Μοριακή Επιδημιολογία ηοσ HIV και Δημόζια Υγεία

Transcript

1 Μοριακή Επιδημιολογία ηοσ HIV και Δημόζια Υγεία Δ. Παραζκεσής Εργαζηήριο Υγιεινής Επιδημιολογίας και Ιαηρικής Σηαηιζηικής, Ιαηρική Στολή, Πανεπιζηήμιο Αθηνών

2 Δηζαγσγή (1) Η παλδεκία ηνπ HIV-1/AIDS είλαη εμαηξεηηθά πνιύπινθε, απνηεινύκελε από επηκέξνπο επηδεκίεο κε δηαθνξεηηθά ραξαθηεξηζηηθά

3 Γηαζπνξά HIV-1 ππόηππσλ

4 Δηζαγσγή (2) Η επηδεκία ζηνλ αλαπηπγκέλν θόζκν αθνξά ζηελ πιεηνςεθία κεηαδόζεηο κε ζηειέρε ππόηππνπ Β θαη αθνξά θπξίσο MSM θαη ΥΔΝ Οη κεγάιεο επηδεκίεο ζηελ Αθξηθή θαη ηελ Αζία αθνξνύλ θπξίσο εηεξνθπιόθηινπο θαη νη κεηαδόζεηο πεξηιακβάλνπλ όινπο ηνπο ππόηππνπο HIV (Α-D, F-H, J θαη Κ) θαη αλαζπλδπαζκέλνπο ηύπνπο (CRF01_AE, CRF02_AG, θιπ) Η κεηαλάζηεπζε θαη ε παγθνζκηνπνίεζε έρνπλ ζπκβάιιεη ζεκαληηθά ζηε δηαζπνξά ησλ κε-β ππόηππσλ Σν 20-60% ησλ λενδηαγλσζζέλησλ πεξηζηαηηθώλ ζηνλ αλαπηπγκέλν θόζκν, αθνξνύλ ινηκώμεηο κε κε-β ππόηππνπο Η κνξηαθή επηηήξεζε (molecular surveillance) πξνζθέξεη ζεκαληηθέο πιεξνθνξίεο αλαθνξηθά κε ηε δηαζπνξά ηεο παλδεκίαο

5 Γηαζπνξά ππόηππσλ Huang et al, Future Virology 2012

6 Μνξηαθή επηδεκηνινγία Ο ζρεδηαζκόο θαη ε απνηειεζκαηηθή εθαξκνγή ζεξαπεπηηθώλ θαη πξνιεπηηθώλ παξεκβάζεσλ απαηηεί ηε γλώζε ησλ ραξαθηεξηζηηθώλ ησλ επηκέξνπο επηδεκηώλ Oη κέζνδνη ηεο κνξηαθήο επηδεκηνινγίαο έρνπλ ζπκβάιιεη ζεκαληηθά πξνο απηή ηελ θαηεύζπλζε Με θπινγελεηηθή αλάιπζε κπνξνύκε λα εθηηκήζνπκε ηα ραξαθηεξηζηηθά κηαο επηδεκίαο, κειεηώληαο ηηο ζρεηηθέο γελεηηθέο απνζηάζεηο ηνπ HIV-1 αλαπαξηζηάλνληαο, έηζη, ηε δνκή ησλ δηθηύσλ δηαζπνξάο ηνπ ππό κειέηε πιεζπζκνύ Η θπινγελεηηθή αλάιπζε ζπλδπαδόκελε κε επηδεκηνινγηθά, δεκνγξαθηθά ή δεδνκέλα ζπκπεξηθνξάο, κπνξεί λα απνθαιύςεη δεδνκέλα αλαθνξηθά κε ηελ ρξνληθή θαη ρσξηθή πξνέιεπζε, ηε δηαζπνξά θαη ηε δπλακηθή κηαο επηδεκίαο Jansson et al, AIDS 2010, Smith et al, AIDS 2011, Brenner et al, JID 2011, Hue et al, AIDS 2004, Brenner et al, JID 2007, Pillay et al, 2007, Leigh Brown et al, JID 2011, Paraskevis et al, Eurosurveillance 2011, Paraskevis et al, Plos One 2013, Paraskevis et al, IGE 2015, Pybus et al, Genet 2007, Κouyos et al, JID 2010

