Εργαστηριακή άσκηση Ιδιότητες μετάλλων από προσομοίωση Μοριακής Δυναμικής

Transcript

1 Κλασσική ατομιστική προσομοίωση Εργαστηριακή άσκηση Ιδιότητες μετάλλων από προσομοίωση Μοριακής Δυναμικής Δ.Γ. Παπαγεωργίου Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών «Προηγμένα Υλικά» Κλασσική ατομιστική προσομοίωση 1 Λογισμικό LAMMPS: Large scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator p VMD: Visual Molecular Dynamics GNUPLOT Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών «Προηγμένα Υλικά» Κλασσική ατομιστική προσομοίωση 2

2 Σύστημα υπό μελέτη Κρυσταλλικός χαλκός fcc Η μοναδιαία κυψελίδα του κρυστάλλου fcc κατασκευάζεται τοποθετώντας άτομα σε τέσσερεις θέσεις της μοναδιαίας κυψελίδας: z /2 1/2 1/2 0 1/2 1/2 1/2 0 Το συνολικό σύστημα κατασκευάζεται από επανάληψη της μοναδιαίας κυψελίδας στις τρεις διευθύνσεις. x z y Παρατηρείστε ότι τα τελευταία άτομα απέχουν 1/2 από το τέλος της κυψελίδας. y Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών «Προηγμένα Υλικά» Κλασσική ατομιστική προσομοίωση 3 x Απαραίτητα αρχεία Απαραίτητα αρχεία: Αρχείο δυναμικού ΕΑΜ για τον χαλκό (Cu.eam) Embedded atom method functions for the fcc metals Cu, Ag, Au, Ni, Pd, Pt, and their alloys, S.M. Foiles, M.I. Baskes and M.S. Daw, Phys. Rev. B 33, 7983 (1986). Αρχείο εισόδου για το LAMMPS (md.in) Διαθέσιμα από την ιστοσελίδα: Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών «Προηγμένα Υλικά» Κλασσική ατομιστική προσομοίωση 4

3 Κατέβασμα των αρχείων Ιστοσελίδα Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών «Προηγμένα Υλικά» Κλασσική ατομιστική προσομοίωση 5 Άνοιγμα Terminal για εντολές Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών «Προηγμένα Υλικά» Κλασσική ατομιστική προσομοίωση 6

4 Διεξαγωγή της προσομοίωσης (LAMMPS) lmp < md.in Αρχείο εισόδου LAMMPS Αποτέλεσμα στην οθόνη: LAMMPS (14 Jul 2011) Lattice spacing in x,y,z = Created orthogonal box = (0 0 0) to ( ) 15) 1 by 1 by 1 processor grid Created 500 atoms Displacing atoms... Setting up run... Memory usage per processor = Mbytes Step Temp PotEng Press Lx Ly Lz Loop time of e-07 on 1 procs for 0 steps with 500 atoms Άλλα αρχεία που δημιουργούνται: t.lammpstrj log.lammps αρχείο τροχιάς αρχείο καταγραφής Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών «Προηγμένα Υλικά» Κλασσική ατομιστική προσομοίωση 7 Οπτικοποίηση αποτελεσμάτων (vmd) vmd t.lammpstrj Αρχείο τροχιάς Βασικές ενέργειες: Display Orthographic Graphics Represantations Drawing Method CPK Στο τερματικό: pbc box Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών «Προηγμένα Υλικά» Κλασσική ατομιστική προσομοίωση 8

5 Επιθεώρηση του αρχείου md.in Ενεργοποιούμε τον Text Editor Ανοίγουμε (Open) το αρχείο md.in Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών «Προηγμένα Υλικά» Κλασσική ατομιστική προσομοίωση 9 Εξαγωγή αποτελεσμάτων από το αρχείο καταγραφής Μόλις τελειώσει η προσομοίωση μπορούμε να εξάγουμε αριθμητικά αποτελέσματα από το αρχείο καταγραφής log.lammps thermo_extract -p Temp s log.lammps > t Αρχείο στο οποίο θα γραφεί Ιδιότητα που θέλω να εξάγω Άλλες ιδιότητες: PotEng Δυναμική ενέργεια Press Πίεση Lx Διάσταση κουτιού στον άξονα x Ly Διάσταση κουτιού στον άξονα y Lz Διάσταση κουτιού στον άξονα z Χρονικό βήμα Θερμοκρασία Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών «Προηγμένα Υλικά» Κλασσική ατομιστική προσομοίωση 10

