ΚΑΤΆΛΟΓΟΣ ΑΝΑΛΎΣΕΩΝ 2016

Transcript

1 Κλινικές Δοκιμές Αρ. Πιστ. 0-4 ΙΔΙΩΤΙΚΌ ΔΙΑΓΝΩΣΤΙΚΌ ΕΡΓΑΣΤΉΡΙΟ ΜΟΡΙΑΚΉΣ ΚΑΙ ΚΥΤΤΑΡΟΓΕΝΕΤΙΚΉΣ ΑΝΆΛΥΣΗΣ ΚΑΤΆΛΟΓΟΣ ΑΝΑΛΎΣΕΩΝ 2016

2 ΠΕΡΙΕΧΟΜΕΝΑ 1. Εταιρική ταυτότητα 4 2. Ποιοί είμαστε 6. Πιστοποιητικό Διαπίστευσης 9 4. Ευρωπαϊκά Διεργαστηριακά Δίκτυα Εξωτερικού Ελέγχου Ποιότητας 1. Μεταφορά Δειγμάτων Αναλύσεις ανά κατηγορία νοσημάτων 2 Αιματολογικές Νεοπλασίες 28 Χρόνια Μυελογενής λευχαιμία (ΧΜΛ) 28 ΜΥΝ εκτός ΧΜΛ 28 Μυελοδυσπλαστικά Σύνδρομα 29 Οξεία Μυελογενής Λευχαιμία 29 Οξεία Λεμφοβλαστική Λευχαιμία Β κυττάρων 0 Χρόνια Λεμφοκυτταρική Λευχαιμία 1 Λευχαιμία Τριχωτών Κυττάρων 1 Πολλαπλούν Μυέλωμα & Σχετιζόμενοι Νόσοι 1 Waldenstrom/IgM-MGUS 2 Λεμφώματα Β Κυττάρων 2 Λεμφώματα Τ κυττάρων Κλωνικότητα Β & Τ Συμπαγείς όγκοι Πνεύμονα Σιελογόνων αδένων Γαστρεντερικού συστήματος 4 Μαστού / Ωοθηκών 4 Τραχήλου της μήτρας Ενδομητρίου Προστάτη Ουροδόχου κύστεως Νεφρών 1

3 2

4 Θυροειδούς Κεφαλής / Τραχήλου Δέρματος 6 Νευρογενείς 6 Όγκοι μαλακών μορίων 6 Λιποματώδεις 6 Ινοβλαστικοί / Μυοϊνοβλαστικοί Αδιευκρίνιστης διαφοροποίησης Όγκοι των οστών 8 Στρογγυλοκυτταρικοί Φαρμακογενετική 9 Μοριακή μικροβιολογία 40 Ανίχνευση ιών 40 Ανίχνευση βακτηρίων 41 Ανίχνευση παρασίτων-μυκήτων 42 Προγεννητικός-Μεταγεννητικός έλεγχος- Γενετικά νοσήματα 4 Προγεννητικός έλεγχος 4 Γενετική διερεύνηση ανδρικής υπογονιμότητας 4 Γενετική διερεύνηση γυναικείας υπογονιμότητας 4 Μοριακή ανάλυση σπανίων κληρονομούμενων νοσημάτων (εκτός νεοπλασματικών) 44 Αιμοχρωμάτωση 44 Θρομβοφιλία 4 Γενετική προδιάθεση 4 Διάφορες αναλύσεις 46. Επεξηγήσεις εικονιδίων 4 8. Κατάλογος αναλύσεων αλφαβητικά 48

5 ΕΤΑΙΡΙΚΗ ΤΑΥΤΟΤΗΤΑ ΤΟ ΟΡΑΜΑ Η BιοΑναλυτική-ΓενόΤυπος Α.Ε. δημιουργήθηκε το 200 για να δώσει υπόσταση στην έννοια της αξιόπιστης και κλινικά χρήσιμης γενετικής ανάλυσης, μετατρέποντας επιτεύγματα της σύγχρονης έρευνας στη Γενετική του ανθρώπου σε χρήσιμα εργαστηριακά εργαλεία στην Αιματολογία Ογκολογία, και σε άλλα βιοϊατρικά πεδία. Ο ΣΤΟΧΟΣ Στόχος των ανθρώπων της BιοΑναλυτική-ΓενόΤυπος Α.Ε. υπήρξε και παραμένει Η κάλυψη των σύγχρονων αναγκών για εξειδικευμένες γενετικές αναλύσεις υψηλής ποιότητας, με συνέπεια στον χρόνο παράδοσης των αποτελεσμάτων και όσο το δυνατόν γρηγορότερη αξιοποίηση τους για τον τελικό αποδέκτη, που είναι ο ασθενής. Η καθιέρωση νέων διαγνωστικών και προγνωστικών αναλύσεων αλλά και ο προσδιορισμός νέων θεραπευτικών στόχων, σε συνεργασία με ελληνικές και ευρωπαϊκές ακαδημαϊκές ομάδες. ΟΙ ΑΡΧΕΣ Η επιτυχημένη διαδρομή της BιοΑναλυτική-ΓενόΤυπος Α.Ε από το όραμα στη δημιουργία ενός εργαστηρίου γενετικής διεθνών προδιαγραφών, οφείλεται πρώτα από όλα, στις αξίες που διέπουν τους ανθρώπους της: αίσθηση ευθύνης τήρηση των αρχών ηθικής και δεοντολογίας πίστη και εμμονή στην ποιότητα συνεχής αναζήτηση νέας γνώσης Στην επιτυχημένη πορεία της σε ένα ανταγωνιστικό περιβάλλον, συνέβαλαν και συμβάλλουν δυναμικά οι κλινικοί γιατροί που επιλέγουν τις υπηρεσίες της γιατί γνωρίζουν την σημασία της αξιόπιστης γενετικής ανάλυσης στην άσκηση σύγχρονης ιατρικής και έχουν ως μοναδικό γνώμονα το καλύτερο δυνατόν για τους ασθενείς τους. 4

6 Η ΔΙΑΦΟΡΟΠΟΙΗΣΗ Η ηγετική θέση της BιοΑναλυτική-ΓενόΤυπος Α.Ε., στο χώρο της παροχής υπηρεσιών εργαστηριακής γενετικής ανάλυσης και έρευνας, στηρίζεται: στην εξειδικευμένη γνώση και την πολύχρονη εμπειρία στη διεθνή αναγνώριση των ανθρώπων της στην πολιτική ολικής ποιότητας που ακολουθεί στην τήρηση των πιο σύγχρονων διεθνών συστάσεων και προδιαγραφών, αλλά και στη συνδυασμένη κυτταρογενετική και μοριακή μεθοδολογική προσέγγιση των προς απάντηση βιολογικών ερωτημάτων σε κάθε νόσημα και για καθένα ασθενή στις αυστηρά προκαθορισμένες συνθήκες μεταφοράς των δειγμάτων στον σύγχρονο εξοπλισμό και στις διεθνών προδιαγραφών εγκαταστάσεις της αλλά και στη συνεχή εκπαίδευση των ανθρώπων της που αναβαθμίζει και ολοκληρώνει την εμπειρία, την αξιοπιστία και τη συνέπεια. ΤΟ ΑΠΟΤΕΛΕΣΜΑ Η BιοΑναλυτική-ΓενόΤυπος Α.Ε. είναι το πρώτο εργαστήριο γενετικής στην Ελλάδα, που πήρε πιστοποιητικό του Εθνικού Συστήματος Διαπίστευσης (ΕΣΥΔ) βάση των απαιτήσεων του διεθνούς προτύπου ISO Σχεδιάζει και υλοποιεί προγράμματα εφαρμοσμένης έρευνας, Προσφέρει αξιόπιστες υπηρεσίες γενετικής ανάλυσης, που ανταποκρίνονται δημιουργικά τόσο στις σύγχρονες απαιτήσεις όσο και στις ανάγκες και τις προσδοκίες του αύριο. Το εργαστήριο της ΒιοΑναλυτική-ΓενόΤυπος Α.Ε. διαθέτει άριστη υλικοτεχνική υποδομή και υπερσύγχρονο εργαστηριακό εξοπλισμό, πιστοποιημένο για διαγνωστική χρήση. Στεγάζεται σε έναν ειδικά διαμορφωμένο χώρο 00 τ.μ., στην οδό Ιλισσίων -. Λειτουργεί καθημερινά από 08:00 μέχρι 20:00, πλην Σαββάτου και Κυριακής (εκτός από περιπτώσεις επειγόντων περιστατικών). Τηλέφωνο επικοινωνίας: , fax: Για επείγοντα περιστατικά:

7 ΠΟΙΟΙ ΕΙΜΑΣΤΕ Δημήτριος Χρήστου ΔΙΕΥΘΎΝΩΝ ΣΎΜΒΟΥΛΟΣ Αριστέα Συμεωνίδου ΕΠΙΣΤΗΜΟΝΙΚΆ ΥΠΕΎΘΥΝΗ Βιοπαθολόγος Γεωργία Μπάρδη ΥΠΕΎΘΥΝΗ ΚΥΤΤΑΡΟΓΕΝΕΤΙΚΉΣ Αν. Καθηγήτρια Πειρ. Κλινικής Γενετικής, Ιατρική Σχολή Πανεπιστημίου Lund, Σουηδία Παντελής Κωνσταντουλάκης ΥΠΕΎΘΥΝΟΣ ΜΟΡΙΑΚΉΣ ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΊΑΣ - ΜΟΡΙΑΚΉΣ ΓΕΝΕΤΙΚΉΣ PhD, Mοριακός Βιολόγος Γενετιστής, Πανεπιστήμιο Αθηνών και University of Washington, Seattle, USA Αντιγόνη Κουσκούτη ΥΠΕΎΘΥΝΗ MARKETING ΚΑΙ ΠΩΛΉΣΕΩΝ, ΕΜΠΟΡΙΚΌ ΤΜΉΜΑ MSc, PhD, Mοριακός Βιολόγος, Ίδρυμα Τεχνολογίας & Έρευνας, Πανεπιστήμιο Κρήτης Δήμητρα Τσακαλία ΥΠΕΎΘΥΝΗ ΜΟΡΙΑΚΉΣ ΔΙΕΡΕΎΝΗΣΗΣ ΗΠΑΤΊΤΙΔΑΣ PhD, Mοριακός Βιολόγος, Διδάκτωρ Ιατρικής Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών Δέσποινα Ιακωβάκη ΥΠΕΎΘΥΝΗ ΠΟΙΌΤΗΤΑΣ ΚΥΤΤΑΡΟΓΕΝΕΤΊΣΤΡΙΑ, ΤΜΉΜΑ ΚΥΤΤΑΡΟΓΕΝΕΤΙΚΉΣ MSc, Μοριακή Ερευνα Επιστημών Υγείας, Πανεπιστήμιο «King s College», Λονδίνο, Ηνωμένο Βασίλειο Ευγενία Γουργουβέλη ΚΥΤΤΑΡΟΓΕΝΕΤΊΣΤΡΙΑ, ΤΜΉΜΑ ΚΥΤΤΑΡΟΓΕΝΕΤΙΚΉΣ MSc, Κλινική Γενετική, Επιστήμη ΒιοΙατρικών Εργαστηρίων, Ινστιτούτο «Karolinska», Σουηδία 6

