υ Κρήτης.

Λανθάνουσα Φυματίωση: Χαράλαμπος Μόσχος Επιμελητής Α Πνευμονολόγος-Φυματίολογος ΝΝΘΑ Η ΣΩΤΗΡΙΑ

Διάγνωση λανθάνουσας φυματίωσης. Χαράλαμπος Μόσχος Επιμελητής Α Πνευμονολόγος-Φυματιολογος ΝΝΘΑ Η ΣΩΤΗΡΙΑ

ΗΠΑΤΙΤΙ Α C. Ερωτήσεις-Απαντήσεις (μπορεί να υπάρχουν περισσότερες από μια σωστές απαντήσεις, οι σωστές απαντήσεις είναι με bold)

ΑΙΜΟΠΑΘΟΛΟΓΟΑΝΑΤΟΜΙΑ

16PROC

ιευθύντρια Μικροβιολογικού

Μοριακή Διαγνωστική Λοιμώξεων Ειρήνη Γρίσπου Βιολόγος Υπεύθυνη Τμήματος Μοριακής Διαγνωστικής Μικροβιολογικό Εργαστήριο ΓΝΑ Ο Ευαγγελισμός

ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΑΚΗ ΔΙΕΡΕΥΝΗΣΗ ΛΟΙΜΩΞΕΩΝ ΚΝΣ ΣΙΔΗΡΟΠΟΥΛΟΥ ΕΛΕΝΗ ΔΙΕΥΘΥΝΤΡΙΑ ΕΣΥ ΠΓΝΘ ΑΧΕΠΑ

ΣΥΜΠΛΗΡΩΜΑΤΙΚΟΣ ΠΙΝΑΚΑΣ ΠΡΟΤΕΙΝΟΜΕΝΩΝ ΠΤΥΧΙΑΚΩΝ

Σύγχρονες Τεχνικές στη Μοριακή Διάγνωση Λοιμωδών Νοσημάτων. Apostolos Beloukas

POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) ΑΛΥΣΙΔΩΤΗ ΑΝΤΙΔΡΑΣΗ ΤΗΣ ΠΟΛΥΜΕΡΑΣΗΣ

Οι νέες τεχνολογίες στο σύγχρονο κλινικό εργαστήριο- Diagnostic stewardship

16PROC

ΕΘΝΙΚΟ ΚΕΝΤΡΟ ΑΝΑΦΟΡΑΣ ΜΗΝΙΓΓΙΤΙΔΑΣ ΠΑΡΕΧΟΜΕΝΕΣ ΥΠΗΡΕΣΙΕΣ ΚΑΙ ΟΔΗΓΙΕΣ ΑΠΟΣΤΟΛΗΣ ΔΕΙΓΜΑΤΩΝ

ΕΝΔΟΚΑΡΔΙΤΙΔΑ ΜΕ ΑΡΝΗΤΙΚΕΣ ΑΙΜΟΚΑΛΛΙΕΡΓΕΙΕΣ: ΣΥΧΝΟΤΕΡΑ ΑΙΤΙΑ & ΧΕΙΡΙΣΜΟΣ ΣΤΗΝ ΚΑΘΗΜΕΡΙΝΗ ΚΛΙΝΙΚΗ ΠΡΑΞΗ

1. ΕΝΔΕΙΞΕΙΣ ΕΦΑΡΜΟΓΗΣ 2. ΜΕΘΟΔΟΛΟΓΙΑ 3. ΚΛΙΝΙΚΟ ΔΕΊΓΜΑ 4. ΑΝΙΧΝΕΥΣΗ MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS 5 ΑΝΙΧΝΕΥΣΗ CHLAMYDIA TRACHOMATIS 6. ΑΝΙΧΝΕΥΣΗ HSV 7.

Τσορλίνη Χριστοφορίδου Ελένη Βακτηριολογικό Τμήμα Τμήμα Μυκοβακτηριδίου Γεν. Νοσοκομείο «Γ. Παπανικολάου» Θεσσαλονίκης

ΧΡΗΣΗ ΜΟΡΙΑΚΩΝ ΜΕΘΟΔΩΝ ΣΕ ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟ ΕΛΕΓΧΟΥ ΠΟΙΟΤΗΤΑΣ ΝΕΡΟΥ

ΜΙΚΡΟΟΡΓΑΝΙΣΜΟΙ ΑΝΑΠΝΕΥΣΤΙΚΟΥ ΕΝΗΛΙΚΩΝ ΜΕ ΚΥΣΤΙΚΗ ΙΝΩΣΗ

ΓΕΝΕΤΙΚΗ ΜΗΧΑΝΙΚΗ. Η τεχνολογία του ανασυνδυασμένου DNA και οι εφαρμογές της...

