29/11/2010 Προεδρείο: Κωνσταντινίδης Θ. Ομιλία: «Ιατρική Στατιστική Ανάλυση Συνήθεις μέθοδοι (επιλογή εφαρμογήαξιολόγηση)»,

Transcript

1 29/11/2010 Προεδρείο: Κωνσταντινίδης Θ. Ομιλία: «Ιατρική Στατιστική Ανάλυση Συνήθεις μέθοδοι (επιλογή εφαρμογήαξιολόγηση)», Κοντακιώτης Θ. Ομιλία: «Μεταναλύσεις», Χάιδιτς Άννα Μπετίνα Βασικές γνώσεις για την σύνταξη ερευνητικών μελετών 1

2 Ιατρική Στατιστική Ανάλυση Συνήθεις μέθοδοι (επιλογή εφαρμογή αξιολόγηση ) Βασικές γνώσεις για την σύνταξη ερευνητικών μελετών Δευτέρα 29/11/ μμ Θ. Κοντακιώτης Επίκουρος Καθηγητής Πνευμονολογίας ΑΠΘ

3 Είναι το φάρμακο κδφθ9ςεθ κατάλληλο βρογχοδιασταλτικό

4 SPSS, Statistical Package for the Social Sciences, computer software The company announced July 28, 2009 that it was being acquired by IBM for US$1.2 billion. As of January 2010, it became "SPSS: An IBM Company". PASW Statistics April 2010

5 Price: Free to try $ to buy Operating system: Windows XP/Vista Date added: October 08, 2009 Total Downloads: 144,213 Downloads last week: 1,055 Product Ranking: #2 in Math Software See full specifications Predictive Analytics Software PASW Λογισμικό πρόβλεψης ανάλυσης More popular Math Software downloads 1,683 downloads 1. Matlab 1,055 downloads 2. PASW Statistics 988 downloads 3. SAS System 929 downloads 4. Face Recognition System 833 downloads 5. Graph το SPSS είχε επανασχεδιαστεί σε αντικειμενοστραφή βάση, παρέχοντας στους χρήστες αναβαθμισμένο γραφικό περιβάλλον και ισχυρότερες δυνατότητες, τόσο κατά τη διαχείριση όσο και κατά την ανάλυση των δεδομένων

6

7 Variable Type The available data types are as follows: Numeric. A variable whose values are numbers. Values are displayed in standard numeric format. The Data Editor accepts numeric values in standard format or in scientific notation. Comma. A numeric variable whose values are displayed with commas delimiting every three places and displayed with the period as a decimal delimiter. The Data Editor accepts numeric values for comma variables with or without commas or in scientific notation. Values cannot contain commas to the right of the decimal indicator. Dot. A numeric variable whose values are displayed with periods delimiting every three places and with the comma as a decimal delimiter. The Data Editor accepts numeric values for dot variables with or without periods or in scientific notation. Values cannot contain periods to the right of the decimal indicator. Scientific notation. A numeric variable whose values are displayed with an embedded E and a signed power of 10 exponent. The Data Editor accepts numeric values for such variables with or without an exponent. The exponent can be preceded by E or D with an optional sign or by the sign alone for example, 123, 1.23E2, 1.23D2, 1.23E+2, and Date. A numeric variable whose values are displayed in one of several calendar date or clock time formats. Select a format from the list. You can enter dates with slashes, hyphens, periods, commas, or blank spaces as delimiters. The century range for two digit year values is determined by your Options settings (from the Edit menu, choose Options, and then click the Data tab). Dollar. A numeric variable displayed with a leading dollar sign ($), commas delimiting every three places, and a period as the decimal delimiter. You can enter data values with or without the leading dollar sign. Custom currency. A numeric variable whose values are displayed in one of the custom currency formats that you have defined on the Currency tab of the Options dialog box. Defined custom currency characters cannot be used in data entry but are displayed in the Data Editor. String. A variable whose values are not numeric and therefore are not used in calculations. The values can contain any characters up to the defined length. Uppercase and lowercase letters are considered distinct. This type is also known as an alphanumeric variable.

8 Numeric: Μια μεταβλητή των οποίων οι τιμές είναι αριθμοί. Οι τιμές που εμφανίζονται στο πρότυπο αριθμητική μορφή. Το Data Editor δέχεται αριθμητικές τιμές σε τυποποιημένη μορφή ή σε επιστημονική μορφή. String. Μια μεταβλητή των οποίων οι τιμές δεν είναι αριθμητικές και κατά συνέπεια δεν χρησιμοποιούνται στους υπολογισμούς. Οι τιμές μπορεί να έχουν οποιονδήποτε χαρακτήρα μέχρι την ορισμένη διάρκεια. Κεφαλαία και πεζά γράμματα θεωρούνται διαφορετικά. Αυτός ο τύπος είναι επίσης γνωστός ως μία αλφαριθμητική μεταβλητή.