7 Μέζνδνη Φσλογενεηική ανάλσζη: Δθηίκεζε ησλ γελεαινγηθώλ ή εμειηθηηθώλ ζρέζεσλ ηνπ ππό κειέηε πιεζπζκνύ. Υξεζηκνπνείηαη γηα ηελ εθηίκεζε ηνπ ηξόπνπ κεηάδνζεο ινηκσδώλ λνζεκάησλ Φσλοδσναμική: πλδπαζκόο θπινγελεηηθήο αλάιπζεο θαη πιεζπζκηαθήο γελεηηθήο γηα ηελ ζπλεθηίκεζε εμειηθηηθώλ παξακέηξσλ θαη ραξαθηεξηζηηθώλ ελόο πιεζπζκνύ Φσλογεωγραθία: Eθηίκεζε ηεο γεσγξαθηθήο πξνέιεπζεο κηαο επηδεκίαο θαη ηνπ ηξόπνπ δηαζπνξάο κεηαμύ δηαθνξεηηθώλ γεσγξαθηθώλ πεξηνρώλ

8 Μειέηεο κνξηαθήο επηδεκηνινγίαο May, 2015

9 Ηue et al, PNAs 2005

10 Ηue et al, PNAs 2005

11

12 MSM Δηεξνθπιόθηινη/ΥΔΝ Κouyos et al, JID 2010

13 Δθηηκώκελε ρξνλνινγία πξνέιεπζεο ησλ δηθηύσλ δηαζπνξά ζε MSM θαη εηεξνθπιόθηισλ Κouyos et al, JID 2010

14 Von Wyl et al, JID 2011

15 Paraskevis et al, Retrovirology 2009

16 Angelis et al, JID 2015

17 Παγκόζμια διαζπορά CRF01_AE Angelis et al, JID 2015

18 Eshleman et al, JID 2011

19 Eshleman et al, JID 2011

20 Campbell et al, Plos one 2011

21 Campbell et al, Plos one 2011

22

23 Brenner et al, AIDS 2008

24 Δθαξκνγέο ζηε δεκόζηα πγεία

25 Πηζαλέο εθαξκνγέο ζηε δεκόζηα πγεία Οη πξνιεπηηθέο παξεκβάζεηο πνπ πεξηιακβάλνπλ δηαγλσζηηθό έιεγρν, ζεξαπεία, παξεκβάζεηο ζην θνηλσληθό δίθηπν, ή άιιεο κεζόδνπο, ρξεηάδνληαη απαηηεηηθό ζρεδηαζκό Η κνξηαθή επηδεκηνινγία κπνξεί λα παξέρεη ηεθκεξησκέλε πιεξνθνξία πξνο ηε ζσζηή θαηεύζπλζε: Σαπηνπνίεζε ππνπιεζπζκώλ (λεαξά άηνκα, κεηνλόηεηεο, κεηαλάζηεο) πνπ ζρεηίδνληαη κε ηνπηθά δίθηπα κεηάδνζεο Φπινγελεηηθή αλάιπζε ησλ δηθηύσλ δηαζπνξάο κπνξεί λα ρξεζηκνπνηεζεί γηα ηελ αμηνιόγεζε παξεκβάζεσλ όπσο ε TasP Μνξηαθέο κέζνδνη ζα κπνξνύζαλ λα εθηηκήζνπλ ην ρξόλν κόιπλζεο γηα ηνλ ππό κειέηε πιεζπζκό Γηεξεύλεζε επηδεκηνινγηθήο ζρέζεο κεηαμύ νξνζεηηθώλ πνπ ζπκκεηέρνπλ ζε κειέηεο πξνιεπηηθήο παξέκβαζεο Oster et al, AIDS 2011, Dennis et al, AIDS 2012, Βrenner at al, JAIDS 2013, Κouyos et al, Clin Infect Dis 2011, Maldarelli et al, Antiviral Ther 2010, Poon et al, AIDS 2011, Park et al, AIDS 2011, Cousins et al, J Clin Microbiol 2012