ΛΗΨΗ ΚΑΛΛΙΕΡΓΕΙΩΝ ΚΑΙ ΑΞΙΟΛΟΓΗΣΗ ΤΩΝ ΑΠΟΤΕΛΕΣΜΑΤΩΝ

ΠΑΡΕΧΟΜΕΝΕΣ ΥΠΗΡΕΣΙΕΣ ΚΑΙ ΟΔΗΓΙΕΣ ΑΠΟΣΤΟΛΗΣ ΔΕΙΓΜΑΤΩΝ

HIV & Ca τραχήλου μήτρας. Άτομα μολυσμένα με HIV έχουν αυξημένη ροπή για την ανάπτυξη καρκίνου.

Ιός του απλού έρπητα 1 (HSV-1) και συσχέτιση με τη Νόσο Alzheimer. Θεραπευτική προσέγγιση με τη χρήση αντι-ιϊκών φαρμάκων

Αρχές PCR και υβριδισμού. Ιωσήφ Παπαπαρασκευάς Βιοπαθολόγος, Λέκτορας ΕΚΠΑ Εργαστήριο Μικροβιολογίας, Ιατρική Σχολή Αθηνών

ΠΝΕΥΜΟΝΙΑ. Γ. Λ. Δαΐκος, M.D. Ιατρική Σχολή ΕΚΠΑ, Λαϊκό Νοσοκομείο. Δεκέμβριος 2014

«Ανοσοκατασταλμένοι Ασθενείς και Λοιμώξεις στο Νοσοκομείο» Σοφία Σπαθοπούλου, Ν.Ε.Λ. Α.Ν.Θ. «Θεαγένειο Θεαγένειο»

Δευτεροπαθης λοίμωξη από CMV στην εγκυμοσύνη. Μπορούμε να τη διαγνώσουμε;

!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!ΝΕΥΡΟΛΟΓΙΚΕΣ!ΕΠΙΠΛΟΚΕΣ!ΛΟΙΜΩΞΕΩΝ!ΚΝΣ!

ΠΡΟΔΙΑΓΡΑΦΕΣ ΓΡΗΓΟΡΩΝ ΤΕΣΤ. C. difficile GDH / Toxin A / Toxin B

Ανάπτυξη Mοριακών Tεχνικών Real-Time PCR για την Aνίχνευση Eντεροαιμορραγικών Στελεχών E. coli, Campylobacter jejuni και Salmonella spp.

ΝΕΕΣ MΟΡΙΑΚΕΣ ΤΕΧΝΙΚΕΣ ΓΙΑ ΤΗΝ ΤΥΠΟΠΟΙΗΣΗ ΤΩΝ ΒΑΚΤΗΡΙΩΝ

ΑΞΙΟΛΟΓΗΣΗ ΤΟΥ RAPID POLYMYXIN NP TEST ΣΤΗΝ ΑΝΙΧΝΕΥΣΗ COLISTIN ΑΝΘΕΚΤΙΚΩΝ (ColR) KLEBSIELLA PNEUMONIAE

Επιμέλεια Ιάσονας Σταματάκης Κώτσιου Εύη

Παρουσίαση περιστατικών Φυματίωσης

ΜΕΤΕΓΧΕΙΡΗΤΙΚΗ ΝΟΣΟΚΟΜΕΙΑΚΗ ΜΗΝΙΓΓΙΤΙΔΑ

Το Εργαστήριο Μικροβιολογίας του Νοσοκομείου ΑΧΕΠΑ

ΧΑΡΑΚΤΗΡΙΣΤΙΚΑ ΤΟΥ ΓΕΝΟΥΣ ΤΩΝ ΜΥΚΟΒΑΚΤΗΡΙΔΙΩΝ

Πρόγραμμα εξειδίκευσης στη λοιμωξιολογία στη Γʹ Παιδιατρική Κλινική ΑΠΘ

Παγκυτταροπενία και ηπατοσπληνομεγαλία. προ 6μηνου. Παπαποστόλου Ανδρονίκη

Κεφάλαιο 15 (Ιατρική Γενετική) Προγεννητική διάγνωση

Aeromonas hydrophila: βακτηριαιμία, έλκη, εκχυμώσειςλοίμωξη λοιμώξεις μαλακών μορίων, δέρματος, προερχόμενες από το νερό αλλά και νοσοκομιακές

Η οξεία εγκεφαλίτιδα αποτελεί κλινικό σύνδροµο που συσχετίζεται µε ποικίλες λοιµώδεις, µεταλοιµώδεις και µη λοιµώδεις καταστάσεις.