8 Στυλιανός Βέντης ΜΟΡΙΑΚΌΣ ΒΙΟΛΌΓΟΣ, ΤΜΉΜΑ ΜΟΡΙΑΚΉΣ ΓΕΝΕΤΙΚΉΣ MSc, Μοριακή Βιολογία και Παθολογία ιών, «Imperial College», Λονδίνο, Ηνωμένο Βασίλειο Ευάγγελος Αλεξιάδης ΜΟΡΙΑΚΌΣ ΒΙΟΛΌΓΟΣ, ΤΜΉΜΑ ΜΟΡΙΑΚΉΣ ΓΕΝΕΤΙΚΉΣ MSc, Μοριακή Βιολογία, Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών Παύλος Πολλάκης ΒΙΟΛΌΓΟΣ, ΤΜΉΜΑ ΚΥΤΤΑΡΟΓΕΝΕΤΙΚΉΣ MLs, Τμήμα Τεχνολογίας Ιατρικών Εργαστηρίων, ΤΕΙ Αθήνας BSc, Βιολογικές επιστήμες, Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών Σταυρούλα Σαμαρά ΜΟΡΙΑΚΌΣ ΒΙΟΛΌΓΟΣ, ΤΜΉΜΑ ΜΟΡΙΑΚΉΣ ΓΕΝΕΤΙΚΉΣ PhD, Μοριακή Βιολογία, Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας Ευρυδίκη Μπουκάκη ΜΟΡΙΑΚΌΣ ΒΙΟΛΌΓΟΣ, ΤΜΉΜΑ ΚΥΤΤΑΡΟΓΕΝΕΤΙΚΉΣ MSc, Molecular Medicine, University College London PhD, Εθνικό Μετσόβειο Πολυτεχνείο Ελένη Κατσώνη ΒΙΟΛΌΓΟΣ, ΤΜΉΜΑ ΜΟΡΙΑΚΉΣ ΓΕΝΕΤΙΚΉΣ BSc, Πανεπιστήμιο Ηρακλείου Κρήτης Γεώργιος Δημόπουλος ΤΕΧΝΟΛΌΓΟΣ, ΤΜΉΜΑ ΚΥΤΤΑΡΟΓΕΝΕΤΙΚΉΣ MLs, Τμήμα Τεχνολογίας Ιατρικών Εργαστηρίων, ΤΕΙ Αθήνας Θωμάς Παππάς ΤΕΧΝΟΛΌΓΟΣ, ΤΜΉΜΑ ΚΥΤΤΑΡΟΓΕΝΕΤΙΚΉΣ MLs, Τμήμα Τεχνολογίας Ιατρικών Εργαστηρίων, ΤΕΙ Αθήνας Παναγιώτης Κορρός ΤΕΧΝΟΛΌΓΟΣ, ΤΜΉΜΑ ΚΥΤΤΑΡΟΓΕΝΕΤΙΚΉΣ MLs, Τμήμα Τεχνολογίας Ιατρικών Εργαστηρίων, ΤΕΙ Αθήνας

9 Πελαγία Σταυρουλάκη ΤΕΧΝΟΛΌΓΟΣ, ΤΜΉΜΑ ΚΥΤΤΑΡΟΓΕΝΕΤΙΚΉΣ MLs, Τμήμα Τεχνολογίας Ιατρικών Εργαστηρίων, ΤΕΙ Αθήνας Νικολέτα Στεφανοπούλου ΠΑΡΑΣΚΕΥΑΣΤΡΙΑ, ΤΜΉΜΑ ΠΑΡΑΛΑΒΉΣ ΚΑΙ ΚΑΤΑΧΏΡΗΣΗΣ ΔΕΙΓΜΆΤΩΝ Πτυχίο ΙΕΚ, ΤΕΕ Πληροφορικής Δικτύων Η/Υ Νεφέλη Θάνου ΥΠΕΎΘΥΝΗ ΠΡΟΒΟΛΉΣ ΚΑΙ ΔΗΜΟΣΊΩΝ ΣΧΈΣΕΩΝ Β.A., Φιλοσοφική Σχολή, Τμήμα Φιλολογίας, Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών Ασημίνα Κουτσομπέλη ΥΠΕΎΘΥΝΗ ΓΡΑΜΜΑΤΕΊΑΣ Πτυχίο ΙΕΚ, Δίπλωμα σε Σπουδές Διοίκησης Μητροπολιτικό Πανεπιστήμιο Λονδίνου/BCA Αθήνα Σμάρω Κοκόση ΓΡΑΜΜΑΤΕΙΑΚΉ ΥΠΟΣΤΉΡΙΞΗ BSc, Σχολή Κοινωνιολογίας Πάντειο Πανεπιστήμιο Αθηνών Κλητεία Βάλα ΓΡΑΜΜΑΤΕΙΑΚΉ ΥΠΟΣΤΉΡΙΞΗ ΤΕΕ, Τεχνικός Η/Υ και Δικτύων Βασίλειος Θωμάς ΜΕΤΑΦΟΡΆ ΔΕΙΓΜΆΤΩΝ Απόφοιτος λυκείου 8

10 Εθνικό Σύστημα Διαπίστευσης Παράρτημα G1/10 του Πιστοποιητικού Αρ.0-4 ΕΠΙΣΗΜΟ ΠΕΔΙΟ ΕΦΑΡΜΟΓΗΣ της ΔΙΑΠΙΣΤΕΥΣΗΣ του Κλινικού Εργαστηρίου της «ΒιοΑναλυτική-ΓενόTυπος» Ανώνυμη Ιατρική Εταιρεία Ιδιωτικό Διαγνωστικό Εργαστήριο Μοριακής και Κυτταρογενετικής Ανάλυσης Υλικά/Προϊόντα υποβαλλόμενα σε δοκιμή Τύποι δοκιμών/ Μετρούμενες ιδιότητες Κυτταρογενετική Εφαρμοζόμενες μέθοδοι/ Χρησιμοποιούμενες τεχνικές 1. Περιφερικό Αίμα 1. Καρυότυπος /Ανίχνευση συγγενών χρωμοσωμικών ανωμαλιών 2. Μυελός των Οστών, Περιφερικό Αίμα, Χειρουργική Βιοψία 1. Καρυότυπος / Ανίχνευση επίκτητων χρωμοσωμικών ανωμαλιών Μοριακή Γενετική Καλλιέργεια κυττάρων και καρυοτυπική ανάλυση (ECA General Guidelines and Quality Assurance for Cytogenetics 2012, for Acquired Cytogenetics, 201 και for Cytogenetic Investigations in Tumours, 2014) με το CytoVision (Applied Imaging)* 1. Μυελός των Οστών, Περιφερικό Αίμα 1. Παρουσία υβριδικών μεταγράφων: BCR/ABL, PML/RaRa Μέθοδος κατασκευαστή κιτ Invivoscribe*: Αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης «φωλιάς» (nested RT- PCR) στο GeneAmp PCR System 900 (Applied Biosystems) ή στο TC-12 (Techne) 9

11 Υλικά/Προϊόντα υποβαλλόμενα σε δοκιμή Τύποι δοκιμών/ Μετρούμενες ιδιότητες Εφαρμοζόμενες μέθοδοι/ Χρησιμοποιούμενες τεχνικές 2. Προσδιορισμός σημειακής In house εσωτερική μέθοδος μετάλλαξης V61F στο γονίδιο JAK 2 Amplification Refractory Mutation System (ARMS-PCR) στο GeneAmp PCR System 900 (Applied Biosystems)* ή στο TC-12 (Techne)* 2. Μυελός των Οστών, Περιφερικό Αίμα, Χειρουργική Βιοψία. Προσδιορισμός μεταλλάξεων ITD και D8 στογονίδιο FLT 1. Ανακατατάξεις σε γενωμικές αλληλουχίες: IgH, TCR, IgH/BCL2 Μέθοδος κατασκευαστή κιτ Invivoscribe* : PCR και πέψη με περιοριστική ενδονουκλεάση στο GeneAmp PCR System 900 (Applied Biosystems) ή στο TC-12 (Techne)* Μέθοδος κατασκευαστή κιτ Invivoscribe* : Αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης (PCR) στο GeneAmp PCR System 900 (Applied Biosystems) ή στο TC-12 (Techne)* 2. Ποσοτικός προσδιορισμός μεταγράφων: BCR-ABL-p210, BCR- ABL-p190, PML/RaRa, TEL-AML1, WT1 Μέθοδος κατασκευαστή kit Ipsogen* (BCR-ABL Mbcr, BCR-ABL mbcr, PML/RaRa, TEL-AML1, WT1FusionQuant Kits) με την τεχνική στο θερμικό κυκλοποιητή Light Cycler 2.0 (Roche) και Rotorgene. Προϊόντα PCR, πλασμίδια 1. Προσδιορισμός αλληλουχίας DNA Ανάγνωση αλληλουχίας DNA με Dye terminator cycle sequencing στο CEQ 8000 Genetic Analysis (Beckman Coulter)* 4. Τομή ιστού εγκλεισμένου σε Παραφίνη (ΤΠ), Χειρουργική Βιοψία (ΧΒ) 1. Ανίχνευση των μεταλλάξεων G19S/C/A (εξώνιο 18), ελλείψεων (εξώνιο 19), T90M & S68I (εξώνιο 20), L88R & L861Q/R (εξώνιο 21) του γονιδίου EGFR και στα κωδικόνια 12 και 1 (εξώνιο 2) των γονιδίων K- RAS και Ν-RAS Μέθοδος κατασκευαστή kit QIAGEN*: DNA Pyrosequencing στο PyroMark Q24 (QIAGEN). Χειρουργική Βιοψία (ΧΒ), Κολπικά Επιχρίσματα (ΚΕ) 1. Ανίχνευση και τυποποίηση του ιού Μέθοδος κατασκευαστή kit Genomica*: ανθρωπίνων θηλωμάτων (HPV) [49 Αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης, τύποι: 6, 11, 16, 18, 26, 1,, 4,, (PCR) στο PCR ABI GeneAmp 900 ή 9, 40, 42, 4, 44, 4, 1, 2,, 4, PCR TC-12 (Techne), υβριδισμός στο 6, 8, 9, 61, 62, 64, 66, 6, 68, 69, Thermomixer (Eppendorf) και ανάλυση 0, 1, 2,, 4, 81, 82, 8, 84, 8, μικροσυστοιχιών (DNA microarrays) 86, 8, 89, 9, 101, 102, 10, 106, στο Clinical Array Reader (Genomica) 10, 11] 10

12 Υλικά/Προϊόντα υποβαλλόμενα σε δοκιμή Τύποι δοκιμών/ Μετρούμενες ιδιότητες Μοριακή Κυτταρογενετική Εφαρμοζόμενες μέθοδοι/ Χρησιμοποιούμενες τεχνικές 1. Μυελός των Οστών, Περιφερικό Αίμα 2. Μυελός των Οστών, Περιφερικό Αίμα, Διαχωρισμένα Πλασματοκύτταρα, Οστεομυελική Βιοψία. Περιφερικό Αίμα, Μυελός των Οστών, Χειρουργική Βιοψία, Διαχωρισμένα Πλασματοκύτταρα, Οστεομυελική Βιοψία, Τομή ιστού εγκλεισμένου σε Παραφίνη 1. Ανίχνευση ανευπλοειδειών φυλετικών/αυτοσωμικών χρωμοσωμάτων 1. Ανίχνευση υβριδικών γονιδίων [BCR-ABL, ETO(CBFA2T1)- AML1(RUNX1 or CBFA2), IgH- CCND1(BCL1), IgH- FGFR(MMSET), IgH-c-maf, IgH- BCL2, API2/MALT1] 1. Μεταθέσεις γονιδίων [IgH, MLL, RARa, CBFb, ALK, EWSR1, FKHR, CHOP, SYT, ETV6(TEL), FIP1+PDGFRA, C-MYC] 2. Χρωμοσωμικές/γονιδιακές ελλείψεις [/q, /q, 1q14., 1q14./1q4, 20q12, P] In situ υβριδοποίηση με DNA ιχνηθέτες ειδικών ή επαναλαμβανόμενων αλληλουχιών (ECA General Guidelines and Quality Assurance for Cytogenetics 2012, for Acquired Cytogenetics, 201 και for Cytogenetic Investigations in Tumours 2014) για τον εντοπισμό νουκλεοτιδικών αλληλουχιών σε μεσοφασικούς πυρήνες και μεταφάσεις με το CytoVision (Applied Imaging)* και το Vysis HYBrite (Abbott Diagnostics)* 4. Χειρουργική Βιοψία, Τομή 1. Γονιδιακή ενίσχυση [Her-2 neu ιστού εγκλεισμένου σε (ΕRΒΒ2), EGFR, N-MYC, 1q21 Παραφίνη, Μυελός των Οστών. Ούρα 1. Ανευπλοειδείες,,1 και 9p21 * Η αναφορά της εμπορικής ονομασίας του αναλυτή/kit παραπέμπει σε συγκεκριμένη αναλυτική μέθοδο και ανάλογο πρωτόκολλο εργασίας Τόπος αξιολόγησης : Μόνιμες Εγκαταστάσεις, Ιλισίων -, 11 28, Αθήνα. Εξουσιοδοτημένοι υπεύθυνοι υπογραφής : Β. Αλεξιάδης, Σ. Βέντης, Ε. Γουργουβέλη, Δ. Ιακωβάκη, Z. Κοσμαΐδου- Αραβίδου, Π. Κωνσταντουλάκης, Θ. Τράγκα, Γ. Μπάρδη. Το παρόν Πεδίο Διαπίστευσης αντικαθιστά το αντίστοιχο προηγούμενο με ημερομηνία Το Πιστοποιητικό Διαπίστευσης με Αρ. 0-4, κατά ΕΛΟΤ ΕΝ ISO 1189:2012, ισχύει μέχρι την Αθήνα, 10 Ιουλίου 201 Ι. Σιταράς Διευθυντής Διεύθυνσης Διαπίστευσης Εργαστηρίων 11