26 Η Διιεληθή εκπεηξία

27 Mειέηεο κνξηαθήο επηδεκηνινγίαο Δπηπνιαζκόο ππόηππσλ ζε > 40% ησλ νξνζεηηθώλ κε δηάγλσζε HIV ην δηάζηεκα Δύξεζε ηνπηθώλ δηθηύσλ πιεζπζκνί πνπ ζρεηίδνληαη κε ηελ ηνπηθή δηαζπνξά Γηαρξνληθόο επηπνιαζκόο ππόηππσλ Σξόπνο δηαζπνξάο ησλ ππόηππσλ Υξνλνιόγεζε επηδεκίαο Δθηίκεζε ηεο δπλακηθήο ησλ ππόηππσλ Μειέηεο θπινγεσγξαθίαο Μειέηεο αλαζπλδπαζκνύ Υαξαθηεξηζκόο πιήξνπο κήθνπο γνληδησκάησλ Δθηίκεζε γεσγξαθηθήο πξνέιεπζεο κε-β ππόηππσλ Μειέηεο αληνρήο δίθηπα κεηάδνζεο αληνρήο Nasioulas et al, ARHR 1998, Paraskevis et al, JGV 2000, Paraskevis et al, JGV 2001, Magiorkinis et al, JGV 2003, Paraskevis et al, Virus Research 2005, Paraskevis et al, JID 2007, Paraskevis et al MEEGID 2010, Paraskevis et al, Retrovirology 2010, Angelis et al, JID 2015, Magiorkinis et al, submitted

28 Διαγνώζεις Σύνολο ΗΙV+ ΧΕΝ /10/2013 Έηη Πεγή: ΚΔΔΛΠΝΟ

29 Ερωηήμαηα 1. Πνηα είλαη ηα θύξηα δίθηπα δηαζπνξάο; 2. Πώο ζπκβαίλεη ε δηαζπνξά ηεο επηδεκίαο ζηνπο ΥΔΝ πξηλ θαη θαηά ηε δηάξθεηα ηεο επηδεκηθήο έθξεμεο; 3. Πνηα είλαη ε ρξνλνινγηθή πξνέιεπζε ηεο επηδεκηθήο έθξεμεο; 4. Πνηα είλαη ε γεσγξαθηθή πξνέιεπζε ησλ ζηειερώλ ζηνπο ΥΔΝ; 5. Τπάξρνπλ κεηαδόζεηο από ηνπο ΥΔΝ ζε άιιεο νκάδεο θηλδύλνπ ή ην αλάζηξνθν; 6. Πώο κεηαβάιιεηαη ν ξπζκόο κεηάδνζεο θαηά ηε δηάξθεηα ηεο επηδεκηθήο έθξεμεο; 7. Πνηεο είλαη νη αηηίεο ησλ επηδεκηθώλ εθξήμεσλ θαη πώο ηα παξαπάλσ δεδνκέλα κπνξνύλ λα θαλνύλ ρξήζηκα ζηε δεκόζηα πγεία; Paraskevis et al, Eurosurveillance 2011, Paraskevis et al, Plos one 2013, Sypsa et al, Am J Public Health. 2015, Nikolopoulos et al, Plos one 2015, Hatzakis et al, Addiction 2015, Paraskevis et al, IGE 2015