ΕΛΛΗΝΙΚΟ ΙΝΣΤΙΤΟΥΤΟ ΠΑΣΤΕΡ ΔΙΑΓΝΩΣΤΙΚΟ ΤΜΗΜΑ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ ΚΑΙ ΒΙΟΛΟΓΙΚΑ ΔΕΙΓΜΑΤΑ

Β. ΕΠΙΔΗΜΙΟΛΟΓΙΚΟ ΔΕΛΤΙΟ ΔΗΛΩΣΗΣ ΚΡΟΥΣΜΑΤΩΝ AIDS

Σύγχρονη εργαστηριακή διάγνωση λοιμώξεων αναπνευστικού Μέρος Α. Καλλιεργητικές μέθοδοι

Μηχανισμοί πρόκλησης λοιμώξεων

Επιδημιολογία Λοιμώξεων Βασικά στοιχεία. Ιωσήφ Παπαπαρασκευάς Εργαστήριο Μικροβιολογίας Ιατρική Σχολή ΕΚΠΑ

Μαρία Αναγνωστοπούλου Διευθύντρια Μικροβιολογικού Τμήματος ΓΝΑ Ο Ευαγγελισμός

ΕΦΑΡΜΟΓΕΣ ΤΗΣ ΒΙΟΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑΣ ΣΤΗΝ ΙΑΤΡΙΚΗ

Ιστορικό αναθεώρησης εγγράφου. Ιούνιος 2015 Πάνελ RespiFast RG: Χαρακτηριστικά απόδοσης

Παρουσίαση περιστατικών Φυματίωσης

ΑΝΤΙΜΙΚΡΟΒΙΑΚΗ ΘΕΡΑΠΕΙΑ ΣΤΙΣ ΛΟΙΜΩΞΕΙΣ ΤΗΣ ΟΡΘΟΠΑΙΔΙΚΗΣ

εξουαλικώς t μεταδιδόμενα

Άσκηση 4. Οροδιαγνωστική των λοιμώξεων & Μοριακές τεχνικές στη διάγνωση των λοιμώξεων. Α. Βελεγράκη

Λοιμώξεις ΚΝΣ. Γιώργος Λ. Δαΐκος. Ιατρική Σχολή Πανεπιστημίου Αθηνών, Α ΠΠΚ Λαϊκό Νοσοκομείο

ΠΑΡΕΧΟΜΕΝΕΣ ΥΠΗΡΕΣΙΕΣ ΚΑΙ ΟΔΗΓΙΕΣ ΑΠΟΣΤΟΛΗΣ ΔΕΙΓΜΑΤΩΝ

Η εποχή της γενοµικής/εξατοµικευµένης ιατρικής και ιατρικής ακρίβειας. Α. Αρμακόλας Αν. Καθηγητής Ιατρική Σχολή ΕΚΠΑ

ΠΙΝΑΚΑΣ : "ΠΡΟΤΕΙΝΟΜΕΝΟ ΒΙΟΛΟΓΙΚΟ ΕΙΓΜΑ ΑΝΑ ΕΞΕΤΑΣΗ"

Aνίχνευση του στρεπτοκόκκου ομάδας Β σε έγκυες γυναίκες: Καλλιέργεια, ή PCR;

ΥΠΟΥΡΓΕΙΟ ΥΓΕΙΑΣ ΚΑΙ ΚΟΙΝΩΝΙΚΗΣ ΑΛΛΗΛΕΓΓΥΗΣ. ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΑΚΗ ΙΕΡΕΥΝΗΣΗ ΚΡΟΥΣΜΑΤΩΝ ΥΠΟΠΤΩΝ ΓΙΑ ΓΡΙΠΗ ΠΤΗΝΩΝ εκέµβριος 2005

Διαταραχές της λειτουργίας των φραγμών δέρματος ή βλεννογόνων

ΚΕΝΤΡΟ ΕΛΕΓΧΟΥ ΚΑΙ ΠΡΟΛΗΨΗΣ ΝΟΣΗΜΑΤΩΝ ΥΠΟΥΡΓΕΙΟ ΥΓΕΙΑΣ ΚΑΙ ΚΟΙΝΩΝΙΚΗΣ ΑΛΛΗΛΕΓΓΥΗΣ ΠΟΛΥΑΝΘΕΚΤΙΚΗ ΚΑΙ ΕΚΤΕΤΑΜΕΝΑ ΑΝΘΕΚΤΙΚΗ ΦΥΜΑΤΙΩΣΗ:

ΠΙΝΑΚΑΣ : "ΠΡΟΤΕΙΝΟΜΕΝΟ ΒΙΟΛΟΓΙΚΟ ΕΙΓΜΑ ΑΝΑ ΕΞΕΤΑΣΗ"

