ENCIMI V ORGANIZIRANIH SISTEMIH

Σχετικά έγγραφα
[ E] [ ] kinetika encimske pretvorbe. razpolovni čas. ln pretvorba encimov sledi kinetiki prvega reda

Celični'stiki' Vrsta&povezave:'' celica.celica' celica.matriks'

Tretja vaja iz matematike 1

Sinteza RNA - transkripcija

Funkcije. Matematika 1. Gregor Dolinar. Fakulteta za elektrotehniko Univerza v Ljubljani. 21. november Gregor Dolinar Matematika 1

Neavtorizirani povzetki izbranih predavanj iz biokemije. UN študij Okolje Politehnika Nova Gorica. doc. dr. Marko Dolinar

KODE ZA ODKRIVANJE IN ODPRAVLJANJE NAPAK

Encimi.

Zaporedja. Matematika 1. Gregor Dolinar. Fakulteta za elektrotehniko Univerza v Ljubljani. 22. oktober Gregor Dolinar Matematika 1

Viri. Nukleinske kisline. Program predavanj maj-junij DNA, RNA struktura, podvajanje, transkripcija, translacija

I. OSNOVNI STRUKTURNI PRINCIPI

Funkcijske vrste. Matematika 2. Gregor Dolinar. Fakulteta za elektrotehniko Univerza v Ljubljani. 2. april Gregor Dolinar Matematika 2

Nekatere interakcije v lipidnem metabolizmu

Diferencialna enačba, v kateri nastopata neznana funkcija in njen odvod v prvi potenci

Katedra za farmacevtsko kemijo. Sinteza mimetika encima SOD 2. stopnja: Mn 3+ ali Cu 2+ salen kompleks. 25/11/2010 Vaje iz Farmacevtske kemije 3 1

Encimi. Splošne lastnosti - osnove delovanja, specifičnost, energijski vidik nekatalizirane in encimsko katalizirane reakcije

Funkcije. Matematika 1. Gregor Dolinar. Fakulteta za elektrotehniko Univerza v Ljubljani. 14. november Gregor Dolinar Matematika 1

pretvarja v nestrupeno obliko, ki lahko vstopa v biosintezo nukleotidov *i) NH 4

ZVIJANJE PROTEINOV, RAZGRADNJA IN USMERJANJE

SKUPNE PORAZDELITVE VEČ SLUČAJNIH SPREMENLJIVK

Nastanek NADH in NADPH Prenos elektronov in nastanek ATP

Booleova algebra. Izjave in Booleove spremenljivke

PONOVITEV SNOVI ZA 4. TEST

MOLEKULARNA GENETIKA

p 1 ENTROPIJSKI ZAKON

Poglavje 7. Poglavje 7. Poglavje 7. Regulacijski sistemi. Regulacijski sistemi. Slika 7. 1: Normirana blokovna shema regulacije EM

1 Uvod v biokemijo. Slika. Nekakj spoznanj s področja biokemije.

UVOD CIKLUS CITRONSKE KISLINE (CCK) = KREBSOV CIKLUS = CIKLUS TRIKARBOKSILNIH KISLIN

Pripravili: Ana Bernard in Eva Srečnik Dopolnil: Matic Dolinar

Delovna točka in napajalna vezja bipolarnih tranzistorjev

Državni izpitni center SPOMLADANSKI IZPITNI ROK *M * NAVODILA ZA OCENJEVANJE. Sreda, 3. junij 2015 SPLOŠNA MATURA

FUNKCIJA PROTEINOV, PRIMERI FIBRILARNI PROTEINI. α KERATIN

matrike A = [a ij ] m,n αa 11 αa 12 αa 1n αa 21 αa 22 αa 2n αa m1 αa m2 αa mn se števanje po komponentah (matriki morata biti enakih dimenzij):

IZPIT IZ ANALIZE II Maribor,

Najpomembnejši človeški Hb

Odvod. Matematika 1. Gregor Dolinar. Fakulteta za elektrotehniko Univerza v Ljubljani. 5. december Gregor Dolinar Matematika 1

1. TVORBA ŠIBKEGA (SIGMATNEGA) AORISTA: Največ grških glagolov ima tako imenovani šibki (sigmatni) aorist. Osnova se tvori s. γραψ

Razgradnja maščobnih kislin. Ketonska telesa H + NAD+ NADH. Pregled metabolizma MK. lipoprotein-lipaza. maščobne kisline.