30 Αποηελέζμαηα (1) Δληνπίζακε 4 ηνπηθά δίθηπα ΥΔΝ ην δηάζηεκα απνηεινύκελα από 415 (50,1%) (CRF14_BG), 128 (15,5%) (CRF35_AD), 109 (13,2%) (ππόηππνο Β), 50 (6,0%) (ππόηππνο Α) θαη 126 ζηειέρε ζε άιινπο θιάδνπο Η δηαζπνξά ηεο επηδεκίαο ζηνπο ΥΔΝ δηαθέξεη ζην ρξόλν, όπνπ ζρεδόλ όιεο (93%) νη ινηκώμεηο κεηά ην 2010 ήηαλ ζε ηνπηθά δίθηπα, ζε αληίζεζε κε κόιηο 5,3% πξηλ ην 2010 Φπινδπλακηθέο αλαιύζεηο έδεημαλ όηη ε πξνέιεπζε όισλ ησλ ηνπηθώλ δηθηύσλ ήηαλ παξόκνηα (tmrca: 5/2008 έσο 6/2010) Αλάιπζε κνξηαθνύ ξνινγηνύ έδεημε όηη ηα ζηειέρε CRF14_BG ζηελ Αζήλα είραλ πξνέιεπζε από ηελ αληίζηνηρε επηδεκία ζηε Ρνπκαλία Η πξνέιεπζε ησλ δηθηύσλ CRF14_BG, CRF35_AD θαη ησλ ππόηππσλ Α θαη Β ήηαλ από ηε Ρνπκαλία, ην Αθγαληζηάλ/Ιξάλ θαη ηελ Διιάδα, αληίζηνηρα Paraskevis et al, Plos one 2013, Paraskevis et al, IGE 2015

31 Αποηελέζμαηα (2) Η αλάιπζε ησλ αιιεινπρηώλ από όινπο ηνπο HIV (+) ην αλεδεημε 87 κεηαδόζεηο από ΥΔΝ ζε άιιεο νκάδεο θηλδύλνπ Η εθηίκεζε ηνπ Re (ελεξγόο αξηζκόο αλαπαξαγσγήο) έδεημε δηαθνξεηηθά ραξαθηεξηζηηθά γηα ηα 4 δίθηπα: Μεηαδόζεηο ζηα δίθηπα CRF35_AD θαη Α παξνπζίαζαλ δξακαηηθή αύμεζε ζηελ πξώηκε θάζε ηεο επηδεκίαο Μεηαδόζεηο ζηα δίθηπα CRF14_BG θαη Β ζπλέβαηλαλ ζπλερώο κέρξη ηα ηέιε ηνπ 2012 Η κείσζε ησλ Re ζηα ηέιε ηνπ 2012 ππνδεηθλύεη ηε ζεκαζία ηνπ πξνγξάκκαηνο ΑΡΙΣΟΣΔΛΗ πνπ μεθίλεζε ηνλ 8 ν ηνπ 2012 Η κείσζε ηνπ ΑΔΠ ήηαλ αληηζηξόθσο αλάινγε κε ηα εηήζην ξπζκό αύμεζεο ηνπ επηπνιαζκνύ HIV, ηεο αλεξγίαο θαη ησλ αζηέγσλ ΥΔΝ Paraskevis et al, Plos one 2013, Paraskevis et al, IGE 2015

32 Επιπολαζμός HIV-1 σπόησπων Πληθσζμοί SUBTYPES (n, %) ύλνιν HIV-1 νξνζεηηθώλ( ) A CRF35_AD B CRF14_BG CRF02_AG Others Total 572 (24.6%) 0 1,396 (60.0%) 0 44 (1.9%) 315 (13.5%) 2,327 ΥΔΝ ( ) 22 (28.9%) 0 43 (56.6%) 0 4 (5.3%) 7 (9.2%) 76 ΥΔΝ ( /2013) 33 (5.8%) 105 (18.5%) 70 (12.3%) 282 (49.6%) 2 (0.4%) 77 (13.5%) 569 Paraskevis et al, Plos one 2013, Paraskevis et al, IGE 2015

33 Διαζπορά HIV-1 ζηοσς ΧΕΝ HIV SPREAD (n, %) Πληθσζμοί Μεηαδόζεις ζε δίκησα Μεαδόζεις εκηών δικηύων Σύνολο ΥΔΝ (5.3%) ΥΔΝ (41.3%) ΥΔΝ (91.1%) ΥΔΝ (94.7%) ΥΔΝ 11th/ (94.1%) 72 (94.7%) 7 (58.3%) 11 (8.9%) 14 (5.3%) 10 (5.9%) Paraskevis et al, IGE 2015