Δημόσια ανοικτή διαδικασία συλλογής προσφορών υλικών ΑΝΤΙΚΕΙΜΕΝΟ ΤΟΥ ΔΙΑΓΩΝΙΣΜΟΥ - ΣΥΝΟΠΤΙΚΑ ΣΤΟΙΧΕΙΑ ΕΙΔΟΣ ΔΙΑΔΙΚΑΣΙΑΣ ΧΡΟΝΟΣ ΔΙΕΝΕΡΓΕΙΑΣ 11/ 06 / 19

ΥΠΟΥΡΓΕΙΟ ΥΓΕΙΑΣ ΚΑΙ ΚΟΙΝΩΝΙΚΗΣ ΑΛΛΗΛΕΓΓΥΗΣ ΓΡΙΠΗ ΕΝΗΜΕΡΩΣΗ ΓΙΑ ΤΗΝ ΠΕΡΙΟ Ο ΓΡΙΠΗΣ

Η εποχή της γενοµικής/εξατοµικευµένης ιατρικής και ιατρικής ακρίβειας. Α. Αρμακόλας Αν. Καθηγητής Ιατρική Σχολή ΕΚΠΑ

Transcript:

Η Σημασία της Μοριακής Βιολογίας στη Διάγνωση των Λοιμώξεων Αιμιλία Στ. Χατζηγιάννη

Σημασία Διάγνωσης Λοιμώξεων Στοχευμένη, έγκαιρη θεραπεία Περιορισμός μετάδοσης Μείωση κατάχρησης αντιβιοτικών Μείωση ανάπτυξης στελεχών με αντοχή Μείωση χρόνου νοσηλείας Επιδημιολογία

Συνήθεις Εξετάσεις Κλινικής Μικροβιολογίας Σκοπός: να γίνει ο παθογόνος οργανισμός ορατός και μετρήσιμος Καλλιέργεια Μικροσκόπηση Αντιγόνα Φαινότυπος Αντισώματα Ανοσολογική αντίδραση

Καλλιέργεια -Μειονεκτήματα Χρονοβόραδιαδικασία( μύκητες, μυκοβακτηρίδια) Ειδικά θρεπτικά υλικά Δεν αφορά όλα τα παθογόνα Κυτταροκαλλιέργειες για ιούς «Εκλεκτικά» -fastidious μικρόβια ( HACEK) (Haemophilus, Aggregatibacter(previously Actinobacillus), Cardiobacterium, Eikenella corrodens, Kingella) Σωστή λήψη δείγματος Μεταφορά Βιώσιμα παθογόνα

Μοριακή Βιολογία Η επιστήμη της Μοριακή Βιολογίας έχει αναπτύξει μεθόδους μεγάλης ευαισθησίας και ειδικότητας με τις οποίες μπορεί να ανιχνευτεί (ποιοτικά)να χαρακτηριστεί (γονοτυπικά) και να μετρηθεί η ποσότητα οποιασδήποτε γνωστής (ή και άγνωστης) αλληλουχίας πυρηνικών οξέων Μοναδικότητα γονιδιώματος κάθε οργανισμού

Μοριακή Διάγνωση στις Λοιμώξεις Ταχεία ανίχνευση παθογόνων μικροοργανισμών Από καλλιέργεια Σε κλινικά δείγματα Και μετά από έναρξη αγωγής Όλα τα παθογόνα DNA και RNA

Αλυσιδωτή Αντίδραση Πολυμεράσης-1985 Μόριο DNA Αποδιάταξη DNA (90 ο ) Σύνδεση ειδικών ολιγονουκλεοτιδίων Εκκινητές(primers) (50 ο ) Σύνθεση καινούργιου συμπληρωματικού DNA Θερμοάντοχη DNA πολυμεράση (72 o )

ΑλυσιδωτήΑντίδρασηΠολυμεράσης(PCR) ΠΡΑΓΜΑΤΙΚΟΥ ΧΡΟΝΟΥ (REAL TIME) REAL-TIME

Υβριδισμός

Sequensing-Αλληλούχηση

Casey Schlenker et al. 2017 https://foodsafetytech.com/tag/nextgeneration-sequencing Brittany Goldberg et al. mbio 2015

Brittany Goldberg et al. mbio 2015

Πολυπλ λοκότητα Palavecino E. Molecular Testing in Infectious Diseases

Εφαρμογές Μοριακών Εξετάσεις στις Λοιμώξεις Ανεύρεση νέων παθογόνων Ανίχνευση συγκεκριμένου παθογόνου (μόνο ή πολυπλεκτικά) Ποιοτική εξέταση(+/-): διάγνωση Ανίχνευση γονιδίων που οδηγούν σε αντοχή κατάλληλη θεραπεία Ποσοτικός προσδιορισμός ενεργότητα, ανταπόκριση και παρακολούθηση θεραπείας Τυποποίηση: Πολυμορφισμοί, μεταλλαγές, γονότυποι