9 SORT CASES BY group. SPLIT FILE LAYERED BY group. DESCRIPTIVES VARIABLES=FEV1 postfev1, FEV16monts /STATISTICS=MEAN STDDEV MIN MAX. C:\Users\TURBO_X\De sktop\στατιστική\παρ αδείγματα\untitled1.s av

10 SORT CASES BY SEX. SPLIT FILE LAYERED BY SEX. DESCRIPTIVES VARIABLES=FEV1 postfev1 FEV16monts /STATISTICS=MEAN STDDEV MIN MAX.

11 γυναίκες βρογχίτις άσθμα εμφύσημα βρογχεκτασίες άνδρες βρογχίτις άσθμα εμφύσημα

12

13 In statistical hypothesis testing, there are two types of errors that can be made or incorrect conclusions that can be drawn. If a null hypothesis is incorrectly rejected when it is in fact true, this is called a Type I error (also known as a false positive). A Type II error (also known as a false negative) occurs when a null hypothesis is not rejected despite being false. The Greek letter α is used to denote the probability of type I error, and the letter β is used to denote the probability of type II error.

14 H μηδενική υπόθεση Μέσω ενός Στατιστικού Ελέγχου αποφασίζουμε, με τη βοήθεια κάποιου δείγματος, κατά πόσο ισχύει μια εικασία που αναφέρεται στις παραμέτρους ενός ή περισσότερων πληθυσμών. Για την εκτέλεση ενός στατιστικού ελέγχου, καθορίζονται δυο υποθέσεις: ημηδενική(η0) και η εναλλακτική (Η1). Ένας έλεγχος στηρίζεται σε μία στατιστική συνάρτηση που υπολογίζεται από το δείγμα (ελεγχο συνάρτηση). Η τελευταία είναι τυχαία μεταβλητή και ακολουθεί κάποια κατανομή (υπό την Η0). Ένας έλεγχος υπόθεσης απορρίπτει τη μηδενική υπόθεση με ένα προαποφασισμένο από τον ερευνητή επίπεδο σημαντικότητας α (Πιθανότητα λανθασμένης απόρριψης της Η0). Βασικές γνώσεις για την σύνταξη ερευνητικών μελετών 14

15 Statistical significant difference p<0.05 We reject the null hypothesis if p<0.05 Null Hypothesis (H 0 ) is true Alternative Hypothesis (H 1 ) is true Fail to Reject Null Hypothesis Right decision Wrong decision Type II Error False Negative Reject Null Hypothesis Wrong decision Type I Error False Positive Right decision

16 Paired t test Mean = μέσος όρος SD = σταθερή απόκλιση SEM = σταθερή απόκλιση λάθους 95%CI 95% όρια εμπιστοσύνης 8 μετρήσεις SEM independent samples t test, paired t test, where σ is the standard deviation of the original distribution and N is the sample size

17 A plot of a normal distribution (or bell curve). Each colored band has a width of one standard deviation. A data set with a mean of 50 (shown in blue) and a standard deviation (σ) of 20. Example of two sample populations with the same mean and different standard deviations. Red population has mean 100 and SD 10; blue population has mean 100 and SD 50.

18 SEM where σ is the standard deviation of the original distribution and N is the sample size

19

20 ANOVA για τις 4 παθήσεις f males αρχική postfev1 FEV16monts αρχική postfev1 FEV16monts Between Groups Within Groups Total Between Groups Within Groups Total Between Groups Within Groups Total Between Groups Within Groups Total Between Groups Within Groups Total Between Groups Within Groups Total

21 Repeated measurements analysis μεταξύ των παραμέτρων κάθε παράμερο

22 The General linear model procedure provides analysis of variance when the same measurement is made several times on each subject or case. If betweensubjects factors are specified, they divide the population into groups. Using this general linear model procedure, you can test null hypotheses about the effects of both the between subjects factors and the within subjects factors. You can investigate interactions between factors as well as the effects of individual factors. In addition, the effects of constant covariates and covariate interactions with the between subjects factors can be included. Χρησιμοποιώνταςαυτότομοντέλο, μπορείτε να ελέγξετε τις μηδενικές υποθέσεις μεταξύ των παραμέτρων betweensubjects factors και σε κάθε παράμερο within subjects factors

23 Τι είναι η σφαιρικότητα; Σφαιρικότητα αφορά την ισοδυναμία των διακυμάνσεων των διαφορών μεταξύ των επιπέδων των επαναλαμβανόμενων μετρήσεων. Σφαιρικότητα προϋποθέτει ότι οι διακυμάνσεις για κάθε σύνολο μεταβλητών είναι αντίστοιχες. Η σφαιρικότητα είναι μια προϋπόθεση για την εφαρμογή ANOVA με επαναλαμβανόμενες μετρήσεις (RMF). Έτσι, τα αποτελέσματα της ANOVA δεν είναι αποδεκτά αν δεν τηρείται ο παράγων της σφαιρικότητας Όταν η δοκιμασία Mauchly είναι p<0,05, δεν υπάρχει σφαιρικότητα των δεδομένων ΟΙ δοκιμασίες ελέγχου της σφαιρικότητας γίνονται με τις Greenhouse Geisser epsilon <0,75, την Huynh Feldt epsilon, και την lower bound epsilon ε>0,75.