34 Subtype A (partial tree) Paraskevis et al, Plos one 2013

35 Φσλοδσναμική ανάλσζη

36 Προέλεσζη επιδημίας CRF14_BG Paraskevis et al, IGE 2015

37 Εκηίμηζη Re Aristotle CRF14_BG Years Paraskevis et al, IGE 2015

38

39 Πλεονεκηήμαηα Πιενλεθηήκαηα κνξηαθήο επηδεκηνινγίαο: Δθηίκεζε ηνπ ηξόπνπ δηαζπνξάο Δθηίκεζε δηαθνξώλ ζηηο κεηαδόζεηο ζε ηνπηθά δίθηπα κε ηελ πάξνδν ηνπ ρξόλνπ Γεσγξαθηθή πξνέιεπζε ησλ ζηειερώλ HIV-1/ξόινο ησλ κεηαλαζηώλ Δθηίκεζε ζεκαληηθώλ επηδεκηνινγηθώλ παξακέηξσλ (Re) Σαπηνπνίεζε πξώηκσλ κεηαδόζεσλ ζε άιιεο νκάδεο θηλδύλνπ

40 Γηαζπνξά ΗΙV-1 ζε ΥΔΝ θαη εηήζηνο ξπζκόο κεηαβνιήο ΑΔΠ Paraskevis et al, Plos one 2013

41 Σσμπεράζμαηα (1) Η κνξηαθή κειέηε απνθάιπςε ζεκαληηθά ραξαθηεξηζηηθά ηεο επηδεκίαο ζηνπο ΥΔΝ Η κνξηαθή αλάιπζε ήηαλ θαζνξηζηηθήο ζεκαζίαο γηα ηελ αλάδεημε ηεο πηζαλήο αηηηόηεηαο παξακέηξσλ, όπσο ε νηθνλνκηθή θξίζε, ε έιιεηςε ζηέγεο θαη ηα κεηαλαζηεπηηθά θύκαηα, ζηε δεκηνπξγία ηεο επηδεκηθήο έθξεμεο Απηά ηα δεδνκέλα ήηαλ ρξήζηκα γηα ηνλ ζρεδηαζκό πξνιεπηηθώλ παξεκβάζεσλ Οη παξάγνληεο θηλδύλνπ (νηθνλνκηθή θξίζε, έιιεηςε ζηέγεο, κεηαλάζηεο) πνπ πξνηάζεθαλ αξρηθά από ηελ νηθνινγηθή/κνξηαθή κειέηε επηβεβαηώζεθαλ από αλαιπηηθέο κειέηεο

42 Σσμπεράζμαηα (2) Η εθηίκεζε θξίζηκσλ επηδεκηνινγηθώλ παξακέηξσλ (Re) είλαη δσηηθήο ζεκαζίαο γηα ηε δηεξεύλεζε κηαο επηδεκηθήο έθξεμεο, θαζώο θαη ηελ εθηίκεζε ηεο απνηειεζκαηηθόηεηαο πξνιεπηηθώλ παξεκβάζεσλ