Κλινική Σημασία Σε λοιμογόνους οργανισμούς που είναι: Σε εξαιρετικά μικρή ποσότητα Δεν καλλιεργούνται ή καλλιεργούνται δύσκολα σε ειδικές συνθήκες Επικίνδυνη καλλιέργεια Σε περιπτώσεις που είναι σημαντική: Η ταχύτητα Ευαισθησία Ειδικότητα

Πεδίο Ιολογία Διάγνωση Παραδείγματα Εφαρμογών Παραδείγματα Herpes simplex virus, cytomegalovirus, Epstein-Barr virus, varicellazoster virus, human herpes virus type 6, 7, 8. Ιοίαναπνευστικού(influenza virus, respiratory syncytialvirus, parainfluenzavirus, adenovirus, rhinovirus),sars-cov, avian influenza virus. HIV, hepatitis B, hepatitis C, human papilloma virus, enterovirus,orfvirus, rotavirus, norovirus, enteric adenoviruses Βακτηριολογία C. trachomatis, N. gonorrhoeae, B. pertussis, M. tuberculosis, nontuberculousmycobacteria, T. whipplei, B. henselae, genital mycoplasmata, C. burnettii M. pneumoniae, C. pneumoniae, Legionella spp., N. meningitidis, S. pneumoniae Παρασιτολογία Μυκολογία- Μυκοβακτήρια Plasmodium spp., T. gondii P. jiroveci, Aspergillus spp., ΜΤΒ

Ειδικές Εφαρμογές Εξέταση ΙικόΦορτίο ΙικόςΓονότυπος Ιική Αντοχή Λοίμωξη Cytomegalovirus, Epstein-Barr virus hepatitis B, hepatitis C, HIV HIV, hepatitis B, hepatitis C, human papillomavirus ΒακτηριακήΑντοχή MRSA, VRE, ESBL E. coli, K. pneumoniae, M. tuberculosis Βακτηριακός γονότυπος M. tuberculosis, N. meningitidis Ευρέως φάσματος PCR Ενδοκαρδίτιδα, Μηνιγγίτιδα

Πλεονέκτημα - Ταχύτητα Απάντηση σε σύντομο χρονικό διάστημα από τη λήψη του δείγματος Δεν «χάνεται» ο ασθενής Έγκαιρη κατάλληλη θεραπεία ασθενούς Εντόπιση θεραπεία άλλων ασθενών ή φορέων (π.χ. συντρόφων) Περιορισμός μετάδοσης

Παράδειγμα -Κοινές Λοιμώξεις Rapid antigen detection sensitivity 64.6% and specificity 96.79% Gurol Y et al Int J Pediatr Otorhinolaryngol. 2010

Κλασσική Διάγνωση Χρονοβόρα Παράδειγμα -Μυκοβακτηρίδια Μεγάλη επώαση καλλιεργειών (3-4 εβδομάδες) Φαινοτυπική ποικιλομορφία Δύσκολη απομόνωση από βιολογικά υγρά όπως ΕΝΥ, πλευριτικό και περικαρδιακό Σημαντικός αριθμός παθογόνων μυκοβακτηριδίων εκτός ΤΒ (HIV και άλλου τύπου ανοσοκαταστολή)

Μικροσκοπική εξέταση παρασκευασμάτων Ευαισθησία: 10 4 / mlπτυέλου Ειδικότητα: δεν αναγνωρίζεται το είδος

Καλλιέργεια Καλλιέργεια 3-6 εβδομάδες Βιοχημική ταυτοποίηση 3-6 εβδομάδες Θρ. Υλικά Middlebrook'smedium(άγαρ) Lowenstein-Jensen medium(αυγό) περιέχουν ανασταλτές για περιορισμό επιμολύνσεων

ΦΥΜΑΤΙΩΣΗ (TB) Ταχεία και αξιόπιστη διάγνωση άμεση θεραπεία (Π.Ο.Υ. συνιστά συνδυασμό 3 ή 4 φαρμάκων για τουλάχιστον 6 μήνες: ισονιαζίδη, ριφαμπικίνη, πυραζιναμίδη, ριφαπεντίνη, αιθαμβουτόλη) απομόνωση του ασθενούς (Δημόσια Υγεία) έλεγχος περιβάλλοντος του ασθενούς (προφυλακτική αγωγή) Ελεγχος αντοχής 1985: παγκόσμια της συχνότητας πολυανθεκτικάστελέχη (MDR) -INH και RIF 2006: XDR [ extensivelydrugresistant]

