ΠΡΟΓΕΝΝΗΤΙΚΟΣ ΕΛΕΓΧΟΣ Πως η εφαρμογή στα μεταγεννητικά δείγματα διευκόλυνε την ΠΓΔ
ΔΟΜΗ Εισαγωγή arrays/ CNVs-[MCA: molecular karyotype analysis] Είδη arrays, διαφορές Ανάλυση/ επεξήγηση αποτελεσμάτων Συμβουλευτική πριν και μετά χρησιμότητα γονότυπου/ φαινότυπου από αναλύσεις καλά χαρακτηρισμένων μεταγεννητικών δειγμάτων Εσωτερική βάση δεδομένων Κλινική εφαρμογή στην ΠΓΔ Παραδείγματα VUS
Conventional karyotyping-first line of genetic analysis πλεονέκτημα: πληροφορίες ολόκληρου γονιδιώματος Μειονεκτήματα: ένταση εργασίας χαμηλή ανάλυση(>10-15mb), καλές μεταφάσεις υποκειμενικό 1956
υπομικροσκοπικές αλλαγές Ποικιλομορφίες αριθμού αντιγράφων- Copy number variation (CNV) Del/Dup μεγέθους από 1Kb έως >3Mb- δεν έχουμε αλλαγή στην αλληλουχία του DNA αλλά στον αριθμό των αντιγράφων μιας ολόκληρης περιοχής Παθολογικό εάν περιέχει σημαντικά ή & δοσοεξαρτώμενα γονίδια ή να είναι απλά πολυμορφική (CNPs)- 21Mb σε επίπεδο CNVs μεταξύ 2 φυσιολογικών ατόμων
Όχι μόνο μεγάλες αλλά και μικρότερες διαταραχές καταλήγουν σε παθολογικούς φαινοτύπους νέα τεχνολογία ανάλυσης του γονιδιώματος
Genome wide Low copy repeats (segmental duplications) 5% του ανθρωπίνου γονιδιώματος βρίσκεται σε πολλαπλά αντίγραφα Τμήματα DNA μεγέθους >1 kb και με >90% ομολογία στην αλληλουχία τους ονομάζονται LCRs [low copy repeats] ή segmental duplications Baily et al., Genome research, 2001
CNVs: κληρονομούμενα ή de novo Ο ρυθμός de novo δημιουργίας CNVs σε κάθε νεογνό υπολογίζεται στα1/8 για ελλείμματα και 1/50 για διπλασιασμούς Τα ποσοστά κυμαίνονται μεταξύ δημιουργίας de novo σημειακών μεταλλάξεων και χρωμοσωμικών ανευπλοειδιών Μπορεί να επηρεάζουν πολλά γονίδια ή τμήματα γονιδίων ή ρυθμιστικές περιοχές Αλλαγές αριθμού δόσοεξαρτώμενων γονιδίων Αλλαγή θέσης γονιδίων από ρυθμιστικές περιοχές (a) (b) Baily et al., Genome research, 2001; Stankiewicz and Lupski 2010 Τα κοινά επαναλαμβανόμενα CNVs (ιδίου μεγέθους μικρό-ελλείμματα ή μικρό-διπλασιασμοί) έχουν και τα δύο σημεία θραύσης μέσα σε low-copy repeats (LCRs) [προσανατολισμένα προς την ίδια κατεύθυνση]. Τα συγκεκριμένα CNVs προκύπτουν από μη-ομόλογο ανασυνδυασμό μεταξύ των [nonallelic homologous recombination (NAHR)]. Τα μη επαναλαμβανόμενα CNVs έχουν σημεία θραύσης σε διάφορα σημεία. Εάν υπάρχει σε κοντινή απόσταση LCR τα σημεία θραύσης θα βρίσκονται κοντά. Τα περισσότερα τέτοιου είδους CNVs προκύπτουν από μηχανισμούς επιδιόρθωσης όπως FoSTeS/MMBIR (fork stalling and template switching/microhomologymediated break-induced replication).