43 Άλλες εθαρμογές

44 Subtype Α Greece K103N E139A Global Paraskevis et al, IAS 2015

45 E138A (3) Phylodynamics of E138A (3) Paraskevis et al, IAS 2015

46 Μέζος τρόνος αναμονής Eργαζηηριακή παρακολούθηζη ΗΙV-RNA Ανηοτή Έηη

47 Eσταριζηίες Ιατρική Σχολή ΕΚΠΑ: Β. φψα, Α. Γκζκα, E. Χατηθκεοδϊρου, Π. Ηλιόπουλοσ, K. Ίςςαρθσ, Μ. Κατςιμίχα, Α. Κατςουλίδου, Γ. Κοκολζςθ, E. Μαγιορκίνθσ, Γ. Μαγιορκίνθσ, Γ. Μοςχίδθσ, Β. Μυλωνά, Χ. Ρόκκα, Μ. ουβατηι,. Σρίππου, Α. Βαςιλάκθσ, Μ, Ζαβιτςάνου ΟΚΑΝΑ: Σ. Πανόπουλοσ, Κ. Μίχα, Κ. Γαηγαλίδθσ, M. Μαλλιϊρθ ΚΕΕΛΠΝΟ: Γ. Νικολόπουλοσ, Χ. Σςιάρα ΕΚΤΕΠΝ: A. Φωτίου, M. Σερηίδου Κλινικέσ HIV: M. Ψυχογιοφ, M. Λαηανάσ, Π. Γαργαλιάνοσ, A. Αντωνιάδου, A. κουτζλθσ Προςωπικό Αριςτοτέλη: Χ. Μπάγκοσ, Μ. Ιςμαιλθ, M. Hasan, E. Καραμάνου, Φ. Λεομπίλλα, Χ. Μουρτζηου, E. ίντρου, M. Ζιγουρίτςασ, M. Δθμθτροποφλου, N. Kaguelari, M. Μιχαιλ, S. Παπαδόπουλοσ, A. Βλάχοσ Συμβουλευτική επιτροπή Αριςτοτέλη: D.C. Des Jarlais, M. Donoghoe, S.R. Friedman, K. Γαηγαλίδθσ, A. Pharris, M van de Laar, L. Wiessing

48 Back up slides

49 Δηζαγσγή O HIV όπσο θαη άιινη RNA ηνί (HCV, γξίπε) ραξαθηεξίδνληαη από εθηελή γελεηηθή εηεξνγέλεηα Η γελεηηθή εηεξνγέλεηα ηνπ HIV έρεη ζπληειέζεη ζεκαληηθά ζηελ παγθόζκηα δηαζπνξά ηεο επηδεκίαο Νεώηεξεο κέζνδνη ζηε κνξηαθή επηδεκηνινγία καο επηηξέπνπλ κειεηώληαο ηε γελεηηθή εηεξνγέλεηα ηνπ ηνύ, λα πξαγκαηνπνηήζνπκε ζεκαληηθά βήκαηα γηα ηελ αληηκεηώπηζε ηεο παλδεκίαο Η κνξηαθή επηδεκηνινγία βξίζθεη ζεκαληηθέο εθαξκνγέο ζηε δεκόζηα πγεία θαη ηελ αληηκεηώπηζε ηεο επηδεκίαο HIV Η κνξηαθή επηδεκηνινγία πεξηιακβάλεη ηηο κεζόδνπο θπινγελεηηθή αλάιπζε, θπινγεσγξαθία θαη θπινδπλακηθή

50 Δηζαγσγή O HIV όπσο θαη άιινη RNA ηνί (HCV, γξίπε) ραξαθηεξίδνληαη από εθηελή γελεηηθή εηεξνγέλεηα Η γελεηηθή εηεξνγέλεηα ηνπ HIV έρεη ζπληειέζεη ζεκαληηθά ζηελ παγθόζκηα δηαζπνξά ηεο επηδεκίαο Νεώηεξεο κέζνδνη ζηε κνξηαθή επηδεκηνινγία καο επηηξέπνπλ κειεηώληαο ηε γελεηηθή εηεξνγέλεηα ηνπ ηνύ, λα πξαγκαηνπνηήζνπκε ζεκαληηθά βήκαηα γηα ηελ αληηκεηώπηζε ηεο παλδεκίαο Η κνξηαθή επηδεκηνινγία βξίζθεη ζεκαληηθέο εθαξκνγέο ζηε δεκόζηα πγεία θαη ηελ αληηκεηώπηζε ηεο επηδεκίαο HIV Η κνξηαθή επηδεκηνινγία πεξηιακβάλεη ηηο κεζόδνπο θπινγελεηηθή αλάιπζε, θπινγεσγξαθία θαη θπινδπλακηθή

51