Αντοχή

Μοριακή Διάγνωση Φυματίωσης Στόχος 16S rrna M. tuberculosis Ευαισθησία μεγαλύτερη σε θετικά (99%) από αρνητικά για οξεάντοχα βακτηρίδια δείγματα(46%) ΟΧΙ για αποκλεισμό νόσου Η ειδικότητα υψηλή για πνευμονική και εξωπνευμονικήφυματίωση >98% Επιβεβαίωση κλινικής υποψίας Κατάλληλος τρόπος ανίχνευσης αντοχής στη φαρμακευτική αγωγή - ισονιαζίδη, ριφαμπικίνη (katg, inha, ahpc rpob)

ΝΑΤ για Φυματίωση Ευαισθησία: 10 4 / ml AFB (+) : Θετική προγνωστική αξία μεγαλύτερη (>95%) σε συνθήκες όπου είναι συχνά τα NTM(non tuberculous mycobacteria) Σε αρνητική NAT, προσοχή ανασταλτές- επανάληψη AFB ( ) : Ταχεία επιβεβαίωση M.tbσε 50-80% AFB smear-negative/culture-positive Σε αρνητική NAΤ και καλλιέργεια ελάχιστη πιθανότητα TB

Πλεονέκτημα Ανίχνευση μη Βιώσιμων Μικροοργανισμών Γυναίκα 55 ετών με γενικευμένη λεμφαδενοπάθεια (λέμφωμα??) υπόκειται σε βιοψία λεμφαδένα: κυτταρομετρία ροής και ιστολογική εξέταση (μονιμοποίηση ). Δεν έγινε καλλιέργεια CD4:CD8 =0.1,HIV+ Ιστολογικά: κοκκίωμα με οξεάντοχα βακτήρια M avium/ intracellularecomplex (MAI)-αντιβίωση clarithromycin- ethambutol- rifampin PCR στο μπλοκ παραφίνης: Mycobacterium tuberculosis complex University of Washington Molecular Diagnosis Microbiology Section

Πλεονέκτημα-Ευαισθησία Ενδοκυττάριοι οργανισμοί (Ιοί, Μυκόπλασμα, Χλαμύδια) Χαμηλή ευαισθησία καλλιέργειας (Neisseria) Δύσκολη ή αδύνατη καλλιέργεια Bartonellaspp., Coxiellaburmetti, Brucellaspp., Legionella spp., Tropheryma whipplei

Ιολογία Η μεγαλύτερη συμβολή της Μοριακής Διάγνωσης Κυτταροκαλλιέργειες τεχνικά δύσκολες- χρονοβόρεςχαμηλής ευαισθησίας PCR -Ανίχνευση σε όλα τα βιολογικά υλικά Ποσοτικά (ιικό φορτίο)/γονοτύπωση(πρόγνωσηαντοχή) Μέθοδος αναφοράς: Ερπητική(HSV), από εντεροϊούς (EV) μηνιγγοεγκεφαλίτιδα, Ηπατίτιδα C, Λοίμωξη από HPV «Νέοι» ιοί

ENY - Λοιμώξεις Κεντρικού Νευρικού Συστήματος Σημαντική συμβολή της μοριακής διάγνωσης κυρίως στη γρήγορη ανίχνευση ιών αλλά και μικροβιακών παθογόνων στο ΕΝΥ ENY φυσιολογικά στείρο μικροβίων Τυπικά λοιμώξεις μονομικροβιακές Ανασταλτές σε μικρές συγκεντρώσεις Λιγότερα ψευδώς αρνητικά και ψευδώς θετικά Παραμένει ευαίσθητη και μετά την έναρξη αγωγής ΕΝΥ ΕΡΥΘΡΑ ΙΣΤΟΙ - ΕΠΙΜΟΛΥΝΣΗ

Etiology Common pathogens (eg, Strep pneumo, Haemophilus) When inclusion of NAT is indicated Gram stain +, culture -/ prior tx Preferred testing method(s) Gram stain and culture Fastidious organisms When clinically suspected Serology, NAT +/ culture Mycobacterium tuberculosis When clinically suspected AFB stain, culture, and NAT Arboviruses When clinically suspected Serology and NAT Cytomegalovirus (CMV) When clinically suspected NAT, preferably quantitative Epstein Barr Virus (EBV) When clinically suspected Serology and NAT quantitative Enteroviruses When clinically suspected NAT Human herpesvirus6 (HHV-6) Herpes simplex virus (HSV) Parechoviruses When clinically suspected NAT, preferably quantitative When clinically suspected Primarily in young children (<5 y) NAT NAT Varicella-zoster virus When clinically suspected NAT