CM707. GR Οδηγός χρήσης SLO Uporabniški priročnik CR Korisnički priručnik TR Kullanım Kılavuzu

Najpogostejše hemoglobinopatije

Prehrana in metabolizem

ARHITEKTURA DETAJL 1, 1:10

Gimnazija Krˇsko. vektorji - naloge

Encimska kinetika govori o hitrosti encimske reakcije

Uravnavanje encimske aktivnosti

TRANSFORMACIJA sprejem in vključitev proste DNA v genom recipienta, pri čemer celice niso v medsebojnem kontaktu Pogoji za uspešno transformacijo

Splošno o interpolaciji

Strukturni in funkcijski vidiki bioloških interakcij

NEPARAMETRIČNI TESTI. pregledovanje tabel hi-kvadrat test. as. dr. Nino RODE

STRUKTURNE LASTNOSTI AMINOKISLIN

Rešitve nalog. Biologija. za gimnazije

8. Diskretni LTI sistemi

Metabolizem oz. presnova

Numerično reševanje. diferencialnih enačb II

Zadaci sa prethodnih prijemnih ispita iz matematike na Beogradskom univerzitetu

Metabolizem in energija

IZVODI ZADACI (I deo)

Funkcije. Matematika 1. Gregor Dolinar. Fakulteta za elektrotehniko Univerza v Ljubljani. 12. november Gregor Dolinar Matematika 1

Teze predavanj iz mikrobne biokemije*

1. Definicijsko območje, zaloga vrednosti. 2. Naraščanje in padanje, ekstremi. 3. Ukrivljenost. 4. Trend na robu definicijskega območja

Analiza'3D'struktur'makromolekul'in' modeliranje'

Jure Stojan in Marko Goličnik Medicinska fakulteta

Kotne in krožne funkcije

GEL ELEKTROFOREZA. Seminar pri predmetu Molekularna Biofizika. Avtorica: Tjaša Parkelj

IONOTROPNI in METABOTROPNI receptorji. Klara Kropivšek

DIHANJE. Univerza v Ljubljani Biotehniška fakulteta Oddelek za agronomijo. Agronomija - UNI

UNIVERZITET U NIŠU ELEKTRONSKI FAKULTET SIGNALI I SISTEMI. Zbirka zadataka

Appendix B Table of Radionuclides Γ Container 1 Posting Level cm per (mci) mci

IZBIRNI PREDMET, APRIL/MAJ 2013 STRUKTURA IN FUNKCIJA PROTEINOV. 2. predavanje: Od 1D do 3D strukture proteinov 1. del.

Odvod. Matematika 1. Gregor Dolinar. Fakulteta za elektrotehniko Univerza v Ljubljani. 10. december Gregor Dolinar Matematika 1

Nukleinske kisline. Nukleotidi. DNA je nosilka dednih genetskih informacij.

Glukoneogeneza. Glukoneogeneza. Glukoneogeneza. poteka v jetrih in ledvični skorji, v citoplazmi in delno v mitohondrijih.

DIHANJE. Univerza v Ljubljani Biotehniška fakulteta Oddelek za agronomijo. Agronomija - VSŠ 2005/06

met la disposition du public, via de la documentation technique dont les rιfιrences, marques et logos, sont

ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΑΚΕΣ ΕΚΔΟΣΕΙΣ ΚΡΗΤΗΣ ΣΥΜΠΛΗΡΩΜΑΤΙΚΟ ΥΛΙΚΟ ΓΙΑ ΤΟ ΧΗΜΙΚΟ ΤΜΗΜΑ ΤΟΥ ΠΑΝ/ΜΙΟΥ ΑΘΗΝΩΝ. Σύνθεση και μάτισμα του RNA. Úfi ÚÔÌÔ ÌfiÚÈÔ ÙÔ mrna

SEMINAR IZ KOLEGIJA ANALITIČKA KEMIJA I. Studij Primijenjena kemija

Integralni račun. Nedoločeni integral in integracijske metrode. 1. Izračunaj naslednje nedoločene integrale: (a) dx. (b) x 3 +3+x 2 dx, (c) (d)

Encimi v tleh. k 1 E + S ES E + P. k 3. k 2

Biokemija I, 25. predavanje 1. del, , A. Videtič Paska. Proteini - splošno

2. Membranski proteini značilnosti zgradbe, vrste in različne naloge proteinov.

SISTEMI NELINEARNIH JEDNAČINA

Estimation of grain boundary segregation enthalpy and its role in stable nanocrystalline alloy design

Novi Sad god Broj 1 / 06 Veljko Milković Bulevar cara Lazara 56 Novi Sad. Izveštaj o merenju

Iterativno reševanje sistemov linearnih enačb. Numerične metode, sistemi linearnih enačb. Numerične metode FE, 2. december 2013

METABOLIZEM OGLJIKOVIH HIDRATOV

Funkcije proteinov (pogojene s strukturo)