13 12

14 ΕΥΡΩΠΑΪΚΑ ΔΙΕΡΓΑΣΤΗΡΙΑΚΑ ΔΙΚΤΥΑ ΕΞΩΤΕΡΙΚΟΥ ΕΛΕΓΧΟΥ ΠΟΙΟΤΗΤΑΣ Η ΣΥΜΜΕΤΟΧΉ ΣΕ ΔΊΚΤΥΑ ΕΞΩΤΕΡΙΚΟΎ ΕΛΈΓΧΟΥ ΠΟΙΌΤΗΤΑΣ ΕΞΑΣΦΑΛΊΖΕΙ ΤΗΝ ΑΞΙΟΠΙΣΤΊΑ ΤΩΝ ΑΠΟΤΕΛΕΣΜΆΤΩΝ 1

15 14

16 1

17 16

18 1

19 18

20 19

21 20

22 21

23 22

24 2

25 24

26 2

27 ΜΕΤΑΦΟΡΑ ΔΕΙΓΜΑΤΩΝ H παραλαβή των βιολογικών δειγμάτων και η μεταφορά τους στο εργαστήριο της ΒιοΑναλυτική-ΓενόΤυπος Α.Ε. γίνεται: Eντός Αττικής από τους συνεργάτες μας, σύμφωνα με τις οδηγίες του εργαστηρίου για κάθε κατηγορία ανάλυσης και περιλαμβάνεται στο κόστος της εξέτασης. Εκτός Αττικής και σε πόλεις όπου δεν υπάρχει συνεργάτης της ΒιοΑναλυτική-ΓενόΤυπος Α.Ε., τα δείγματα αποστέλλονται σε ειδικές συσκευασίες, οι οποίες παρέχονται από το εργαστήριο κατόπιν συννενοήσεως με χρέωση του αποστολέα. 26

28 ΑΝΑΛΥΣΕΙΣ ΑΝΑ ΚΑΤΗΓΟΡΙΑ ΝΟΣΗΜΑΤΩΝ 2

29 ΑΙΜΑΤΟΛΟΓΙΚΕΣ ΝΕΟΠΛΑΣΙΕΣ Καρυότυπος Μυελός των Οστών (M.Ο.) Χιμαιρισμός ΧΧ/XY (μετά από αλλογενή μεταμόσχευση μυελού) ΧΡΟΝΙΑ ΜΥΕΛΟΓΕΝΗΣ ΛΕΥΧΑΙΜΙΑ (ΧΜΛ) BCR-ABL1 ανίχνευση (p210 & p190) t(9;22)(q4;q11) / BCR-ABL1 ανίχνευση BCR-ABL1 ποσοτικοποίηση ABL1 Μεταλλάξεις- Ανθεκτικότητα σε ΤΚΙ Τρισωμία 8 Ισοχρωμόσωμα 1q Τρισωμία 19 Συνδυασμοί Αναλύσεων ΧΜΛ Α: Καρυότυπος Μ.Ο. & BCR-ABL1 ποσοτικοποίηση Β: BCR-ABL1 ποσοτικοποίηση & BCR-ABL Μεταλλάξεις Γ: Τρισωμία 8, Ισοχρωμόσωμα 1, Τρισωμία 19 Δ: Καρυότυπος Μ.Ο. & BCR-ABL1 ποσοτικοποίηση, BCR-ABL1 Μεταλλάξεις- Ανθεκτικότητα σε ΤΚΙ ΜΥΝ εκτός ΧΜΛ BCR-ABL1 ανίχνευση (p210 & p190) JAK2 (V61F) JAK2 Εξώνιο 12 CALR Εξώνιο 9 MPL (W1) c-κιτ (D816V) FIP1L1-PDGFRA /4q12 PDGFRB /t(;?)(q;?) FGFR1 /(8p11-12) Συνδυασμοί Αναλύσεων MYN Α: Αληθής Πολυκυτταραιμία (PV): BCR-ABL1 ανίχνευση, JAK2 (V61F), JAK2 Εξώνιο 12 Β: Ιδιοπαθής θρομβοκυτταραιμία (ΕΤ): BCR-ABL1 ανίχνευση, JAK2 (V61F), CALR, MPL (W1) Γ: Πρωτοπαθής Μυελοΐνωση (PMF): JAK2 (V61F), CALR, MPL (W1) Δ: - Χρόνια Ηωσινοφιλική Λευχαιμία (CEL): FIP1L1-PDGFRA, PDGFRΒ, FGFR1, c-κιτ (D816V), CBFB/inv(16) 28

30 Ε: Καρυότυπος, BCR-ABL1 ανίχνευση, JAK2 (V61F) Ζ: Καρυότυπος, BCR-ABL1 ανίχνευση, JAK2 (V61F), FIP1L1-PDGFRA, PDGFRB, FGFR1 ΜΥΕΛΟΔΥΣΠΛΑΣΤΙΚΑ ΣΥΝΔΡΟΜΑ -/q- -/q- 20q- 1p έλλειψη /TP Τρισωμία 8 Συνδυασμοί Αναλύσεων MΔΣ Α: /q-, /q- Β: /q-, /q-,τρισωμία 8 Γ: /q-, /q-, τρισωμία 8, TP Δ: /q-, /q-, τρισωμία 8, TP, 20q- Ε: Καρυότυπος, /q- Ζ: Καρυότυπος, /q-, 20q- Η: Καρυότυπος, /q-, 20q-, /q Θ: Καρυότυπος, /q-, 20q-, /q-, τρισωμία 8 Ι: Καρυότυπος, /q-, 20q-, /q-, τρισωμία 8, TP ΟΞΕΙΑ ΜΥΕΛΟΓΕΝΗΣ ΛΕΥΧΑΙΜΙΑ PML/RARa ανίχνευση (bcr1, bcr2, bcr) t(1;1)(q22;q21) PML/RARa bcr1 ποσοτικό PML/RARa bcr2 ποσοτικό PML/RARa bcr ποσοτικό RARa/ 1q21 (όλες οι ανακατατάξεις) RUNX1-RUNX1T1 / t(8;21)(q22;q22) [ETO(CBFA2T1)-AML1(CBFA2)] RUNX1-RUNX1T1 ποσοτικοποίηση/ t(8;21)(q22;q22) CBFB-MYH11 / inv(16)(p1q22) ή t(16;16)(p1;q22) KMT2A (MLL) (11q2) (όλες οι ανακατατάξεις) EVI1 (MECOM) /q26/ (όλες οι ανακατατάξεις) CEBPA μεταλλάξεις FLT (ITD, D8) NPM1 μεταλλάξεις Τρισωμία 8 WT1 ποσοτικοποίηση c-kit ex8, ex1 29

31 Συνδυασμοί Αναλύσεων ΟΜΛ Α: FLT(ITD, D8), NPM1 Β: Καρυότυπος, RARa/1q21 (όλες οι ανακατατάξεις) Γ: Καρυότυπος, PML-RARa ανίχνευση (bcr1, bcr2, bcr) Δ: Καρυότυπος, RUNX1-RUNX1T1 (AML1-ETO) Ε: Καρυότυπος, CBFΒ-MYH11/inv(16)(p1q22) ή t(16;16)(p1;q22) Ζ: PML-RARa, CBFΒ/inv16, KMT2A (MLL) Η: RARa, CBFΒ/inv16, KMT2A (MLL) Θ: RARa, CBFΒ/inv16, KMT2A (MLL), RUNX1-RUNX1T1 (AML1-ETO) Ι: PML-RARa, CBFΒ/inv16, KMT2A (MLL), RUNX1-RUNX1T1 (AML1- ETO) ΟΞΕΙΑ ΛΕΜΦΟΒΛΑΣΤΙΚΗ ΛΕΥΧΑΙΜΙΑ Β κυττάρων KMT2A (MLL) (11q2), (όλες οι ανακατατάξεις) BCR-ABL t(9;22)(q4;q11) ETV6 (TEL) t(12;?)(p1;?) (όλες οι ανακατατάξεις) p16 (CDKN2a)/ del(9p21)/cep 9 c-myc t(8q24) (όλες οι ανακατατάξεις) TEL/AML1 ποσοτικοποίηση t(12;21)(p1;q22) BCR-ABL ανίχνευση (p210 & p190) ABL μεταλλάξεις IKZF1, IKAROS ελλείψεις και μεταλλάξεις Συνδυασμοί Αναλύσεων ΟΛΛ Α: BCR-ABL ανίχνευση (p210 & p190), ETV6 (TEL)(12;?)(p1;?) (όλες οι ανακατατάξεις), KMT2A (MLL) ανακατατάξεις t(11;?)(q2;?), (όλες οι ανακατατάξεις) Β: Καρυότυπος, BCR-ABL t(9;22)(q4;q11)ποσοτικοποίηση Γ: Καρυότυπος, BCR-ABL ανίχνευση (p210 & p190) Δ: Καρυότυπος, TEL-AML1 ποσοτικοποίηση t(12;21)(p1;q22) Ε: Καρυότυπος, KMT2A (MLL) ανακατατάξεις t(11;?)(q2;?), (όλες οι ανακατατάξεις) Ζ: BCR-ABL ανίχνευση (p210 & p190), TEL/AML1 ποσοτικοποίηση t(12;21)(p1;q22), KMT2A (MLL) t(11;?)(q2;?) (όλες οι ανακατατάξεις) Η: BCR-ABL ανίχνευση (p210 & p190), TEL/AML1 ποσοτικοποίηση t(12;21)(p1;q22), KMT2A (MLL) t(11;?)(q2;?) (όλες οι ανακατατάξεις) c-myc t(8q24) (όλες οι ανακατατάξεις) Θ: Καρυότυπος, BCR-ABL ανίχνευση (p210 & p190), TEL/AML1 ποσοτικοποίηση t(12;21)(p1;q22), KMT2A (MLL) t(11;?)(q2;?), (όλες οι ανακατατάξεις) 0

32 ΧΡΟΝΙΑ ΛΕΜΦΟΚΥΤΤΑΡΙΚΗ ΛΕΥΧΑΙΜΙΑ Υπερμεταλλάξεις IgVH TP (1p έλλειψη) TP σωματικές μεταλλάξεις ATM (11q έλλειψη) 1q-/ LAMP1 Τρισωμία 12 SEC6 (6q έλλειψη) CCND1(BCL1)-IGH/ t(11;14)(q1;q2) Συνδυασμοί Αναλύσεων ΧΛΛ Α: TP, ATM Β: del(1q)(14.), ATM, P, τρισωμία 12, 6q-, NOTCH1, SFB1 Γ: IgVH Υπερμεταλλάξεις, del(1q)(14.), ATM, TP, τρισωμία 12, 6q-, NOTCH1, SFB1 Δ: Kαρυότυπος και P, ATM Ε: Kαρυότυπος και del(1q)(14.), ATM, TP, τρισωμία 12, 6q-, NOTCH1, SFB1 Ζ: BCL1-IH(CCND1-IgH) /t(11;14), IgH-BCL2/ t(14;18) Η: del(1q)(14.), ATM, TP, CEP12 Θ: IgVH Υπερμεταλλάξεις, del(1q)(14.), ATM, TP, CEP12, t(11;14) ΛΕΥΧΑΙΜΙΑ ΤΡΙΧΩΤΩΝ ΚΥΤΤΑΡΩΝ BRAF V600E- Υπερμεταλλάξεις IgVH ΠΟΛΛΑΠΛΟΥΝ ΜΥΕΛΩΜΑ & ΣΧΕΤΙΖΟΜΕΝΟΙ ΝΟΣΟΙ FGFR -IGH / t(4;14)(p16;q2) IGH-c-MAF / t(14;16)(q2;q2) ΙGH-MAFB/ t(14;20)(q2;q12) CCND1(BCL1)-IGH /t(11;14)(q1q2) IGH/CCND /t(6;14)(p21;q2) IGH (14q2) (όλες οι ανακατατάξεις) c-myc (8q24) (όλες οι ανακατατάξεις) TP /del(1)(p1.1) amp 1q21 del(1)(q14) Τρισωμίες, 9 και 1 1