Ποικιλομορφίες αριθμού αντιγράφων (CNVs) Οι ποικιλομορφίες αριθμού αντιγράφων (προσθήκες, ελλείμματα, διπλασιασμοί γενετικού υλικού) μπορεί να έχουν τις εξής συνέπειες α) πιθανή επίπτωση στον αριθμό αντιγράφων γονιδίου ή γονιδίων με συνέπεια τη μεταβολή της σύνθεσης της πρωτεΐνης (gene dosage), β) κατάργηση της λειτουργίας γονιδίων, γ) αλλαγή της δομής γονιδίων, δ) απορύθμιση της έκφρασης των γονιδίων. CNVs και παθολογικός φαινότυπος
CNVs Η ανακάλυψη και η μελέτη των CNVs έχει γίνει εφικτή με την εφαρμογή τεχνολογικών εξελίξεων που επιτρέπουν τη μετάβαση από τη χρωμοσωμική ανάλυση με μικροσκόπια, σε τεχνολογίες μοριακής διαγνωστικής όπως ο Συγκριτικός Γενωμικός Υβριδισμός (microarray based comparative genome hybridization, acgh) [CMA: chromosome microarray analysis]
Μεθοδολογία εφικτή με την (σχεδόν) ολοκλήρωση αποκωδικοποίησης του γονιδιώματος [human reference genome- 2001-2003] Και νέας τεχνολογίας εναπόθεσης σε γυάλινα πλακίδια ink-jet technology photolithography ARRAY CGH Υψηλότερα επίπεδα ανάλυσης χρωμοσωμικών διαταραχών Απλούστευση της μεθοδολογίας ανάλυσης
Array Comparative Genomic Hybridization (Chromosomal arrays, Molecular karyotyping) Ratio Red/green= 1/2=0.5 Log2 = -1 Ratio Red/green= 3/2=1.5 Log2 = 0.56
Συγκριτικός γενωμικός υβριδισμός (array-cgh) ή Μοριακός Καρυότυπος Εντοπίζει Χρωμοσωμικές ανευπλοειδίες Δομικές ανωμαλίες- αναδιατάξεις ελλείμματα διπλασιασμούς μεταθέσεις- αναστροφές με ποσοτική αλλαγή Χαρακτηρισμός θραυσμάτων (markers) Γεφυρώνει το διαγνωστικό χάσμα μεταξύ της κλασικής κυτταρογενετικής & της μοριακής γενετικής
Διαφορές μεταξύ των arrays Είδος ανιχνευτών (BAC, oligonucleotides) Διακριτική ικανότητα ανάλυσης Εξαρτάται από το είδος & αριθμός ανιχνευτών Κάλυψη γονιδιώματος Ομοιογενή κάλυψη του γονιδιώματος (πληροφορίες για ολόκληρο το γονιδίωμα) Συγκέντρωση ανιχνευτών σε περιοχές που έχουν συνδεθεί με παθολογικούς φαινοτύπους ή/ και περιέχουν γνωστά morbid OMIM γονίδια Ο μέσος όρος διακριτικής ευκρίνειας για arrays ολιγονουκλεοτιδίων είναι 6-35Kb υβριδικά CGH+SNP arrays επιπλέον διακρίνουν μονογονεϊκή δισωμία -UPD
BAC ARRAYS & OLIGO ARRAYS
UPD ολόκληρου χρωμοσώματος 15 HYBRID CNV+SNP ARRAYS CNV data SNP data (number of uncut alleles) Υψηλή διακριτική ευκρίνεια Ακρίβεια στον εντοπισμό σημείων θραύσης των CNVs Επιπλέον εντοπισμός LOH, UPD, IBD Σε ειδικές περιπτώσεις (υπάρξης υπολειπόμενου νοσήματος) μπορεί να προταθεί ανάλυση αλληλουχίας για SNV των γονιδίων που εμπεριέχονται σε περιοχές LOH Εντοπισμός χρωμοσωμικής πολυπλοειδίας για ΠΓΔ