ΕΝΥ Μοριακές Εξετάσεις για Παθογόνα Real Time PCR για συγκεκριμένα παθογόνα (μέθοδος αναφοράς για ερπητοιούς, εντεροιούς ) Πολυπλεκτική PCR ανίχνευση και ταυτοποίηση πάνελ από βακτήρια, ιοί και μύκητες Streptococcus pneumoniae, Neisseriameningitidis, Haemophilusinfluenzae, Streptococcus agalactiae(ie, group B Streptococcus), Escherichia coli, Listeria monocytogenes, enterovirus, herpes simplex virus 1 (HSV-1), herpes simplex virus 2 (HSV-2), varicella-zoster virus (VZV), cytomegalovirus (CMV), human herpesvirus 6 (HHV- 6), human parechovirus, Cryptococcus neoformans/gattii

Μοριακή εξέταση και αξιολόγηση αποτελεσμάτων με την προ της εξέτασης πιθανότητα λοίμωξης ΕΝΥ Αύξηση λευκοκυττάρων Πρωτεΐνη Tang YW et al. Clin Infect Dis. 1999, Simko JP et al. Clin Infect Dis. 2002, Davies NW et al. J Neurol Neurosurg Psychiatry, 2005 974 CSF PCR 13 HSV+: όλα WBC/Pr + 202 WBC/Pr -: όλα PCR

Κλινική Σημασία Το αρνητικό αποτέλεσματης PCR σε υψηλή κλινική υποψία πρέπει να χρησιμοποιείται με μεγάλη προσοχή Συχνά επιμόλυνση από αίμα μπορεί να οδηγήσει σε ψευδώς αρνητικά ή και θετικά αποτελέσματα Σε υψηλή κλινική υποψία όταν η PCRείναι θετική η προγνωστική της αξία φτάνει το 99% ενώ αν είναι αρνητική η πιθανότητα αυτής της διάγνωσης είναι περίπου 6% (Αναστολείς - αίμα, βακτηρίδια) Ελαττώνεται ο χρόνος νοσηλείας των ασθενών κατά 1,2-2,8 ημέρες

CMV -Ανοσολογική ανεπάρκεια- Μεταμόσχευση Tο συχνότερο μετά από μεταμόσχευση παθογόνο Ποσοτικός προσδιορισμός για έγκαιρη διάγνωση της νόσου Η συχνότητα του μοριακού ελέγχου σχετίζεται με τον κίνδυνο του κάθε ασθενή για την λοίμωξη (ορολογικό προφίλ δότη και λήπτη) Δείκτης για τερματισμό της θεραπείας ή έναρξης προφυλακτικής αγωγής

CMV ΙικόΦορτίο(CMV DNΑ) Η αξιολόγηση πολύπλοκη: παράγοντες που αφορούν ιό -ασθενή - μέθοδο Οι μετρήσεις δεν είναι συγκρίσιμες μεταξύ διαφορετικών τεχνικών Στον ίδιο ασθενή: ίδια μέθοδος -ίδιος τύπος δείγματος (ολικό αίμα ή πλάσμα) Σημαντική συνήθως θεωρείται η αύξηση x 3-5 Μετά από μεταμόσχευση η τάση αύξησης ιαιμίας είναι πιο σημαντικός δείκτης από την τιμή εκτός αν αυτή είναι πολύ υψηλή Σε έναρξη θεραπείας έλεγχος ιαιμίας εκείνη την μέρα(σε ενεργό νόσο οι τιμές αλλάζουν γρήγορα).επανέλεγχος σε μεσοδιαστήματα 5 έως 7 ημερών. Σταθερές τιμές ή αύξηση - γονοτυπική αντοχή?

Χαμηλές τιμές ιαιμίας Συχνές και πολλές φορές άνευ κλινικής σημασίας <1000 copies/ml ΣεCMV αμφιβληστροειδίτιδαή σε συμμετοχή του γαστρεντερικού, το ιικόφορτίο έχει χαμηλή προγνωστική αξία

Αντοχή σε αντιικά φάρμακα Οργανισμός Αντοχή Γονίδιο HSV Acyclovir Thymidine kinase CMV Ganciclovir Φωσφοτρανσφ/ση, DNA πολυμεράση HIV RT inh, protease inh RT, πρωτεάση HBV Nucleot/side analogues πολυμεράση

Λοιμώξεις Αναπνευστικού Viruses Adenovirus Coronavirus 229E Coronavirus HKU1 Coronavirus OC43 Coronavirus NL63 Human Metapneumovirus Human Rhinovirus/Enterovi rus Influenza A Influenza A/H1 Influenza A/H1-2009 Influenza A/H3 Influenza B Parainfluenza 1 Parainfluenza 2 Parainfluenza 3 Parainfluenza 4 RSV Bacteria Bordetella pertussis Chlamydophila pneumoniae Mycoplasma pneumoniae FilmArray Respiratory Panel