33 Συνδυασμοί Αναλύσεων ΠΜ Α: TP, IGH-FGFR Β: del1q14, TP, IGH-FGFR Γ: del1q14, TP, IGH-FGFR, IGH-cMAF Δ: 1q, TP, IGH-FGFR, IGH-cMAF, 1q21 Ε: del1q14, TP, IGH-FGFR, IGH-cMAF, IGH-CCND1 Ζ: Καρυότυπος, (1) σε πλασματοκύτταρα Η: Καρυότυπος, (2) σε πλασματοκύτταρα Θ: Καρυότυπος, del1q14, TP, IGH-FGFR Ι: Καρυότυπος, (4) σε πλασματοκύτταρα Κ: Καρυότυπος, del1q14, TP, IGH-FGFR, IGH-cMAF, IGH-CCND1 WALDENSTROM/ IgM-MGUS BCL6/q2 (όλες οι ανακατατάξεις) c-myc t(8q24) (όλες οι ανακατατάξεις) del(1q)(14.) 6q2 / MYB ATM (11q22.) TP (1p έλλειψη) MYD88 L26P ΛΕΜΦΩΜΑΤΑ Β ΚΥΤΤΑΡΩΝ BCL6/q2: Διάχυτο λέμφωμα από μεγάλα Β κύτταρα C-MYC (8q24) : Λέμφωμα Burkitt IGH-MYC / t(8;14)(q24;q2): Λέμφωμα Burkitt, Διάχυτο λέμφωμα από μεγάλα Β κύτταρα CCND1(BCL1)-IGH /t(11;14)(q1q2): Λέμφωμα από κύτταρα του μανδύα IGH-BCL2, t(14;18)(q2;q21): Οζώδες λέμφωμα API2(BIRC)/MALT1,t(11;18)(q21;q21): Λέμφωμα οριακής ζώνης (MALT) IGH-MALT1, t(14;18)(q2;q21): Λέμφωμα οριακής ζώνης (MALT) Έλλειψη q21: Σπληνικό Λέμφωμα Οριακής Ζώνης-MZL Τρισωμία : Σπληνικό Λέμφωμα Οριακής Ζώνης-MZL Aπώλεια TP: Σπληνικό Λέμφωμα Οριακής Ζώνης-MZL MYD88 L26P: Λεμφοπλασματοκυτταρικό λέμφωμα Συνδυασμοί Αναλύσεων Α: Καρυότυπος & C-MYC(8q24) Β: IGH-BCL1, IGH-BCL2, BCL6(q2) Γ: IGH-BCL2 & καρυότυπος 2

34 ΛΕΜΦΩΜΑΤΑ T ΚΥΤΤΑΡΩΝ /q-/i(q) Τρισωμία 8 ALK (2p2) (όλες οι ανακατατάξεις) KMT2A (MLL) (11q2) (όλες οι ανακατατάξεις) CDKN2A (P16)/CEN9, -9/9p-/+9 IGH (14q2) (όλες οι ανακατατάξεις) ΚΛΩΝΙΚΟΤΗΤΑ Β ΚΑΙ Τ IGH κλωνικότητα TCR (α/δ & γ κλωνικότητα) ΣΥΜΠΑΓΕΙΣ ΟΓΚΟΙ Καρυότυπος συμπαγούς όγκου ΠΝΕΥΜΟΝΑ EGFR μεταλλάξεις (hot spots): G19S/C/A (ex18), ex19 deletions, T90M & S68I (ex20), L88R & L861Q/R (ex21) EGFR μεταλλάξεις: εξώνια με NGS ALK (2p2) (όλες οι ανακατατάξεις) ROS1 (6q22.1) (όλες οι ανακατατάξεις) RET (10q11) (όλες οι ανακατατάξεις) MET Amplification (q1) HER-2 neu (ΕRΒΒ2), amp(1)(q11) MET Μεταλλάξεις skipping του Εξώνιου 14 BRAF μεταλλάξεις V600E/K, c.199t>a FGFR1 Amplification (8p11) KRAS, NRAS, BRAF (NGS) ΣΙΕΛΟΓΟΝΩΝ ΑΔΕΝΩΝ Βλεννοεπιδερμοειδές καρκίνωμα t(11;19)(q21;p1.1) MAML2/CRTC1

35 ΓΑΣΤΡΕΝΤΕΡΙΚΟY ΣΥΣΤΗΜΑΤΟΣ Καρκίνος παχέος εντέρου και ορθού KRAS, NRAS, BRAF (NGS) UGT1A1 Μικροδορυφορική αστάθεια (MSI) Κληρονομούμενος μη πολυποδιακός καρκίνος του παχέος εντέρου και του ορθού (HNPCC) Σύνδρομο Lynch Μικροδορυφορική αστάθεια (MSI) MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, EPCAM/TACSTD1 - NGS BRAF V600E/K Οικογενής Αδενοματώδης Πολυποδίαση (FAP) APC+MUTYH - NGS Γαστρικός καρκίνος HER-2 neu (ΕRΒΒ2), amp(1)(q11) CDH1 Μεταλλάξεις Οισοφάγος Barett s / οισοφαγικό αδενοκαρκίνωμα MYC(8q24), p16(9p21), HER-2 (1q12), ZNF21 (20q1) Στρωματικοί όγκοι του γαστρεντερικού συστήματος (GIST) c-kit, PDGFRA (NGS) Οικογενής Παγκρεατίτιδα Παγκρεατίτις γονίδια - NGS: PRSS1, SPINK1, CFTR, CTRC, CPA1 Παγκρεατίτις γονίδια - MLPA: PRSS1, SPINK1, CFTR Καρκίνος παγκρέατος PALB2 γονίδιο SMAD4 γονίδιο ΜΑΣΤΟΥ / ΩΟΘΗΚΩΝ Σωματικές μεταλλάξεις-φαρμακογενετική HER-2 neu (ΕRΒΒ2), amp(1)(q11) BRCA1&2 (Σωματικές μεταλλάξεις NGS) AKT1 μεταλλάξεις AKT1 ελλείψεις/διπλασιασμοί 4

36 Γενετική προδιάθεση για νεοπλάσματα μαστού και ωοθήκης BRCA1&2 (Μεταλλάξεις σε κύτταρα της γεννητικής σειράς NGS) Breast CA panel 26 γονίδια (NGS) TP σωματικές μεταλλάξεις -NGS TP ελλείψεις PTEN γονίδιο ΤΡΑΧΗΛΟΥ ΜΗΤΡΑΣ hterc amp()(q26), c-myc amp(8)(q24), CEP HPV Τυποποίηση & Γονοτύπιση ΕΝΔΟΜΗΤΡΙΟΥ Σάρκωμα JAZF1/SUZ12 t(;1)(p1;q21) ΠΡΟΣΤΑΤΗ PCA TMPRSS2-ERG (21q22.-21q22.2) ΟΥΡΟΔΟΧΟΥ ΚΥΣΤΕΩΣ UROVYSION (ανευπλοειδείες,, 1 και 9p21) ΝΕΦΡΩΝ Θηλώδη νεφροκυτταρικά καρκινώματα Τρισωμίες χρωμ. και 1 Νεφροκυτταρικά καρκινώματα TFE, Xp11.2 (όλες οι ανακαταττάξεις) t(x;1)(p11.2;q21) TFE ΘΥΡΟΕΙΔΟΥΣ BRAF (V600E/K) BRAF (όλο το γονίδιο NGS) RET μεταλλάξεις (Full Sequencing) ΚΕΦΑΛΗΣ/ΤΡΑΧΗΛΟΥ EGFR, amp()(p12)

37 ΔΕΡΜΑΤΟΣ Κακόηθες μελάνωμα BRAF V600E/K BRAF (όλο το γονίδιο NGS) NRAS (εξώνιο 2: κωδικόνια 12 /1) NRAS (όλες οι μεταλλάξεις NGS) c-κιτ ex 9, 11, 1, 1 c-κιτ (όλο το γονίδιο NGS) RREB1 (6p2), MYB (6q2), CEP6, CCND1 (11q1) ΝΕΥΡΟΓΕΝΕΙΣ Νευροβλάστωμα Ενίσχυση N-MYC/2p24 Έλλειψη 1p6 Έλλειψη 11q Περίσσεια 1q Συνδυασμοί Αναλύσεων N-MYC (2p24) ενίσχυση, έλλειψη 1p6, έλλειψη 11q, περίσσεια 1q Μυελοβλάστωμα i(1)(q10) Γλοίωμα / Ολιγοδενδρογλοίωμα 1p/19q deletion EGFR, amp()(p12) MGMT hypermethylation IDH1/2 Sequencing εξώνιο 4 ΟΓΚΟΙ ΜΑΛΑΚΩΝ ΜΟΡΙΩΝ ΛΙΠΟΜΑΤΩΔEIΣ ΟΓΚΟΙ Άτυποι λιποματώδεις όγκοι /Καλά διαφοροποιημένα λιποσαρκώματα 12q14-1 (MDM2) Μυξοειδές λιποσάρκωμα FUS-DD1T(CHOP) t(12;16)(q1;p11) 6

38 EWSR1-DD1T(CHOP) t(12;22)(q1;q12 DDIT(CHOP) /12q1, όλες οι ανακατατάξεις, t(12;16)(q1;p11), t(12;22)(q1;q12), t(12;20;22)(q1;q11;q12) ΙΝΟΒΛΑΣΤΙΚΟΙ/ΜΥΟΙΝΟΒΛΑΣΤΙΚΟΙ ΟΓΚΟΙ Δεσμοειδής ινωμάτωση (DTF) τρισωμία 8 τρισωμία 20 -q21 APC μεταλλάξεις Φλεγμονώδεις Μυοϊνοβλαστικοί όγκοι TPM-ALK t(1;2)(q2;p2) TPM4-ALK t(2;19)(p2;p1) CTLC-ALK t(2;1)(p2;q2) RANBP2-ALK t(2;2)(p2;q1) CARS-ALK t(2;11)(p2;p1) ATIC-ALK inv(2)(p2;q) Δερματοϊνοσάρκωμα protuberans / Γιγαντοκυτταρικό ινοβλάστωμα COL1A1-PDGFB, t(1;22)(q22;q1) Ινοσάρκωμα νεογνών / Συγγενές μεσοβλαστικό νέφρωμα ETV6-NTRK t(12;1)(p1;q2) Ινοµυξοειδές σάρκωµα χαμηλής διαφοροποίησης FUS-CREBL2 t(;16)(q;p11) FUS-CREBL1 t(11;16)(p11;p11) ΟΓΚΟΙ των ΓΡΑΜΜΩΤΩΝ ΜΥΙΚΩΝ ΙΝΩΝ Ραβδομυοσάρκωμα (κυψελιδικό) PAX-FOXO1(FKHR) /t(1;1)(p6;q14) PAX-FOXO1(FKHR) /t(2;1)(q;q14) ΟΓΚΟΙ ΑΔΙΕΥΚΡΙΝΙΣΤΗΣ ΔΙΑΦΟΡΟΠΟΙΗΣΗΣ Συνοβιακό Σάρκωμα SS18(SYT)-SSX1 SS18(SYT)-SSX2 SS18 (SYT) /18q11.2, όλες οι ανακατατάξεις, t(x;18)(p11.2;q11.2)