24 p<0.05

25 where parameter μ is the mean (location of the peak) and σ 2 is the variance (the measure of the width of the distribution). The distribution with μ = 0 and σ 2 = 1 is called the standard normal. Bonferonni correction 0.05/4= /6 =

26

27 Βρογχοδιαστολή Χωρίς Αντίθετη Με

28 Βρογχοδιαστολή Χωρίς Αντίθετη Με

29 Να βρω ένα μη παραμετρικό test που 1.Να ξεχωρίζει άνδρες με γυναίκες και με πάθηση (split file) 2.Αλλά να βλέπει τις πραγματικές (απόλυτες τιμες) της FEV1 Friedman test Να βρω και ένα άλλο μη παραμετρικό test που κρίνει 1.Μόνο την FEV1 VS Post FEV1 2.Μόνο στους άνδρες Wilcoxon signed Ranks test

30 Ασθενείς με άσθμα για FEV1 VS Post FEV1 VS FEV1 6 months Friedman test Wilcoxon signed Ranks test Ασθενείς με άσθμα για FEV1 VS Post FEV1

31 Αν δεν είναι κανονική η κατανομή Μία ομάδα αυτοσύγκρισης paired t test, Wilcoxon t test Δύο παράλληλες ομάδες indepented t test, Mann Whitney test Τρεις παράλληλες ομάδες one way ANOVA, Kruskall Wallis test, Bonferonni s correction Αυτοσύγκρισης με δύο περιόδους anova for two way cross over design (two errors) % ασθενών που θεραπεύτηκαν XS2 test, odds ratio

32 Αν δεν είναι κανονική η κατανομή Πολλαπλές μετρήσεις Αντί για multiple measurements analysis προτίμησε το Friedman test Αν έχεις πολλές ομάδες split file The Wilcoxon signed rank test is a non parametric statistical hypothesis test for the case of two related samples or repeated measurements on a single sample. It can be used as an alternative to the paired Student's t test when the population cannot be assumed to be normally distributed.

33 Φάσεις κλινικών μελετών για φάρμακα Οι κλινικές μελέτες για φάρμακα ταξινομούνται σε 4 διαδοχικές κατηγορίες: Φάση Ι: Αφορά ασφάλεια φαρμάκων και σκοπός της είναι να ορισθεί η αποδεκτή δόση ενός φαρμάκου. Συνήθως περιλαμβάνει ασθενείς. (έχουμε βρει την κατάλληλη δόση) Φάση II: Είναι μικρής κλίμακας έρευνα για την αποτελεσματικότητα και την ασφάλεια. Μερικές φορές είναι και η διαδικασία συλλογής των λιγότερο τοξικών φαρμάκων που θα προχωρήσουν στην επόμενη φάση. Συνήθως περιλαμβάνει ασθενείς σε κάθε φάρμακο.(έχουμε βρει την αποτελεσματικότητα και τις παρενέργειες) Φάση III: Είναι μεγάλης κλίμακας έρευνα που ουσιαστικά συγκρίνει ένα φάρμακο με ένα τυπικό θεραπευτικό, μέτρο με σκοπό να αποδείξει την αποτελεσματικότητα του φαρμάκου. Εδώ βασίζονται οι οργανισμοί για να εγκρίνουν την κυκλοφορία του φαρμάκου.(το έχουμε συγκρίνει με άλλα βρογχοδιασταλτικά) Φάση IV: Παρακολούθηση του φαρμάκου όταν ήδη κυκλοφορεί στην αγορά.

34 FEV1, FEV1post, FEV16months Χρόνος μετά την αρχική FEV1, Φάρμακο1 κδφθ9ςεθ, Φάρμακο2(Σαλβουταμόλη), Placebo (έκδοχο), control group Double blind controlled study randomize controlled trial

35

36 άρθρο Η βρογχοδιασταλτική δράση της ουσίας κδφθ9ςεθ Μη σημαντικό θέμα Στερείται πρωτοτυπίας Όχι καλά γραμμένο Μη αιτιολογημένο συμπέρασμα Οσχεδιασμόςτης μελέτης δεν είναι κατάλληλος Το μέγεθος του δείγματος μικρό Ακατάλληλη στατιστική ανάλυση Πότε ένα άρθρο είναι γιατασκουπίδια

37 Μη ψάχνεις για το(ν) ιδανικό randomize controlled trial γιατί είναι double blind Εκτελούνται πάσης φύσεως στατιστικαί εργασίαι Ο ΘΟΔΩΡΟΣ Και φυσικά πετάει ο γάιδαρος Το λέει η στατιστική μου ανάλυση