Jure Stojan 2. predavanje termodinamične osnove, encimske katalize encimska kataliza časovni potek encimske reakcije začetna hitrost

C 1 D 1. AB = a, AD = b, AA1 = c. a, b, c : (1) AC 1 ; : (1) AB + BC + CC1, AC 1 = BC = AD, CC1 = AA 1, AC 1 = a + b + c. (2) BD 1 = BD + DD 1,

ΒΙΟΛΟΓΙΑ Β ΛΥΚΕΙΟΥ ΓΕΝΙΚΗΣ ΠΑΙΔΕΙΑΣ

ΓΗ ΚΑΙ ΣΥΜΠΑΝ. Εικόνα 1. Φωτογραφία του γαλαξία μας (από αρχείο της NASA)

TRANSLACIJA. Doc. dr Snežana Marković

Termovizijski sistemi MS1TS

REGULACIJA EKSPRESIJE GENA KOD EUKARIOTA TRANSKRIPCIONI FAKTORI. Doc. dr Snežana Marković

Geni in regulacija njihovega prepisa

Kontrolne karte uporabljamo za sprotno spremljanje kakovosti izdelka, ki ga izdelujemo v proizvodnem procesu.

13. Jacobijeva metoda za računanje singularnega razcepa

Cenovnik spiro kanala i opreme - FON Inžinjering D.O.O.

IZPIT IZ BIOKEMIJE ZA BIOLOGE (1. ROK)

IZVODI ZADACI ( IV deo) Rešenje: Najpre ćemo logaritmovati ovu jednakost sa ln ( to beše prirodni logaritam za osnovu e) a zatim ćemo

INTELIGENTNO UPRAVLJANJE

Transcript:

ENCIMI V ORGANIZIRANIH SISTEMIH EC klasifikacija: po reakcijah, ki jih katalizira Encimski sistemi: so poteini z več kot eno encimsko akevnostjo RazvrsEtev po organiziranose: muleencimski protein proteini z več kataliečnimi domenami kovalentno povezani (muleencimski polipepedi) nekovalentno povezani (muleencimski kompleksi)

ENCIMI V ORGANIZIRANIH SISTEMIH Po organiziranose in funkciji jih lahko razdelimo: 1. Encimi s kompleksno strukturo (RNApolimeraza) 2. Ohlapna asociacija različnih encimov, katerih stehiometrija se spremija (glikogenski delci) 3. MulEencimski proteini s točno določeno strukturo, ki imajo več kataliečnih akevnose (triptofan sintaza, proteasom)

Izolacija muleencimskih kompleksov metabolne poe predstavljajo 3 1 2 4 A!E! B!E! C!E! D!E! E zaporedje reakcij muleencimski sistemi nastanejo preko asociacije proteinov (fuzija genov) piruvat dehidrogenaza (poenostavljen prikaz) maščobne kisline sintaza triptofan tri encimske akevnose povezuje glikolizo s CTKK sintaza in piruvat dehidrogenazni veliko gibljivih delov kompleks najbolj preučeni simetrično jedro z repimodro težave pri izolaciji: težko določie število polip. verig tekom izolacije >disociacija hidroliza verig kot funkcionalni kompleksi v več oblikah lovijo druge encime (oranžno rumeno, zeleno) v kompleksu struktura sestavljena po delih maščobne kisline sintaza (poenostavljen prikaz) iz mk se sintet. lipidi in membrane mk predstavljajo vir energije 12 verig (iz gliv) 6 α (zeleno) 3 β (modro) v notranjose votlina triptofan sintaza

LastnosE muleencimskih kompleksov bolj značilni za evkarionte kot prokarionte preko evolucije do fuzije genov čas difuzije produktov čas za vzpostavitev novega ravnotežja kompartmenezacija koordiniranost (kooperaevnost, alosterična komunikacija) zaščita nestabilnih intermediatov

RNA POLIMERAZA katalizira transkripcijo vključujejo tri mehanisečne operacije prepozna in se veže na specifično promotorsko mesto (transkripcija poteka v obe smeri) samo ena smer dovoljuje elongacijo (kopira določen gen) zaključi transkripcijo

RNA POLIMERAZA zgradba poznane različne strukture virusna T7 RNAP (enoverižna) bakterijska RNAP RNAP kvasovk RNAP arhej mitohondrijska RNAP v bakteriji dve obliki: RNAP osrednji encim (α2ββ'ω) RNAP holoencim (α2ββ'ωσ) 400 kda obe obliki sposobni prepisovae osrednji encim ni specifičen holoencim specifičen (promotor) σpodenota odgovorna za visoko specifičnost