39 Δεσμοπλαστικοί μικροστρογγυλλοκυτταρικοί όγκοι EWSR1-WT1 t(11;22)(p1;q11-1) Διαυγοκυτταρικό σάρκωμα EWSR1 (22q12), όλες οι ανακατατάξεις Εξωσκελετικά Μυξοειδή χονδροσαρκώματα EWSR1 (22q12), όλες οι ανακατατάξεις EWSR1-NR4A t(9;22)(q22;q12) TAF2N-NR4A t(9;1)(q22;q11) TCF12-NR4A t(9;1)(q22;q21) TFG-NR4A t(;9)(q11;q22) Κυψελιδικό σάρκωμα μαλακών μορίων (ASPS) ASPL-TFE t(x;1)(p11;q2) Αγγειοματώδες ινώδες ιστιοκύτωμα EWSR1-ATF1 t(12;22)q(1;q12) EWSR1-CREB1 t(2;22)(q;q12) FUS-ATF1 t(12;16)(q1;p11) Εξωσκελετικοί μυοεπιθηλιακοί όγκοι EWSR1 (22q12), όλες οι ανακατατάξεις ΟΓΚΟΙ ΤΩΝ ΟΣΤΩΝ ΣΤΡΟΓΓΥΛOΚΥΤΤΑΡIΚΟΙ ΟΓΚΟΙ Σάρκωμα Ewing / Αρχέγονοι Νευροεξωδερμικοί όγκοι (μπλε μικροστρογγυλλοκυτταρικοί όγκοι) EWSR1 (22q12), όλες οι ανακατατάξεις EWSR1-FLI/ERG/ETV1 EWSR1-FLI/ERG EWSR1-FLI, t(11;22)(q24;q12) EWSR1-ERG, t(21;22)(q22;q12) EWSR1- ETV1 t(;22)(p22;q12) EWSR1-FEV t(2;22)(q-;q12) EWSR1-E1AF(ETV4) t(1;22)(q21;q12) EWSR1-ZSG(PATZ1) inv(22)(q12q12) FUS-ERG t(16;21)(p11;q22) 8

40 ΦΑΡΜΑΚΟΓΕΝΕΤΙΚΗ Ανθετικότητα στη -Fluoro-uracil (FU/DPD) Ανταπόκριση στο Afatinib (HER2/NEU) Ανταπόκριση στο Alectinib (ALK) Ανταπόκριση στο Arsenic Trioxide, PML/RARa (bcr1, bcr2, bcr) Ανταπόκριση στο Arsenic Trioxide, RARa/1q21 (όλες οι ανακατατάξεις) Ανταπόκριση στο Bosutinib (ABL) Ανταπόκριση στο Busulfan (Philadelphia, BCR-ABL) Ανταπόκριση στο Bosutinib (ABL) Ανταπόκριση στο Cabozantinib (RET) Ανταπόκριση στο Capecitabine (DPD) Ανταπόκριση στο Ceritinib (ALK) Ανταπόκριση στο Cetuximab (KRAS) Ανταπόκριση στο Cetuximab (EGFR) Ανταπόκριση στο Cobimetinib (BRAF) Ανταπόκριση στο Crizotinib (ALK) Ανταπόκριση στο Crizotinib (ROS1) Ανταπόκριση στο Crizotinib (MET) Ανταπόκριση στο Crizotinib (ALK/RET/ROS1) Ανταπόκριση στο Dabrafenib (BRAF) Ανταπόκριση στο Dasatinib (Philadelphia, BCR-ABL) Ανταπόκριση στο Erlotinib (EGFR) Ανταπόκριση στο Everolimus (HER2) Ανταπόκριση στο Gefitinib (EGFR) Ανταπόκριση στο Ibrutinib (TP) Ανταπόκριση στο Imatinib mesylate (ckit) Ανταπόκριση στο Imatinib mesylate (PDGFRA) Ανταπόκριση στο Irinotecan (UGT1A1) Ανταπόκριση στο Lenalidomide (q-) Ανταπόκριση στο Lapatinib (HER2/NEU) Ανταπόκριση στο Mercaptopurine (TPMT) Ανταπόκριση στο Nilotinib (Philadelphia, BCR-ABL) Ανταπόκριση στο Nilotinib (UGT1A1) Ανταπόκριση στο Olaparib (BRCA1/2) Ανταπόκριση στο Panitumumab (KRAS) Ανταπόκριση στο Pertuzumab (HER2) Ανταπόκριση στο Ponatinib (Philadelphia, BCR-ABL) Ανταπόκριση στο Rasburicase (G6PD) Ανταπόκριση στο Ruxolitinib (JAK2) Ανταπόκριση στη Thioguanine (TPMT) 9

41 Ανταπόκριση στο Trametinib (BRAF) Ανταπόκριση στο Trastuzumab (HER2/NEU) Ανταπόκριση στο Vemurafenib (BRAF) Aνθεκτικότητα σε αντιαιμοπεταλιακά, αντιεπιληπτικά, αντιϋπερτασικά (CYP2C19) Ανθεκτικότητα στην βαρφαρίνη (VKOR/CYP2C9) Ανθεκτικότητα στην κλαπιδογρέλη (PLAVIX) Γονότυποι IL-28β (ανταπόκριση στη θεραπεία με IFN στην ηπατίτιδα C) Ευαισθησία στην αζαθειοπρίνη (TPMT) ΜΟΡΙΑΚΗ ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΑ ΑΝΙΧΝΕΥΣΗ ΙΩΝ Adenovirus / Αδενοϊός Arbovirus West Nile / Ιός Δυτικού Νείλου Enterovirus (Coxsackie, Polio, Echo) HBV / Ηπατίτιδα Β HCV / Ηπατίτιδα C HCV / Ηπατίτιδα C-γονότυπος HDV / Ηπατίτιδα D HHV-1/2 (HSV) Herpes Simplex Virus / Απλός Έρπης HHV- (VZV) / Ιός της Ανεμοβλογιάς / Έρπης Ζωστήρας HHV-4 (EBV) / Epstein-Barr / Ιός Λοιμώδους Μονοπυρήνωσης HHV- (CMV) / Κυτταρομεγαλοϊός HHV-6 HHV- HHV-8 HIV-1 (Ιός Ανθρώπινης Ανοσοανεπάρκειας τύπου 1) HIV-2 (Ιός Ανθρώπινης Ανοσοανεπάρκειας τύπου 2) Human Papiloma Virus (HPV) - Μόνο Ανίχνευση Human Papiloma Virus (HPV) Τύποι υψηλού κινδύνου Human Papiloma Virus (HPV)/Ιός Ανθρώπινων Θηλωμάτων (Ανίχνευση και τυποποίηση) Influenza A,Β / Ιός της Γρίππης Α, Β Influenza A subtype H1N1 / Ιός της Γρίππης Η1Ν1 Rabies Virus / Ιός της Λύσσας Respiratory Syncytial Virus (RSV)/Αναπνευστικός Συγκυτιακός Ιός Rubella Virus / Ιός της Ερυθράς Parvovirus (Parvo B-19) / Παρβοϊός Polyoma JC/BK Virus 40

42 Ιοί Αναπνευστικού (Influenza A/B/C, Parainfluenza 1/2//4α/4b, RSV A/B, Rhinovirus, Adenovirus, Echovirus, Bocavirus, Coronavirus, Metapneumonovirus A/Β) Ιοί Μηνιγγίτιδας ( Έρπητας 1, Έρπητας 2, Έρπητας (VZV), Έρπητας 4 (EBV), Έρπητας (CMV), Έρπητας 6, Έρπητας, Έρπητας 8, ΕΝΤΕΡΟΪΟΙ (Coxsackie, Polio, Entero) ΑΝΙΧΝΕΥΣΗ ΒΑΚΤΗΡΙΩΝ Βακτήρια (γενικός δείκτης βακτηριακής μόλυνσης) Bartonella henselae Bordetella Pertussis/Parapertussis Borrelia burgdorferi Brucella genus (Βρουκέλα) Chlamydiaceae (Chlamydia family) Chlamydia trachomatis Coxiella burnetti Legionella pneumophila (Λεγιονέλα) Listeria monocytogenes Mycobacterium tuberculosis (Μυκοβακτήριο φυματίωσης) Mycobacterium tuberculosis + Άτυπα μυκοβακτηρίδια Mycoplasma hominis Mycoplasma genitalium Mycoplasma pneumoniae Neisseria gonorrhoeae Neisseria meningitides (Μηνιγγιτιδόκοκκος) Rickettsia species Streptococcus pneumoniae (Πνευμονιόκοκκος) Ureaplasma urealyticum Ureaplasma parvum Treponema pallidum (Σύφιλη) Βακτήρια Αναπνευστικού (Staphylococcus aureus (ΜRSA), Streptococcus pneumoniae, Haemophilus spp, Moraxella catarrhalis, Chlamydophila pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae, Bordetella spp) SEPTIBAC Gram θετικά /αρνητικά παθογόνα σήψης και Μύκητες Σεξουαλικά Μεταδιδόμενα παθογόνα (Chlamydia, Mycoplasma, Ureaplasma, Neisseria gonorrhoeae, Trichomonas vaginalis, Treponema pallidum, Haemophilus ducreyi, Herpes Virus types I and II, Candida spp.) 41

43 Βακτήρια που σχετίζονται με Υπογονιμότητα (Chlamydia, Mycoplas-ma, Ureaplasma) Εντεροπαθογόνα βακτήρια (Salmonella sp., Shigella sp. (S. dysenteriae, S. Sonnei, S. boydii and S. flexneri), Yersinia spp. (Y. pestis, Y. pseudotuberculosis, Y. enterocolitica), Campylobacter spp. (C. lari, C. laridis, C. upsaliensis, C. jejuni, C. coli), Escherichia coli enteropathogenic EPEC (E. coli enteroinvasive, E. coli enterotoxigenic and E. coli enteropathogenic), Clostridium diffecile και Aeromonas sp.) ΑΝΙΧΝΕΥΣΗ ΠΑΡΑΣΙΤΩΝ-ΜΥΚΗΤΩΝ Acanthamoeba / Ακανθαμοιβάδα Aspergillus species (Ασπεργγίλωση) Fungi / Μύκητες Leismnania species (Λεϊσμανίαση) Pneumocystis carinii jiroveci Toxoplasma gondii (Τοξόπλασμα) Candida albicans 42

44 ΠΡΟΓΕΝΝΗΤΙΚΟΣ - ΜΕΤΑΓΕΝΝΗΤΙΚΟΣ ΕΛΕΓΧΟΣ - ΓΕΝΕΤΙΚΑ ΝΟΣΗΜΑΤΑ ΠΡΟΓΕΝΝΗΤΙΚΟΣ ΕΛΕΓΧΟΣ Καρυότυπος περιφερικού αίματος Ανίχνευση ανευπλοειδιών των χρωμοσωμάτων 1, 18, 21, Χ, Υ Κυτταρογενετική διερεύνηση προϊόντων αποβολών: καρυότυπος (επί ανεπιτυχούς καλλιέργειας διερεύνηση ανευπλοειδιών με QF-PCR) Μοριακός καρυότυπος (Array CGH, προσδιορισμός αλλαγών του αριθμού DNA αντιγράφων >0,2Mb) Μοριακός γενετικός έλεγχος συνδρόμων που οφείλονται σε μικροελλείψεις Μοριακή ανάλυση αιμοσφαιρινοπαθειών (α-αλυσίδα) Μοριακή ανάλυση αιμοσφαιρινοπαθειών (β-αλυσίδα) Ανίχνευση μετάλλαξης F08del κυστικής ίνωσης (CFTR) Μεταλλάξεις κυστικής ίνωσης (6,% - 8%) Μεταλλάξεις κυστικής ίνωσης (Oλόκληρο γονίδιο CFTR με NGS) Μη επεμβατικός προγεννητικός έλεγχος (NIPT) ΓΕΝΕΤΙΚΗ ΔΙΕΡΕΥΝΗΣΗ ΑΝΔΡΙΚΗΣ ΥΠΟΓΟΝΙΜΟΤΗΤΑΣ Καρυότυπος περιφερικού αίματος Καρυότυπος περιφερικού αίματος ζεύγους Ανίχνευση μικροελλείψεων του χρωμοσώματος Υ (AZF) Ανίχνευση μετάλλαξης F08del κυστικής ίνωσης (CFTR) Μεταλλάξεις κυστικής ίνωσης (6,% - 8%) Μεταλλάξεις κυστικής ίνωσης (Oλόκληρο γονίδιο CFTR με NGS) Μοριακός έλεγχος ιογενών παραγόντων ανδρικής υπογονιμότητας (HSV-1, HSV-2, CMV, EBV) Μοριακός έλεγχος βακτηριακών παραγόντων ανδρικής υπογονιμότητας (Mycoplasma, Ureaplasma, Chlamydia) Απόπτωση/κατακερματισμός σπέρματος Μοριακή διερεύνηση θρομβοφιλίας Παράγοντας ΙΙ (G20210A), Παράγοντας V (G1691A,R2 H1299A ), MTHFR (C6T,Α1298C), Παράγοντας ΧΙΙ (V4L), PAI-1, ApoB, ApoE, ΑCE, GPIIIa, Ινωδογόνο-β) Μοριακή ανάλυση αντιγόνων ιστοσυμβατότητας (HLA) ΓΕΝΕΤΙΚΗ ΔΙΕΡΕΥΝΗΣΗ ΓΥΝΑΙΚΕΙΑΣ ΥΠΟΓΟΝΙΜΟΤΗΤΑΣ Καρυότυπος περιφερικού αίματος 4