CGH+SNP ARRAY 2 περιοχές LOH Στο Χρ.18 SNP probes: 0, 1
Array CGH ανάλυση/ επεξήγηση Τα CNVs ταξινομούνται σε Ι: παθολογικά/ πιθανώς παθολογικά: προδιάθεση για νευροαναπτυξιακές διαταραχές Γνωστά σύνδρομα μικρό-ελλειμμάτων/ μικρό-διπλασιασμών (MMS) καταγεγραμμένα σε βάσεις δεδομένων και στην βιβλιογραφία Πιθανώς παθολογικά: εύρημα μικρότερου μεγέθους από το αναφερόμενο (με λιγότερα γονίδια ή δεν περιέχει όλα τα γονίδια υπεύθυνα για τον φαινότυπο), Έχει μειωμένη διεισδυτικότητα με την πλειοψηφία των φορέων να παρουσιάζουν μερικά χαρακτηριστικά του φαινοτύπου ΙΙ: VUS: άγνωστης κλινικής σημασίας Ποια γονίδια περιέχονται στην γενωμική περιοχή Υπάρχει σύνδεση με τον φαινότυπο? χαμηλή διεισδυτικότητα-ποικιλομορφία έκφρασης Πιθανή ύπαρξη 2 ου CNV ή ακόμη παθολογικού SNV που συνδυαστικά συμβάλλουν στον φαινότυπο Ένας ή ελάχιστοι ασθενείς αναφέρονται στην βιβλιογραφία ή βάσεις δεδομένων Χρήσιμος ο έλεγχος γονεϊκών δειγμάτων ΙΙΙ: γνωστά μη παθολογικά -CNPs Database of genomic variants European Journal of Human Genetics (2012) 20
Databases Decipher http://www.sanger.ac.uk/postgenomics/decipher/ UCSC http://genome.ucsc.edu/ Ensembl http://www.ensembl.org DGV Database of Genomic Variants http://projects.tcag.ca/variation/ OMIM www.ncbi.nlm.nih.gov/omim ISCA database (NCBI) ClinVar: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/ SFARI: https://gene.sfari.org/autdb AUTDB: http://autism.mindspec.org/autdb AutismKB:http://autismkb.cbi.pku.edu.cn/ ΕΣΩΤΕΡΙΚΗ ΒΑΣΗ ΔΕΔΟΜΕΝΩΝ!!!
Διαγνωστική ικανότητα acgh (από βιβλιογραφία) Μεταγεννητικά: ασθενείς με ΝΥ, ΑΚ, ΠΣΑ Μέσος όρος σε ασθενείς με φυσιολογικό καρυότυπο: 15% -20% Μεταγεννητικά σε διαταραχές φάσματος αυτισμού(asd) Μέσος όρος σε ασθενείς με φυσιολογικό καρυότυπο: ~10%
Σύνολο: 1000 ασθενείς AGILENT 244K & 4X180K G3 ARRAYS (CGH+SNP) Κλινικές ενδείξεις ΑΝΑΠΤΥΞΙΑΚΗ ΚΑΘΥΣΤΕΡΗΣΗ Αυτισμός Πολλαπλές ή μονήρεις Συγγενείς ανωμαλίες Όλοι οι ασθενείς εξετάστηκαν από κλινικό γενετιστή & είχαν φυσ. Καρυότυπο Όπου υπήρχε ένδειξη αποκλείσθηκαν τα σύνδρομα X-fra, PW-AS, Rett διαφορετικού βαθμού ΝΥ νεύρο-αναπτυξιακή καθυστέρηση Διαταραχές λόγου Φάσμα αυτισμού Γεννητικές ανωμαλίες Δυσμορφολογικά χαρακτηριστικά Σκελετικές ανωμαλίες Σπασμοί/ επιληψία Καρδιοπάθειες Χαμηλές καμπύλες ανάπτυξης
1000 ασθενείς με ΝΥ/ΑΚ, και ή ΠΣΑ Σημαντικά ευρήματα σε ~28.23% Περισσότερα ελλείμματα Από τον έλεγχο γονεϊκών δειγμάτων 80% de novo Μεγέθη των CNVs: από 10Kb μέχρι >10Mb