Bakterijska RNA polimeraza osrednji encim osrednji encim (α2ββ'ω) brez σpodenota (sigma) oblika klešč (čeljuse) 2 Mg 2+ iona (koord. 3 Asp) kanal 27Å bogat z Arg, Lys β 27 Ǻ β aktivno mesto Mg 2+ αl ω αll osrednji encim

Bakterijska RNA polimeraza holoencim C 4.2 4.1 3.2 3.1 3.0 2.4 2.3 2.2 2.1 1.2 1.1 N asociacija σpodenote > holoencim (α 2 ββ'ωσ) globularni deli σpodenote se se umesejo vzdolž akevne reže konformacijske spremembe reža 27Å > 15 Å deloma se zakrije + naboj prepreči se nespecifična vezava promotorska regija σ2 10 σ3 14, 15 σ4 35 σ σ σ 2 4 3 regija 1.1 3.2 vezni člen β objemka β 1 3.2 vezni člen σ 3 regija 1.1 σ 4 β loputa αl αll holoencim σ 2 β 2 promotorska regija 60 35 10 1 20

Bakterijska RNA polimeraza vezava DNA z vezavo holoencima na DNA > katalitsko neakevni, zaprt kompleks DNA je na mestu, kjer se transkripcija začne T veriga 25 15 σ 3 σ 2 nematrična veriga proces transkripcije se začne s talitvijo DNA začne na območju okoli 15 bp Trp v bližini mesta 12 σ2 veže nekodirajočo verigo matrična veriga proe akevnemu mestu izpostavi se mesto +1 sega od 12 do +2 mesta 35 σ 4 izhodni tunel za RNA αll αl akevno mesto DNA matrična veriga kompleks se odpre > katalitsko akevni kompleks pripravljeno za transkripcijo odprt kompleks DNA vstopi in izstopi kot dupleks

Bakterijska RNAP iniciacijski > elongacijski kompleks začetek RNA sinteze s številnimi prekinjenimi, neprodukevnimi cikli ( 911 baz RNA verige) predlagani 3 modeli: premikanje vzdolž DNA fleksibilnost znotraj RNAP (kot črv) krčenje DNA, encim ostane nespremenjen za vsak cikel potegne DNA spremljali premik DNA segmenta ob dodatku nukleoeda v RNA verigo Fluorescenčni priveski FRET Forster/Fluorescence Resonance Energy Transfer

Bakterijska RNAP FRET eksperimene Premik: sprednji konec RNAP proe DNA Premik: zadnji konec RNAP proe DNA Premik: ekspanzija/ kontrakcija RNAP Premik: ekspanzija/kontrakcija DNA

Bakterijska RNAP elongacijski kompleks α 2 ββ ω/dna/rna po sintezi 1315 nukleoedov (79 sparjenih z matrično verigo) se DNA/RNA hibrid pretvori v elongacijski kompleks σpodenota oddisocira encim zapuse promotorsko mesto deluje samo še osrednji encim kristal elongacijskega kompleksa (26 Å)

Bakterijska RNAP elongacijski kompleks α 2 ββ ω/dna/rna RNAP Thermus thermophilus 14 bp DNA 9 bp DNA/RNA 7 proseh RNA nukleoedov DNA potopljena med ββ pokrov usmerja nastajajočo RNA krmilo pozicionirano med dvojno DNA in DNA/RNA kompleksom RNA/DNA kompleks tesno vezan v akevno mesto β CC αhelis ključen za vezavo σ- podenote

Bakterijska RNAP elongacijski kompleks α 2 ββ ω/dna/rna prikaz kontaktov polarne interakcije vander Waalsove interakcije malo hidrofobnih prostega mesta v akevnem mestu je za 1 nukleoed

Bakterijska RNAP model za vezavo nukleoeda v RNA elongacijski kompleks (EC) ravnotežju med pre in post translokacijskim stanjem TL trigger loop TH trigger helix NTP seveže v odprt EC tvori neakevni predinsercijski intermediat stabilizira posttranslokacijski EC TL (trigger loop) sprožitvena zanka > TH (trigger heliks) stabilizira kataliečno obliko akevno mesto se zapre odstranitev pirofosfata sproži relaksacijo odpre akevno mesto z značilno nezvito TL zanko sprožitvena zanka je centralni element pri katalizi tarča elongacijskih faktorjev

RNA polimeraza I Saccharomyces cerevisiae struktura Pol I 2,8 Å 14 podenot (590 kda) dimerizacija Pol I razlike med Pol I in Pol II značilen povezovalni heliksmost (zeleno) regulatorni faktorji prisotni inicijacija prepisovanja proces elongacije kontrola prepisovanja terminacija

RNA polimeraza I Saccharomyces cerevisiae