45 Καρυότυπος περιφερικού αίματος ζεύγους Μοριακή διερεύνηση θρομβοφιλίας Παράγοντας ΙΙ (G20210A), Παράγοντας V (G1691A,R2 H1299A ), MTHFR (C6T,Α1298C), Παράγοντας ΧΙΙ (V4L), PAI-1, ApoB, ApoE, ΑCE, GPIIIa, Ινωδογόνο-β) σε περιπτώσεις καθ έξιν αποβολών Λεμφοκυτταρικοί υποπληθυσμοί με ΝΚ, Τ4, Τ8, Β και γδ λεμφοκύτταρα Κυτταροτοξική δραστικότητα έναντι Κ-62 κυττάρων στόχων σε τρεις λόγους (in vitro προσδιορισμός του βαθμού αναστολής από το φαρμακευτικό σκεύασμα intralipid) Μοριακή ανάλυση αντιγόνων ιστοσυμβατότητας (HLA) σε περιπτώσεις καθ έξιν αποβολών ΜΟΡΙΑΚΗ ΑΝΑΛΥΣΗ ΣΠΑΝΙΩΝ ΚΛΗΡΟΝΟΜΟΥΜΕΝΩΝ ΓΕΝΕΤΙΚΩΝ ΝΟΣΗΜΑΤΩΝ, (εκτός νεοπλασματικών) Μοριακός γενετικός έλεγχος συνδρόμων που οφείλονται σε μικροελλείψεις Μοριακός καρυότυπος (Array CGH, προσδιορισμός αλλαγών του αριθμού DNA αντιγράφων >0,2Mb) Μεταλλάξεις κυστικής ίνωσης (Oλόκληρο γονίδιο CFTR με NGS) Μετάλλαξη delg (Connexin 26) αμφοτεροπλευρης κώφωσης Μεταλλάξεις αμφοτεροπλευρης κώφωσης (CONNEXIN 26) Νωτιαία μυική ατροφία (Έλλειψη εξωνίων /8-SMA) Οικογενής μεσογειακός πυρετός (12 μεταλλάξεις) Οικογενής μεσογειακός πυρετός (Ολόκληρο γονίδιο MeFV με NGS) Οικογενής Υπερπλασία Επινεφριδίων (μεταλλάξεις γονιδίου CYP21A2) Σακχαρώδης Διαβήτης (MODY- γονίδια: ABCC8, GCK, HNF1A, HNF4A, HNF1B, INS and KCNJ11 NGS) Νόσος STARGARDT (γονίδια: ABCA4, ELOVL4, CNGB - NGS) ΑΙΜΟΧΡΩΜΑΤΩΣΗ Αιμοχρωμάτωση, γονίδιο HFE (2 πιο συχνές μεταλλάξεις: Cys- 282Tyr / C282Y και His6Asp/H6D) Αιμοχρωμάτωση, γονίδιο HFE (12 μεταλλάξεις: VM, V9M, H6D, H6H, S6C, Q12H, P160delC, E168Q, E168X, W169X, C282Y, Q28P), γονίδιο TFR2 (4 μεταλλάξεις: E60X, M12K, Y20X, AVAQ94-9del), και γονίδιο FPN1 (2 44

46 μεταλλάξεις: Ν144Η, V162del) Αιμοχρωμάτωση τύπου 2A, γονίδιο HFE2 Αιμοχρωμάτωση τύπου 2Β, γονίδιο HAMP Αιμοχρωμάτωση τύπου, γονίδιο TFR2 Αιμοχρωμάτωση τύπου 4, γονίδιο SLC40A1 ΘΡΟΜΒΟΦΙΛΙΑ Μετάλλαξη παράγοντα-v (V-LEIDEN) Μετάλλαξη παράγοντα -V (R2 H1299A) Μετάλλαξη προθρομβίνης (παράγοντας ΙΙ-G20210A) Παράγοντας XIII (μετάλλαξη V4L) Μετάλλαξη ομοκυστεΐναιμίας (MTHFR, C6T) Μετάλλαξη ομοκυστεΐναιμίας (MTHFR, Α1298C) Μετάλλαξη αναστολέα πλασμινογόνου (PAI-1) Πολυμορφισμός γλυκοπρωτεΐνης (GPIa) Πολυμορφισμός GPIIIa (HPA1a/b, LP) Πολυμορφισμός απολιποπρωτεΐνης E (APO E) Μετάλλαξη απολιποπρωτεΐνης Β ( R00Q) Μετάλλαξη απολιποπρωτεϊνης Β (R1C) Μετάλλαξη ενζύμου αγγειοτενσίνης (ACE, I/D) Πολυμορφισμός 86 T>C Οξειδίου αζώτου ενδοθηλίων Πολυμορφισμός 804 C>A της λεμφοτοξίνης Α Μετάλλαξη ινωδογόνου Β (-4G>A) Συνδυασμοί Αναλύσεων Θρομβοφιλίας 1 ( μεταλλάξεις) 2 (4 μεταλλάξεις) α (4 μεταλλάξεις) β (8 μεταλλάξεις) Αθηροσκλήρωσης 4 ( μεταλλάξεις) (1 μεταλλάξεις) ΓΕΝΕΤΙΚΗ ΠΡΟΔΙΑΘΕΣΗ Πολυμορφισμός AS680Ser του υποδοχέα της FSH Πολυμορφισμοί codon8/1 του υποδοχέα της LH Πολυμορφισμός ESR1-PvuII του υποδοχέα ΕRa Πολυμορφισμός Pro2Arg του TP Πολυμορφισμός rs80 T>C του P6 Πολυμορφισμοί rs46481 G>A και rs66998 G>A του P Πολυμορφισμός rs92921 Τ>G του LIF 4

47 Πολυμορφισμός rs98220 Τ>C του LpA Πολυμορφισμός rs10482 A>G του LpA Ανίχνευση HLΑ Β-2 Τυποποίηση HLA-A Τυποποίηση HLA-B Τυποποίηση HLA-C Τυποποίηση HLA-DRB1 Τυποποίηση HLA-DQB1 Τυποποίηση HLA-DQA1 Τυποποίηση HLA-DPB Συνδυασμοί αναλύσεων Μοριακή τυποποίηση HLA-Τάξης Ι (HLA A, B, C) Μοριακή τυποποίηση HLA-Τάξης IΙ (HLA DR, DQ, DP) Mοριακή τυποποίηση HLA-Tάξης Ι και ΙΙ ΔΙΑΦΟΡΕΣ ΑΝΑΛΥΣΕΙΣ Απομόνωση DNA από κοινά βιολογικά υλικά Απομόνωση DNA από δύσκολα βιολογικά υλικά Ταυτοποίηση πατρότητας Ταυτοποίηση συγγένειας Ταυτοποίηση ατόμου από δύσκολα βιολογικά υλικά 46

48 ΕΠΕΞΗΓΗΣΗ ΕΙΚΟΝΙΔΙΩΝ Ανάλυση / Γενετικός δείκτης Βιολογικό δείγμα Μέθοδος Χρόνος απάντησης (σε εργάσιμες μέρες) 4

49 48 ΚΑΤΑΛΟΓΟΣ ΑΝΑΛΥΣΕΩΝ ΑΛΦΑΒΗΤΙΚΑ

50 ΑΝΑΛΥΣΗ (ΓΕΝΕΤΙΚΟΣ ΔΕΙΚΤΗΣ) ΜΕΘΟΔΟΛΟΓΙΑ ΒΙΟΛΟΓΙΚΟ ΔΕΙΓΜΑ ΧΡΟΝΟΣ ΑΠΑΝΤΗΣΗΣ (ΕΡΓΑΣ. ΗΜ.) 12 1p6 έλλειψη 4 τοµές παραφίνης 4µm, µονιµοποιηµένες σε πλακάκι/ιστός βιοψίας σε φυσιολογικό ορό 1p/19q έλλειψη 4 τομές παραφίνης 4μm, μονιμοποιημένες σε πλακάκι q26 / inv() 1-2ml Μυελού των Οστών/-ml Αίματος σε σωληνάκι με ηπαρίνη -Fluoro-uracil (ανθεκτικότητα) (FU/ DPD) PCR-Ανάστροφος υβριδισμός -ml Αίματος σε q21 έλλειψη 4 τομές παραφίνης 4μm, μονιμοποιημένες σε πλακάκι -/q- 1-2ml Μυελού των Οστών/-ml Αίματος σε σωληνάκι με ηπαρίνη -/q-/i(q), DS486/ CEN 1-2ml Μυελού των Οστών/-ml Αίματος σε σωληνάκι με ηπαρίνη 1-2 C/ βιοψία λεμφαδένα σε φυσιολογικό ορό q21 έλλειψη 4 τομές παραφίνης 4μm, μονιμοποιημένες σε πλακάκι -9/9p-/+9, CDKN2A (P16)/CEN9 1-2ml Μυελού των Οστών/-ml Αίματος σε σωληνάκι με ηπαρίνη 1-2 C/ βιοψία λεμφαδένα σε φυσιολογικό ορό 49

51 11q έλλειψη 4 τοµές παραφίνης 4µm, µονιµοποιηµένες σε πλακάκι/ιστός βιοψίας σε φυσιολογικό ορό 12q14-1 (MDM2) 4 τοµές παραφίνης 4µm, µονιµοποιηµένες σε πλακάκι 1q-/D1S19/LAMP1 1-2ml Μυελού των Οστών/-ml Αίματος σε σωληνάκι με ηπαρίνη 1q περίσσεια 4 τοµές παραφίνης 4µm, µονιµοποιηµένες σε πλακάκι/ιστός βιοψίας σε φυσιολογικό ορό Τρισωμία 20 4 τοµές παραφίνης 4µm, µονιµοποιηµένες σε πλακάκι/ιστός βιοψίας σε φυσιολογικό ορό 20q- 1-2ml Μυελού των Οστών/-ml Αίματος σε σωληνάκι με ηπαρίνη ABL έλλειψη, del(9q4) 1-2ml Μυελού των Οστών/-ml Αίματος σε σωληνάκι με ηπαρίνη ABL Μεταλλάξεις Sequencing 1-2ml Μυελού των Οστών/-ml Αίματος σε Acanthamoeba / Ακανθαμοιβάδα Α Adenovirus/Αδενοϊός AKT1 MLPA -ml Αίματος σε

52 AKT1 μεταλλάξεις Sequencing -ml Αίματος σε AKT1 / μεταλλάξεις ενός εξωνίου ALK (2p2) (όλες οι ανακατατάξεις) ALK t(2p2) (όλες οι ανακατατάξεις) AML/ETO ποσοτικοποίηση/ t(8;21) (q22;q22) amp 1q21 Sequencing Real Time PCR (1) σε πλασματοκύτταρα -ml Αίματος σε 4 τομές παραφίνης των 4μm, μονιμοποιημένες σε πλακάκι 1-2ml Μυελού των Οστών/-ml Αίματος σε σωληνάκι με ηπαρίνη 1-2 C/ βιοψία λεμφαδένα σε φυσιολογικό ορό 1-2 ml Μυελού σε -ml Μυελού σε σωληνάκι με ηπαρίνη APC μεταλλάξεις NGS Ιστός βιοψίας/6-8 τομές παραφίνης των 10μm APC+MUTYH NGS -ml Αίματος σε API2-MALT1, t(11;18) (q21;q21) Arbovirus West Nile / Αρμποϊός-Ιός Δυτικού Νείλου ASPL-TFE der(1)t(x;1) (p11;q2) 1-2ml Μυελού των Οστών/-ml Αίματος σε σωληνάκι με ηπαρίνη 4 τοµές παραφίνης 4µm, µονιµοποιηµένες σε πλακάκι Aspergillus spp