6 Γραφική παράσταση με το Gnuplot > plot t u 1:2 w l t u 1:2 w l Αρχείο με δεδομένα Ποιές στήλες να χρησιμοποιηθούν για τους άξονες x και y Τα σημεία να ενωθούν με γραμμές > exit Έξοδος από το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών «Προηγμένα Υλικά» Κλασσική ατομιστική προσομοίωση 11 Μέση τιμή θερμοκρασίας avg < t 2 Στήλη Η άθροιση ξεκινά από αυτή τη γραμμή Η άθροιση τελειώνει σε αυτή τη γραμμή t Αρχείο εισόδου Αποτέλεσμα στην οθόνη: Number of data: Average: Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών «Προηγμένα Υλικά» Κλασσική ατομιστική προσομοίωση 12

7 Πίεση thermo_extract -p Press s log.lammps > p Εξαγωγή από το αρχείο καταγραφής > plot p u 1:2 w l > exit Γραφική παράσταση avg < p Μέση τιμή Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών «Προηγμένα Υλικά» Κλασσική ατομιστική προσομοίωση 13 Δυναμική ενέργεια thermo_extract p PotEng s log.lammps > e Εξαγωγή από το αρχείο καταγραφής > plot e u 1:2 w l > lt> exit Γραφική παράσταση avg < e Μέση τιμή Μπορούμε να υπολογίσουμε την ενέργεια συνοχής του μετάλλου διαιρώντας τη μέση τιμή της δυναμικής ενέργειας με το πλήθος των ατόμων. Η πειραματική τιμή δίνεται στο ως Enthalpy of atomization Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών «Προηγμένα Υλικά» Κλασσική ατομιστική προσομοίωση 14

8 Μέγεθος κουτιού προσομοίωσης thermo_extract p Lx s log.lammps > x Εξαγωγή από το αρχείο καταγραφής > plot x u 1:2 w l > lt> exit Γραφική παράσταση avg < x Μέση τιμή Μπορούμε να υπολογίσουμε την πλεγματική σταθερά διαιρώντας με το πλήθος των μοναδιαίων κυψελίδων. Η πειραματική τιμή δίνεται στο στο Crystal structure. Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών «Προηγμένα Υλικά» Κλασσική ατομιστική προσομοίωση 15 Πυκνότητα Αφού βρήκαμε τις διαστάσεις του κουτιού μπορούμε να υπολογίσουμε την πυκνότητα : m V Η πειραματική τιμή δίνεται στο στο Physical proper es Density of solid. Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών «Προηγμένα Υλικά» Κλασσική ατομιστική προσομοίωση 16

9 Θερμική διαστολή Αρχικά Μετά από θέρμανση L 0 ΔL L al T 0 a 1 L 0 L T Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών «Προηγμένα Υλικά» Κλασσική ατομιστική προσομοίωση 17 Θερμική διαστολή Επαναλαμβάνουμε την προσομοίωση και για άλλες θερμοκρασίες Τ (Κ) Μέγεθος κουτιού (Å) Γραφική παράσταση με το > plot d u 1:2 w l Η κλίση της βέλτιστης ευθείας που περνά από τα σημεία αποτελεί τον παράγοντα ΔL/ΔΤ. Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών «Προηγμένα Υλικά» Κλασσική ατομιστική προσομοίωση 18

10 Προσαρμογή ελαχίστων τετραγώνων με το > f(x)=a*x+b > a=1 > b=1 > fit f(x) d via a,b Ενεργοποίηση του Ορισμός της συνάρτησης Αρχική τιμή για το a Αρχική τιμή για το b Προσαρμογή ελαχίστων τετραγώνων Final set of parameters Asymptotic Standard Error ======================= ========================== a = / e-06 (2.053%) b = / (0.0194%) 0194%) > plot d, f(x) > exit Γραφική παράσταση Έξοδος από το Η πειραματική τιμή δίνεται στο στο Physical proper es Coefficient of linear thermal expansion. Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών «Προηγμένα Υλικά» Κλασσική ατομιστική προσομοίωση 19