Η αξία της μοριακής εξέτασης δειγμάτων του αναπνευστικού για ιούς εκτός από τον ιό της γρίπης και ίσως για RSV έχει αμφισβητηθεί Η μείωση της χρήσης αντιβιοτικών μετά από μοριακή εξέταση είναι μικρή και υπάρχει το ερώτημα ειδικά όταν σε μεγάλα πάνελ βρεθούν θετικά δείγματα αν πρόκειται για παθογόνα ή αποικιστές (colonizers) ή αποτελούν μέρος του αναπνευστικού virome

Ζητήματα που πρέπει να εξετάζονται πριν την απόφαση χρήσης συνδρομικήςμοριακής εξέτασης για το αναπνευστικό Είναι ο ασθενής σε ανοσοκαταστολή, βαρέως πάσχων ή ήταν προηγουμένως υγιής; Θα αλλάξει η κλινική αντιμετώπιση με το αποτέλεσμα της εξέτασης; Μερικές φορές οι περισσότερη πληροφορία δεν ισοδυναμεί με βελτίωση της κλινικής φροντίδας. Παράδειγμα: ένα θετικό αποτέλεσμα για rhinovirusπως θα ερμηνευθεί και αντιμετωπιστεί σε έναν ανοσοκατεσταλμένο ασθενή; Είναι η PCRγια ένα παθογόνο πιο κατάλληλη (π.χ. για γρίπη);

PCR γρίπη Ποιος εξετάζεται με μοριακές μεθόδους?

Όταν δεν υπάρχουν κρούσματα στην κοινότητα δε σημαίνει απαραίτητα ότι ο ασθενής είναι μολυσματικός Σε περιόδους επίπτωσης Σε νοσηλευόμενους, με νόσο κατωτέρου αναπνευστικού, όταν δεν έχει βρεθεί άλλη αιτία, και υπάρχει υποψία γρίπης, πρέπει να γίνεται επανέλεγχος σε νέο δείγμα και αντιική θεραπεία να ξεκινά ή να συνεχίζεται Ψευδώς Αρνητικά Συλλογή χειρισµός δείγµατος. Χρόνος από έναρξη συµπτωµάτων

Σήψη Καλλιέργειες αίματος - ανεπαρκής μέθοδος αναφοράς Χρόνος 1-5 μέρες Χαμηλή ευαισθησία στην κλινική σήψη Φαγοκυττάρωση Παρουσία παθογόνων μόνο στην εστία λοίμωξης Πολύ μικρός αριθμός κυκλοφορούντων μικροβίων Δύσκολα αναπτυσσόμενοι (Haemophilus, Actinobacillus, Cardiobacterium)ή μη καλλιεργούμενοι μικροοργανισμοί (Bartonella, Coxiella burnetii, Tropheryma whipplei) Έναρξη αντιβιοτικής αγωγής πριν την λήψη του αίματος Ψευδώς θετικά 5-50% ανάλογα τρόπου συλλογής δείγματος Εμπειρική αντιμικροβιακή αγωγή δύσκολη διαχείριση (step down)

Fred C. Tenover Expert Review of Precision Medicine and Drug Development 2018

Συμφωνία μεταξύ multiplex PCRκαι καλλιέργειας αίματος κυμαίνεται από 55-85% Η κλινική σημασία των θετικών μόνο με PCR δειγμάτων, με αρνητικές καλλιέργειες για τον ίδιο μικροοργανισμό και από άλλα σημεία δύσκολο να εκτιμηθεί Οι μοριακές εξετάσεις δεν αντικαθιστούν κ/α Συμπληρωματική αξία

ΜΔ -ΛΟΙΜΩΞΕΙΣ Πλεονεκτήματα σε σχέση με κλασσικές μεθόδους (όταν υπάρχουν) Ταχύτητα Ευαισθησία Ειδικότητα Ποσοτικός προσδιορισμός Οικονομικές σε μεγάλο όγκο δειγμάτων και μεγάλη οικονομία εκεί που το αποτέλεσμα μειώνει τη νοσηλεία, βοηθά στη διάγνωση και στην κατάλληλη θεραπεία

PCR στο Κλινικό Δείγμα Ειδική παθογόνου Πολυπλεκτικέςreal-time PCR Ευρέως φάσματος (rrna) Κλινική υποψία (ιστορικό -κλινική εικόνα εργαστηριακά ευρήματα) Διαθεσιμότητα Όταν δεν υπάρχει κλινική υποψία για συγκεκριμένο παθογόνο εφαρμόζεται πολυπλεκτική PCR (ανάλογα με κλινικό σύνδρομο) ή PCRευρέως φάσματος με εκκινητέςπου στοχεύουν τα γονίδια 16S rrna, 23S rrna, (universal)

Pitfalls Δειγματοληψία Μεταφορά Φύλαξη Ψευδώς θετικά Ψευδώς αρνητικά

Ευαισθησία PCR

Επίπτωση στη Δημόσια Υγεία