195 Ασθενείς με ASD & Μοριακό καρυότυπο 65 CNVs 43/65: ΕΛΛΕΙΜΜΑΤΑ 66.1% 5 στο Χ-χρωμόσωμα 22/65:ΔΙΠΛΑΣΙΑΣΜΟΙ 33.8% 7 στο Χ-χρωμόσωμα Γονεϊκά DNA ελέγχθηκαν σε 27 περιπτώσεις CNVs 18 de novo 6 πατρική προέλευσης 3 μητρικής προέλευσης Διαγνωστική απόδοση 26.1% αυτοσωματικά χρωμοσώματα (2p16.3, 2p12, 5p15.3p14.3, 5p14.3p14.2, 6p22.1p21.33, 7p22.2p22.1, 8q24.3, 9p24, 9p21.1p11.2, 10p15.3, 12p13, 12q24, 15q11q14, 15q21.3q22.2, 16q24.2q24.3, 16p11.2, 17q21.31, 20p12.1, 20q13.33) X-χρωμόσωμα (Xp11.22, Xp11.23, Xp11.3, Xp22.32, Xp22.31, Xp22.33, Xq21.31, Xq27.3q28 και Xq28) Oikonomakis et al., 2016
Προγεννητική διάγνωση
r g. προγεννητικός έλεγχος με acgh s i d i Ευρέως αποδεκτή άποψη: σε κυήσεις υψηλού m κινδύνου ra v a i a Προηγούμενο παιδί με γνωστό παθολογικό CNV. w Διαπίστωση στο υπερηχογράφημα (ή στο βιοχημικό w w r screening) σοβαρών παθολογικών ευρημάτων, και μάλιστα ενώ ο καρυότυπος g είναι φυσιολογικός. s καρυότυπο Διαπίστωση στον κλασικό i id χρωμοσωμικής de novo «ισοζυγισμένης» m μετάθεσης, εάν υπάρχουν παθολογικά a υπερηχογραφικά vr ευρήματα a i a. w w Sahoo et al., 2006; Coppinger et al., 2009; Evangelidou et al., 2010; Zuffardi et al., 2010 w
προγεννητικός έλεγχος με acgh Μη ευρέως αποδεκτή άποψη: σε όλες τις κυήσεις Επιχειρήματα Το a-cgh πλεονεκτεί έναντι του κλασικού καρυοτύπου /FISH/ MLPA ταχύτερο (: δεν απαιτείται καλλιέργεια κυττάρων αμνιακού υγρού ή τροφοβλάστης) αυτοματοποιημένο (: δεν απαιτείται η επίπονη μικροσκόπηση) μεγαλύτερης ευαισθησίας (: εντοπίζει κάθε ποσοτική ανωμαλία DNA έως και < 50 Kb) Αντεπιχειρήματα Η εντόπιση CNVs «άγνωστης» κλινικής σημασίας- VUS (ιδίως σε κυήσεις χωρίς παθολογικά υπερηχογραφικά ή βιοχημικά ευρήματα) Προσθέτει άγχος σε γονείς Οδηγεί σε άσκοπη ίσως διακοπή της κύησης
Θνησιγενές έμβρυο ΠΓΔ: συμβατικός και μοριακός καρυότυπος VUS: ιδιαίτερα σημαντική η συμβουλευτική από ειδικούς
Η γενετική συμβουλευτική πριν τον έλεγχο την ενημέρωση για το σκοπό κλινική χρησιμότητα: «λεπτομερέστερη η ανάλυση χρωμοσωμάτων, σε σχέση με τον κλασικό καρυότυπο, χωρίς εντούτοις να εντοπίζονται όλα τα νοσήματα (σημειακές μεταλλάξεις)». τον προσδιορισμό του κόστους την περιγραφή της μεθοδολογίας - δειγματοληψίας - προβλεπόμενου χρόνου για την ολοκλήρωση της ανάλυσης την πληροφόρηση για την πιθανότητα να χρειαστεί ο έλεγχος των γονέων (ζήτημα πατρότητας/ de novo) την υπογραφή εντύπου συναίνεσης και συγκατάθεσης Ενημερωτικό φυλλάδιο Στόχος: να βοηθηθούν οι ενδιαφερόμενοι ώστε να είναι προετοιμασμένοι για την πληροφορία που μπορεί να λάβουν με την απάντηση και να έχουν αποφασίσει εάν αυτός είναι ο τύπος της πληροφορίας που επιθυμούν να έχουν