53 ATIC-ALK inv(2) (p2;q) 4 τοµές παραφίνης των 4µm, µονιµοποιηµένες σε πλακάκι ATM (11q22.) 1-2ml Μυελού των Οστών/-ml Αίματος σε σωληνάκι με ηπαρίνη Αγγειοτενσίνης μετάλλαξη Μετατρεπτικού ενζύμου (ACE, I/D) Αιμοσφαιρινοπάθειες (α-αλυσίδα) Αιμοσφαιρινοπάθειες (β-αλυσίδα) ΑΙΜΟΧΡΩΜΑΤΩΣΗ κλασσική, γονίδιο HFE ΑΙΜΟΧΡΩΜΑΤΩΣΗ τύπου 2A, γονίδιο HFE2, Ελλείψεις/Διπλασιασμοί ΑΙΜΟΧΡΩΜΑΤΩΣΗ τύπου 2A, γονίδιο HFE2, Ελλείψεις/Διπλασιασμοί ΑΙΜΟΧΡΩΜΑΤΩΣΗ τύπου 2Β, γονίδιο HAMP ΑΙΜΟΧΡΩΜΑΤΩΣΗ τύπου 2Β, γονίδιο HAMP, Ελλείψεις/ Διπλασιασμοί ΑΙΜΟΧΡΩΜΑΤΩΣΗ τύπου, γονίδιο TFR2 PCR-Υβριδισμός PCR-Ανάστροφος Υβριδισμός (CE/ IVD) PCR-Ανάστροφος Υβριδισμός (CE/ IVD) Full Sequencing Full Sequencing MLPA Full Sequencing MLPA Full Sequencing -ml Αίματος σε -ml Αίματος σε -ml Αίματος σε -ml Αίματος σε -ml Αίματος σε -ml Αίματος σε -ml Αίματος σε -ml Αίματος σε -ml Αίματος σε

54 ΑΙΜΟΧΡΩΜΑΤΩΣΗ τύπου, γονίδιο TFR2, ελλείψεις/διπλασιασμοί MLPA -ml Αίματος σε 20 ΑΙΜΟΧΡΩΜΑΤΩΣΗ τύπου 4, γονίδιο SLC40A1 Full Sequencing -ml Αίματος σε 20 ΑΙΜΟΧΡΩΜΑΤΩΣΗ τύπου 4, γονίδιο SLC40A1, ελλείψεις/ διπλασιασμοί MLPA -ml Αίματος σε 20 ΑΙΜΟΧΡΩΜΑΤΩΣΗ, γονίδιο HFE (12 ΜΕΤΑΛΛΑΞΕΙΣ: VM, V9M, H6D, H6H, S6C, Q12H, P160delC, E168Q, E168X, W169X, C282Y, Q28P), γονίδιο TFR2 (4 Μεταλλάξεις: E60X, M12K, Y20X, AVAQ94-9del), και γονίδιο FPN1 (2 Μεταλλάξεις: Ν144Η, V162del)" PCR-Υβριδισμός -ml Αίματος σε ΑΙΜΟΧΡΩΜΑΤΩΣΗ, γονίδιο HFE (2 πιο συχνες Μεταλλάξεις: Cys282Tyr / C282Y και His6Asp/H6D) PCR-RFLPs -ml Αίματος σε ΑΙΜΟΧΡΩΜΑΤΩΣΗ, γονίδιο HFE ελλείψεις/ διπλασιασμοί MLPA -ml Αίματος σε 20 Αναπνευστικού Βακτήρια (PANEL) (Staphylococcus aureus (ΜRSA), Streptococcus pneumoniae, Haemophilus spp, Moraxella catarrhalis, Chlamydophila pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae, Bordetella spp) PCRμικροσυστοιχίες

55 Αναπνευστικού Βακτήρια-Ιοί (PANEL) (Influenza A/B/ H1N1, Chlamydophila pneumoniae, Parainfluenza 1/2//4, Legionella pneumophila, hmpv, Bordetella pertussis, Rhinovirus/Enterovirus, Adenovirus, Bocavirus, Mycoplasma pneumoniae, Coronavirus ) Αναπνευστικού Ιοί (PANEL) (Influenza A/B/C, Parainfluenza 1/2//4α/4b, RSV A/B, Rhinovirus, Adenovirus, Echovirus, Bocavirus,Coronavirus, Metapneumonovirus A/Β) PCRμικροσυστοιχίες Αναπνευστικός Συγκυτιακός Ιός/Respiratory Syncytial Virus (RSV) Αναστολέα πλασμινογόνου μετάλλαξη (PAI-1) Real Time PCR -ml Αίματος σε Ανευπλοειδίες των χρωμοσωμάτων 1, 18, 21, Χ, Υ QF-PCR 2 ml αμνιακό υγρό σε αποστειρωμένο δοχείο / 10 mg χοριακές λάχνες σε αποστειρωμένο δοχείο με υλικό καλλιέργειας 1 Aπολιποπρωτεΐνης Β Μετάλλαξη ( R00Q) -ml Αίματος σε Απολιποπρωτεΐνη Β Μετάλλαξη (R1C) -ml Αίματος σε Απολιποπρωτεΐνης E Πολυμορφισμός (APO E) -ml Αίματος σε 4

56 BCL6 (q2) Αναδιατάξεις BCL6 (q2) Αναδιατάξεις BCR-ABL ανίχνευση (p210 & 190) BCR-ABL ποσ οτικοποίηση t (9;22)(q4;q11) PCR nested Β Real Time PCR 1-2ml Μυελού των Οστών/-ml Αίματος σε σωληνάκι με ηπαρίνη 1-2 C/ βιοψία λεμφαδένα 1-2 C 4 τομές παραφίνης 4μm σε πλακάκι 1-2ml Μυελού των Οστών/-ml Αίματος σε 1-2 C 1-2ml Μυελού των Οστών/-ml Αίματος σε 1-2 C BCR-ABL 1-2ml Μυελού των Οστών/-ml Αίματος σε σωληνάκι με ηπαρίνη 1-2 C Bartonella henselae Bordetella Pertussis/Parapertussis (ΚΟΚΚΥΤΗΣ) Borrelia burgdorferi BRAF (V600E/K) Real Time PCR 6-8 τομές παραφίνης των 10μm ή 1-2ml Μυελού των Οστών/-ml Αίματος σε σωληνάκι Γενικής αίματος με αντιπηκτικό ή 0.2 cm ιστού από χειρουργική βιοψία σε αποστειρωμένο σωλήνα με.0-.0 ml φυσιολογικό ορό, 4 C

57 BRAF NGS 6-8 τομές παραφίνης των 10μm ή 1-2ml Μυελού των Οστών/-ml Αίματος σε σωληνάκι Γενικής αίματος με αντιπηκτικό ή 0.2 cm ιστού από χειρουργική βιοψία σε αποστειρωμένο σωλήνα με.0-.0 ml φυσιολογικό ορό, 4 C BRAF, KRAS, NRAS NGS 6-8 τομές παραφίνης των 10μm ή 1-2ml Μυελού των Οστών/-ml Αίματος σε σωληνάκι Γενικής αίματος με αντιπηκτικό ή 0.2 cm ιστού από χειρουργική βιοψία σε αποστειρωμένο σωλήνα με.0-.0 ml φυσιολογικό ορό, 4 C BRCA 1&2 NGS -ml Αίματος σε BRCA 1&2 MLPA -ml Αίματος σε BRCA 1&2 NGS + MLPA -ml Αίματος σε 0 BRCA 1&2 Σωματικές μεταλλάξεις NGS 6-8 τομές παραφίνης των 10μm Breast cancer herediatry 26 γονίδια NGS -ml Αίματος σε 10 Βακτήρια (γενικός δείκτης βακτηριακής μόλυνσης) 6

58 Βακτηριακοί παράγοντες ανδρικής υπογονιμότητας (μοριακός έλεγχος (Mycoplasma, Ureaplasma, Chlamydia)) Σπέρμα, ουρηθρικό Βαρφαρίνη (ανθεκτικότητα) (VKOR/ CYP2C9) ΒΡΟΥΚΕΛΛΑ (Brucella genus) C/Γ -ml Αίματος σε CALR Εξώνιο 9 PCR-Sequencing 1-2ml Μυελού των Οστών/-ml Αίματος με αντιπηκτικό Candida Albicans CARS-ALK t(2;11) (p2;p1) CBFb-MYH11, inv(16) (p1q22) ή t(16;16) (p1;q22) CCND1(BCL1)-IgH /t(11;14)(q1;q2) CCND1(BCL1)-IgH /t(11;14)(q1;q2) (1) σε πλασματοκύτταρα 4 τομές παραφίνης των 4μm, μονιμοποιημένες σε πλακάκι -ml Μυελού σε σωληνάκι µε ηπαρίνη -ml Μυελού σε σωληνάκι με ηπαρίνη 1-2ml Μυελού των Οστών/-ml Αίματος σε σωληνάκι με ηπαρίνη CDH1 μεταλλάξεις Sequencing Ιστός βιοψίας/6-8 τομές παραφίνης των 10μm & -ml περ. αίματος σε CDKN2A (P16)/CEN9, -9/9p-/+9 1-2ml Μυελού των Οστών/-ml Αίματος σε σωληνάκι με ηπαρίνη 1-2 C/ βιοψία λεμφαδένα CEBPA μεταλλάξεις PCR & Sequencing 1-2ml Μυελού των Οστών/-ml Αίματος σε

59 CBFB-MYH11 / inv(16) (p1q22) ή t(16;16) (p1;q22) Chlamydiaceae (Chlamydia family) 1-2ml Μυελού των Οστών/-ml Αίματος σε σωληνάκι με ηπαρίνη c-kit (D816V) Sequencing -ml Αίματος σε c-kit ex8, ex1 Sequencing 6-8 τομές παραφίνης των 10μm c-kit ex 9, 11, 1, 1 Sequencing 6-8 τομές παραφίνης των 10μm c-kit, PDGFRA NGS 6-8 τομές παραφίνης των 10μm c-kit γονίδιο NGS 6-8 τομές παραφίνης των 10μm C-MYC (8q24) (όλες οι ανακατατάξεις) C-MYC (8q24) (όλες οι ανακατατάξεις) C-MYC (8q24) (όλες οι ανακατατάξεις) COL1A1-PDGFB, t(1;22) (q22;q1) (1) σε πλασματοκύτταρα 4- τομές παραφίνης 4μm σε πλακάκι -ml Μυελού σε σωληνάκι με ηπαρίνη 1-2ml Μυελού των Οστών/-ml Αίματος σε σωληνάκι με ηπαρίνη 4 τομές παραφίνης 4μm, μονιμοποιημένες σε πλακάκι Coxiella burnetti CTLC-ALK t(2;1) (p2;q2) CYP2C19-Aνθεκτικότητα σε αντιαιμοπεταλιακά, αντιεπιληπτικά, αντιϋπερτασικά Γλυκοπρωτεΐνης GPIa πολυμορφισμός Γρίπης Ιός Α, Β (Influenza A,B) PCR-Υβριδισμός 4- τομές παραφίνης 4μm σε πλακάκι -ml Αίματος σε -ml Αίματος σε 10 <24h 10 8

60 Γρίπης Ιός Α H1N1 / Influenza A subtype Η1Ν1 DDIT (CHOP) /12q1 Partners,t(12;16) (q1;p11), t(12;22) (q1;q12), t(12;20;22) (q1;q11;q1) D/Δ 4 τομές παραφίνης 4μm del(9p21)/cep9 1-2ml Μυελού των Οστών/-ml Αίματος σε σωληνάκι με ηπαρίνη 1-2 C/ βιοψία λεμφαδένα 1q έλλειψη (1) σε πλασματοκύτταρα -ml Μυελού σε σωληνάκι με ηπαρίνη del(1)(q14.) 1-2ml Μυελού των Οστών/-ml Αίματος σε σωληνάκι με ηπαρίνη del(6)(q21)/sec6 1-2ml Μυελού των Οστών/-ml Αίματος σε σωληνάκι με ηπαρίνη DNA απομόνωση από δύσκολα βιολογικά υλικά DNA απομόνωση από κοινά βιολογικά υλικά EGFR μεταλλάξεις: G19S/C/A (ex18), ex19 deletions, T90M & S68I (ex20), L88R & L861Q/R (ex21) E Pyrosequencing 6-8 τομές παραφίνης των 10μm EGFR, amp()(p12) 4 τομές παραφίνης 4μm, μονιμοποιημένες σε πλακάκι 2 9