Η γενετική συμβουλευτική μετά το παθολογικό αποτέλεσμα (CNV με γνωστή κλινική σημασία) την ενημέρωση για την υπάρχουσα γνώση ή οποία συνεχώς ανανεώνεται ιδιαίτερα σε σχέση με VUS και ότι η ανάλυση των αποτελεσμάτων έχει βασισθεί στα τωρινά δεδομένα (συσχέτιση γονότυπου- φαινότυπου) τη διευκρίνηση του γενετικού κινδύνου σε επόμενη κύηση (~2% κίνδυνος επανεμφάνισης λόγω γοναδικού μωσαϊκισμού γονέων ) ΔΕΝ ΑΝΑΦΕΡΟΝΤΑΙ ΕΥΡΗΜΑΤΑ νοσημάτων όψιμης εμφάνισης (Alzheimer ) Γνωστές περιοχές προδιάθεσης για καρκίνο (απώλεια ογκοκατασταλτικού γονιδίου ή ενίσχυση ογκογονιδίου)
Σύσταση παρακολούθησης της εγκυμοσύνης DGV φυσιολογικό «φυσιολογικό» VUS Χαμηλή διεισδυτικότητα Μικρότερο μέγεθος εάν περιέχει OMIM MORBID γονίδιο Μη ύπαρξη ισχυρών στοιχείων παθογένειας Δεν ελέγχονται οι γονείς ΠΓΔ CGH Del/dup Γνωστό (haploinsufficient) γονίδιο όχι Βιβλιογραφία/ βάση δεδομένων CNV Μη καταγεγραμμένο Del>50kb / Dup > 200Kb όχι Φυλοσύνδετο γονίδιο (X-linked ) σε XY έμβρυο οχι κληρονομούμενο ναι ναι ναι ναι ναι Αξιολόγηση πιθανότητας παθογένειας Έλεγχος γονέων De novo Γνωστό παθολογικό 100% διεισδυτικότητα Ισχυρά επιχειρήματα για την παθογένεια καταγραφή στην απάντηση Belgian approach, Vanakker et al., 2014
Διαγνωστική ικανότητα acgh Κυήσεις με U/S &/ή βιοχημικές ενδείξεις & φυσιολογικό καρυότυπο Μέσος όρος: ~7 % Χωρίς ενδείξεις Μέσος όρος: ~1.7 % Ισοζυγισμένη μετάθεση σε γονεϊκό δείγμα Μέσος όρος: 21% Εκ των οποίων 33.9% πρόκληση διαταραχής στην δομή γονιδίων 5.2% ακριβώς συσχετιζόμενες με την ισοζυγισμένη μετάθεση 7.3% διαταραχές σε ρυθμιστικές περιοχές Αναδρομική μελέτη 720 έμβρυα Sahoo et al., 2006; Coppinger et al., 2009; Zuffardi ΤΖΕΤΗ et al., Μ. 2010; Rooryck et al., 2013; Vanakker et al., 2014; Nature Genetics, 2016; Egloff et al., 2018; Vogel et al., 2018; Oneda et al., 2017
300 συνολικά 56: Ηλικία μητέρας Προγεννητικές διαγνώσεις 26: Προηγούμενο παιδί με ΑΚ/ΝΥ ή τερματισμό εγκυμοσύνης λόγω παθολογικού αποτελέσματος (ισοζυγισμένη μετάθεση) 8 παθολογικά, 4 πιθανώς παθολογικά (46%) 12: Υπερηχογραφικά ευρήματα, συγγενής με παθολογικό acgh 3 παθολογικά (25%) 206: Επιθυμία γονέων Διάγνωση: ~7% 5% παθολογικά; 1.6% πιθανώς παθολογικά 3% VUS