61 ENTEROBAC (Εντεροπαθογόνα Βακτήρια) {Salmonella spp., Aeromonas spp. (aerolysin positive). Shigella spp. (S. dysenteriae, S. sonnei, S. boydii and S. flexnen), Escherichia coli enteropathogenic (E.coli enterohemorrhagic, E.coli enteroinvasive, E.coli enterotoxigenic and E.coli enteropathogenic), Campylobacter spp. (C. larl, C. laridis, C. upsaliensis, C.jejuni and C.coli), Campylobacter jejuni, Campylobacter coli, Clostridium difficile B, Yersinia spp. (Y. pestis, Y. pseudotuberculosis and Y. enterocolitica), Yersinia enterocolitica} PCRμικροσυστοιχίες Enterovirus-ΕΝΤΕΡΟΪΟΙ (Coxsackie, Polio, Echo) ETO(CBFA2T1)- AML1(RUNX1 ή CBFA2), t(8;21)(q22;q22) ποσοστικοποίηση Real Time PCR 1-2ml Μυελού των Οστών σε σωληνάκι με ETO(CBFA2T1)- AML1(RUNX1 ή CBFA2), t(8;21)(q22;q22) 1-2ml Μυελού των Οστών σε σωληνάκι με ηπαρίνη ETV6 (TEL) t(12;?)(p1;?) (όλες οι ανακατατάξεις) 1-2ml Μυελού των Οστών/-ml Αίματος σε σωληνάκι με ηπαρίνη ETV6(ΤEL)/ t(12;1) (p1;q2) 4 τομές παραφίνης 4μm, μονιμοποιημένες σε πλακάκι ETV6-NTRK t(12;1) (p1;q2) 4 τομές παραφίνης 4μm, μονιμοποιημένες σε πλακάκι ETV6/RUNX1 (TEL/ AML1) ποσοτικοποίηση t(12;21)(p1;q22) Real Time PCR 1-2ml Μυελού των Οστών σε σωληνάκι με EVI1 (MECOM) /q26/ (όλες οι ανακατατάξεις) 1-2ml Μυελού των Οστών/-ml Αίματος σε σωληνάκι με ηπαρίνη 60

62 EWSR1 partners (22q12) 4 τομές παραφίνης 4μm, μονιμοποιημένες σε πλακάκι EWSR1-DD1T t(12;22) (q1;q12 EWSR1-ATF1 t(9;1) (q22;q21 EWSR1-CREB1 (;9) (q11;q22) 4 τομές παραφίνης 4μm, μονιμοποιημένες σε πλακάκι 4 τομές παραφίνης 4μm, μονιμοποιημένες σε πλακάκι 4 τομές παραφίνης 4μm, μονιμοποιημένες σε πλακάκι EWSR1-E1AF 4 τομές παραφίνης 4μm, μονιμοποιημένες σε πλακάκι EWSR1-ERG Real Time PCR 20mm Ιστός Βιοψίας EWSR1-FEV 4 τομές παραφίνης 4μm, μονιμοποιημένες σε πλακάκι EWSR1-FLI/ERG RT-PCR Ιστός βιοψίας/6-8 τομές παραφίνης των 10μm EWSR1-FLI/ERG/ETV t(11;22)(q24;q12) EWSR1-NR4A t(9;22) (q22;q12) Real Time PCR 0.2 cm ιστού από χειρουργική βιοψία σε αποστειρωμένο σωλήνα με.0-.0 ml φυσιολογικό ορό, 4 C 4 τομές παραφίνης 4μm, μονιμοποιημένες σε πλακάκι EWSR1-WT1 Real Time PCR 20mm Ιστός Βιοψίας EWSR1-ETV1 Real Time PCR 20mm Ιστός Βιοψίας EWSR1-ZSG inv(22) (q12q;12) Έρπης Απλός/HHV-1/2 (HSV) Herpes Simplex Virus Έρπης Ζωστήρας/ HHV- (VZV) / Ιός της Ανεμοβλογιάς 4 τομές παραφίνης 4μm, μονιμοποιημένες σε πλακάκι 61

63 Έρπης 4/HHV-4 (EBV) /Epstein-Barr / Ιός Λοιμώδους Μονοπυρήνωσης Έρπης /HHV- (CMV) / Κυτταρομεγαλοϊός Έρπης 6/HHV-6 Έρπης /HHV- Έρπης 8/HHV-8 Ερυθράς Ιός/Rubella Virus F FGFR1 Ενίσχυση (8p11) 4 τομές παραφίνης των 4μm, μονιμοποιημένες σε πλακάκι FGFR1(8p11-12) μεταθέσεις FGFR/MMSET-IgH / t(4;14) (1) σε πλασματοκύτταρα 1-2ml Μυελού των Οστών/-ml Αίματος σε σωληνάκι με ηπαρίνη -ml Μυελού σε σωληνάκι με ηπαρίνη FIP1L1-PDGFRA (4q12) 1-2ml Μυελού των Οστών/-ml Αίματος σε σωληνάκι με ηπαρίνη FIP1L1-PDGFRA (4q12) Real Time PCR -ml Αίματος σε FLT (ITD, D8) PCR RFLP -ml Αίματος σε FOXO1(FKHR)/1q14 partners, t(2;1) (q;q14),t(1;1) (p6;q14) 4 τομές παραφίνης 4μm, μονιμοποιημένες σε πλακάκι Fungi / Μύκητες 62

64 FUS-ATF1 t(12;16) (q1;p11) 4 τομές παραφίνης 4μm, μονιμοποιημένες σε πλακάκι FUS-CREBL1 t(11;16) (p11;p11) 4 τομές παραφίνης 4μm, μονιμοποιημένες σε πλακάκι FUS-CREBL2 t(;16) (q;p11) 4 τομές παραφίνης 4μm, μονιμοποιημένες σε πλακάκι FUS-DD1T (CHOP) t(12;16)(q1;p11) 4 τομές παραφίνης 4μm, μονιμοποιημένες σε πλακάκι FUS-ERG t(16;21) (p11;q22) 4 τομές παραφίνης 4μm, μονιμοποιημένες σε πλακάκι H HBV (Ηπατίτιδα Β) -ml Αίματος σε 2 HCV (Ηπατίτιδα C) -ml Αίματος σε 2 HCV (Ηπατίτιδα C)- γονότυπος -ml Αίματος σε HDV / Ηπατίτιδα D -ml Αίματος σε 2 HER-2 neu (ΕRΒΒ2), amp(1)(q11) 4 τομές παραφίνης 4μm σε πλακάκι/ Ιστός βιοψίας HHV-1/2 (HSV) Herpes Simplex Virus / Απλός Έρπης HHV- (VZV) / Ιός της Ανεμοβλογιάς / Έρπης Ζωστήρας HHV-4 (EBV) /Epstein- Barr / Ιός Λοιμώδους Μονοπυρήνωσης 6

65 HHV- (CMV) / Κυτταρομεγαλοϊός HHV-6 HHV- HHV-8 HIV-1 (Ιός Ανθρώπινης Ανοσοανεπάρκειας τύπου 1) HIV-2 (Ιός Ανθρώπινης Ανοσοανεπάρκειας τύπου 2) HLA; Μοριακή Ανάλυση αντιγόνων ιστοσυμβατότητας HLA; Μοριακή Ανάλυση αντιγόνων ιστοσυμβατότητας (HLA) σε περιπτώσεις καθ'έξιν αποβολών HLA-CLASS I (A, B, C) μοριακή τυποποίηση HLA-CLASS II (DR, DQ, DP) μοριακή τυποποίηση HLA-CLASS I/II (A, B, C, DR, DQ, DP) μοριακή τυποποίηση PCR-SSP PCR-SSP PCR-SSP PCR-SSP PCR-SSP -ml Αίματος σε -ml Αίματος σε -ml Αίματος σε -ml Αίματος σε -ml Αίματος σε -ml Αίματος σε -ml Αίματος σε HLA-A (τυποποίηση) PCR-SSCP -ml Αίματος σε HLA-B (τυποποίηση) PCR-SSCP -ml Αίματος σε 64

66 HLΑ Β-2 (ανίχνευση) PCR -RFLPs -ml Αίματος σε HLA-C (τυποποίηση) PCR-SSCP -ml Αίματος σε HLA-DPB (τυποποίηση) PCR-SSCP -ml Αίματος σε HLA-DQA1 (τυποποίηση) HLA-DQB1 (τυποποίηση) PCR-SSCP PCR-SSCP -ml Αίματος σε -ml Αίματος σε HLA-DRB1 (τυποποίηση) PCR-SSCP -ml Αίματος σε Human Papiloma Virus (HPV) - Μόνο Ανίχνευση Human Papiloma Virus (HPV)/Ιός Ανθρώπινων Θηλωμάτων (Ανίχνευση και τυποποίηση) Human Papiloma Virus (HPV)/Ιός Ανθρώπινων Θηλωμάτων-High Risk PCR PCRμικροσυστοιχίες Real Time PCR Κυτταρικό εναιώρημα ή παραφινοποιημένος ιστός Κυτταρικό εναιώρημα ή παραφινοποιημένος ιστός Κυτταρικό εναιώρημα ή παραφινοποιημένος ιστός 2 6

67 Θρομβοφιλία (Μοριακή διερεύνηση) (ΠΑΡΑΓΟΝΤΑΣ ΙΙ (G20210A), ΠΑΡΑΓΟΝΤΑΣ V (G1691A,R2 H1299A ), MTHFR (C6T,Α1298C), ΠΑΡΑΓΟΝΤΑΣ ΧΙΙ (V4L), PAI-1, ApoB, ApoE, ΑCE, GPIIIa, ΙΝΩΔΟΓΟΝΟ-β) Θρομβοφιλία (Μοριακή διερεύνηση) (ΠΑΡΑΓΟΝΤΑΣ ΙΙ (G20210A), ΠΑΡΑΓΟΝΤΑΣ V (G1691A,R2 H1299A ), MTHFR (C6T,Α1298C), ΠΑΡΑΓΟΝΤΑΣ ΧΙΙ (V4L), PAI-1, ApoB, ApoE, ΑCE, GPIIIa, ΙΝΩΔΟΓΟΝΟ-β) σε περιπτώσεις καθ έξιν αποβολών i(q)/ /q-, DS486/ CEN Θ PCR-Υβριδισμός PCR-Υβριδισμός Ι -ml Αίματος σε -ml Αίματος σε 1-2ml Μυελού των Οστών/-ml Αίματος σε σωληνάκι με ηπαρίνη 1-2 C/ βιοψία λεμφαδένα i(1q) 1-2ml Μυελού των Οστών/-ml Αίματος σε σωληνάκι με ηπαρίνη IDH1/2 (exon 4) Sequencing Ιστός βιοψίας/ 6-8 Τομές παραφίνης των 10μm IGH (14q2) (όλες οι ανακατατάξεις) (1) σε πλασματοκύτταρα 1-2ml Μυελού των Οστών σε σωληνάκι με ηπαρίνη 1 66

68 IGH t(14q2) 1-2ml Μυελού των οστών / -ml Αίματος σε σωληνάκι με ηπαρίνη 1-2 C/ cm ιστού λεμφαδένα σε αποστειρωμένο σωλήνα με ml φυσιολογικό ορό IGH κλωνικότητα Multiplex PCR 1-2ml Μυελού των Οστών/-ml Αίματος σε IGH/C-MYC/CEP8, t(8;14) (q24;q2) IGH-BCL2, t(14;18) (q2;q21) IGH-BCL2, t(14;18) (q2;q21) IGH-CCND / t(6;14) (p21;q2) IGH-c-maf / t(14;16) PCR (1) σε πλασματοκύτταρα (1) σε πλασματοκύτταρα 1-2ml Μυελού των οστών / -ml Αίματος σε σωληνάκι με ηπαρίνη 1-2 C/ cm ιστού λεμφαδένα σε αποστειρωμένο σωλήνα με ml φυσιολογικό ορό 1-2ml Μυελού των οστών / -ml Αίματος σε σωληνάκι με ηπαρίνη 1-2 C/ cm ιστού λεμφαδένα σε αποστειρωμένο σωλήνα με ml φυσιολογικό ορό 1-2ml Μυελού των οστών / -ml Αίματος σε σωληνάκι με 1-2 C/ cm ιστού λεμφαδένα σε αποστειρωμένο σωλήνα με ml φυσιολογικό ορό 1-2ml Μυελού των οστών σε σωληνάκι με ηπαρίνη 1-2ml Μυελού των οστών σε σωληνάκι με ηπαρίνη 6