Παθολογικά Αποτελέσματα (5%) DEL Xp11.3, 550Kb [mat, ίδιο με προηγούμενο παιδί; MAOA, MAOB, NDP] DUP Xq25; 99Kb; GRIA3; mat DUP 14q12; 140Kb; FOXG1 (RETT-LIKE) DEL 17q21.31; 231Kb [KANSL1, Koolen de Vries] DEL7q11.23; 7Kb (POR)/ SNV (ANTLEY-BIXLER SYNDROME)[*με διαταραχή στεροειδών ορμονών] (2X400K) DEL Xp11.23; 3.8Kb; WAS (Wiscott-Aldrich) (2X400K) DUP 19p13.2, 2.5Mb [KANK2, DOCK6, CACNA1A, DNMT1] DUP Xp22.33; 2.56Mb [SHOX, παθολογικά υπερηχογραφικά) DEL 4q34.3q35.2; 8.19Mb (resembling 22q11.2 deletion syndrome) 2 ΠΓΔ DEL 15q11.1q13.3; 13.34Mb/ DUP 22q11.1q11.21; 3.8Mb DEL 8p23.3-p23.1; 6.7Mb/ DUP 16p13.3; 5.4Mb σ. Emanuel: DUP 11q23.3q25;18Mb/ DUP 22q11.1q11.21; 3Mb DEL 8p23.3p23.1; 6.7Mb/ DUP 16p13.3; 5.4Mb
DUP 22q11.21; 2.52Mb; pat DGCR6, PRODH, DGCR5, DGCR9, DGCR10, DGCR2, DGCR11, DGCR14, TSSK2, GSC2, SLC25A1, CLTCL1, HIRA, MRPL40, C22orf39, UFD1L, CDC45, CLDN5, LOC150185, SEPT5, SEPT5-GP1BB, GP1BB, TBX1, GNB1L, C22orf29, TXNRD2, COMT, ARVCF, C22orf25, MIR185, DGCR8, MIR3618, MIR1306, TRMT2A, RANBP1, ZDHHC8, LOC150197, RTN4R, MIR1286, DGCR6L, PI4KAP1, RIMBP3, ZNF74, SCARF2, KLHL22, MED15, POM121L4P, TMEM191A, PI4KA, SERPIND1, SNAP29, CRKL, AIFM3, LZTR1, THAP7, FLJ39582, MGC16703, P2RX6, SLC7A4, P2RX6P, LOC400891, BCRP2 ΜΕΤΑΓΕΝΝΗΤΙΚΑ ΔΕΙΓΜΑΤΑ 17χρ καρδιοπάθεια/ αναπτυξιακή ανωριμότητα Διεισδυτικότητα 22% (Rosenfeld et al. 2013) ΠΙΘΑΝΩΣ ΠΑΘΟΛΟΓΙΚΟ Με ποικιλομορφία στην έκφραση ατελή διεισδυτικότητα και ποικίλη εκφραστικότητα, σε άτομα της ίδιας οικογένειας από παθολογικό έως φυσιολογικό φαινότυπο φαινοτυπικά υγιής γονέας μπορεί να κληρονομήσει τον μικροδιπλασιασμό στο παιδί του, το οποίο να εκφράζει σε μικρότερο ή μεγαλύτερο βαθμό παθολογικό φαινότυπο με όλα ή μερικά από τα χαρακτηριστικά του συνδρόμου μικροδιπλασιασμού 22q11.21 δυσχεραίνεται η απόλυτη πρόβλεψη του φαινοτύπου, ιδιαίτερα όταν πρόκειται για προγεννητικό έλεγχο και μάλιστα εάν δεν υπάρχουν ευρήματα στο προγεννητικό υπερηχογράφημα (Wentzel et al., 2008; Suzuki et al., 2009; Yobb et al., 2005; Yu et al., 2008; 22q11.21 microduplication, www.rarechromo.org).
DUP 16p13.11; 1.4Mb; [NTAN1, NDE1, ΜΥΗ11] Προγεννητική δίδυμη κύηση (άρρενες, χωρίς US ευρήματα), pat autism, DD, adult-onset TAAD (ανεύρισμα θωρακικής αορτής-40-60χρ), ασυμπτωματικό ΜΕΤΑΓΕΝΝΗΤΙΚΑ ΔΕΙΓΜΑΤΑ 1 ασθενής με συνδρομική ψυχοκινητική/ σωματική καθυστέρηση και πολυδακτυλία 1 ασθενής (DUP 16p13.11; 109Kb; (NTAN1, RRN3) σ. φάσματος αυτισμού- ASD 1 ασθενής (DUP 16p13.11; 448Kb; (NTAN1, RRN3) διαταραχές λόγου και υπερκινητικότητα, de novo Διεισδυτικότητα 13.1% (Rosenfeld et al. 2013) ΠΙΘΑΝΩΣ ΠΑΘΟΛΟΓΙΚΟ Με ποικιλομορφία στην έκφραση (Ullmann et al., 2007; Hannes et al., 2009; Nagami et al., 2011; Ramalingam et al., 2011; 16p13.11 microduplication, www.rarechromo.org)
DUP/DEL 15q11.2 (450-991Kb)[TUBGCP5, NIPA1/2, CYFIP1] CVS DUP 15q11.2; 800Kb; Pat 6 μεταγεννητικά δείγματα ΠΙΘΑΝΩΣ ΠΑΘΟΛΟΓΙΚΟ VUS? Με ποικιλομορφία στην έκφραση 1 ασθενής DUP 15q11.2; pat; λέπτυνση μεσολοβίου 1 ασθενής DUP 15q11.2; mat; Αυτισμός 1 ασθενής DEL 15q11.2; pat; Αυτισμός, αρθρογρύπωση 2 ασθενείς DEL 15q11.2; Αυτισμός 1 ασθενής DUP 15q11.2 & DUP Xq28 (L1CAM, IRAK1, MECP2, ATP6AP1, GDI1); ΨΚΚ Διεισδυτικότητα 10.4% (Rosenfeld et al. 2013)
VUS DUP Xq21.31-q21.32, 4.8Mb [TGIF2LX, PABPC5, PCDH11X] (DN) ελλείμματα στη χρωμοσωμική περιοχή Xq21.31-q21.32 (όπου περιέχεται το γονίδιο PCDH11X), έχουν συσχετισθεί με νευροαναπτυξιακές διαταραχές (Speevak et al., 2011; Kitsiou-Tzeli et al., 2011) 3 περιπτώσεις με ΔΑΔ αλλά και επιπλέον ευρήματα DUP 15q13.3 (500Kb) [CHRNA7] 6 ΠΓΔ 1.6% στα μεταγεννητικά δείγματα; κληρονομούμενο & de novo, ήπια αυτιστικά χαρακτηριστικά DUP Xq26.3 (206Kb) [SLC9A6: SNV & DEL ID/MR] DUP Xp22.2 (352Kb); de novo[frmd4: autism] DEL/DUP 22q11.21 (116Kb) [DGCR6, PRODH, DGCR5, DGCR9, DGCR10]; 2ΠΓΔ Μεταγεννητικά δείγματα DEL/DUP 22q11.21: 12 με ΔΑΔ (χωρίς άλλο εύρημα), 2 ενήλικες (DEL) με ψυχωσικές διαταραχές, 3 με επιπλέον γνωστά σύνδρομα και ΝΥ
1. Υψηλής διακριτικής ικανότητας 2. Ακρίβεια στα αποτελέσματα 3. ταχεία (με δυνατότητα πολλών αυτοματοποιημένων βημάτων) 4. Ολόκληρο το γονιδίωμα 8. ΣΥΓΚΡΙΣΗ ΓΟΝΟΤΥΠΟΥ/ ΦΑΙΝΟΤΥΠΟΥ (Αναγνώριση των γονιδίων υπεύθυνων για τον φαινότυπο) 5. εφαρμογές: Μεταγεννητικά, προγεννητικά, προεμφυτευτική ΣΥΜΠΕΡΑΣΜΑΤΑ 6. Χαρακτηρισμός νέων συνδρόμων microdeletion/microduplication 7. Χαρακτηρισμός δοσο-ευαίσθητων γονιδίων
Το acgh παρέχει την υψηλότερη διαγνωστική απόδοση για την ανίχνευση κλινικά σημαντικών χρωμοσωμικών ανωμαλιών - first-tier diagnostic test και στην ΠΓΔ Συμβατικός καρυότυπος συγχρόνως σε ΠΓΔ για εύρεση ισοζυγισμένων μεταθέσεων/ αναστροφών/ χαμηλού επιπέδου μωσαϊκισμό? ιδιαίτερα σημαντική η εσωτερική βάση δεδομένων με καλά φαινοτυπικά χαρακτηρισμένα μεταγεννητικά δείγματα για την αποσαφήνιση των VUS Η καλή συμβουλευτική πριν και μετά βοηθάει στη καλύτερη κατανόηση/ αποδοχή του αποτελέσματος
Νέοι καλύτεροι αλγόριθμοι στο WES στον εντοπισμό CNV (μικρό-ελλείμματα & μικρό-διπλασιασμούς) ΠΓΔ: Clinical Exome εάν τα υπερηχογραφικά ευρήματα παραπέμπουν σε συγκεκριμένες διαταραχές και το acgh είναι αρνητικό ΣΤΗΝ ΠΡΟΓΕΝΝΗΤΙΚΗ ΔΙΑΓΝΩΣΗ: ο μη επεμβατικός έλεγχος για συχνές ανευπλοειδίες μπορεί να επεκταθεί και στον εντοπισμό μικρό-ελλειμμάτων και μικρόδιπλασιασμών